MOWChIP-seq
MOWChIP-seq ( микрофлюидная молекулярной O колебательная промывка на основе I хроматина иммуно P осаждения с последующим секвенированием ) — это микрофлюидная технология, используемая в биологии для профилирования полногеномных модификаций гистонов и других молекулярных связей с использованием всего лишь 30-100 клеток. за анализ. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] MOWChIP-seq — это особый тип анализа ChIP-seq, предназначенный для анализов с низкими затратами и высокой производительностью. Общий процесс MOWChIP-seq аналогичен традиционному анализу ChIP-seq, за исключением того, что этапы иммунопреципитации хроматина (ChIP) и промывания происходят в небольшой микрофлюидной камере. MOWChIP-seq использует возможности микрофлюидики для манипулирования шариками микрометрового размера. При этом образуется уплотненный слой шариков, что резко увеличивает эффективность адсорбции фрагментов хроматина. Затем используется автоматическая колебательная промывка для удаления неспецифических связок и примесей с поверхности шариков. Первоначальная версия устройства МОЧИП содержала только одну микрофлюидную камеру. [ 2 ] В ходе недавней демонстрации было представлено полуавтоматическое устройство MOWChIP для проведения 8 параллельных анализов. [ 3 ]
Приложения
[ редактировать ]MOWChIP-seq — это расширенный и малозатратный метод ChIP-seq, поэтому он применим ко всей молекулярной биологии, которую можно исследовать с помощью ChIP-seq. Это включает анализ модификаций гистонов, связывание РНК pol II и связывание фактора транскрипции. Опубликованные результаты MOWChIP-seq включают исследования различных меток гистонов ( H3K4me3 , H3K27ac , H3K27me3 , H3K9me3 , H3K36me3 и H3K79me2 ). 1,2 .
Рабочий процесс MOWChIP-seq
[ редактировать ]Для MOWChIP-seq требуется микрофлюидная система для полуавтоматического выполнения этапов ChIP и промывки. [ 2 ] [ 3 ] Получение фрагментов хроматина из клеток или ядер и библиотеки секвенирования с использованием ДНК ChIP во многом такое же, как и в обычных анализах ChIP-seq.
Анализ данных
[ редактировать ]MOWChIP-seq производит данные ChIP-seq высокого качества, сравнимые с данными, полученными с использованием большого количества клеток. Таким образом, анализ данных в основном идентичен аналитическим процессам, используемым при обычном анализе данных ChIP-seq.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Детали гранта: Mowchip-Seq нового поколения для высокопроизводительного эпигеномного профилирования» . Отдел борьбы с раком и популяционных наук . США: Национальный институт рака , Министерство здравоохранения и социальных служб США .
- ^ Jump up to: а б с Цао, Женнинг; Чен, Чангья; Он, Бинг; Тан, Кай; Лу, Чанг (27 июля 2015 г.). «Микрофлюидное устройство для эпигеномного профилирования с использованием 100 клеток» . Природные методы . 12 (10): 959–962. дои : 10.1038/nmeth.3488 . ISSN 1548-7091 . ПМЦ 4589469 . ПМИД 26214128 .
- ^ Jump up to: а б с Чжу, Бохан; Се, Юань-Пан; Мерфи, Трэвис В.; Чжан, Цян; Налер, Линетт Б.; Лу, Чанг (30 октября 2019 г.). «MOWChIP-seq для малозатратного и мультиплексного профилирования полногеномных модификаций гистонов» . Протоколы природы . 14 (12): 3366–3394. дои : 10.1038/s41596-019-0223-x . ISSN 1754-2189 . ПМЦ 7364495 . PMID 31666743 .
- ^ «РИС. 8. MOWChIP-seq для анализа модификации гистонов. (а) Обзор…» ResearchGate . Проверено 27 ноября 2019 г.