СИБР Зеленый I
| |
| Имена | |
|---|---|
| Название ИЮПАК
N',N' -диметил- N- [4-[(E)-(3-метил -1,3-бензотиазол -2-илиден)метил]-1-фенилхинолин-1-ий-2-ил]- N -пропилпропан-1,3-диамин
| |
| Идентификаторы | |
3D model ( JSmol )
|
|
| ХЭМБЛ | |
ПабХим CID
|
|
Панель управления CompTox ( EPA )
|
|
| Характеристики | |
| С 32 Ч 37 Н 4 С + | |
| Молярная масса | 509,73 г / моль |
| Растворимость | Обычно поставляется сольватированным в диметилсульфоксиде. |
Если не указано иное, данные приведены для материалов в стандартном состоянии (при 25 °C [77 °F], 100 кПа).
| |
SYBR Green I ( SG ) — асимметричный цианиновый краситель. [ 1 ] используется в качестве нуклеиновой кислоты красителя в молекулярной биологии . Семейство красителей SYBR производится компанией Molecular Probes Inc. , которая сейчас принадлежит Thermo Fisher Scientific . SYBR Green I связывается с ДНК . Полученный комплекс ДНК-краситель лучше всего поглощает синий свет с длиной волны 497 нанометров ( max = 497 нм) и излучает зеленый свет ( max = 520 нм). Краситель преимущественно связывается с двухцепочечной ДНК, но окрашивает одноцепочечную (оц) ДНК с меньшей эффективностью. SYBR Green также может окрашивать РНК с меньшей эффективностью, чем оцДНК.
Использование
[ редактировать ]SYBR Green находит применение в нескольких областях биохимии и молекулярной биологии . Он используется в качестве красителя для количественного определения двухцепочечной ДНК в некоторых методах количественной ПЦР . [ 2 ] Он также используется для визуализации ДНК при гель-электрофорезе . Более высокие концентрации SYBR Green можно использовать для окрашивания агарозных гелей с целью визуализации присутствующей ДНК. Помимо маркировки чистых нуклеиновых кислот, SYBR Green также можно использовать для маркировки ДНК внутри клеток для проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии . В этих случаях может потребоваться обработка РНКазой для уменьшения фона от РНК в клетках.
Было опубликовано комплексное исследование красителей ДНК на основе тиазола-оранжевого цвета с участием SYBR Safe, SYBR Green, PicoGreen, SYTO-16, SYTO-9 и нового производного TOPHBu. Здесь результаты синтеза этих соединений опубликованы и охарактеризованы спектроскопически для количественной оценки усиления их флуоресценции при связывании с двухцепочечной ДНК. Способность красителей обнаруживать ДНК в низких концентрациях оценивалась с использованием двух новых показателей: абсолютного усиления флуоресценции (AFE) и относительного усиления флуоресценции (RFE). Они были протестированы в экспериментах по qPCR, показавших некоторые важные различия в чувствительности и эффективности qPCR, которые облегчают выбор ДНК-маркеров для аналитических целей. [ 3 ] Это исследование показало, что Sybr Green демонстрирует наибольшее усиление флуоресценции (AFE) и обеспечивает наилучшие характеристики для методов ПЦР. На втором месте оказался TOPHBu, близкий по значениям к Sybr Green.
Безопасность
[ редактировать ]SYBR Green I продается как замена бромистому этидию , потенциальному мутагену человека , поскольку он более безопасен в работе и не требует сложных проблем утилизации отходов бромида этидия. Однако любая небольшая молекула, способная связывать ДНК с высоким сродством, является возможным канцерогеном , включая SYBR Green.
В исследовании с использованием теста Эймса , который измеряет способность химических веществ вызывать мутации, при анализе в той же концентрации SYBR Green I оказался примерно в 30 раз менее мутагенным, чем бромид этидия. [ 4 ]
Похожие цианиновые красители
[ редактировать ]- ПикоГрин (PG)
- СИБР Сейф
- СИБР Золото
- Тиазол оранжевый (ТО)
- Оксазол желтый (YO)
- Безопасный-Зеленый
- Чай Грин
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Молния H; Бруннер Х; Бернхаген Дж; Вицтум Ф (2004). «Исследования интеркаляции ДНК и поверхностного связывания SYBR Green I, определение ее структуры и методологические последствия» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (12): е103. дои : 10.1093/нар/gnh101 . ПМК 484200 . ПМИД 15249599 .
- ^ Маккей И.М.; Арден К.Е.; Ниче А (март 2002 г.). «ПЦР в реальном времени в вирусологии» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (6): 1292–305. дои : 10.1093/нар/30.6.1292 . ПМК 101343 . ПМИД 11884626 .
- ^ Домахиди, Вольф; Ковач, Беатрикс; Чери, Левенте; Катона, Грегори; Рожа, Балаж; и др. (19 июня 2024 г.). «Комплексное исследование красителей ДНК на основе тиазола оранжевого цвета» . ХимФотоХим . дои : 10.1002/cptc.202400080 . ISSN 2367-0932 .
В эту статью включен текст из этого источника, доступного по лицензии CC BY 4.0 .
- ^ Певица В.Л.; Лоулор Т.Э.; Юэ С. (февраль 1999 г.). «Сравнение мутагенности окраски геля нуклеиновой кислоты SYBR Green I и мутагенности бромида этидия в анализе обратной мутации микросом сальмонеллы/млекопитающих (тест Эймса)». Мутационные исследования . 439 (1): 37–47. Бибкод : 1999MRGTE.439...37S . дои : 10.1016/s1383-5718(98)00172-7 . ПМИД 10029672 .
