Метка пептидной последовательности

Метка пептидной последовательности — это часть информации о пептиде, полученная с помощью тандемной масс-спектрометрии , которую можно использовать для идентификации этого пептида в базе данных белков . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Масс-спектрометрия

В общем, пептиды можно идентифицировать путем их фрагментации в масс-спектрометре . Например, во время диссоциации, вызванной столкновением, пептиды сталкиваются с газом внутри масс-спектрометра и разрываются на части по своим пептидным связям . Образующиеся ионы- фрагменты (называемые b-ионами и y-ионами ) имеют различия в массах, соответствующие массам остатков соответствующих аминокислот . Таким образом, тандемный масс-спектр содержит частичную информацию об аминокислотной последовательности пептида. Подход метки пептидной последовательности, разработанный Маттиасом Вильмом и Маттиасом Манном в EMBL , ^{[ 4 ]} использует эту информацию для идентификации пептида в базе данных. Вкратце, из спектра извлекают пару масс, чтобы получить метку пептидной последовательности. Эта метка последовательности пептида является уникальным идентификатором конкретного пептида и может использоваться для его поиска в базе данных, содержащей все возможные последовательности пептидов.

Обозначение пептидного фрагмента

Разработаны обозначения для обозначения пептидных фрагментов, возникающих из тандемного масс-спектра. ^{[ 5 ]} Ионы пептидного фрагмента обозначаются буквами a, b или c, если заряд сохраняется на N-конце , и буквами x, y или z, если заряд сохраняется на C-конце . Нижний индекс указывает количество аминокислотных остатков во фрагменте. Штриховые символы указывают количество протонов или атомов водорода, добавленных к фрагменту для образования наблюдаемого иона. Например, y'' обозначает однозарядный ион, аналогичный протонированному пептиду (y'''). ²⁺ представляет собой двухзарядный ион, аналогичный дважды протонированному пептиду. ^{[ 6 ]}

См. также

Ссылки

^ Хардуэн Дж (2007). «Информация о последовательности белка с помощью матричной лазерной десорбции / ионизации масс-спектрометрии распада в источнике». Обзоры масс-спектрометрии . 26 (5): 672–82. Бибкод : 2007MSRv...26..672H . дои : 10.1002/mas.20142 . ПМИД 17492750 .
^ Шадфорт И., Кроутер Д., Бессант С. (2005). «Алгоритмы идентификации белков и пептидов с использованием МС для использования в высокопроизводительных автоматизированных конвейерах». Протеомика . 5 (16): 4082–95. дои : 10.1002/pmic.200402091 . ПМИД 16196103 . S2CID 38068737 .
^ Мёрц Э., О'Коннор П.Б., Ропсторфф П., Келлехер Н.Л., Вуд Т.Д., Маклафферти Ф.В., Манн М. (1996). «Идентификация меток последовательностей интактных белков путем сопоставления данных масс-спектра Тандена с базами данных последовательностей» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 93 (16): 8264–7. Бибкод : 1996PNAS...93.8264M . дои : 10.1073/pnas.93.16.8264 . ПМК 38658 . ПМИД 8710858 .
^ Манн М., Уилм М. (1994). «Безошибочная идентификация пептидов в базах данных последовательностей с помощью тегов последовательностей пептидов». Анальный. Хим . 66 (24): 4390–9. дои : 10.1021/ac00096a002 . ПМИД 7847635 .
^ Jump up to: ^а ^б Ропсторфф П., Фолман Дж (1984). «Предложение по общей номенклатуре ионов последовательности в масс-спектрах пептидов». Биомед. Масс-спектр . 11 (11): 601. doi : 10.1002/bms.1200111109 . ПМИД 6525415 .
^ Тан XJ, Тибо П., Бойд Р.К. (октябрь 1993 г.). «Реакции фрагментации многократно протонированных пептидов и значение для секвенирования с помощью тандемной масс-спектрометрии с диссоциацией, вызванной низкоэнергетическими столкновениями». Анальный. хим. 65 (20): 2824–34. дои : 10.1021/ac00068a020 . ПМИД 7504416 .

Внешние ссылки

[pmid17492750-1] Хардуэн Дж (2007). «Информация о последовательности белка с помощью матричной лазерной десорбции / ионизации масс-спектрометрии распада в источнике». Обзоры масс-спектрометрии . 26 (5): 672–82. Бибкод : 2007MSRv...26..672H . дои : 10.1002/mas.20142 . ПМИД 17492750 .

[pmid16196103-2] Шадфорт И., Кроутер Д., Бессант С. (2005). «Алгоритмы идентификации белков и пептидов с использованием МС для использования в высокопроизводительных автоматизированных конвейерах». Протеомика . 5 (16): 4082–95. дои : 10.1002/pmic.200402091 . ПМИД 16196103 . S2CID 38068737 .

[pmid8710858-3] Мёрц Э., О'Коннор П.Б., Ропсторфф П., Келлехер Н.Л., Вуд Т.Д., Маклафферти Ф.В., Манн М. (1996). «Идентификация меток последовательностей интактных белков путем сопоставления данных масс-спектра Тандена с базами данных последовательностей» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 93 (16): 8264–7. Бибкод : 1996PNAS...93.8264M . дои : 10.1073/pnas.93.16.8264 . ПМК 38658 . ПМИД 8710858 .

[pmid7847635-4] Манн М., Уилм М. (1994). «Безошибочная идентификация пептидов в базах данных последовательностей с помощью тегов последовательностей пептидов». Анальный. Хим . 66 (24): 4390–9. дои : 10.1021/ac00096a002 . ПМИД 7847635 .

[pmid6525415-5] Jump up to: ^а ^б Ропсторфф П., Фолман Дж (1984). «Предложение по общей номенклатуре ионов последовательности в масс-спектрах пептидов». Биомед. Масс-спектр . 11 (11): 601. doi : 10.1002/bms.1200111109 . ПМИД 6525415 .

[pmid7504416-6] Тан XJ, Тибо П., Бойд Р.К. (октябрь 1993 г.). «Реакции фрагментации многократно протонированных пептидов и значение для секвенирования с помощью тандемной масс-спектрометрии с диссоциацией, вызванной низкоэнергетическими столкновениями». Анальный. хим. 65 (20): 2824–34. дои : 10.1021/ac00068a020 . ПМИД 7504416 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]