Эдвард Маркотт

Маркотт — профессор биохимии Эдвард , Техасского университета в Остине занимающийся генетикой , протеомикой и биоинформатикой . ^[1] Маркотт — пример компьютерного биолога , который также полагается на эксперименты для проверки предсказаний, основанных на биоинформатике. ^[2]

Образование и должности

Бакалавриат Маркотт получил в Техасском университете в Остине , где в 1990 году получил степень бакалавра микробиологии. Он получил степень доктора философии. Получил степень бакалавра биохимии в Техасском университете в Остине в 1995 году и защитил докторскую диссертацию как в Университете Техаса в Остине, так и в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе под руководством профессора Дэвида Айзенберга . Маркотт является профессором UT в Остине с 2001 года. ^{[ нужна ссылка ]}

Исследовать

Основной исследовательский вклад Маркотта приходится на области биоинформатики, протеомики, системной биологии и синтетической биологии .

Биоинформатика и системная биология

В начале работы Маркотт и его коллеги создали первую карту функциональных связей между белками в любом сложном организме в масштабе генома (дрожжи Saccharomyces cerevisiae ), подход, который позволил им предсказать функцию более половины всех неохарактеризованных дрожжевых белков. ^[3] Маркотт также разработал несколько методов выявления функциональных взаимодействий между белками, включая филогенетическое профилирование . ^[4]^[5]^[6] Слияние генов Розеттского камня , ^[7] коэкспрессия мРНК, ^[3] и зеркальное дерево ^[8] подходы.

В 2010 году Маркотт и его коллеги разработали алгоритм выявления случаев глубокой гомологии на основе фенотипа. ^[1]^[9]

Протеомика

В области протеомики вклад Маркотта включает разработку ранних версий сети взаимодействия белков человека. ^[10]^[11] и картирование более 7000 взаимодействий белков человека. ^[12] Маркотт и его коллеги разработали метод микроматрицы пятнистых клеток для высокопроизводительного измерения экспрессии белка, субклеточного расположения и функции. ^[11]^[13]^[14]^[15] разработаны алгоритмы анализа данных масс-спектрометрии, ^[16]^[17]^[18]^[19] запустил базу данных открытого доступа для данных масс-спектрометрии и протеомики, ^[20] и разработал метод APEX для абсолютного количественного определения белка в масштабе всего протеома. ^[21]^[22] Используя APEX, Маркотт и его коллеги продемонстрировали, что содержание белка у низших эукариот преимущественно определяется уровнями мРНК, тогда как содержание белка у человека определяется примерно в равной степени транскрипционной и посттранскрипционной регуляцией. ^[23]

