Pseudonocardiaceae

Pseudonocardiaceae
	Pseudonocardia pini на тарелке
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Филум:	Actinomycetota
Сорт:	Актиномицетия
Заказ:	Pseudonocardiales ; Labeda и Goodfellow 2015
Семья:	Pseudonocardiaceae ; Embley et al. 1989
Роды
	Смотрите текст.
Синонимы
	Pseudonocardiales: Actinopolysporales Goodfellow и Trujillo 2015 ; ; Pseudonocardiaceae: Actinopolysporaceae Zhi et al. 2009 ; Actinopolysporineae Zhi et al. 2009 ; Actinosynnemataceae Labeda и Body Site 2000 ; Mzabimycetaceae Saker et al. 2015 ; Pseudonocardineae Stackebrandt et al. 1997 ; ;

Pseudonocardiaceae - это семейство бактерий в порядке актиномицеталов и единственного члена подряд Pseudonocardineae .

Геномика

Виды в семействе Pseudonocardiaceae образуют отдельную кладу в филогенетических деревьях на основе последовательностей конкатенированных белков. Кроме того, Nakamurella Multipartitite , в настоящее время часть Ордена Франкала , также сформировал кладу с видами Pseudonocardiaceae в 100% репликаций начальной загрузки филогенетических деревьев. N. Multipartitite Был идентифицирован консервативный индел, который обнаружен в и во всех видах Pseudonocardiaceae. Эта одноаминокислотная вставка в UMP-киназу служит для оба обеспечивает молекулярный маркер практически для всех Pseudonocardiaceae и предполагает, что N. Multipartity тесно связан с этой группой. Некоторые доказательства также свидетельствуют о том, что приказы Pseudonocardiales и Corynebacteriales тесно связаны. Было идентифицировано несколько консервативных сигнатурных инделей, которые обнаружены как в Pseudonocardiales, так и в Corynebacteriales, включая трехаминокислоту в консервативной области UDP-галактопиранозной мутазы . Эта вставка также присутствует в N. Multipartital и Geodermatophilus oscurus , еще один член Франкиала. Кроме того, были идентифицированы пять консервативных подписных белков, которые обнаружены только в ордерах Pseudonocardiales и Corynebacteriales. Гомологи белков, как правило, обнаруживаются в N. Multipartartite и G. Obscurus , предоставляя дополнительные доказательства того, что эти два вида тесно связаны с орденами Pseudonocardiales и Corynebacteriales. ^{[ 3 ]}

Роды

Pseudonocardiaceae включает в себя следующие роды: ^{[ 4 ]}

Actinoalloteichus Tamura et al. 2000
Actinocrispum hatano et al. 2016
Actinokineospora Hasegawa 1988
Actinomycetospora jiang et al. 2008
Actinophytocola Indiananda et al. 2010 год
Actinopolyspora gochnauer et al. 1975 (утвержденные списки 1980)
Actinorectispora Four et al. 2016
Actinosynnema Hasegawa et al. 1978 (утвержденные списки 1980)
Allocutzneria labeda и Bodystedt 2008
AllosacChoropolyspora Teo et al. 2021
Amycolatopsis Lechevalier et al. 1986
Bounagaea Meklat et al. 2015
Crossiella Labeda 2001
Gandjariella Ningsih et al. 2019
Goodfellowiella Labeda et al. 2008
Haloactinomyces Lai et al. 2017
Haloechinothrix Tang et al. 2010 год
Halopolyspora Lai et al. 2014
HalosacChoropolyspora Teo et al. 2021
Гербихабиты Чжан и соавт. 2016
Kibdelosporangium shearer et al. 1986
Kutzneria Stackebrandt et al. 1994
Labedaea Lee 2012
Яссин Великий и Ал. 1995
Longimycelium xia et al. 2013
Prauserella Kim и Goodfellow 1999
Pseudonocardia Henssen 1957 (утвержденные списки 1980)
Кайдамихабиты Tian et al. 2022
Saccharomonospora onomura и Ohara 1971 (утвержденные списки 1980)
Sacharopolyspora Lacey and Goodfellow 1975 (утвержденные списки 1980)
Saccharothrix et al. 1984
Salinifilum Moshtaghi Nikou et al. 2017
Sciscionella Tian et al. 2009
Solihabitans Jin et al. 2022
Streptoalloteichus ( Ex tomita et al. 1978) Tomita et al. 1987
Tamaricihabitans Qin et al. 2015
Thermocrispum Korn-Wendisch et al. 1995
Thermotunica Wu et al. 2014
Umezawaea Labeda и Body Site 2007

