Майкл Кристофер Вендл

Майкл Вендл
Майкл Вендл
Национальность	Американский
Известный	Базовый вызов Фреда ; Поток Куэтта ; Теория секвенирования ДНК
	Научная карьера
Поля	Вычислительная биология ; Вероятность
Докторантура	Рамеш К. Агарвал
Другие научные консультанты	Боб Уотерстон (постдокторант)
Веб-сайт	Вендл .weebly .с

Майкл Кристофер Вендл — математик и биомедицинский инженер, работавший над теорией секвенирования ДНК . ^[3] освещал и сопоставлял проблемы вероятности, теоретической механики жидкости и был соавтором Phred . ^[4] Он был учёным в проекте «Геном человека» и занимался биоинформатикой и биостатистикой рака. Вендл имеет этническое немецкое происхождение и является сыном аэрокосмического инженера Майкла Дж. Вендла . ^[5]

Исследовательская работа

Теоретическая механика жидкости

Задача о течении с малым числом Рейнольдса в зазоре между двумя бесконечными цилиндрами, так называемое течение Куэтта , была решена в 1845 году Стоксом . ^[6] Вендл сообщил об обобщении этого решения для цилиндров конечной длины: ^[2]^[7] который действительно может быть построен для экспериментальной работы в 1999 году как серия модифицированных функций Бесселя . $I_{1}$ и $K_{1}$ . Он также исследовал множество других вращательных устройств с низким числом Рейнольдса и устройств с сдвиговым приводом, включая общую форму задачи о нестационарном дисковом потоке, для которой профиль скорости имеет вид: ^[8]

$u(r,z,t)=\Re \left(e^{i\sigma t}\left[{\frac {r\cdot \sinh(1+i)\beta z}{\sinh(1+i)\beta \phi }}\right]+{\frac {2}{\phi }}\sum _{j=1}^{\infty }{\frac {(-1)^{j}\cdot \alpha _{j}^{2}\cdot \sin(\alpha _{j}z)\cdot I_{1}\left({\sqrt {iR\sigma +\alpha _{j}^{2}}}r\right)}{(iR\sigma +\alpha _{j}^{2})\cdot I_{1}\left({\sqrt {iR\sigma +\alpha _{j}^{2}}}\right)}}\right)$

где $\sigma$ , $R$ , $\beta$ , и $\phi$ физические параметры, $\alpha _{j}$ являются собственными значениями, а $(r,z,t)$ являются координатами. Этот результат объединил ранее опубликованные частные случаи стационарного потока, бесконечных дисков и т. д. ^[8]

Задачи покрытия и сопоставления в теории вероятности

Вендл исследовал ряд проблем сопоставления и покрытия в области комбинаторной вероятности, особенно в том, что касается молекулярной биологии. Он определил распределение количества совпадений пар целочисленных мультимножеств в терминах полиномов Белла : ^[9] проблема, непосредственно имеющая отношение к физическому картированию ДНК . До этого исследователи использовали ряд специальных количественных показателей, таких как показатель Салстона , который идеализировал матчевые испытания как независимые. Его результат по предложению о дне рождения для нескольких групп ^[10] решает различные связанные «проблемы коллизий», например, некоторые типы поиска P2P . ^[11] Он также исследовал множество задач одномерного покрытия (см. обзор Сирила Домба) . ^[12]), обобщая базовую конфигурацию на формы, имеющие отношение к молекулярной биологии. ^[13]^[14] Его освещение исследований редких вариантов ДНК с Ричардом К. Уилсоном. ^[15] сыграл роль в разработке проекта «1000 геномов» . ^[16]

Биоинформатика и биостатистика

Вендл стал соавтором Phred , широко используемого анализатора следов ДНК, который преобразовывал необработанный выходной поток первых машин секвенирования ДНК в строки секвенирования. ^[17]^[18] Он внес большой вклад в биостатистический анализ исследований рака. ^[19]^[20] и к базе инструментов биоинформатики, ^[21] часто сотрудничает с Ли Дин , Элейн Мардис и Ричардом К. Уилсоном .

