рибопереключатель ТПП

Рибопереключатель TPP (элемент THI)
Рибопереключатель TPP (элемент THI)
	Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности TPP
Идентификаторы
Символ	ТЭС
Альт. Символы	ЭКЗАМЕН
Рфам	RF00059
Другие данные
РНК Тип	Цис-рег ; рибопереключатель
Домен(ы)	Эукариоты ; Бактерии ; Архея
ИДТИ	GO:0030976
ТАК	ТАК: 0000035
PDB Структуры	PDBe 4nyc

Рибопереключатель TPP , также известный как элемент THI и рибопереключатель Thi-box , представляет собой высококонсервативную РНК вторичную структуру . Он служит рибопереключателем ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} который напрямую связывает тиаминпирофосфат (TPP) и модулирует экспрессию генов посредством различных механизмов у архей , бактерий и эукариот . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} TPP представляет собой активную форму тиамина ( витамина B1 _{), незаменимого} кофермента, синтезируемого путем сочетания пиримидиновых и тиазольных фрагментов в бактериях . Элемент THI является продолжением ранее обнаруженного тиамин-регуляторного элемента, ти-бокса. Существует значительная вариабельность прогнозируемой длины и структуры дополнительных и факультативных стебель-петлей, представленных темно-синим цветом на диаграмме вторичной структуры. ^{[ 6 ]} Анализ структур оперонов выявил большое количество новых генов- кандидатов, регулируемых тиамином , в основном транспортеров, у различных прокариотических организмов. ^{[ 7 ]} рентгеновская кристаллическая структура рибопереключателя TPP . аптамера Расшифрована ^{[ 8 ]}

Экспериментальная 3D-структура рибопереключателя TPP ( PDB : 2HOJ ). ^{[ 9 ]}

См. также

Ссылки

^ Винклер В., Нахви А., Брейкер Р.Р. (октябрь 2002 г.). «Производные тиамина напрямую связывают информационные РНК, регулируя экспрессию бактериальных генов». Природа . 419 (6910): 952–956. Бибкод : 2002Natur.419..952W . дои : 10.1038/nature01145 . ПМИД 12410317 . S2CID 4408592 .
^ Миронов А.С., Гусаров И., Рафиков Р., Лопес Л.Е., Шаталин К., Кренева Р.А., Перумов Д.А., Нудлер Е (ноябрь 2002 г.). «Ощущение малых молекул с помощью зарождающейся РНК: механизм контроля транскрипции у бактерий» . Ячейка 111 (5): 747–756. дои : 10.1016/S0092-8674(02) 01134-0 ПМИД 12464185 .
^ Сударсан Н., Баррик Дж.Э., Брейкер Р.Р. (июнь 2003 г.). «Метаболит-связывающие домены РНК присутствуют в генах эукариот» . РНК . 9 (6): 644–647. дои : 10.1261/rna.5090103 . ПМК 1370431 . ПМИД 12756322 .
^ Бокобза С., Адато А., Мандель Т., Шапира М., Нудлер Э., Ахарони А. (ноябрь 2007 г.). «Рибосвич-зависимая регуляция генов и ее эволюция в царстве растений» . Гены и развитие . 21 (22): 2874–2879. дои : 10.1101/gad.443907 . ПМК 2049190 . ПМИД 18006684 .
^ Кубодера Т., Ватанабэ М., Ёсиучи К., Ямашита Н., Нишимура А., Накаи С., Гоми К., Ханамото Х. (декабрь 2003 г.). «Регулируемая тиамином экспрессия генов Aspergillus oryzae thiA требует сплайсинга интрона, содержащего рибопереключатель-подобный домен в 5'-UTR» . Письма ФЭБС . 555 (3): 516–520. Бибкод : 2003FEBSL.555..516K . дои : 10.1016/S0014-5793(03)01335-8 . PMID 14675766 .
^ Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С. (декабрь 2002 г.). «Сравнительная геномика биосинтеза тиамина у прокариот. Новые гены и регуляторные механизмы» . Журнал биологической химии . 277 (50): 48949–48959. дои : 10.1074/jbc.M208965200 . ПМИД 12376536 .
^ Миранда-Риос Х, Наварро М, Соберон М (август 2001 г.). «Консервативная структура РНК (ти-бокс) участвует в регуляции экспрессии генов биосинтеза тиамина у бактерий» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (17): 9736–9741. дои : 10.1073/pnas.161168098 . ПМК 55522 . ПМИД 11470904 .
^ Серганов А, Полонская А, Фан А.Т., Брейкер Р.Р., Патель DJ (июнь 2006 г.). «Структурная основа регуляции генов с помощью тиаминпирофосфат-чувствительного рибопереключателя» . Природа . 441 (7097): 1167–1171. Бибкод : 2006Natur.441.1167S . дои : 10.1038/nature04740 . ПМЦ 4689313 . ПМИД 16728979 .
^ Эдвардс Т.Е., Ферре-Д'Амаре А.Р. (сентябрь 2006 г.). «Кристаллические структуры ти-бокс-рибопереключателя, связанного с аналогами тиаминпирофосфата, демонстрируют адаптивное распознавание малых молекул РНК». Структура . 14 (9): 1459–1468. дои : 10.1016/j.str.2006.07.008 . ПМИД 16962976 .

