Hp53int1

Hp53int1
Идентификаторы
Псевдонимы
Внешние идентификаторы	Генные карты : [1] ; ОМА : - ортологи
hideОртологи
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	н ; а
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека

Человеческий белок 53 интрон 1 (Hp53int1) представляет собой белок, кодируемый Hp53int1 геном у человека.

Ген

Рисунок 1: Расположение белка Hp53int1 на хромосоме 17p.13, область 7 685 260 п.н. – 7 686 371 п.н.

Ген Hp53int1 расположен на хромосоме 17p.13 и кодируется последовательностью ДНК длиной 1125 пар оснований, охватывающей область длиной от 7 685 260 п.н. до 7 686 371 п.н. ^{[ 1 ]} Ген Hp53int1 имеет два псевдонима: WRAP53int1 и TP53int1, в соответствии с его перекрытием с генами WRAP53 и TP53int1 на хромосоме 17. ^{[ 2 ]} Hp53int1 расположен ниже стартового сайта p53p2. ^{[ 3 ]}

Hp53int1 не имеет нескольких экзонов и, следовательно, не имеет изоформ.

Важная связь с TP53

Ген Hp53int1 транскрибируется в том же направлении, что и TP53, и присутствует в богатых белком TP53 клетках миелолейкоза HL-60 и U937. ^{[ 4 ]} Это предполагает сильную связь с геном TP53 и последующим белком, включая долю транскрипционных факторов, сигналов промотора, тканевую экспрессию и субклеточную локализацию. Хотя эти гены не идентичны, эта связь может дать ключ к разгадке их функции, структуры и экспрессии.

транскрипт мРНК

Hp53int1 кодируется полиаденилированным транскриптом длиной 1125 пар оснований. Существует повторяющаяся последовательность между парами оснований 633...926 и регуляторная последовательность хвоста Poly A между парами оснований 496...1000. ^{[ 1 ]} Отмечено, что повторная последовательность между парами оснований 633 и 926 похожа на повтор подсемейства Alu SC , последовательность, которая характеризует наиболее распространенные повторяющиеся последовательности у людей и приматов и которая, вероятно, отличалась от других комплексов подсемейства Alu около 32 миллионов лет назад. ^{[ 6 ]}

Промоторная последовательность

Было показано, что промоторная последовательность гена Hp53int1 имеет длину 540 пар оснований. ^{[ 7 ]} Факторы транскрипции SMAD2, SRY и ETV7 имели базовые показатели консервативности 2,99, 2,73 и 3,03 соответственно, при этом значение 4 указывает на самую высокую консервативность, а -0,5 - на самую низкую. KLF2 и KLF5 имели баллы по 3,73 каждый. Сравниваемыми видами были слон, собака, макака-резус и курица.

Белок

Белок Hp53int1 имеет молекулярную массу 13,3 кдал и длину 118 аминокислот. ^{[ 2 ]}^{[ 8 ]} Это основной белок. ^{[ 8 ]} Между 102 и 110 имеется одна высококонсервативная аминокислотная последовательность. ^{[ 9 ]} Распределение сайтов серина значительно выше, чем сайтов аргинина и тирозина. ^{[ 10 ]} Между аминокислотами 22–25 возможен сайт фосфорилирования казеинкиназы II. ^{[ 11 ]} Фосфорилирование казеинкиназы II участвует в пролиферации клеток. Для белка Hp53int1 предсказаны три области беспорядка. ^{[ 10 ]}

Посттрансляционные модификации

Между аминокислотами 14–20 возможен сайт O-β-GlcNAc. ^{[ 13 ]} Трансмембранных доменов и сигнальных пептидов нет.

Существует консервативный сайт фосфорилирования на S5, S15 и S20. ^{[ 14 ]}

Структура

вторичный

Предполагается, что белок Hp53int1 будет содержать одну альфа-спираль и пять бета-листов. ^{[ 15 ]} Существует восемь возможных сайтов связывания белков.

