Эукариотическая база данных патогена

База данных эукариотического пути , или eupathdb , представляет собой базу данных биоинформатических и экспериментальных данных, связанных с различными эукариотическими патогенами. Он был основан в 2006 году в рамках Программы Национального института здравоохранения для создания центров биоинформатики для облегчения исследований патогенных микроорганизмов, которые могут представлять угрозы биодефенса. ^{[ Цитация необходима ]} Eupathdb сохраняет данные, связанные с его интересующими организмами, и предоставляет инструменты для поиска и анализа данных. В настоящее время он состоит из 14 баз данных компонентов, каждая из которых посвящена определенной теме исследования. Eupathdb включает в себя: ^{[ Цитация необходима ]}

Ресурсы геномики, охватывающие эукариотические простейшие паразиты
Ответы хозяина на инфекцию паразитов (hostdb)
Ортологи (ортопл)
Данные клинического исследования (ClinePIDB)
Данные микробиома (Microbiomedb)

История

Eupathdb был создан в рамках программы NIH Bioinformatic Resource Centres Centres As Apidb, ресурса, предназначенного для охвата паразитов Apicomplexan . ^{[ 1 ]} Первоначально ApidB состоял из компонентных сайтов CryptoDB (для Cryptosporidium ), Plasmodb (для Plasmodium ) и Toxodb (для Toxoplasma gondii ). ^{[ 2 ]} По мере того, как Apidb вырос, чтобы сосредоточиться на эукариотических патогенах за пределами Apicomplexans, название было изменено на Eupathdb, чтобы поддержать его расширенный объем. ^{[ 3 ]} Eupathdb был результатом сотрудничества между многими различными паразитологами, включая Дэвида Рооса, Джессики Киссинджер и Дайанна Вирт . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Функции

Это интегрированная база данных, охватывающая эукариотические патогены в нескольких родах. Это обеспечивает доступ подробной информации о геноме, связанной с этими патогенами. Eupathdb ранее был известен как Apidb и был интегрированными ресурсами для апикомпетксан, охватывающих базы данных ассоциированных патогенов, Toxodb, piroplasmdb и cryptodb. ^{[ 2 ]}

В настоящее время Eupathdb охватывает 11 баз данных, последнее дополнение - это пироплазма , которая поддерживает Babesia и Theileria . Этот BRC является одним из пяти центров, финансируемых для предоставления Поддержка исследовательских органов. Eupath поддерживает исследование эукариотических патогенов, а другие четыре центра поддерживают исследование других патогенов заболевания. ^{[ 6 ]} Он разработал сложную систему поиска, предоставляющую неоценимую помощь исследователям. ^{[ 3 ]}

Базы данных компонентов

Eupathdb состоит из 14 баз данных компонентов, каждая из которых с особым фокусом: ^{[ 7 ]}

Амебадб (патогенная амеба)
CryptoDB ( Cryptosporidium ) виды
Атит (патогенный навык)
Giardiadb ( Giardia ) виды
Microsporidiadb (виды микроспоридов)
Piroplasmadb (патогенная piroplasmida )
PlasmoDB ( Plasmodium ) виды
Toxodb ( toxoplasma gondii )
Trichdb ( Trichomonas ) виды
Tritrypdb (Kinetoplastida, такая как Leishmania и Trypanosoma piret)
Hostdb (реакция хоста на инфекцию паразита)
Orthomcl (для ортологичных белковых последовательностей)
Clinepidb (для данных клинических исследований)
Microbiomedb (для данных микробиома)

