Ледербергия
| Ледербергия | |
|---|---|
| |
| Ледербергия жестко ранее Bacillus на агарской тарелке | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Филум: | Bacillota |
| Сорт: | Бацилла |
| Заказ: | Бациллаль |
| Семья: | Bacillaceae |
| Род: | Ледербергия Gupta et al. 2020 |
| Разновидность | |
|
Информация, основанная на LPSN 2021 | |
Ледербергия -это род грамположительных или грамообразных бактерий в форме стержней в семействе Bacillaceae порядка в рамках бациллалов . [ 1 ] [ 2 ] Типовым видом для этого рода является lederbergia galactosidilyticus. [ 3 ]
Ледербергия состоит из видов, первоначально принадлежащих к роду Bacillus , чьи сложные эволюционные взаимоотношения межвидовой деятельности давно находятся под пристальным вниманием научным сообществом. [ 4 ] [ 5 ] Полифилетическая в природа рода возникла в результате расплывчатых критериев, используемых для назначения видов кладу . [ 6 ] сосредоточенные на филогенетических и геномных исследования , анализе Многочисленные сравнительных [ 7 ] [ 1 ] а также перенести многие виды в новые новые роды, такие как Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus и Ectobacillus . [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 1 ]
Название Ледербергия было названо в честь американского микробиолога профессора Эстер Мириам Циммер Ледерберг (1922–2006), чтобы отпраздновать свой новаторский вклад в области бактериальной генетики и микробиологии. [ 1 ]
Биохимические характеристики и молекулярные подписи
[ редактировать ]Члены рода Lederbergia могут быть аэробными или факультативно анаэробными бактериями. Все они являются эндоспорой и в целом подвижными клетками. Они являются каталазой положительными , оксидазой -негативными и уреазой -негативными. Виды можно найти в молоке, почве и пищеварительной фауне. Оптимальная скорость роста для членов этого рода происходит в диапазоне 25–37 ° C (77–99 ° F). [ 1 ]
Четыре консервативных сигнатурных индел (CSI) были идентифицированы с помощью анализа последовательности генома как специфичный для рода Lederbergia в белках, таких как Dead/Deah Box Helicase , мембранная интеграция семейства yidc Spoiiij, пептидная деформальная деформация и семейство NCS2. [ 1 ] Эти CSI дают новые и надежные средства для отличия видов Lederbergia от других родов Bacillaceae и бактерий в молекулярных терминах.
Таксономия
[ редактировать ]С мая 2021 года [update]В общей сложности 6 видов с обоснованно опубликованными именами в роде Lederbergia . [ 3 ] В различных филогенетических деревьях, построенных на основе конкатенированных последовательностей из различных наборов данных белка, а также 16S рРНК, члены этого рода образовали монофилетическую ветвь, что указывает на их эволюционное родство. [ 1 ] Эта схема ветвления также была отражена в базе данных таксономии генома . [ 11 ]
Существует один небаловый вид, который также был обнаружен, который также надежно разветвляется с другими членами клады Ледербергии , а также разделяет уникальные молекулярные маркеры. [ 1 ] Тем не менее, перенос не был предложен для этого вида из -за отсутствия информации о культуре, которая демонстрирует важность пересмотра этого рода позже для получения дополнительного анализа, когда становятся доступны их последовательность генома и информация о деформации культуры.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и фон глин час Гупта, Радхей С.; Патель, Судип; Саини, Навнет; Чен, Шу (2020-11-01). "Надежная демаркация 17 различных видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, Phylogenomics и сравнительный геномный анализ: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. Nov. И предложение для полученного рода Bacillus, ограничивающий его только членам Subtilis и Cereus clades. видов " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. doi : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . PMID 33112222 .
- ^ Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфелло, Майкл; Рейни, Фред А.; Schleifer, Karl-Heinz, Eds. (2005). Bergey's Manual® систематической бактериологии . doi : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 Полем Архивировано из оригинала 2023-03-09 . Получено 2021-05-29 .
- ^ Jump up to: а беременный «Род: Ледербергия» . lpsn.dsmz.de. Архивировано из оригинала 2021-05-20 . Получено 2021-05-29 .
- ^ Logan, NA (2011-12-20). «Bacillus и родственники при борьбе с пищевым дородом» . Журнал прикладной микробиологии . 112 (3): 417–429. doi : 10.1111/j.1365-2672.2011.05204.x . ISSN 1364-5072 . PMID 22121830 .
- ^ La Duc, Myron t; Сатоми, Масатака; Агата, Норо; Венкатсворан, Касттури (март 2004 г.). «Гирб как филогенетический дискриминатор для членов группы Bacillus anthracis - Cereus - Thuringiensis» . Журнал микробиологических методов . 56 (3): 383–394. doi : 10.1016/j.mimet.2003.11.004 . ISSN 0167-7012 . PMID 14967230 . Архивировано из оригинала 2023-03-09 . Получено 2021-05-29 .
- ^ Эш, Кэрол; Фарроу, Jae; Wallbanks, Салли; Коллинз, MD (2008-06-28). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus выявлена в результате сравнительного анализа последовательностей с малой субъединичной рибосом» . Письма в прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. doi : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 . Архивировано из оригинала 2023-03-09 . Получено 2021-05-29 .
- ^ Патель, Судип; Гупта, Радхей С. (2020-01-01). "Филогеномическая и сравнительная геномная структура для разрешения полифили рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus Gen. Nov., Cytobacillus Gen. Nov., Mesobacillus Gen. Nov., Neobacillus Gen. Nov., Metabacillus. Генерал . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. doi : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . PMID 31617837 .
- ^ Heyndrickx, M.; Lebbe, L.; Kersters, K.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; De Vos, P.; Forsyth, G.; Logan, NA (1999-07-01). «Предложение Virgibacillus proomii sp. Nov. И построено описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. doi : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . PMID 10425765 .
- ^ Шида, О.; Takagi, H.; Кадоваки, К.; Kogagata, K. (1996-10-01). «Предложение для двух новых родов, Brevibacillus Gen. Nov. Nov. и Aneurinibacillalus Gen. Nov » Международный журнал систематической бактериологии 46 (4): 939–9 Doi : 10.1099/ 00207713-46-4-9 ISSN 0020-7 PMID 8863420
- ^ Муаль, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Петр; Кришнамурти, Шринивасан; Dastager, Сайед; Mayilraj, Shanmugam (2016-05-01). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis Comb. Nov. И построено описание рода Solibacillus Krishnamurthi et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. doi : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . PMID 26907585 .
- ^ "GTDB - дерево" . gtdb.ecogenomic.org . Архивировано из оригинала 2021-05-25 . Получено 2021-05-25 .