Третичный

Субклеточная локализация

Вероятность того, что белок Hp53int1 локализован в цитоплазме, составляет 56,5%. ^{[ 17 ]}

Выражение тканей

Ген Hp53int1 обладает низкой тканевой специфичностью. ^{[ 18 ]} При сравнении различных образцов тканей взрослого человека отмечается высокая экспрессия в тимусе, яичниках, лимфатических узлах и лейкоцитах. Был отмечен высокий показатель экспрессии как экспрессии РНК, так и экспрессии белка в проксимальном отделе пищеварительного тракта, желудочно-кишечном тракте и мужских/женских тканях. Во время развития плода между 10 и 16 неделями наблюдается повышенная экспрессия в тканях легких и сердца.

Hp53int1 дифференциально экспрессируется в условиях, требующих клеточной пролиферации или апоптоза, в соответствии с его конгруэнтностью гену-супрессору опухолей TP53. ^{[ 19 ]}

Гомология и эволюция

Паралоги

Ген Hp53int1 не имеет паралогов. ^{[ 1 ]}

Ортологи

Использование NCBI BLAST ^{[ 1 ]} анализ последовательности и Clustal W ^{[ 20 ]} было сформулировано множественное выравнивание последовательностей для Hp53int1 и двадцати лучших совпадений BLAST.

Хотя целью этого исследования было найти несколько ортологов у различных млекопитающих, позвоночных и беспозвоночных, результаты были получены только в двух классах: приматах и бактериях. Более того, в Hp53int1 и его ортологах общей длиной в 20 аминокислот была только одна аминокислотная последовательность, которая напрямую выровнялась). Гены приматов расположены на хромосоме 13, а гены Hp53int1 — на хромосоме 17. ^{[ 21 ]} Имеются также доказательства субклеточной локализации белков приматов внутри ядерной оболочки, тогда как данные о Hp53int1 позволяют предположить, что он находится в цитоплазме. ^{[ 17 ]} Таким образом, разумно предположить, что приматы не являются строгими ортологами. Возможным объяснением того, почему строгое выравнивание Hp53int1 обнаруживается только у бактерий, является возможное событие кроссинговера, общее для бактерий и общего предка приматов.

Функция

Белок Hp53int1, вероятно, участвует в регуляции клеточной пролиферации и апоптоза. На это указывает использование белков, взаимодействующих с регулятором апоптоза и регулятором убиквитинирования, его доля в транскрипционных факторах с TP53 (особенно транскрипционные факторы SMAD2, SRY и ETV7), его расположение ниже стартового сайта p53p2, его фосфорилирование казеинкиназы II. месте и его повсеместное проявление в тканях. Экспрессия гена Hp53int1 увеличивается в средах, где сверхэкспрессируются белки, снижающие пролиферацию клеток, что указывает на его потребность в клеточной среде, где необходимо остановить рост клеток. ^{[ 19 ]} Также количественный анализ показывает, что общий белок hp53 абсолютно необходим для активации клеточного ответа на повреждение ДНК. ^{[ 22 ]}

Взаимодействующие белки

Следующие взаимодействующие белки ^{[ 23 ]} были обнаружены для TP53, но могут быть применены к Hp53int1 из-за их хромосомного родства. Важно отметить: функции этих взаимодействующих белков непосредственно участвуют в клеточной регуляции (убиквитинирование, регулятор транскрипции, апоптоз и протеинтирозинкиназа).

SNP

Есть два идентифицированных SNPS для Hp53int1. ^{[ 7 ]} SNP 15 находится в положении 32 в последовательности из 43 остатков, расположенных выше наибольшей ORF промотора TP53. SNP 20 тогда располагается на 45 п.н. ниже 3'-конца кДНК длиной 1125 п.н. (Hp53int1).

