Алисия Ошлак
Алисия Ошлак | |
|---|---|
 | |
| Рожденный | Спящая Алисия, Кейт Ошлак [3] 1975 (48–49 лет) [4] Ролейстоун , Перт , Западная Австралия. |
| Национальность | австралийский |
| Альма-матер | Мельбурнский университет (бакалавр, доктор философии) |
| Известный | Профилирование полногеномной экспрессии |
| Награды | Медаль Рут Стивенс Гани (2011 г.), Премия тысячелетия (2015 г.) [1] |
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | |
| Диссертация | Центральная структура радиоквазаров (2002 г.) |
| Веб-сайт | Ошлаклаб |
Спящая Алисия, Кейт Ошлак [3] [2] [5] FAHMS — австралийский биоинформатик и соруководитель отдела вычислительной биологии в Онкологическом центре Питера МакКаллума в Мельбурне , штат Виктория , Австралия. Она наиболее известна своей работой по разработке методов анализа транскриптома. данных [6] как мера экспрессии генов . Она охарактеризовала роль экспрессии генов в эволюции человека , сравнив людей, шимпанзе , орангутанов и макак-резус , а также совместно работает над анализом данных, чтобы улучшить использование клинического секвенирования образцов РНК с помощью RNAseq для диагностики заболеваний человека. [7]
Молодость образование и
Алисия Ошлак родилась в Ролейстоне , Перт, в 1975 году. В 1993 году она окончила колледж Варрнамбул, Виктория, Австралия. [8] Она получила степень бакалавра наук (с отличием) (1994–98) в Мельбурнском университете по специальности физика. Она осталась в Мельбурнском университете, чтобы получить докторскую степень по астрофизике , которую она защитила по теме центральной структуры радиоквазаров (1999–2003). [3] [9]
Карьера [ править ]
Ошлак сменила карьеру, чтобы применить свою математику к генетике, после перехода в Институт Уолтера и Элизы Холл , где она работала научным сотрудником (2003–07), а затем старшим научным сотрудником (2007–11) в отделе биоинформатики. [10] Ошлак перешел в Детский научно-исследовательский институт Мердока в Мельбурне в 2011 году, чтобы занять должность руководителя отдела биоинформатики.Она была назначена сопредседателем консультативной группы по геномике и биоинформатике Мельбурнского альянса здоровья геномики. [11] в 2013 году. Она также входила в организационный комитет Beyond the Genome в 2013 году. [12] В 2019 году Ошлак был назначен соруководителем отдела вычислительной биологии Онкологического центра Питера МакКаллума . [13] В 2021 году она была избрана членом Австралийской академии здравоохранения и медицинских наук . [14] В 2022 году она была номинирована и получила высокую оценку премии Research Australia Frontiers. [15]
Исследования [ править ]
генов экспрессии Анализ
Исследование Ошлака [2] [5] [16] сосредоточился на методах анализа экспрессии генома, в частности на вычислительном и статистическом анализе данных транскриптома . Сюда входит работа над методами коррекции фона для двухцветных микрочипов. [17] нормализация данных микрочипов, [18] сравнительный анализ данных RNAseq [19] [20] и нормализация паттернов метилирования в данных чипов ДНК человека. [21]
Эволюция человека [ править ]
Методология Ошлака позволила беспристрастно проанализировать уровни экспрессии генов между людьми и другими приматами. Ее работа, сравнивающая уровни экспрессии генов в тканях печени пяти особей четырех разных видов приматов: человека, шимпанзе, орангутангов и макак-резус, выявила быструю эволюцию факторов транскрипции у людей. [22] В дальнейшей связанной работе были изучены изменения уровня экспрессии этих факторов во многих тканях человека. [23] За эту работу Алисия Ошлак была награждена Медалью Рут Гани в области генетики человека Австралийской академии наук в 2011 году. [24]
генов экспрессии Клинический анализ
Oshlack разработала программный конвейер для проведения анализа данных секвенирования ДНК клинического уровня в диагностических целях. Эти инструменты в настоящее время используются для анализа данных секвенирования при диагностике кардиомиопатий в Службе клинической генетики штата Виктория. [25] Она также разработала инструменты для анализа данных об опухолях, в частности для обнаружения мутаций, вызванных перестройкой опухолевого генома, приводящей к образованию онкогенных слитых генов. [26]
Личная жизнь [ править ]
Взгляды Ошлака на баланс работы и жизни в науке [27] и рассказывать о том, что биоинформатики делают широкой аудитории на вечеринках. [28] были опубликованы.