Внешние ссылки

Маркотт Лаборатория

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Циммер, Карл (26 апреля 2010 г.). «Поиск генов ведет в неожиданные места» . Нью-Йорк Таймс .
^ «Эдвард М. Маркотт» . Люди . Институт клеточных и молекулярных исследований Техасского биологического университета в Остине . Проверено 16 августа 2016 г. .
^ Jump up to: ^а ^б Маркотт, EM; Пеллегрини, М.; Томпсон, MJ; Йейтс, Т.; Айзенберг, Д. (1999). «Комбинированный алгоритм полногеномного прогнозирования функции белка». Природа . 402 (6757): 83–86. Бибкод : 1999Natur.402...83M . дои : 10.1038/47048 . ПМИД 10573421 . S2CID 144447 .
^ Пеллегрини, М.; Маркотт, EM; Томпсон, MJ; Айзенберг, Д.; Йейтс, Т. О. (1999). «Обнаружение компонентов белковых комплексов и путей путем сравнительного анализа генома: филогенетические профили белков» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 96 (8): 4285–4288. дои : 10.1073/pnas.96.8.4285 . ПМК 16324 . ПМИД 10200254 .
^ Маркотт, Эдвард М.; Ксенарий, Иоаннис; ван дер Блик, Александр М.; Айзенберг, Дэвид (2000). «Локализация белков в клетке по их филогенетическим профилям» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (22): 12115–12120. Бибкод : 2000PNAS...9712115M . дои : 10.1073/pnas.220399497 . ПМК 17303 . ПМИД 11035803 .
^ Дата, СВ; Маркотт, EM (2003). «Открытие неохарактеризованных клеточных систем путем полногеномного анализа функциональных связей». Природная биотехнология . 21 (9): 1055–1062. дои : 10.1038/nbt861 . ПМИД 12923548 . S2CID 1093077 .
^ Маркотт, Эдвард М.; Пеллегрини, Маттео; Нг, Хо-Леунг; Райс, Дэнни В.; Йейтс, Тодд О.; Айзенберг, Дэвид (1999). «Обнаружение функции белка и белок-белковых взаимодействий по геномным последовательностям». Наука . 285 (5428): 751–753. CiteSeerX 10.1.1.535.9650 . дои : 10.1126/science.285.5428.751 . ПМИД 10427000 .
^ Рамани, АК; Маркотт, EM (2003). «Использование коэволюции взаимодействующих белков для обнаружения специфичности взаимодействия». Дж. Мол. Биол . 327 (1): 273–284. дои : 10.1016/s0022-2836(03)00114-1 . ПМИД 12614624 .
^ МакГэри К.Л .; Пак Ти Джей; Вудс Дж.О.; Ча ХДж; Уоллингфорд Дж.Б.; Маркотт Э.М. (апрель 2010 г.). «Систематическое открытие неочевидных моделей заболеваний человека с помощью ортологичных фенотипов» (PDF) . Труды Национальной академии наук . 107 (14): 6544–9. Бибкод : 2010PNAS..107.6544M . дои : 10.1073/pnas.0910200107 . ПМК 2851946 . ПМИД 20308572 .
^ Рамани, АК; Бунеску, RC; Муни, Р.Дж.; Маркотт, EM (2005). «Объединение набора известных белок-белковых взаимодействий человека в рамках подготовки к крупномасштабному картированию интерактома человека» . Геномная биология . 6 (5): Р40.1–12. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r40 . ПМК 1175952 . ПМИД 15892868 .
^ Jump up to: ^а ^б Нараянасвами, Р.; Ню, В.; Скурас, А.; Харт, GT; Дэвис, Дж.; Эллингтон, AD; Айер, ВР; Маркотт, EM (2006). «Систематическое профилирование клеточных фенотипов с помощью пятнистых клеточных микроматриц выявляет новые гены реакции на феромоны» . Геномная биология . 7 (1): С6. дои : 10.1186/gb-2006-7-1-r6 . ПМК 1431703 . ПМИД 16507139 .
^ Рамани, АК; Ли, З.; Харт, GT; Карлсон, Миссури; Бутц, Д.; Маркотт, EM (2008). «Карта взаимодействий белков человека, полученная в результате совместной экспрессии мРНК человека и их ортологов» . Мол. Сист. Биол . 4 : 180. дои : 10.1038/msb.2008.19 . ПМК 2387231 . ПМИД 18414481 .
