Неожиданный анализ
Сюрпризный анализ — это метод теоретико-информационного анализа, который объединяет и применяет принципы термодинамики и максимальной энтропии . Неожиданный анализ способен связать основные микроскопические свойства с макроскопическими объемными свойствами системы. Он уже применяется к целому ряду дисциплин, включая инженерное дело, физику , химию и биомедицинскую инженерию . Недавно он был расширен для характеристики состояния живых клеток, в частности, для мониторинга и характеристики биологических процессов в реальном времени с использованием данных транскрипции .
История
[ редактировать ]Анализ неожиданностей был сформулирован в Еврейском университете в Иерусалиме в результате совместных усилий Рафаэля Дэвида Левина , Ричарда Барри Бернстайна и Авиноама Бен-Шауля в 1972 году. Левайн и его коллеги осознали необходимость лучшего понимания динамики неравновесных систем , особенно небольшие системы, которые, по-видимому, неприменимы к термодинамическим рассуждениям. [1] Альхассид и Левин впервые применили анализ неожиданностей в ядерной физике, чтобы охарактеризовать распределение продуктов реакций с тяжелыми ионами. С момента своей формулировки неожиданный анализ стал важнейшим инструментом анализа динамики реакций и официальным термином ИЮПАК . [2] *
Приложение
[ редактировать ]Методы максимальной энтропии лежат в основе нового взгляда на научные выводы, позволяя анализировать и интерпретировать большие, а иногда и зашумленные данные. Неожиданный анализ расширяет принципы максимальной энтропии и термодинамики , где и равновесная термодинамика, и статистическая механика считаются процессами, основанными на выводах. Это позволяет неожиданному анализу стать эффективным методом количественной оценки и уплотнения информации, а также обеспечения объективной характеристики систем. Анализ неожиданностей особенно полезен для характеристики и понимания динамики в небольших системах, где потоки энергии, которыми в противном случае можно пренебречь в больших системах, сильно влияют на поведение системы.
Прежде всего, неожиданный анализ определяет состояние системы, когда она достигает максимальной энтропии или термодинамического равновесия . Это известно как состояние равновесия системы, поскольку, как только система достигает максимальной энтропии, она больше не может инициировать или участвовать в спонтанных процессах. После определения сбалансированного состояния анализ неожиданностей характеризует все состояния, в которых система отклоняется от состояния равновесия. Эти отклонения вызваны ограничениями; эти ограничения на систему не позволяют системе достичь максимальной энтропии. Неожиданный анализ применяется как для выявления, так и для характеристики этих ограничений. С точки зрения ограничений вероятность события количественно определяется
- .
Здесь это вероятность события в сбалансированном состоянии. Обычно ее называют «априорной вероятностью», потому что это вероятность события. до каких-либо ограничений. Сам сюрприз определяется как
Сюрприз равен сумме ограничений и является мерой отклонения от сбалансированного состояния. Эти отклонения ранжируются по степени отклонения от состояния равновесия и упорядочены от наиболее к наименее влияющим на систему. Этот рейтинг обеспечивается за счет использования множителей Лагранжа . Наиболее важное ограничение и обычно ограничение, достаточное для характеристики системы, имеет наибольший множитель Лагранжа. Множитель для ограничения обозначен выше как ; более крупные множители определяют более влиятельные ограничения. Переменная события значение ограничения для мероприятия . Используя метод множителей Лагранжа [3] требует, чтобы априорная вероятность и природа ограничений может быть определена экспериментально. Численный алгоритм определения множителей Лагранжа был предложен Agmon et al. [4] Недавно разложение по сингулярным значениям и анализ главных компонентов неожиданности были использованы для выявления ограничений биологических систем, расширяя анализ неожиданностей для лучшего понимания биологической динамики, как показано на рисунке.