Клиническое значение

Имеются данные о том, что ген Hp53int1 участвует в подавлении опухоли. Hp53int1 перекрывается с экзоном 1 TP53 (TAD1). ^{[ 24 ]} Мутации в этой области могут привести к альтернативной экспрессии экзонов или неполному сплайсингу и потере функции супрессора опухоли. Что касается остеосаркомы, то эти перестройки внутри TAD1 были обнаружены примерно в 20% случаев, связанных с неполным сплайсингом TP53. Эти перестройки расположены по всей последовательности интрона 1 TP53, но большинство из них будут группироваться в домене транскрипта Hp53int1, что позволяет предположить, что этим перестройкам может способствовать конформация хроматина внутри этого локуса. ^{[ 25 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Hp53int1 неизвестный человеческий белок» . Белковый взрыв NCBI . 17 января 1997 года . Проверено 17 декабря 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В., Липман DJ (октябрь 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–410. дои : 10.1016/s0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .
^ Райсман Д., Логинг В.Т., Роттер В., Алмон Э. (декабрь 1996 г.). «Новый транскрипт, закодированный в первом интроне размером 10 т.п.н. гена-супрессора опухоли p53 человека (D17S2179E), индуцируется во время дифференцировки клеток миелолейкоза». Геномика . 38 (3): 364–370. дои : 10.1006/geno.1996.0639 . ПМИД 8975713 .
^ Ортис-Куаран С., Кокс Д., Виллар С., Фризен М.Д., Дюран Г., Шабриер А. и др. (октябрь 2013 г.). «Связь между мутацией TP53 R249S и полиморфизмом интрона 1 TP53 при гепатоцеллюлярной карциноме» . Гены, хромосомы и рак . 52 (10): 912–919. дои : 10.1002/gcc.22086 . ПМИД 23836507 . S2CID 21587166 .
^ «УНАФолд» . www.unafold.org . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Прайс А.Л., Эскин Е., Певзнер П.А. (ноябрь 2004 г.). «Полногеномный анализ повторяющихся элементов Alu раскрывает сложную историю эволюции» . Геномные исследования . 14 (11): 2245–2252. дои : 10.1101/гр.2693004 . ПМК 525682 . ПМИД 15520288 .
^ Jump up to: ^а ^б Кент В.Дж., Сагнет К.В., Фьюри Т.С., Роскин К.М., Прингл Т.Х., Залер А.М., Хаусслер Д. (июнь 2002 г.). «Обозреватель генома человека в UCSC» . Геномные исследования . 12 (6): 996–1006. дои : 10.1101/гр.229102 . ПМК 186604 . ПМИД 12045153 .
^ Jump up to: ^а ^б Брендель В., Бухер П., Нурбахш И.Р., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2002–2006. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . дои : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМК 48584 . ПМИД 1549558 .
^ не предоставлено, Биолайн (09.10.2016). «Очистка с использованием шариков AMPure XP v1» . doi : 10.17504/protocols.io.f3ebqje . Проверено 16 декабря 2022 г. {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Jump up to: ^а ^б «GPS 5.0 - Прогнозирование сайта киназ-специфического фосфорилирования» . gps.biocuckoo.cn . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ «Сканирование мотивов» . myhits.sib.swiss . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ «WebLogo — создание последовательных логотипов» . weblogo.berkeley.edu . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б "Услуги" . healthtech.dtu.dk . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Хорнбек П.В., Чжан Б., Мюррей Б., Корнхаузер Дж.М., Лэтэм В., Скшипек Э. (январь 2015 г.). «ФосфоСайтПлюс, 2014: мутации, ПТМ и рекалибровки» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D512–D520. дои : 10.1093/nar/gku1267 . ПМЦ 4383998 . ПМИД 25514926 .
^ «Добро пожаловать в PredictProtein!» . predictprotein.org . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ «База данных структуры белков AlphaFold» . Alphafold.ebi.ac.uk . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Инструмент прогнозирования PSORT» . ПСОРТ II . Проверено 12 декабря 2022 г.
^ «Краткая информация об экспрессии белка TP53 - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Главная — Профили ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Кластальная омега <Выравнивание множественных последовательностей <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Кент WJ (апрель 2002 г.). «BLAT — инструмент выравнивания, подобный BLAST» . Геномные исследования . 12 (4): 656–664. дои : 10.1101/гр.229202 . ПМК 187518 . ПМИД 11932250 .
^ Гото Т., Вила-Кабаллер М., Лю Дж., Шиффхауэр С., Финкельштейн К.В. (январь 2015 г.). Соломон М.Дж. (ред.). «Ассоциация циркадного фактора периода 2 с р53 влияет на функцию р53 в передаче сигналов о повреждении ДНК» . Молекулярная биология клетки . 26 (2): 359–372. doi : 10.1091/mbc.E14-05-0994 . ПМК 4294682 . ПМИД 25411341 .
^ «Интерактанты tp53 [Xenopus] - Каталог генов Xenbase» . www.xenbase.org . Проверено 16 декабря 2022 г.
^ Эно П., Пфайфер GP (ноябрь 2016 г.). «Соматические мутации TP53 в эпоху секвенирования генома» . Перспективы Колд-Спринг-Харбора в медицине . 6 (11): а026179. doi : 10.1101/cshperspect.a026179 . ПМК 5088513 . ПМИД 27503997 .
^ Чен X, Бахрами А., Паппо А., Истон Дж., Далтон Дж., Хедлунд Э. и др. (апрель 2014 г.). «Рецидивирующие соматические структурные изменения способствуют онкогенезу при остеосаркоме у детей» . Отчеты по ячейкам . 7 (1): 104–112. дои : 10.1016/j.celrep.2014.03.003 . ПМК 4096827 . ПМИД 24703847 .