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на списке прокариотических имен с положением в номенклатуре (LPSN). ^{[ 4 ]} Филогения основана на анализе всего генома. ^{[ 5 ]}^{[ А ]}

Pseudonocardiales

	Actinomycetospora

	Псевдонокардия

внешняя группа

Микобактериалы

Примечания

^ Actinocrispum , Actinorectispora , Bounagaea , Crossiella , Gandjariella , Haloactinomyces , Halopolyspora , Halosacaropolyspora , гербихабиты , лабедаеа , линимицелия , салинифилум , солихабиты , тамарициты и термотуньяка .

Ссылки

^ Embley MT, Smida J, Stackebrandt E (1988). «Филогения актиномицетов Hemotype IV на стенке без миколата и описание Pseudonocardiaceae Fam. Nov». Система Приложение Микробиол . 11 : 16–19. doi : 10.1016/s0723-2020 (88) 80047-x .
^ Labeda DP, Goodfellow M (2012). «Заказ XIII. Pseudonocardiales ord. Nov.». В Goodfellow M, Kämpfer P, Trujillo ME, Suzuki K, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Руководство по систематической бактериологии Берджи . Тол. 5 (2 -е изд.). Нью -Йорк: Спрингер. п. 1301.
^ Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая структура и молекулярные сигнатуры для основных клад филома актинобактерий» . Микробиология и молекулярная биология обзоры . 76 (1): 66–112. doi : 10.1128/mmbr.05011-11 . PMC 3294427 . PMID 22390973 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Euzéby JP, parte ac. " Pseudonocardiaceae " . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 9 июня 2021 года .
^ Nouioui I, Carro L, García-López M, Meier-Kolthoff JP, Woyke T, Kyrpides NC, Pukall R, Klenk HP, Goodfellow M, Göker M (2018). phylum «Таксономическая классификация на основе генома Actinobacteria » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. DOI : 10.3389/fmicb.2018.02007 . PMC 6113628 . PMID 30186281 .

[6] Actinocrispum , Actinorectispora , Bounagaea , Crossiella , Gandjariella , Haloactinomyces , Halopolyspora , Halosacaropolyspora , гербихабиты , лабедаеа , линимицелия , салинифилум , солихабиты , тамарициты и термотуньяка .

[1] Embley MT, Smida J, Stackebrandt E (1988). «Филогения актиномицетов Hemotype IV на стенке без миколата и описание Pseudonocardiaceae Fam. Nov». Система Приложение Микробиол . 11 : 16–19. doi : 10.1016/s0723-2020 (88) 80047-x .

[2] Labeda DP, Goodfellow M (2012). «Заказ XIII. Pseudonocardiales ord. Nov.». В Goodfellow M, Kämpfer P, Trujillo ME, Suzuki K, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Руководство по систематической бактериологии Берджи . Тол. 5 (2 -е изд.). Нью -Йорк: Спрингер. п. 1301.

[3] Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая структура и молекулярные сигнатуры для основных клад филома актинобактерий» . Микробиология и молекулярная биология обзоры . 76 (1): 66–112. doi : 10.1128/mmbr.05011-11 . PMC 3294427 . PMID 22390973 .

[LPSN-4] Jump up to: ^а ^{беременный} Euzéby JP, parte ac. " Pseudonocardiaceae " . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 9 июня 2021 года .

[Nouioui-5] Nouioui I, Carro L, García-López M, Meier-Kolthoff JP, Woyke T, Kyrpides NC, Pukall R, Klenk HP, Goodfellow M, Göker M (2018). phylum «Таксономическая классификация на основе генома Actinobacteria » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. DOI : 10.3389/fmicb.2018.02007 . PMC 6113628 . PMID 30186281 .

[ 2 ]

[ 1 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ А ]