PhagesDB
 | Эта статья содержит контент, написанный как реклама . ( Апрель 2018 г. ) |
| Основан | апрель 2010 г. |
|---|---|
| Расположение |
|
Члены | 20 366 (по состоянию на 15.03.2022) |
Ключевые люди | Доктор Грэм Хэтфулл (профессор HHMI), Дэн Рассел (веб-мастер), Дебби Джейкобс-Сера (координатор программы охоты на фагов), доктор Велкин Х. Поуп (доцент-исследователь) и доктор Викнеш Сиванатан (сотрудник программы HHMI) |
| Принадлежности | SEA-PHAGES (Альянс научного образования-Охотники за фагами, продвигающие геномику и эволюционную науку) |
| Веб-сайт | база данных фагов |
База данных Actinobacteriophage , более известная как PhagesDB собой интерактивный комплексный веб-сайт на основе базы данных, который собирает и обменивается информацией, связанной с обнаружением, характеристикой и геномикой вирусов , представляет , которые обычно заражают актинобактериальных хозяев. Он используется для сравнения этих фагов и их геномных аннотаций, что позволяет исследовательскому сообществу публиковать новые результаты для анализа. База данных содержит информацию о более чем 8000 бактериофагах , а также более чем 1600 полностью секвенированных фагах. [ 1 ]
Дизайн и особенности
[ редактировать ]Создание PhagesDB осуществлялось с использованием Django — среды хостинга серверов. [ 2 ] PhagesDB имеет отдельные записи для каждого отдельного вируса в базе данных, а также отдельную страницу GeneMark, что позволяет пользователю ссылаться на положение геномов для обеспечения точности данных. PhagesDB можно использовать отдельно, но оказывается, что он более точен при использовании в сотрудничестве с другим веб-сайтом по биоинформатике, например NCBI Blast. [ 3 ] На рисунке ниже показаны различные типы и количество секвенированных фагов:
| Типы фагов секвенированы | Номер последовательности |
|---|---|
| Актинопланы | 1 |
| Артробактер | 240 |
| Бревибактерия | 2 |
| Коринебактерия | 12 |
| Гордония | 296 |
| Кокурия | 4 |
| Микробактерия | 98 |
| Микобактерия | 1590 |
| Пропионибактерия | 55 |
| Родококк | 53 |
| Ротия | 1 |
| Стрептомицеты | 167 |
| Тетрасфера | 1 |
| Цукамурелла | 2 |
Пользователь может просмотреть информацию о группах фагов различными способами. [ 4 ] [ 5 ] PhagesDB содержит аминокислот фагов на уровне подробную информацию о геномах , которые секвенированы путем интеграции с Phamerator. [ 6 ] [ 7 ]
Доступ и права на данные
[ редактировать ]Информация, опубликованная в этой базе данных, может быть свободно просмотрена любым лицом, интерфейс прикладного программирования (API). доступен [ 8 ] PhagesDB хранит некоторые неопубликованные данные, которых нет ни на одном носителе, включая недавно полученные геномные последовательности. [ 9 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки и статьи
[ редактировать ]- ^ Рассел Д.А., Хэтфулл Г.Ф., [1] «PhagesDB: база данных актинобактериофагов»
- ^ «Веб-фреймворк для перфекционистов с соблюдением сроков | Django» . www.djangoproject.com . Проверено 11 апреля 2018 г.
- ^ Рассел, Дэниел А.; Хэтфулл, Грэм Ф. (01 марта 2017 г.). «PhagesDB: база данных актинобактериофагов» . Биоинформатика . 33 (5): 784–786. doi : 10.1093/биоинформатика/btw711 . ISSN 1367-4803 . ПМЦ 5860397 . ПМИД 28365761 .
- ^ «База данных актинобактериофагов» . phagesdb.org . Проверено 11 апреля 2018 г.
- ^ «База данных актинобактериофагов | Сравните фаги» . phagesdb.org . Проверено 11 апреля 2018 г.
- ^ «Фамератор» . phamerator.org . Проверено 18 апреля 2018 г.
- ^ Кресон, С.Г. (2011). «Фамератор: биоинформационный инструмент для сравнительной геномики бактериофагов» . БМЦ Биоинформ . 12 :395. дои : 10.1186/1471-2105-12-395 . ПМК 3233612 . ПМИД 21991981 .
- ^ «Интерфейс Swagger» . phagesdb.org . Проверено 16 апреля 2018 г.
- ^ «База данных актинобактериофагов | Условия использования» . phagesdb.org . Проверено 16 апреля 2018 г.