Sybr Gold
| |
| Имена | |
|---|---|
| Имя IUPAC
[2- (4-{[диэтил (метил) ammonio] метил} фенил) -6-метокси-1-метил-4-{[(2Z) -3-метил-1,3-бензоксазол-2-илиден] метил } Хинолин-1-Иум]. [ 1 ]
| |
| Идентификаторы | |
3D model ( JSmol )
|
|
| Характеристики | |
| C 32 H 37 N 3 O 2 2+ | |
| Молярная масса | 495 663 г / моль |
| Растворимость | Обычно поставляется сольватирован в диметилсульфоксиде (ДМСО) |
За исключением случаев, когда отмечены, данные приведены для материалов в их стандартном состоянии (при 25 ° C [77 ° F], 100 кПа).
| |
Sybr Gold является асимметричным цианиновым красителем . Его можно использовать в качестве пятна для двухцепочечной ДНК , одноцепочечной ДНК и РНК . Sybr Gold является наиболее чувствительным флуоресцентным окрашиванием семейства красителей SYBR для обнаружения нуклеиновых кислот . Семейство красителей SYBR производится Molecular Probes Inc. , в настоящее время принадлежащая Thermo Fisher Scientific [ 2 ]
Sybr Gold более чувствителен, чем бромид этидия , Sybr Green I и Sybr Green II для обнаружения различных типов нуклеиновых кислот . Высшая чувствительность Sybr Gold обусловлена высоким квантовым выходом усилением красителя флуоресценции комплексов красителя-нуклеиновой кислоты (~ 0,6-0,7) и большим флуоресцентным при связывании с нуклеиновыми кислотами (~ 1000 раз). Sybr Gold может обнаружить всего 25 пг ДНК , что делает его> в 10 раз более чувствительным, чем бромид этидия для обнаружения нуклеиновых кислот при денатурирующей мочевине , гёксале и формальдегидных гелях , даже с транслюминацией 300 нм . [ 3 ]
Флуоресцентные свойства
[ редактировать ]Sybr Gold имеет два флуоресценции максимума возбуждения , когда он связан с ДНК , один центрированный со скоростью ~ 300 нм и один при ~ 495 нм и максимум одного излучения при ~ 537 нм. Sybr Gold демонстрирует улучшенную клонирования ДНК эффективность по сравнению с другими красителями семейства SYBR, потому что его можно возбуждать транслюминацией синего света , что не вызывает повреждения ДНК . [ 4 ] Интенсивность флуоресценции линейно увеличивается с количеством молекул золота Sybr, связанных с ДНК, до концентраций красителя ~ 2,5 мкМ, где гашения и актуально становятся актуальными эффектами внутреннего фильтра . Для концентраций красителя ≤ 2,5 мкМ интенсивность флуоресценции как функция концентрации ДНК хорошо описана глобальной моделью связывания для концентраций красителя . [ 1 ]
Связывание с ДНК
[ редактировать ]Sybr Gold - интеркалатор . что он связывается с ДНК путем вставки одной молекулы красителя между двумя плоские основы / пары оснований ДНК Это означает , . Анализы магнитных пинцет с одной молекулой выявляют систематическое удлинение и разматывание ДНК на 19,1º ± 0,7º на молекулу красителя при связывании, в соответствии с интеркалированием . Это похоже на связанные красители , такие как Sybr Green i . - Константа диссоциации мера для описания аффинности связывания золота Sybr с двухцепочечной ДНК -составляет 0,27 ± 0,03 мкм. [ 1 ]
Использование
[ редактировать ]Sybr Gold используется в нескольких областях молекулярной биологии и биохимии . Его основное использование - визуализация ДНК в электрофорезе , например, агарозные или полиакриламидные гели . Sybr Gold может быстро проникать в густые и высокие процентные агарозные гели , и даже формальдегидные агарозные гели не требуют окрашивания из-за низкой внутренней флуоресценции несвязанного красителя . Sybr Gold можно легко удалить из нуклеиновых кислот путем осаждения этанола , оставляя чистые шаблоны доступными для последующих манипуляций или анализа.
Кроме того, SYBR Gold также может использоваться для в клетках маркировки ДНК для проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии .
Чтобы сохранить флуоресцентную активность, SYBR Gold должно быть защищено от света , насколько это возможно, особенно после того, как оно было разбавлено для использования. [ 2 ]
Безопасность
[ редактировать ]Семейство красителей SYBR продается как замена бромида этидия , потенциального мутагена человека , так как более безопасная для работы с сложными проблемами утилизации отходов этидия . Но нет никаких доступных данных, касающихся мутагенности или токсичности золота Sybr. Потому что Sybr Gold связывается с ДНК интеркалятивным образом с высоким аффинностью, что делает его возможным канцерогеном . Следовательно, Sybr Gold следует обрабатывать с особой осторожностью и решением Sybr Gold Paint [ 2 ]
Подобные цианиновые красители
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в Kolbeck, PJ, Vanderlinden, W., Gemmecker, G., Gebhard, C., Lehman, M., Lak, A., Nicolaus, T., Cordes, T., Lipfert, J. (2021). «Молекулярная структура, режим связывания ДНК, фотофизические свойства и рекомендации для использования SYBR Gold» . Исследование нуклеиновых кислот . 49 (9): 5143–5158. doi : 10.1093/nar/gkab265 . PMC 8136779 . PMID 33905507 . Получено 29 апреля 2021 года .
{{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Jump up to: а беременный в "Sybr Gold" . Гелевое окрашивание с золотой нуклеиновой кислотой Sybr ™ (концентрат 10 000 раз в ДМСО) . Получено 29 апреля 2021 года .
- ^ Tuma, Rabia S. (1999). «Характеристика геля-геля Sybr золота-нуклеиновой кислоты: краситель, оптимизированный для использования с 300-нм ультрафиолетовыми транслуминаторами» . Аналитическая биохимия . 268 (2): 278–288. doi : 10.1006/abio.1998.3067 . PMID 10075818 . Получено 29 апреля 2021 года .
- ^ COSA, G. (2001). «Фотофизические свойства флуоресцентных ДНК-жак, связанных с одно- и двухцепочечной ДНК в водном буферизованном растворе» . Фотохимия и фотобиология . 73 (6): 585–599. doi : 10.1562/0031-8655 (2001) 073 <0585: ppofdd> 2.0.co; 2 . PMID 11421063 . S2CID 29915796 . Получено 29 апреля 2021 года .