Мотив нкРНК Icd-II
| icd-II | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Символ | icd-II |
| Рфам | RF04189 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| ИДТИ | GO:0010468 |
| ТАК | ТАК: 0000370 |
| PDB Структуры | ПДБе |
( нкРНК Некодирующая icd-II РНК ) представляет собой мотив РНК, предложенный в качестве кандидата на сильный рибопереключатель (SRC). [ 1 ] нкРНК Icd-II была распознана посредством сравнительного анализа последовательностей в богатых GC межгенных областях (IGR) бактерий с использованием конвейера под названием Discovery of Intergenic Motifs PipeLine ( DIMPL ). [ 2 ] нкРНК Icd-II расположена выше icd гена , который кодирует НАДФ. + -зависимый изоцитратдегидрогеназа (IDH) фермент . [ 3 ] IDH является частью цикла лимонной кислоты и, таким образом, участвует в управлении потоком углерода через этот путь энергетического метаболизма. нкРНК Icd-II была обнаружена у бактерий класса бета-протеобактерий , особенно у Polynucleobacter рода . Icd-II Вторичная структура РНК состоит из соединения трех стеблей, где, по прогнозам, сайт связывания рибосомы (RBS) соседней открытой рамки считывания (ORF) участвует в первом стебле с парными основаниями. Было высказано предположение, что нкРНК icd-II может функционировать как рибопереключатель, который регулирует инициацию трансляции ассоциированной с ним ORF.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Брюэр, Кеннет И.; Гринли, Этьен Б.; Хиггс, Гадарет; Ю, Дайан; Мирихана Арахчилаге, Гаян; Чен, Си; Король, Николас; Уайт, Нил; Брейкер, Рональд Р. (10 мая 2021 г.). «Комплексное открытие новых структурированных некодирующих РНК в 26 бактериальных геномах» . Биология РНК . 18 (12): 2417–2432. дои : 10.1080/15476286.2021.1917891 . ISSN 1555-8584 . ПМЦ 8632094 . ПМИД 33970790 .
- ^ Брюэр, Кеннет И.; Гаффилд, Гленн Дж.; Пури, Малавика; Брейкер, Рональд Р. (15 сентября 2021 г.). «DIMPL: биоинформатический конвейер для открытия мотивов структурированной некодирующей РНК у бактерий» . Биоинформатика . 38 (2): 533–535. doi : 10.1093/биоинформатика/btab624 . ISSN 1367-4811 . ПМЦ 8723152 . ПМИД 34524415 .
- ^ Исии, А.; Сузуки, М.; Сахара, Т.; Такада, Ю.; Сасаки, С.; Фукунага, Н. (ноябрь 1993 г.). «Гены, кодирующие два изофермента изоцитратдегидрогеназы психрофильной бактерии Vibrio sp., штамм ABE-1» . Журнал бактериологии . 175 (21): 6873–6880. дои : 10.1128/jb.175.21.6873-6880.1993 . ISSN 0021-9193 . ПМК 206812 . ПМИД 8226630 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
 | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |