SYBR Safe
| |
| Имена | |
|---|---|
| Имя IUPAC
( Z ) -4-((3-метилбензо [ D ] тиазол-2 (3 ч ) -лиден) метил) -1-пропилхинолин-1-ий 4-метилбензолсульфонат
| |
| Идентификаторы | |
3D model ( JSmol )
|
|
| Характеристики | |
| C 28 H 28 N 2 O 3 S 2 | |
| Молярная масса | 504.66 g·mol −1 |
| Растворимость | Растворимый в диметилсульфоксиде |
За исключением случаев, когда отмечены, данные приведены для материалов в их стандартном состоянии (при 25 ° C [77 ° F], 100 кПа).
| |
Sybr Safe - цианиновый краситель [ 1 ] используется в качестве нуклеиновой кислоты окрашивания в молекулярной биологии . [ 2 ] Sybr Safe - один из ряда красителей Sybr, сделанных корпорацией Life Technologies. SYBR Safe связывается с ДНК . Полученный ДНК-дай-комплекс поглощает синий свет (λ max = 509 нм) и излучает зеленый свет (λ max = 524 нм).
Было опубликовано комплексное исследование ДНК-красителей на основе тиазоле-оранжевого, включающего Sybr Safe, Sybr Green, Picogreen, Syto-16, Syto-9 и новый производный топхбу. Здесь синтез этих соединений публикуется и охарактеризован спектроскопически для количественной оценки их усиления флуоресценции при связывании с двухцепочечной ДНК. Способность красителей обнаруживать ДНК в низких концентрациях оценивалась с использованием двух новых метрик: абсолютное усиление флуоресценции (AFE) и относительное усиление флуоресценции (RFE). Они были протестированы в экспериментах по QPCR, показывающим некоторые важные различия в чувствительности и эффективности КПЦР, что облегчает выбор маркера ДНК для аналитических целей. [ 3 ]
Безопасность
[ редактировать ]Sybr Safe продается как более безопасная альтернатива бромиду этидия . [ 4 ] Однако, поскольку сама молекула немного больше, чем бромид этидия, она не связывается с колонкой гелевой экстракции так легко, делая его менее эффективным при попытке клонировать фрагмент ДНК в плазмиду. Sybr Safe имеет очень похожую структуру на тиазоле апельсин, [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] который имеет метильную группу, прикрепленную к заряженному азоту, тогда как SYBR Safe имеет N -пропильную группу. Было показано, что апельсин тиазола в три -четыре раза меньше мутагенного, чем бромид этидия, тогда как SYBR Safe в четыре -пять раз меньше мутагенного. [ 8 ] Кроме того, согласно веб -сайту Life Technologies, Sybr Safe не является смертельным у крыс в дозах до 5 г/кг, а крысы не показывают симптомы острой токсичности. Thiazole Orange демонстрирует токсичность в этой дозе.
Подобные цианиновые красители
[ редактировать ]- К (тиазоле апельсин)
- Sybr Green i
- Sybr Green II
- Sybr Gold
- Йо (оксазол желтый)
- PG (Picogreen)
Смотрите также
[ редактировать ]- Gelgreen - конкурирующий продукт с различной молекулярной структурой и размером
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Эвенсон мы; Boden LM; Музикар Ка; О'Лири DJ (2012). «1H и 13C ЯМР -назначения для цианиновых красителей SYBR Safe и Thiazole Orange». Журнал органической химии . 77 (23): 10967–10971. doi : 10.1021/jo3021659 . PMID 23137048 .
- ^ чаще всего используется в качестве окрашивания ДНК в электрофорезе агарозного геля
- ^ Domahidy, Wolf; Ковач, Беатрикс; Cseri, Levente; Солдат, Гергели; Роза, Балазс; и др. (19 июня 2024 г.). «Комплексное исследование тиазол -оранж -умирающих ДНК красителей» . Чамбхотохим . Doi : 10.1002/cptc.202400080 . ISSN 2367-0932 .
Эта статья включает текст из этого источника, который доступен по лицензии CC по 4,0 .
- ^ Хейнс, Алисия М.; Tobe, Shanan S.; Kobus, Hilton J.; Линакр, Адриан (март 2015 г.). «Свойства окрашивания нуклеиновой кислотой, используемых при гелевом электрофорезе». Электрофорез . 36 (6): 941–944. doi : 10.1002/elps.201400496 . PMID 25546455 . S2CID 27324826 .
- ^ О'Нил, Кейси С.; Бич, Джейси Л.; Грубер, Тодд Д. (июнь 2018 г.). «Тиазол оранжевый как повседневная замена бромида этидия и дорогостоящих ДНК -красителей для электрофореза». Электрофорез . 39 (12): 1474–1477. doi : 10.1002/elps.201700489 . PMID 29645293 . S2CID 4790798 .
- ^ Эвенсон, Уильям Э.; Боден, Лорен М.; Музикар, Кэти А.; О'Лири, Даниэль Дж. (27 ноября 2012 г.). «1H и 13C ЯМР -назначения для цианиновых красителей SYBR Safe и Thiazole Orange». Журнал органической химии . 77 (23): 10967–10971. doi : 10.1021/jo3021659 . PMID 23137048 .
- ^ Бьянкарди, Алессандро; Тарита, Бивер; Альберто, Марини; Бенедетта, Меннуччи; Фернандо, Secco (2011). «Тиазол оранжевый (к) как датчик с легким переключением: комбинированное квантово-механическое и спектроскопическое исследование». Физическая химия химическая физика . 13 (27): 12595–12602. BIBCODE : 2011PCCP ... 1312595B . doi : 10.1039/c1cp20812h . PMID 21660321 .
- ^ Эвенсон мы; Boden LM; Музикар Ка; О'Лири DJ (2012). «1H и 13C ЯМР -назначения для цианиновых красителей SYBR Safe и Thiazole Orange». Журнал органической химии . 77 (23): 10967–10971. doi : 10.1021/jo3021659 . PMID 23137048 .