[:0-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Hp53int1 неизвестный человеческий белок» . Белковый взрыв NCBI . 17 января 1997 года . Проверено 17 декабря 2022 г.

[:1-2] Jump up to: ^а ^б Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В., Липман DJ (октябрь 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–410. дои : 10.1016/s0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .

[3] Райсман Д., Логинг В.Т., Роттер В., Алмон Э. (декабрь 1996 г.). «Новый транскрипт, закодированный в первом интроне размером 10 т.п.н. гена-супрессора опухоли p53 человека (D17S2179E), индуцируется во время дифференцировки клеток миелолейкоза». Геномика . 38 (3): 364–370. дои : 10.1006/geno.1996.0639 . ПМИД 8975713 .

[4] Ортис-Куаран С., Кокс Д., Виллар С., Фризен М.Д., Дюран Г., Шабриер А. и др. (октябрь 2013 г.). «Связь между мутацией TP53 R249S и полиморфизмом интрона 1 TP53 при гепатоцеллюлярной карциноме» . Гены, хромосомы и рак . 52 (10): 912–919. дои : 10.1002/gcc.22086 . ПМИД 23836507 . S2CID 21587166 .

[5] «УНАФолд» . www.unafold.org . Проверено 16 декабря 2022 г.

[6] Прайс А.Л., Эскин Е., Певзнер П.А. (ноябрь 2004 г.). «Полногеномный анализ повторяющихся элементов Alu раскрывает сложную историю эволюции» . Геномные исследования . 14 (11): 2245–2252. дои : 10.1101/гр.2693004 . ПМК 525682 . ПМИД 15520288 .

[:2-7] Jump up to: ^а ^б Кент В.Дж., Сагнет К.В., Фьюри Т.С., Роскин К.М., Прингл Т.Х., Залер А.М., Хаусслер Д. (июнь 2002 г.). «Обозреватель генома человека в UCSC» . Геномные исследования . 12 (6): 996–1006. дои : 10.1101/гр.229102 . ПМК 186604 . ПМИД 12045153 .

