Глицин рибопереключатель
| Глицин | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и консервативность последовательности глицинового рибопереключателя | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Глицин |
| Рфам | RF00504 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Цис-рег ; Рибопереключатель |
| ИДТИ | ИДТИ: 0006545 |
| ТАК | ТАК: 0000035 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Бактериальный глициновый рибопереключатель представляет собой элемент РНК , который может связывать аминокислоту глицин . Глициновые рибопереключатели обычно состоят из двух метаболит-связывающих аптамерных доменов со схожими структурами, расположенных в тандеме. Первоначально считалось, что аптамеры совместно связывают глицин, регулируя экспрессию нижестоящих генов. У Bacillus subtilis этот рибопереключатель находится выше оперона gcvT , который контролирует деградацию глицина . Считается, что при избытке глицина он связывается с обоими аптамерами, активируя эти гены и способствуя деградации глицина. [ 1 ]
Первоначально обнаруженная усеченная версия глицинового рибопереключателя демонстрирует сигмоидальные кривые связывания с коэффициентами Хилла больше единицы, что привело к идее положительной кооперативности между двумя доменами аптамера. [ 1 ] [ 2 ] Данные 2012 года показывают, что кооперативное связывание не происходит в переключателе с его расширенным 5'-лидером, хотя назначение двойных аптамеров переключателя все еще неясно. [ 3 ]
Структуры атомного разрешения частей глициновых рибопереключателей были получены методом рентгеновской кристаллографии . [ 4 ] [ 5 ]
Эксперименты in vivo показали, что глицину не обязательно связывать оба аптамера для регуляции. Мутация первого аптамера вызывала наибольшее снижение экспрессии последующих генов, тогда как мутация второго аптамера имела различные эффекты. Глицин-индуцированная экспрессия оперона gcvT необходима для роста B. subtilise , роевой подвижности и образования биопленок (в среде с высоким содержанием глицина). [ 6 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Мандал М., Ли М., Баррик Дж.Э., Вайнберг З., Эмильссон Г.М., Руццо В.Л., Брейкер Р.Р. (октябрь 2004 г.). «Глицин-зависимый рибопереключатель, который использует кооперативное связывание для контроля экспрессии генов». Наука . 306 (5694): 275–279. Бибкод : 2004Sci...306..275M . дои : 10.1126/science.1100829 . ПМИД 15472076 . S2CID 14311773 .
- ^ Квон М., Стробель С.А. (январь 2008 г.). «Химические основы кооперативности глицин-рибопереключателей» . РНК . 14 (1): 25–34. дои : 10.1261/rna.771608 . ПМК 2151043 . ПМИД 18042658 .
- ^ Шерман Э.М., Эскиаки Дж., Эльсайед Дж., Йе Дж.Д. (март 2012 г.). «Энергетически выгодное взаимодействие лидер-линкер отменяет кооперативность связывания лигандов в глициновых рибопереключателях» . РНК . 18 (3): 496–507. дои : 10.1261/rna.031286.111 . ПМЦ 3285937 . ПМИД 22279151 .
- ^ Батлер Э.Б., Сюн Й., Ван Дж., Стробель С.А. (март 2011 г.). «Структурные основы кооперативного связывания лигандов глициновым рибопереключателем» . Химия и биология . 18 (3): 293–298. doi : 10.1016/j.chembiol.2011.01.013 . ПМК 3076126 . ПМИД 21439473 .
- ^ Хуанг Л., Серганов А., Патель DJ (декабрь 2010 г.). «Структурные данные о распознавании лигандов сенсорным доменом кооперативного глицинового рибопереключателя» . Молекулярная клетка . 40 (5): 774–786. дои : 10.1016/j.molcel.2010.11.026 . ПМЦ 3726718 . ПМИД 21145485 .
- ^ Бабина А.М., Леа Н.Е., Мейер М.М. (октябрь 2017 г.). «Бацилла Субтилис» . мБио . 8 (5). дои : 10.1128/mBio.01602-17 . ПМЦ 5666159 . ПМИД 29089431 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |