CLC был
 | |
| Тип компании | Частная компания |
|---|---|
| Промышленность | Биоинформатика |
| Основан | 2005 |
| Штаб-квартира | , |
Обслуживаемая территория | Дания Кембридж, Массачусетс Токио Тайбэй Дели |
| Продукты | Программное обеспечение и консалтинг |
| Веб-сайт | http://www.clcbio.com (мертв) |
CLC bio была для биоинформатики компанией -разработчиком программного обеспечения , которая разработала пакет программного обеспечения, впоследствии приобретенный QIAGEN .
История
[ редактировать ]CLC bio начала коммерческую деятельность 1 января 2005 года со штаб-квартирой в Орхусе , Дания . Разработка продукта также частично финансировалась за счет сотрудничества с исследователями в проектах, финансируемых за счет грантов. [1] [2] К 2012 году у него были дополнительные офисы в Кембридже, Массачусетсе , Токио , Тайбэе и Дели , в которых работали преимущественно научные сотрудники (30% имели докторскую степень). [3] и создал базу пользователей, насчитывающую около 250 000 пользователей как в академических учреждениях, так и в биотехнологических компаниях. [4] [5]
CLC bio была приобретена QIAGEN в 2013 году и объединена в ее подразделение исследований и разработок в области биоинформатики с несколькими другими приобретенными платформами в 2014 году. [6] [7] [8]
Программное обеспечение
[ редактировать ]Основная деятельность CLC bio заключалась в разработке программного обеспечения для настольных компьютеров ( Mac OS X , Windows и Linux ), корпоративного и облачного программного обеспечения для анализа биологических данных . CLC bio разработала некоторые собственные алгоритмы с открытым исходным кодом , а также собственные SIMD -ускоренные реализации нескольких существующих популярных приложений. В 2010 году CLC bio была известна как первая коммерческая платформа для биоинформатического анализа, которая использовала графический пользовательский интерфейс для создания, управления и развертывания рабочих процессов анализа, а также инструменты командной строки , SOAP и REST API, а позже и возможность запускать контейнерные инструменты. [9]
По мере того, как к программной платформе добавлялись дополнительные возможности, она в конечном итоге была разделена на несколько тематических рабочих мест и плагинов с наборами функций, соответствующих различным приложениям (например, анализ путей , геномика и другие омики ). Функции включают картирование чтения и сборку de novo данных высокопроизводительного секвенирования , полногеномное обнаружение SNP и структурных вариаций, ChIP-seq , RNA-Seq , анализ малых РНК , завершение генома, микробную геномику, структурную биологию и функции для анализа. , визуализировать и сравнивать геномные , транскриптомные и эпигеномные данные.
Облачные вычисления
[ редактировать ]В 2017 году компания CLC bio запустила свой облачный движок CLC Genomics Cloud Engine. [7] в качестве платформы с управлением из командной строки для облачного выполнения рабочих процессов биоинформатики в Amazon Web Services. В 2019 году эта платформа была адаптирована и одобрена для использования в AWS GovCloud. В 2020 году CLC bio выпустила бесплатный плагин, который позволяет выполнять рабочие процессы на AWS непосредственно из настольного программного обеспечения CLC Genomics Workbench. [ нужна ссылка ]
Аппаратное обеспечение
[ редактировать ]Вначале компания первоначально представляла собственные разработки высокопроизводительных вычислительных решений, уделяя особое внимание ускорению алгоритмов с открытым исходным кодом, таких как HMMER , Smith-Waterman и ClustalW , с использованием FPGA технологии . Однако эти продукты больше не находятся в стадии разработки.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «CLC Bio примет участие в проекте ЕС стоимостью 15 миллионов долларов по изучению механизмов дифференцировки стволовых клеток» . ГеномВеб . 17 февраля 2012 г. Проверено 29 ноября 2022 г.
- ^ «Фонды ЕС на разработку пакета программного обеспечения для регулирования генов» . ГеномВеб . 13 января 2011 г. Проверено 29 ноября 2022 г.
- ^ «Профиль компании (PDF)» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 4 мая 2012 г. Проверено 29 мая 2012 г.
- ^ «Количество загрузок» . clcbio.com . 05.02.2012. Архивировано из оригинала 5 февраля 2012 г.
- ^ "Клиенты" . clcbio.com . 05.10.2012. Архивировано из оригинала 5 октября 2012 г.
- ^ «Инструменты и приложения биоинформатики» . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 29 ноября 2022 г.
- ^ Jump up to: а б «Последние улучшения» . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 30 ноября 2022 г.
- ^ "О нас" . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 30 ноября 2022 г.
- ^ «Последние улучшения» . Программное обеспечение и услуги для биоинформатики: QIAGEN Digital Insights . Проверено 7 мая 2020 г.