Личная жизнь

По происхождению Вендл - этнический немец, родом из региона Банат старой Австро-Венгерской империи , и он сын аэрокосмического инженера Михаэля Дж. Вендла . ^[5] Он женат на бывшей Памеле Бьеркнесс из Чикаго. ^[22]

Внешние ссылки

Майкл Кристофер Вендл в проекте «Математическая генеалогия»
Публикации Майкла Кристофера Вендля, проиндексированные Google Scholar
Майкл Вендл в базе данных Engineering Tree

Ссылки

^ «Майкл Вендл - Проект математической генеалогии» .
^ Jump up to: ^а ^б Бордаг Л.А. и др. (2005) Взаимодействие вращательного движения и осевого потока в малых геометриях для задачи Тейлора – Куэтта , J. Fluids and Structures 20 (5), 621–641. Авторы непосредственно комментируют решение Вендля, появившееся спустя много времени после классической задачи, обсуждавшейся Стоуксом в 1845 году: «Также немного удивительно, что точное аналитическое решение для азимутальной составляющей профиля течения Тейлора – Куэтта с граничными условиями на крышках цилиндров было полученные совсем недавно в работе Вендла (1999). Его результаты демонстрируют сильное влияние шапок на профили потоков».
^ Дорман, Н. (2006) Вкратце , BioTechniques 41 (4), стр. 367.
^ Юинг, Б., Хиллиер, Л. , Вендл, MC и Грин, П. (1998) Вызов оснований трассировок автоматического секвенсора с использованием phred. I. Оценка точности. Геномные исследования 8 (3), 175–185. PMID 9521921 полная статья
^ Jump up to: ^а ^б П. Хуммель и Н. Фьюри: «Sackelhausen im Banat», том 3, опубликовано Heimatsortsgemeinschaft Sackelhausen, Ройтлинген, ФРГ, 2007 г., страницы 2236–2237.
^ Г. Г. Стоукс (1845) `` О теориях внутреннего трения движущихся жидкостей, а также равновесия и движения упругих твердых тел, в математических и физических статьях, стр. 102-104, Кембридж, Великобритания: Издательство Кембриджского университета, 1880 г. .
^ Wendl MC (1999) Общее решение для профиля потока Куэтта , Physical Review E 60 (5), 6192–6194.
^ Jump up to: ^а ^б Wendl MC (2001)Математический анализ коаксиальных дисковых ячеистых сдвиговых нагружающих устройств, Обзор научных инструментов 72 (11), 4212-4217.
^ Wendl MC (2005) Вероятностная оценка перекрытия клонов при картировании отпечатков пальцев ДНК с помощью априорных моделей, J. Comp. Биол. 12(3), 283-297.
^ Wendl MC (2003) Вероятность столкновения между наборами случайных величин , Stat. Проб. Летт. 64 (3), 249–254.
^ Хаутакорпи Дж. и Шульц Г. (2010) Технико-экономическое обоснование произвольного поиска в структурированных одноранговых сетях , Компьютерные коммуникации и сети IEEE, Proc ICCCN, стр. 1–8.
^ Сирил Домб (1989) Покрытие случайными интервалами и одномерная перколяция континуума , J. Stat. Физ. 55, 441–460.
^ Wendl MC (2008) Случайное покрытие нескольких одномерных конечных доменов с применением к секвенированию ДНК, SIAM J. Appl. Математика. 68(3), 890-905.
^ Вендл MC, Кота К., Вайнсток GM и Митрева М (2013) Теории покрытия для метагеномного секвенирования ДНК, основанные на обобщении теоремы Стивенса, J. Math. Биол. 67(5), 1141-1161.
^ Wendl MC и Wilson RK (2009) Теория обнаружения редких вариантов посредством секвенирования ДНК, BMC Genomics 10 ст. 485.
^ Альтшулер Д.М. и др. (2010) Карта вариаций генома человека по данным популяционного секвенирования, Nature 467 (7319), 1061-1073.
^ Кобольдт, округ Колумбия, и Миллер, Р.Д. (2011) Идентификация полиморфных маркеров для генетического картирования , глава 2 в «Геномике: основные методы», Джон Уайли и сыновья.
^ Хайсмит, WE (2006) Электрофоретические методы обнаружения мутаций и секвенирования ДНК , глава 9 в «Молекулярной диагностике для клинических лаборантов», Humana Press
^ Лу С, Се М, Вендл MC и др. (2015) Закономерности и функциональное значение редких вариантов зародышевой линии при 12 типах рака, Nature Comm. 6 ст. 10086.
^ Чен, Ф., Вендл М.К., Вычалковски М.А., Бейли М.Х., Ли Ю. и Дин, Л. (2015) Перемещение исследований панрака от фундаментальных исследований к клинике, Nature Cancer 2 (9), 879-890.
^ Вендл MC и др. (2011) PathScan: инструмент для определения значимости мутаций в группах предполагаемых раковых генов, Bioinformatics 27(12), 1595-1602.
↑ В честь Памелы Мари и Майкла Кристофера Вендла прозвенели свадебные колокола, Eintracht 74 (13), стр. 6.

[1] «Майкл Вендл - Проект математической генеалогии» .