Ссылки [ править ]
- ^ Конференция по геному Лорна - Награды
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Публикации Алисии Ошлак, проиндексированные Google Scholar
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Ошлак, Алисия Йинема, Кейт Нунгарай. (2015). Центральная структура радиоквазаров (кандидатская диссертация). Университет Мельбурна.
- ^ БИОГРАФИЧЕСКАЯ ЗАПИСЬ Ошлак, Алисия (1975-) , Энциклопедия австралийской науки
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Публикации Алисии Ошлак индексируются в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ Ошлак, А; Уэйкфилд, MJ (2009). «Смещение длины транскрипта в данных секвенирования РНК ставит в тупик системную биологию» . Биология Директ . 4:14 . дои : 10.1186/1745-6150-4-14 . ПМК 2678084 . ПМИД 19371405 .
- ^ Интервью с Алисией Ошлак22 октября 2013 г. на YouTube.
- ^ «Австралийская академия наук – доктор Алисия Ошлак» . Архивировано из оригинала 14 августа 2014 года . Проверено 14 августа 2014 г.
- ^ Ошлак, АЙКН; Вебстер, РЛ; Уайтинг, Монтана (2002). «Оценки массы черных дыр квазаров, выбранных радиодиапазоном». Астрофизический журнал . 576 (1): 81–8. arXiv : astro-ph/0205171 . Бибкод : 2002ApJ...576...81O . дои : 10.1086/341729 . S2CID 15343258 .
- ^ Женщины в астрономии: профили карьеры: от астронома до руководителя отдела биоинформатики
- ^ Мельбурн Геномика
- ^ «Алисия Ошлак | За пределами генома 2013 | Мишн-Бэй | Сан-Франциско» . Архивировано из оригинала 14 августа 2014 года . Проверено 14 августа 2014 г.
- ^ «Назначен новый соруководитель программы вычислительной биологии» . Онкологический центр Питера МакКаллума . Октябрь 2019 года . Проверено 13 августа 2020 г. .
- ^ «Избрано 29 новых членов» . AAHMS – Австралийская академия здравоохранения и медицинских наук . 26 октября 2021 года. Архивировано из оригинала 26 октября 2021 года . Проверено 29 октября 2021 г.
- ^ «Финалисты премии в области здравоохранения и медицинских исследований 2022 года» . ИССЛЕДОВАНИЯ АВСТРАЛИИ . Проверено 9 декабря 2022 г.
- ^ Янг, доктор медицины; Уэйкфилд, MJ; Смит, ГК; Ошлак, А (2010). «Анализ онтологии генов для секвенирования РНК: учет систематической ошибки отбора» . Геномная биология . 11 (2): Р14. дои : 10.1186/gb-2010-11-2-r14 . ПМЦ 2872874 . ПМИД 20132535 .
- ^ Ричи, Мэн; Сильвер, Дж; Ошлак, А; Холмс, М; Диягама, Д; Холлоуэй, А; Смит, ГК (2007). «Сравнение методов коррекции фона для двухцветных микрочипов» . Биоинформатика . 23 (20): 2700–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btm412 . ПМИД 17720982 .