По физике
[ редактировать ]Сюрприз (термин, придуманный [5] в этом контексте Майрон Трибус [6] ) был впервые введен для лучшего понимания специфики энерговыделения и избирательности энергетических потребностей элементарных химических реакций . [1] Это привело к серии новых экспериментов, которые продемонстрировали, что в элементарных реакциях можно исследовать образующиеся продукты и что энергия преимущественно высвобождается, а не распределяется статистически. [1] Первоначально неожиданный анализ был применен для характеристики небольшой трехмолекулярной системы, которая, по-видимому, не соответствовала принципам термодинамики, и было выявлено единственное доминирующее ограничение, которого было достаточно для описания динамического поведения трехмолекулярной системы. Аналогичные результаты затем наблюдались в ядерных реакциях , где возможны дифференциальные состояния с различным энергетическим разделением. Часто химические реакции требуют энергии для преодоления активационного барьера . Анализ неожиданностей применим и к таким приложениям. [7] Позже неожиданный анализ был распространен на мезоскопические системы, объемные системы. [3] и динамическим процессам. [8]
В биологии и биомедицинских науках
[ редактировать ]Неожиданный анализ был расширен, чтобы лучше охарактеризовать и понять клеточные процессы. [9] см. рисунок, биологические явления и болезни человека применительно к персонализированной диагностике . Сюрпризный анализ впервые был использован для идентификации генов, участвующих в состоянии баланса клеток in vitro; гены, в основном присутствующие в состоянии баланса, были генами, непосредственно ответственными за поддержание клеточного гомеостаза . [10] Точно так же его использовали для выявления двух различных фенотипов во время ЭМП раковых клеток. [11]
См. также
[ редактировать ]- Информационный контент
- Теория информации
- Разложение по сингулярным значениям
- Анализ главных компонентов
- Энтропия
- Обучение дереву решений
- Получение информации в деревьях решений
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Левин, Рафаэль Д. (2005). Динамика молекулярных реакций . Издательство Кембриджского университета . ISBN 9780521842761 .
- ^ Агмон, Н.; Альхассид, Ю; Левин, Р.Д. (1979). «Алгоритм нахождения распределения максимальной энтропии». Журнал вычислительной физики . 30 (2): 250–258. Бибкод : 1979JCoPh..30..250A . CiteSeerX 10.1.1.170.9363 . дои : 10.1016/0021-9991(79)90102-5 .
- ^ Jump up to: а б Левин, Р.Д. (1980). «Информационно-теоретический подход к проблемам инверсии». Дж. Физ. А. 13 (1): 91. Бибкод : 1980JPhA...13...91L . дои : 10.1088/0305-4470/13/1/011 .
- ^ Левин, РД; Бернштейн, РБ (1974). «Утилизация энергии и потребление энергии в элементарных химических отношениях: теоретико-информационный подход». Акк. хим. Рез . 7 (12): 393–400. дои : 10.1021/ar50084a001 .
- ^ Бернштейн, РБ; Левин, Р.Д. (1972). «Энтропия и химические изменения. I. Характеристика распределения энергии продуктов (и реагентов) в реактивных молекулярных столкновениях: дефицит информации и энтропии». Журнал химической физики . 57 (1): 434–449. Бибкод : 1972ЖЧФ..57..434Б . дои : 10.1063/1.1677983 .
- ^ Майрон Трибус (1961) Термодинамика и термостатика: введение в энергию, информацию и состояния материи с инженерными приложениями (Д. Ван Ностранд, 24 West 40 Street, Нью-Йорк 18, Нью-Йорк, США) Трибус, Майрон (1961) , стр. 64-66 заимствовать .
- ^ Левин, Р.Д. (1978). «Информационный подход к динамике молекулярных реакций». Анну. Преподобный физ. Хим . 29 : 59–92. Бибкод : 1978ARPC...29...59L . дои : 10.1146/annurev.pc.29.100178.000423 .
- ^ Ремакль, Ф ; Левин, Р.Д. (1993). «Спектральные флуктуации максимальной энтропии и дискретизация фазового пространства». Дж. Хим. Физ . 99 (4): 2383–2395. Бибкод : 1993ЖЧФ..99.2383Р . дои : 10.1063/1.465253 .
- ^ Ремакль, Ф ; Кравченко-Балаша, Н; Левицкий, А; Левин, Р.Д. (1 июня 2010 г.). «Информационно-теоретический анализ изменений фенотипа на ранних стадиях канцерогенеза» . ПНАС . 107 (22): 10324–29. Бибкод : 2010PNAS..10710324R . дои : 10.1073/pnas.1005283107 . ПМК 2890488 . ПМИД 20479229 .
- ^ Кравченко-Балаша, Наталья; Левицкий, Александр; Гольдштейн, Эндрю; Роттер, Варда; Гросс, А.; Ремакль, Ф .; Левин, Р.Д. (20 марта 2012 г.). «О фундаментальной структуре генных сетей в живых клетках» . ПНАС . 109 (12): 4702–4707. Бибкод : 2012PNAS..109.4702K . дои : 10.1073/pnas.1200790109 . ПМЦ 3311329 . ПМИД 22392990 .
- ^ Задран, Сохила; Арумугам, Рамешкумар; Хершман, Харви; Фелпс, Майкл; Левин, Р.Д. (3 августа 2014 г.). «Неожиданный анализ характеризует динамику свободной энергии раковых клеток, претерпевающих эпителиально-мезенхимальный переход» . ПНАС . 111 (36): 13235–13240. Бибкод : 2014PNAS..11113235Z . дои : 10.1073/pnas.1414714111 . ПМК 4246928 . ПМИД 25157127 .