[bordag-2] Jump up to: ^а ^б Бордаг Л.А. и др. (2005) Взаимодействие вращательного движения и осевого потока в малых геометриях для задачи Тейлора – Куэтта , J. Fluids and Structures 20 (5), 621–641. Авторы непосредственно комментируют решение Вендля, появившееся спустя много времени после классической задачи, обсуждавшейся Стоуксом в 1845 году: «Также немного удивительно, что точное аналитическое решение для азимутальной составляющей профиля течения Тейлора – Куэтта с граничными условиями на крышках цилиндров было полученные совсем недавно в работе Вендла (1999). Его результаты демонстрируют сильное влияние шапок на профили потоков».

[3] Дорман, Н. (2006) Вкратце , BioTechniques 41 (4), стр. 367.

[4] Юинг, Б., Хиллиер, Л. , Вендл, MC и Грин, П. (1998) Вызов оснований трассировок автоматического секвенсора с использованием phred. I. Оценка точности. Геномные исследования 8 (3), 175–185. PMID 9521921 полная статья

[hummel-5] Jump up to: ^а ^б П. Хуммель и Н. Фьюри: «Sackelhausen im Banat», том 3, опубликовано Heimatsortsgemeinschaft Sackelhausen, Ройтлинген, ФРГ, 2007 г., страницы 2236–2237.

[6] Г. Г. Стоукс (1845) `` О теориях внутреннего трения движущихся жидкостей, а также равновесия и движения упругих твердых тел, в математических и физических статьях, стр. 102-104, Кембридж, Великобритания: Издательство Кембриджского университета, 1880 г. .

[7] Wendl MC (1999) Общее решение для профиля потока Куэтта , Physical Review E 60 (5), 6192–6194.

[disks-8] Jump up to: ^а ^б Wendl MC (2001)Математический анализ коаксиальных дисковых ячеистых сдвиговых нагружающих устройств, Обзор научных инструментов 72 (11), 4212-4217.

[multiset-9] Wendl MC (2005) Вероятностная оценка перекрытия клонов при картировании отпечатков пальцев ДНК с помощью априорных моделей, J. Comp. Биол. 12(3), 283-297.

[10] Wendl MC (2003) Вероятность столкновения между наборами случайных величин , Stat. Проб. Летт. 64 (3), 249–254.

[11] Хаутакорпи Дж. и Шульц Г. (2010) Технико-экономическое обоснование произвольного поиска в структурированных одноранговых сетях , Компьютерные коммуникации и сети IEEE, Proc ICCCN, стр. 1–8.

[12] Сирил Домб (1989) Покрытие случайными интервалами и одномерная перколяция континуума , J. Stat. Физ. 55, 441–460.

[13] Wendl MC (2008) Случайное покрытие нескольких одномерных конечных доменов с применением к секвенированию ДНК, SIAM J. Appl. Математика. 68(3), 890-905.

[14] Вендл MC, Кота К., Вайнсток GM и Митрева М (2013) Теории покрытия для метагеномного секвенирования ДНК, основанные на обобщении теоремы Стивенса, J. Math. Биол. 67(5), 1141-1161.

[15] Wendl MC и Wilson RK (2009) Теория обнаружения редких вариантов посредством секвенирования ДНК, BMC Genomics 10 ст. 485.

[16] Альтшулер Д.М. и др. (2010) Карта вариаций генома человека по данным популяционного секвенирования, Nature 467 (7319), 1061-1073.

[17] Кобольдт, округ Колумбия, и Миллер, Р.Д. (2011) Идентификация полиморфных маркеров для генетического картирования , глава 2 в «Геномике: основные методы», Джон Уайли и сыновья.

[18] Хайсмит, WE (2006) Электрофоретические методы обнаружения мутаций и секвенирования ДНК , глава 9 в «Молекулярной диагностике для клинических лаборантов», Humana Press

[19] Лу С, Се М, Вендл MC и др. (2015) Закономерности и функциональное значение редких вариантов зародышевой линии при 12 типах рака, Nature Comm. 6 ст. 10086.

[20] Чен, Ф., Вендл М.К., Вычалковски М.А., Бейли М.Х., Ли Ю. и Дин, Л. (2015) Перемещение исследований панрака от фундаментальных исследований к клинике, Nature Cancer 2 (9), 879-890.

[21] Вендл MC и др. (2011) PathScan: инструмент для определения значимости мутаций в группах предполагаемых раковых генов, Bioinformatics 27(12), 1595-1602.

[22] В честь Памелы Мари и Майкла Кристофера Вендла прозвенели свадебные колокола, Eintracht 74 (13), стр. 6.

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]