Секвенирование путем гибридизации

Секвенирование путем гибридизации — это класс методов определения порядка расположения нуклеотидов на цепи ДНК . Обычно используется для поиска небольших изменений относительно известной последовательности ДНК . ^[1]Связывание одной цепи ДНК с комплементарной ей цепью в двойной спирали ДНК (известное как гибридизация ) чувствительно даже к несоответствиям по одному основанию, когда гибридная область короткая или если присутствуют специализированные белки для обнаружения несовпадений. Это используется различными способами, в первую очередь с помощью ДНК-чипов или микрочипов с тысячами и миллиардами синтетических олигонуклеотидов, обнаруженных в интересующем геноме, а также во многих известных вариациях или даже во всех возможных одноосновательных вариациях. ^[2]^[3]

Описанный выше тип секвенирования путем гибридизации в значительной степени был вытеснен другими методами, включая секвенирование путем синтеза и секвенирование путем лигирования (а также методы на основе пор). Однако гибридизация олигонуклеотидов все еще используется в некоторых схемах секвенирования, включая секвенирование на основе пор с помощью гибридизации и обратимую гибридизацию. ^[4]

Примеры коммерческих систем

Аффиметрикс (истинное секвенирование путем гибридизации)
NABsys (секвенирование на основе пор с помощью гибридизации)
Complete Genomics Inc. (обратимая гибридизация зондов, вызывающих одно основание при каждой гибридизации)

См. также

Секвенирование путем лигирования

Ссылки

^ Дрманац, Радое; Дрманац, Снежана; Чуй, Глория; Диас, Роберт; Хоу, Аарон; Цзинь, Хуэй; Джин, Пол; Квон, Сонхи; Лейси, Скотт; Мёр, Билл; Шафто, Джей; Суонсон, Дон; Украинчик, Татьяна; Сюй, Чхонджун; Литтл, Дин (2002). «Секвенирование путем гибридизации (SBH): преимущества, достижения и возможности». Чиповая технология . Достижения в области биохимической инженерии/биотехнологии. Том. 77. С. 75–101. дои : 10.1007/3-540-45713-5_5 . ISBN 978-3-540-43215-9 . ISSN 0724-6145 . ПМИД 12227738 . PDF
^ Препарата, ФП; Упфал, Э (2000). «Секвенирование путем гибридизации на границе теории информации: оптимальный алгоритм». Дж. Компьютер. Биол . 7 (3): 621–30. CiteSeerX 10.1.1.61.3325 . дои : 10.1089/106652700750050970 . ПМИД 11108482 .
^ Ханна, Дж.Дж.; и др. (июль 2000 г.). «Сравнение секвенирования путем гибридизации и циклического секвенирования для генотипирования обратной транскриптазы вируса иммунодефицита человека типа 1» . J Clin Микробиол . 38 (7): 2715–2721. doi : 10.1128/JCM.38.7.2715-2721.2000 . ПМК 87006 . ПМИД 10878069 .
^ Черч, Джордж М. (январь 2006 г.). «Геномы для всех». Научный американец . 294 (1): 46–54. Бибкод : 2006SciAm.294a..46C . doi : 10.1038/scientificamerican0106-46 . ПМИД 16468433 . S2CID 28769137 .

[1] Дрманац, Радое; Дрманац, Снежана; Чуй, Глория; Диас, Роберт; Хоу, Аарон; Цзинь, Хуэй; Джин, Пол; Квон, Сонхи; Лейси, Скотт; Мёр, Билл; Шафто, Джей; Суонсон, Дон; Украинчик, Татьяна; Сюй, Чхонджун; Литтл, Дин (2002). «Секвенирование путем гибридизации (SBH): преимущества, достижения и возможности». Чиповая технология . Достижения в области биохимической инженерии/биотехнологии. Том. 77. С. 75–101. дои : 10.1007/3-540-45713-5_5 . ISBN 978-3-540-43215-9 . ISSN 0724-6145 . ПМИД 12227738 . PDF

[2] Препарата, ФП; Упфал, Э (2000). «Секвенирование путем гибридизации на границе теории информации: оптимальный алгоритм». Дж. Компьютер. Биол . 7 (3): 621–30. CiteSeerX 10.1.1.61.3325 . дои : 10.1089/106652700750050970 . ПМИД 11108482 .

[3] Ханна, Дж.Дж.; и др. (июль 2000 г.). «Сравнение секвенирования путем гибридизации и циклического секвенирования для генотипирования обратной транскриптазы вируса иммунодефицита человека типа 1» . J Clin Микробиол . 38 (7): 2715–2721. doi : 10.1128/JCM.38.7.2715-2721.2000 . ПМК 87006 . ПМИД 10878069 .

[4] Черч, Джордж М. (январь 2006 г.). «Геномы для всех». Научный американец . 294 (1): 46–54. Бибкод : 2006SciAm.294a..46C . doi : 10.1038/scientificamerican0106-46 . ПМИД 16468433 . S2CID 28769137 .

[1]

[2]

[3]

[4]