Ссылки

^ Грин Дж. М., Коллинз Ф., Лефковиц Э.Дж., Роос Д., Шеерманн Р.Х., Собрал Б., Стивенс Р., Уайт О., Франко В.Д. (2007). «Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний биоинформатики центры: новые активы для патогенной информатики» . Инфекция и иммунитет . 75 (7): 3212–3219. doi : 10.1128/iai.00105-07 . PMC 1932942 . PMID 17420237 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Aurrecoechea C, Heiges M, Wang H, Wang Z, Fischer S, Rhodes P, Miller J, Kraemer E, Stoeckert CJ Jr, Roos DS, Kissinger JC (2007). «Apidb: интегрированные ресурсы для ресурсного центра Apicomplexan Bioinformatics» . Нуклеиновые кислоты Res . 35 (проблема базы данных): D427-30. doi : 10.1093/nar/gkl880 . PMC 1669770 . PMID 17098930 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Aurrecoechea C, Brestelli J, Brunk BP, Fischer S, Gajria B, Gao X, Gingle A, Grant G, Harb OS, Heiges M, Innamorato F, йодис Дж., Киссинджер Дж. , Pennington C, Pinney DF, Roos DS, Ross C, Srinivasamoorthy G, Stoeckert CJ JR, Thibodeau R, Tearceman C, Wang H (2010). «Eupathdb: портал для эукариотических баз данных патогенов» . Нуклеиновые кислоты Res . 38 (проблема базы данных): D415-9. doi : 10.1093/nar/gkp941 . PMC 2808945 . PMID 19914931 .
^ «Паразитолог, перепрограммирован: профиль Дэвида Рооса» . Ученый журнал® . Получено 2019-08-02 .
^ "Eupathdb: обо всех" . eupathdb.org . Получено 2019-08-02 .
^ Aurrecoechea C, Barreto A, et al. (2013). «Eupathdb: база данных эукариотического патогена» . Исследование нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): D684-91. doi : 10.1093/nar/gks1113 . PMC 3531183 . PMID 23175615 .
^ «Ресурс генома эукариотического патогена» . Eupathdb . Получено 2013-11-11 .

[1] Грин Дж. М., Коллинз Ф., Лефковиц Э.Дж., Роос Д., Шеерманн Р.Х., Собрал Б., Стивенс Р., Уайт О., Франко В.Д. (2007). «Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний биоинформатики центры: новые активы для патогенной информатики» . Инфекция и иммунитет . 75 (7): 3212–3219. doi : 10.1128/iai.00105-07 . PMC 1932942 . PMID 17420237 .

[DB2007-2] Jump up to: ^а ^{беременный} Aurrecoechea C, Heiges M, Wang H, Wang Z, Fischer S, Rhodes P, Miller J, Kraemer E, Stoeckert CJ Jr, Roos DS, Kissinger JC (2007). «Apidb: интегрированные ресурсы для ресурсного центра Apicomplexan Bioinformatics» . Нуклеиновые кислоты Res . 35 (проблема базы данных): D427-30. doi : 10.1093/nar/gkl880 . PMC 1669770 . PMID 17098930 .

[DB2010-3] Jump up to: ^а ^{беременный} Aurrecoechea C, Brestelli J, Brunk BP, Fischer S, Gajria B, Gao X, Gingle A, Grant G, Harb OS, Heiges M, Innamorato F, йодис Дж., Киссинджер Дж. , Pennington C, Pinney DF, Roos DS, Ross C, Srinivasamoorthy G, Stoeckert CJ JR, Thibodeau R, Tearceman C, Wang H (2010). «Eupathdb: портал для эукариотических баз данных патогенов» . Нуклеиновые кислоты Res . 38 (проблема базы данных): D415-9. doi : 10.1093/nar/gkp941 . PMC 2808945 . PMID 19914931 .

[4] «Паразитолог, перепрограммирован: профиль Дэвида Рооса» . Ученый журнал® . Получено 2019-08-02 .

[5] "Eupathdb: обо всех" . eupathdb.org . Получено 2019-08-02 .

[Aurrecoechea2013-6] Aurrecoechea C, Barreto A, et al. (2013). «Eupathdb: база данных эукариотического патогена» . Исследование нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): D684-91. doi : 10.1093/nar/gks1113 . PMC 3531183 . PMID 23175615 .

[7] «Ресурс генома эукариотического патогена» . Eupathdb . Получено 2013-11-11 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]