ДИМПЛ
DIMPL (Discovery of Intergenic Motifs PipeLine) — это биоинформационный конвейер , который позволяет извлекать и выбирать бактериальные (IGR), богатые GC межгенные области , которые обогащены структурированными некодирующими РНК (нкРНК). [1] О методе обогащения бактериальных IGR для обнаружения мотивов нкРНК было впервые сообщено в исследовании «Полногеномное обнаружение структурированных некодирующих РНК у бактерий». [2]
Конвейер DIMPL автоматизирует процесс полного анализа генома , извлекая IGR, фильтруя их по длине и составу нуклеиновых кислот , а также собирая данные, необходимые для идентификации мотивов-кандидатов и назначения их возможных функций. Конвейер DIMPL обеспечивает воспроизводимые методы идентификации геномных областей, обогащенных нкРНК, с помощью классификаторов машины опорных векторов (SVM). Его можно использовать для поиска мотивов нуклеиновых кислот и белков , включая рибопереключатели -подобные элементы, открытые рамки считывания выше (uORF), короткие открытые рамки считывания (sORF), рибосомальных белков лидерные последовательности , эгоистичные генетические элементы и другие неизвестные структурированные мотивы РНК. функция.
DIMPL использует различные ресурсы анализа последовательностей, в том числе:
- база данных Рфам , [3] в качестве эталона известных семейств РНК
- BLASTX , инструмент поиска [4] для устранения неаннотированных областей, кодирующих белок
- АДСКИЙ пакет, [5] [6] для поиска последовательностей IGS
- см искатель, [7] искать возможные особенности вторичной структуры РНК
- Программное обеспечение R-scape [8] и алгоритм рисования R2R, [9] создать консенсусную модель
- РНКкод, [10] искать наличие кодирующих регионов
- просмотр генома, [11] визуализировать генетический контекст мотива РНК
Мотивы РНК, обнаруженные с помощью DIMPL, включают рибопереключатель HMP-PP, мотив нкРНК icd-II , мотив нкРНК carA , мотив нкРНК ldh2, [12] среди других.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Брюэр, Кеннет И.; Гаффилд, Гленн Дж.; Пури, Малавика; Брейкер, Рональд Р. (15 сентября 2021 г.). «DIMPL: биоинформатический конвейер для открытия мотивов структурированной некодирующей РНК у бактерий» . Биоинформатика . 38 (2): 533–535. doi : 10.1093/биоинформатика/btab624 . ISSN 1367-4811 . ПМЦ 8723152 . ПМИД 34524415 .
- ^ Став, Шира; Атильо, Рубен М.; Мирихана Арахчилаге, Гаян; Нгуен, Джахоа; Хиггс, Гадарет; Брейкер, Рональд Р. (22 марта 2019 г.). «Общегеномное открытие структурированных некодирующих РНК у бактерий» . БМК Микробиология . 19 (1): 66. дои : 10.1186/s12866-019-1433-7 . ISSN 1471-2180 . ПМК 6429828 . ПМИД 30902049 .
- ^ Кальвари, Иоанна; Навроцкий, Эрик П.; Аргасинска, Джоанна; Хиноны-Ольвера, Наталья; Финн, Роберт Д.; Бейтман, Алекс; Петров, Антон И. (05.06.2018). «Анализ некодирующих РНК с использованием базы данных Rfam» . Современные протоколы в биоинформатике . 62 (1): е51. дои : 10.1002/cpbi.51 . ISSN 1934-340X . ПМК 6754622 . ПМИД 29927072 .
- ^ Камачо, Кристиам; Кулурис, Джордж; Авагян, Ваграм; Ма, Нин; Пападопулос, Джейсон; Билер, Кевин; Мэдден, Томас Л. (15 декабря 2009 г.). «BLAST+: архитектура и приложения» . БМК Биоинформатика . 10 : 421. дои : 10.1186/1471-2105-10-421 . ISSN 1471-2105 . ПМК 2803857 . ПМИД 20003500 .
- ^ Мандиванза, Тафадзва; Калиаперумал, Чандрасекаран; Маллиган, Линда; Райан, Элизабет; Луби, Симус; Кэрд, Джон; Бретт, Франческа (20 февраля 2017 г.). «Ребенок с радиологически рецидивирующей опухолью таламуса» . Патология головного мозга . 27 (2): 239–240. дои : 10.1111/bpa.12490 . ISSN 1015-6305 . ПМК 8029015 . ПМИД 28217956 .
- ^ Навроцкий, Эрик П.; Эдди, Шон Р. (15 ноября 2013 г.). «Инфернал 1.1: поиск гомологии РНК в 100 раз быстрее» . Биоинформатика . 29 (22): 2933–2935. doi : 10.1093/биоинформатика/btt509 . ISSN 1367-4811 . ПМЦ 3810854 . ПМИД 24008419 .
- ^ Яо, Цзычжэнь; Вайнберг, Заша; Руццо, Уолтер Л. (15 февраля 2006 г.). «CMfinder — алгоритм поиска мотивов РНК на основе ковариационной модели» . Биоинформатика . 22 (4): 445–452. doi : 10.1093/биоинформатика/btk008 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 16357030 .
- ^ Ривас, Елена; Клементс, Джоди; Эдди, Шон Р. (07 ноября 2016 г.). «Статистический тест консервативной структуры РНК показывает отсутствие доказательств структуры днРНК» . Природные методы . 14 (1): 45–48. дои : 10.1038/nmeth.4066 . ISSN 1548-7105 . ПМЦ 5554622 . ПМИД 27819659 .
- ^ Вайнберг, Заша; Брейкер, Рональд Р. (4 января 2011 г.). «R2R — программное обеспечение для ускорения изображения эстетически согласованных вторичных структур РНК» . БМК Биоинформатика . 12 :3. дои : 10.1186/1471-2105-12-3 . ISSN 1471-2105 . ПМК 3023696 . ПМИД 21205310 .
- ^ Вашитль, Стефан; Финдейсс, Свен; Мюллер, Стефан А.; Калькхоф, Стефан; фон Берген, Мартин; Хофакер, Иво Л.; Стадлер, Питер Ф.; Голдман, Ник (28 февраля 2011 г.). «РНКкод: надежное различение кодирующих и некодирующих областей в данных сравнительной последовательности» . РНК . 17 (4): 578–594. дои : 10.1261/rna.2536111 . ISSN 1469-9001 . ПМК 3062170 . ПМИД 21357752 .
- ^ Абил, Томас; Ван Пэрис, Томас; Саис, Иван; Галаган, Джеймс; Ван де Пер, Ив (18 ноября 2011 г.). «GenomeView: браузер генома нового поколения» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (2): е12. дои : 10.1093/nar/gkr995 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 3258165 . ПМИД 22102585 .
- ^ Брюэр, Кеннет И.; Гринли, Этьен Б.; Хиггс, Гадарет; Ю, Дайан; Мирихана Арахчилаге, Гаян; Чен, Си; Король, Николас; Уайт, Нил; Брейкер, Рональд Р. (10 мая 2021 г.). «Комплексное открытие новых структурированных некодирующих РНК в 26 бактериальных геномах» . Биология РНК . 18 (12): 2417–2432. дои : 10.1080/15476286.2021.1917891 . ISSN 1555-8584 . ПМЦ 8632094 . ПМИД 33970790 . S2CID 234361097 .