^ Чжао, Дж.; Ню, В.; Яо, Дж.; Мор, С.; Маркотт, EM; Ламбовиц, AM (2008). «Полифосфат влияет на локализацию и вставку интронного белка группы II» . ПЛОС Биология . 6 (6): е150. doi : 10.1371/journal.pbio.0060150 . ПМЦ 2435150 . ПМИД 18593213 .
^ Нараянасвами, Р.; Моради, ЕК; Ню, В.; Харт, GT; Дэвис, М.; МакГэри, КЛ; Эллингтон, AD; Маркотт, EM (2009). «Систематическое определение белковых компонентов вдоль главной оси поляризации показывает адаптивное повторное использование механизма поляризации у почкующихся дрожжей, обработанных феромонами» . Журнал исследований протеома . 8 (1): 6–19. дои : 10.1021/pr800524g . ПМЦ 2651748 . ПМИД 19053807 .
^ Нараянасвами, Р.; Леви, М.; Цечанский, М.; Стовалл, генеральный директор; О'Коннелл, Дж.; Миррилис, Дж.; Эллингтон, AD; Маркотт, EM (2009). «Широко распространенная реорганизация метаболических ферментов в обратимые сборки при питательном голодании» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 106 (25): 10147–52. Бибкод : 2009PNAS..10610147N . дои : 10.1073/pnas.0812771106 . ПМК 2691686 . ПМИД 19502427 .
^ Рамакришнан, С.; Мао, Р.; Накорчевский А.А.; Принс, Джей Ти; Уиллард, штат Вашингтон; Сюй, В.; Маркотт, EM; Миранкер, Д.П. (2006). «Метод быстрой грубой фильтрации для идентификации белков методом масс-спектрометрии» . Биоинформатика . 22 (12): 1524–31. doi : 10.1093/биоинформатика/btl118 . ПМИД 16585069 .
^ Принс, Джей Ти; Маркотт, EM (2008). «mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby» . Биоинформатика . 24 (23): 2796–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btn513 . ПМК 2639276 . ПМИД 18930952 .
^ Рамакришнан, СР; Фогель, К. ; Принс, Джей Ти; Ли, З.; Пенальва, Луизиана; Майерс, М.; Маркотт, EM; Миранкер, Д.П. (2009). «Интеграция данных протеомики дробовика и экспрессии мРНК для улучшения идентификации белков» . Биоинформатика . 25 (11): 1397–1403. doi : 10.1093/биоинформатика/btp168 . ПМЦ 2682515 . ПМИД 19318424 .
^ Принс, Джей Ти; Маркотт, EM (2006). «Хроматографическое выравнивание наборов протеомных данных ESI-LC-MS с помощью упорядоченной биективной интерполяционной деформации». Аналитическая химия . 78 (17): 6140–6152. дои : 10.1021/ac0605344 . ПМИД 16944896 .
^ Принс, Джей Ти; Карлсон, М.В.; Ван, Р.; Лу, П.; Маркотт, EM (2004). «Необходимость публичного хранилища протеомики». Природная биотехнология . 22 (4): 471–2. дои : 10.1038/nbt0404-471 . ПМИД 15085804 . S2CID 3220616 .
^ Лу, П.; Фогель, К.; Ван, Р.; Яо, X.; Маркотт, EM (2007). «Профилирование абсолютной экспрессии белка оценивает относительный вклад регуляции транскрипции и трансляции». Природная биотехнология . 25 (1): 117–20. дои : 10.1038/nbt1270 . ПМИД 17187058 . S2CID 13061107 .
^ Фогель, Кристина ; Маркотт, Эдвард М. (2008). «Расчет абсолютного и относительного содержания белка на основе данных экспрессии белка на основе масс-спектрометрии». Протоколы природы . 3 (9): 1444–1451. дои : 10.1038/nprot.2008.132 . ПМИД 18772871 . S2CID 17456044 .
^ Фогель, Кристина; де Соуза Абреу, Ракель; Ко, Дайджин; Ле, Шу-Юнь; Шапиро, Брюс А; Бернс, Сюзанна С; Сандху, Деврадж; Бутц, Дэниел Р.; Маркотт, Эдвард М.; Пенальва, Луис О (2010). «Сигнатуры последовательностей и концентрация мРНК могут объяснить две трети вариаций содержания белка в клеточной линии человека» . Молекулярная системная биология . 6 : 400. дои : 10.1038/msb.2010.59 . ПМЦ 2947365 . ПМИД 20739923 .