[Brendel_2002–2006-8] Jump up to: ^а ^б Брендель В., Бухер П., Нурбахш И.Р., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2002–2006. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . дои : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМК 48584 . ПМИД 1549558 .

[9] не предоставлено, Биолайн (09.10.2016). «Очистка с использованием шариков AMPure XP v1» . doi : 10.17504/protocols.io.f3ebqje . Проверено 16 декабря 2022 г. {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[:3-10] Jump up to: ^а ^б «GPS 5.0 - Прогнозирование сайта киназ-специфического фосфорилирования» . gps.biocuckoo.cn . Проверено 16 декабря 2022 г.

[11] «Сканирование мотивов» . myhits.sib.swiss . Проверено 16 декабря 2022 г.

[12] «WebLogo — создание последовательных логотипов» . weblogo.berkeley.edu . Проверено 16 декабря 2022 г.

[Services-13] Jump up to: ^а ^б "Услуги" . healthtech.dtu.dk . Проверено 16 декабря 2022 г.

[14] Хорнбек П.В., Чжан Б., Мюррей Б., Корнхаузер Дж.М., Лэтэм В., Скшипек Э. (январь 2015 г.). «ФосфоСайтПлюс, 2014: мутации, ПТМ и рекалибровки» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D512–D520. дои : 10.1093/nar/gku1267 . ПМЦ 4383998 . ПМИД 25514926 .

[15] «Добро пожаловать в PredictProtein!» . predictprotein.org . Проверено 16 декабря 2022 г.

[16] «База данных структуры белков AlphaFold» . Alphafold.ebi.ac.uk . Проверено 16 декабря 2022 г.

[:4-17] Jump up to: ^а ^б «Инструмент прогнозирования PSORT» . ПСОРТ II . Проверено 12 декабря 2022 г.

[18] «Краткая информация об экспрессии белка TP53 - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 16 декабря 2022 г.

[Home_-_GEO_Profiles_-_NCBI-19] Jump up to: ^а ^б «Главная — Профили ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 16 декабря 2022 г.

[:5-20] Jump up to: ^а ^б «Кластальная омега <Выравнивание множественных последовательностей <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 16 декабря 2022 г.

[21] Кент WJ (апрель 2002 г.). «BLAT — инструмент выравнивания, подобный BLAST» . Геномные исследования . 12 (4): 656–664. дои : 10.1101/гр.229202 . ПМК 187518 . ПМИД 11932250 .

[22] Гото Т., Вила-Кабаллер М., Лю Дж., Шиффхауэр С., Финкельштейн К.В. (январь 2015 г.). Соломон М.Дж. (ред.). «Ассоциация циркадного фактора периода 2 с р53 влияет на функцию р53 в передаче сигналов о повреждении ДНК» . Молекулярная биология клетки . 26 (2): 359–372. doi : 10.1091/mbc.E14-05-0994 . ПМК 4294682 . ПМИД 25411341 .

[23] «Интерактанты tp53 [Xenopus] - Каталог генов Xenbase» . www.xenbase.org . Проверено 16 декабря 2022 г.

[24] Эно П., Пфайфер GP (ноябрь 2016 г.). «Соматические мутации TP53 в эпоху секвенирования генома» . Перспективы Колд-Спринг-Харбора в медицине . 6 (11): а026179. doi : 10.1101/cshperspect.a026179 . ПМК 5088513 . ПМИД 27503997 .

[25] Чен X, Бахрами А., Паппо А., Истон Дж., Далтон Дж., Хедлунд Э. и др. (апрель 2014 г.). «Рецидивирующие соматические структурные изменения способствуют онкогенезу при остеосаркоме у детей» . Отчеты по ячейкам . 7 (1): 104–112. дои : 10.1016/j.celrep.2014.03.003 . ПМК 4096827 . ПМИД 24703847 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]