Внешние ссылки

Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Винклер В., Нахви А., Брейкер Р.Р. (октябрь 2002 г.). «Производные тиамина напрямую связывают информационные РНК, регулируя экспрессию бактериальных генов». Природа . 419 (6910): 952–956. Бибкод : 2002Natur.419..952W . дои : 10.1038/nature01145 . ПМИД 12410317 . S2CID 4408592 .

[2] Миронов А.С., Гусаров И., Рафиков Р., Лопес Л.Е., Шаталин К., Кренева Р.А., Перумов Д.А., Нудлер Е (ноябрь 2002 г.). «Ощущение малых молекул с помощью зарождающейся РНК: механизм контроля транскрипции у бактерий» . Ячейка 111 (5): 747–756. дои : 10.1016/S0092-8674(02) 01134-0 ПМИД 12464185 .

[3] Сударсан Н., Баррик Дж.Э., Брейкер Р.Р. (июнь 2003 г.). «Метаболит-связывающие домены РНК присутствуют в генах эукариот» . РНК . 9 (6): 644–647. дои : 10.1261/rna.5090103 . ПМК 1370431 . ПМИД 12756322 .

[4] Бокобза С., Адато А., Мандель Т., Шапира М., Нудлер Э., Ахарони А. (ноябрь 2007 г.). «Рибосвич-зависимая регуляция генов и ее эволюция в царстве растений» . Гены и развитие . 21 (22): 2874–2879. дои : 10.1101/gad.443907 . ПМК 2049190 . ПМИД 18006684 .

[5] Кубодера Т., Ватанабэ М., Ёсиучи К., Ямашита Н., Нишимура А., Накаи С., Гоми К., Ханамото Х. (декабрь 2003 г.). «Регулируемая тиамином экспрессия генов Aspergillus oryzae thiA требует сплайсинга интрона, содержащего рибопереключатель-подобный домен в 5'-UTR» . Письма ФЭБС . 555 (3): 516–520. Бибкод : 2003FEBSL.555..516K . дои : 10.1016/S0014-5793(03)01335-8 . PMID 14675766 .

[6] Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С. (декабрь 2002 г.). «Сравнительная геномика биосинтеза тиамина у прокариот. Новые гены и регуляторные механизмы» . Журнал биологической химии . 277 (50): 48949–48959. дои : 10.1074/jbc.M208965200 . ПМИД 12376536 .

[7] Миранда-Риос Х, Наварро М, Соберон М (август 2001 г.). «Консервативная структура РНК (ти-бокс) участвует в регуляции экспрессии генов биосинтеза тиамина у бактерий» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (17): 9736–9741. дои : 10.1073/pnas.161168098 . ПМК 55522 . ПМИД 11470904 .

[8] Серганов А, Полонская А, Фан А.Т., Брейкер Р.Р., Патель DJ (июнь 2006 г.). «Структурная основа регуляции генов с помощью тиаминпирофосфат-чувствительного рибопереключателя» . Природа . 441 (7097): 1167–1171. Бибкод : 2006Natur.441.1167S . дои : 10.1038/nature04740 . ПМЦ 4689313 . ПМИД 16728979 .

[pmid16962976-9] Эдвардс Т.Е., Ферре-Д'Амаре А.Р. (сентябрь 2006 г.). «Кристаллические структуры ти-бокс-рибопереключателя, связанного с аналогами тиаминпирофосфата, демонстрируют адаптивное распознавание малых молекул РНК». Структура . 14 (9): 1459–1468. дои : 10.1016/j.str.2006.07.008 . ПМИД 16962976 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]