[Zimmer2010-1] Jump up to: ^а ^б Циммер, Карл (26 апреля 2010 г.). «Поиск генов ведет в неожиданные места» . Нью-Йорк Таймс .

[Faculty_Directory-2] «Эдвард М. Маркотт» . Люди . Институт клеточных и молекулярных исследований Техасского биологического университета в Остине . Проверено 16 августа 2016 г. .

[Marcotte_1999_83–86-3] Jump up to: ^а ^б Маркотт, EM; Пеллегрини, М.; Томпсон, MJ; Йейтс, Т.; Айзенберг, Д. (1999). «Комбинированный алгоритм полногеномного прогнозирования функции белка». Природа . 402 (6757): 83–86. Бибкод : 1999Natur.402...83M . дои : 10.1038/47048 . ПМИД 10573421 . S2CID 144447 .

[4] Пеллегрини, М.; Маркотт, EM; Томпсон, MJ; Айзенберг, Д.; Йейтс, Т. О. (1999). «Обнаружение компонентов белковых комплексов и путей путем сравнительного анализа генома: филогенетические профили белков» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 96 (8): 4285–4288. дои : 10.1073/pnas.96.8.4285 . ПМК 16324 . ПМИД 10200254 .

[5] Маркотт, Эдвард М.; Ксенарий, Иоаннис; ван дер Блик, Александр М.; Айзенберг, Дэвид (2000). «Локализация белков в клетке по их филогенетическим профилям» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (22): 12115–12120. Бибкод : 2000PNAS...9712115M . дои : 10.1073/pnas.220399497 . ПМК 17303 . ПМИД 11035803 .

[6] Дата, СВ; Маркотт, EM (2003). «Открытие неохарактеризованных клеточных систем путем полногеномного анализа функциональных связей». Природная биотехнология . 21 (9): 1055–1062. дои : 10.1038/nbt861 . ПМИД 12923548 . S2CID 1093077 .

[7] Маркотт, Эдвард М.; Пеллегрини, Маттео; Нг, Хо-Леунг; Райс, Дэнни В.; Йейтс, Тодд О.; Айзенберг, Дэвид (1999). «Обнаружение функции белка и белок-белковых взаимодействий по геномным последовательностям». Наука . 285 (5428): 751–753. CiteSeerX 10.1.1.535.9650 . дои : 10.1126/science.285.5428.751 . ПМИД 10427000 .

[8] Рамани, АК; Маркотт, EM (2003). «Использование коэволюции взаимодействующих белков для обнаружения специфичности взаимодействия». Дж. Мол. Биол . 327 (1): 273–284. дои : 10.1016/s0022-2836(03)00114-1 . ПМИД 12614624 .

[McGary2010-9] МакГэри К.Л .; Пак Ти Джей; Вудс Дж.О.; Ча ХДж; Уоллингфорд Дж.Б.; Маркотт Э.М. (апрель 2010 г.). «Систематическое открытие неочевидных моделей заболеваний человека с помощью ортологичных фенотипов» (PDF) . Труды Национальной академии наук . 107 (14): 6544–9. Бибкод : 2010PNAS..107.6544M . дои : 10.1073/pnas.0910200107 . ПМК 2851946 . ПМИД 20308572 .

[10] Рамани, АК; Бунеску, RC; Муни, Р.Дж.; Маркотт, EM (2005). «Объединение набора известных белок-белковых взаимодействий человека в рамках подготовки к крупномасштабному картированию интерактома человека» . Геномная биология . 6 (5): Р40.1–12. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r40 . ПМК 1175952 . ПМИД 15892868 .

[Narayanaswamy_2006_R6-11] Jump up to: ^а ^б Нараянасвами, Р.; Ню, В.; Скурас, А.; Харт, GT; Дэвис, Дж.; Эллингтон, AD; Айер, ВР; Маркотт, EM (2006). «Систематическое профилирование клеточных фенотипов с помощью пятнистых клеточных микроматриц выявляет новые гены реакции на феромоны» . Геномная биология . 7 (1): С6. дои : 10.1186/gb-2006-7-1-r6 . ПМК 1431703 . ПМИД 16507139 .

[12] Рамани, АК; Ли, З.; Харт, GT; Карлсон, Миссури; Бутц, Д.; Маркотт, EM (2008). «Карта взаимодействий белков человека, полученная в результате совместной экспрессии мРНК человека и их ортологов» . Мол. Сист. Биол . 4 : 180. дои : 10.1038/msb.2008.19 . ПМК 2387231 . ПМИД 18414481 .

[13] Чжао, Дж.; Ню, В.; Яо, Дж.; Мор, С.; Маркотт, EM; Ламбовиц, AM (2008). «Полифосфат влияет на локализацию и вставку интронного белка группы II» . ПЛОС Биология . 6 (6): е150. doi : 10.1371/journal.pbio.0060150 . ПМЦ 2435150 . ПМИД 18593213 .