- ^ Холлоуэй, Эй Джей; Ошлак, А; Диягама, Д.С.; Боутелл, Д.Д.; Смит, ГК (2006). «Статистический анализ серии титрования РНК оценивает точность и чувствительность микроматрицы в целом» . БМК Биоинформатика . 7 : 511. дои : 10.1186/1471-2105-7-511 . ПМК 1664592 . ПМИД 17118209 .
- ^ Робинсон, доктор медицины; Ошлак, А (2010). «Метод нормализации масштабирования для анализа дифференциальной экспрессии данных секвенирования РНК» . Геномная биология . 11 (3): 25 р. дои : 10.1186/gb-2010-11-3-r25 . ПМЦ 2864565 . ПМИД 20196867 .
- ^ Ошлак, А; Робинсон, доктор медицины; Янг, доктор медицины (2010). «От считывания РНК-секвенирования к результатам дифференциальной экспрессии» . Геномная биология . 11 (12): 220. doi : 10.1186/gb-2010-11-12-220 . ПМК 3046478 . ПМИД 21176179 .
- ^ Максимович, Дж; Гордон, Л; Ошлак, А (2012). «SWAN: подмножество-квантиль в рамках нормализации массива для микросхем Illumina Infinium HumanMmethylation450 » . Геномная биология . 13 (6): Р44. дои : 10.1186/gb-2012-13-6-r44 . ПМЦ 3446316 . ПМИД 22703947 .
- ^ Гилад, Ю.; Ошлак, А. ; Смит, ГК; Скорость, ТП ; Уайт, КП (2006). «Профилирование экспрессии у приматов показывает быструю эволюцию факторов транскрипции человека» . Природа . 440 (7081): 242–245. Бибкод : 2006Natur.440..242G . дои : 10.1038/nature04559 . ПМИД 16525476 .
- ^ Блехман, Р; Ошлак, А; Шабо, А.Е.; Смит, ГК; Гилад, Ю (2008). «Регуляция генов у приматов развивается под давлением тканеспецифического отбора» . ПЛОС Генетика . 4 (11): e1000271. дои : 10.1371/journal.pgen.1000271 . ПМК 2581600 . ПМИД 19023414 .
- ^ «Австралийская академия наук – лауреаты премии 2011 года» . Архивировано из оригинала 15 апреля 2014 года . Проверено 14 августа 2014 г.
- ^ Викторианская служба клинической генетики (VCGS)
- ^ Маевский, Эй-Джей; Миттемпергер, Л.; Дэвидсон, Нью-Мексико; Босма, А.; Виллемс, С.М.; Хорлингс, HM; Де Ринк, И.; Грегер, Л.; Хойер, ГК; Питерс, Д.; Недерлоф, премьер-министр; Хофланд, И.; Де Йонг, Дж.; Весселинг, Дж.; Клюин, Р.Дж.; Бругман, В.; Керховен Р.; Нибур, Ф.; Ропман, П.; Брокс, А.; Мули, Т.Р.; Джассем, Дж.; Никлински Дж.; Ван Зандвейк, Н.; Бразма, А.; Ошлак А.; Ван Ден Хеувел, М.; Бернардс, Р. (2013). «Идентификация рекуррентных слитых генов FGFR3 при раке легких посредством киноцентрированного секвенирования РНК» . Журнал патологии . 230 (3): 270–276. дои : 10.1002/путь.4209 . ПМИД 23661334 .
- ^ Дин, Кэролайн ; Осборн, Мэри ; Ошлак, Алисия ; Торнтон, Джанет (2012). «Женщины в науке» . Геномная биология . 13 (3): 148. дои : 10.1186/gb4005 . ПМЦ 3439960 . ПМИД 22405408 .
- ^ Ошлак, А. (2013). «10-шаговое руководство по вечеринке для биоинформатиков» . Геномная биология . 14 (1): 104. doi : 10.1186/gb-2013-14-1-104 . ПМК 3663102 . ПМИД 23360612 .
Внешние ссылки [ править ]
СМИ, связанные с Алисией Ошлак, на Викискладе?