[14] Нараянасвами, Р.; Моради, ЕК; Ню, В.; Харт, GT; Дэвис, М.; МакГэри, КЛ; Эллингтон, AD; Маркотт, EM (2009). «Систематическое определение белковых компонентов вдоль главной оси поляризации показывает адаптивное повторное использование механизма поляризации у почкующихся дрожжей, обработанных феромонами» . Журнал исследований протеома . 8 (1): 6–19. дои : 10.1021/pr800524g . ПМЦ 2651748 . ПМИД 19053807 .

[15] Нараянасвами, Р.; Леви, М.; Цечанский, М.; Стовалл, генеральный директор; О'Коннелл, Дж.; Миррилис, Дж.; Эллингтон, AD; Маркотт, EM (2009). «Широко распространенная реорганизация метаболических ферментов в обратимые сборки при питательном голодании» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 106 (25): 10147–52. Бибкод : 2009PNAS..10610147N . дои : 10.1073/pnas.0812771106 . ПМК 2691686 . ПМИД 19502427 .

[16] Рамакришнан, С.; Мао, Р.; Накорчевский А.А.; Принс, Джей Ти; Уиллард, штат Вашингтон; Сюй, В.; Маркотт, EM; Миранкер, Д.П. (2006). «Метод быстрой грубой фильтрации для идентификации белков методом масс-спектрометрии» . Биоинформатика . 22 (12): 1524–31. doi : 10.1093/биоинформатика/btl118 . ПМИД 16585069 .

[17] Принс, Джей Ти; Маркотт, EM (2008). «mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby» . Биоинформатика . 24 (23): 2796–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btn513 . ПМК 2639276 . ПМИД 18930952 .

[18] Рамакришнан, СР; Фогель, К. ; Принс, Джей Ти; Ли, З.; Пенальва, Луизиана; Майерс, М.; Маркотт, EM; Миранкер, Д.П. (2009). «Интеграция данных протеомики дробовика и экспрессии мРНК для улучшения идентификации белков» . Биоинформатика . 25 (11): 1397–1403. doi : 10.1093/биоинформатика/btp168 . ПМЦ 2682515 . ПМИД 19318424 .

[19] Принс, Джей Ти; Маркотт, EM (2006). «Хроматографическое выравнивание наборов протеомных данных ESI-LC-MS с помощью упорядоченной биективной интерполяционной деформации». Аналитическая химия . 78 (17): 6140–6152. дои : 10.1021/ac0605344 . ПМИД 16944896 .

[20] Принс, Джей Ти; Карлсон, М.В.; Ван, Р.; Лу, П.; Маркотт, EM (2004). «Необходимость публичного хранилища протеомики». Природная биотехнология . 22 (4): 471–2. дои : 10.1038/nbt0404-471 . ПМИД 15085804 . S2CID 3220616 .

[21] Лу, П.; Фогель, К.; Ван, Р.; Яо, X.; Маркотт, EM (2007). «Профилирование абсолютной экспрессии белка оценивает относительный вклад регуляции транскрипции и трансляции». Природная биотехнология . 25 (1): 117–20. дои : 10.1038/nbt1270 . ПМИД 17187058 . S2CID 13061107 .

[22] Фогель, Кристина ; Маркотт, Эдвард М. (2008). «Расчет абсолютного и относительного содержания белка на основе данных экспрессии белка на основе масс-спектрометрии». Протоколы природы . 3 (9): 1444–1451. дои : 10.1038/nprot.2008.132 . ПМИД 18772871 . S2CID 17456044 .

[23] Фогель, Кристина; де Соуза Абреу, Ракель; Ко, Дайджин; Ле, Шу-Юнь; Шапиро, Брюс А; Бернс, Сюзанна С; Сандху, Деврадж; Бутц, Дэниел Р.; Маркотт, Эдвард М.; Пенальва, Луис О (2010). «Сигнатуры последовательностей и концентрация мРНК могут объяснить две трети вариаций содержания белка в клеточной линии человека» . Молекулярная системная биология . 6 : 400. дои : 10.1038/msb.2010.59 . ПМЦ 2947365 . ПМИД 20739923 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]