Атлас выражений
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Экспрессия генов у разных видов и условий |
| Типы данных захвачен | Данные микрочипов и другая экспрессия генов |
| Организмы | Человек, Мышь, Крыса, Плодовая мушка, Курица, Круглый червь, Кабан, Данио, Корова и другие. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | ЭМБЛ-ЭБИ |
| Первичное цитирование | PMID 31665515 |
| Дата выпуска | март 2020 г. |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
| Инструменты | |
| Интернет | Расширенный поиск, массовое скачивание/загрузка |
| Разнообразный | |
| Выпуск данных частота | 3-4 раза в год |
| Политика курирования | Ручное курирование каждого исследования. |
Атлас экспрессии — это база данных, поддерживаемая Европейским институтом биоинформатики , которая предоставляет информацию о экспрессии генов закономерностях , полученных в результате исследований RNA-Seq и микрочипов , а также об экспрессии белков, полученных в результате исследований протеомики . [1] Атлас экспрессии позволяет осуществлять поиск по гену , варианту сплайсинга , атрибуту белка, заболеванию, лечению или части организма (типы клеток/ткани). Можно искать отдельные гены или наборы генов. Метаданные всех наборов данных в Expression Atlas обрабатываются вручную, а данные анализируются с помощью стандартизированных конвейеров анализа. Атлас экспрессии состоит из двух компонентов: базового атласа и дифференциального атласа:
Базовый атлас
[ редактировать ]Базовый атлас предоставляет информацию о том, какие генные продукты присутствуют (и в каком количестве) в «нормальных» условиях. Этот компонент Атласа экспрессии состоит из экспериментов по секвенированию РНК из репозиториев ArrayExpress. Его цель – ответить на такие вопросы, как:
- Какие гены специфически экспрессируются в почках?
- Каков характер экспрессии гена SAA4 в нормальных тканях?
Дифференциальный атлас
[ редактировать ]Дифференциальный атлас позволяет пользователям идентифицировать гены, активность которых повышена или понижена в различных экспериментальных условиях.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Папатеодору И., Морено П., Мэннинг Дж., Фуэнтес А.М., Джордж Н., Фексова С. и др. (январь 2020 г.). «Обновление Атласа экспрессии: от тканей к отдельным клеткам» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д77–Д83. дои : 10.1093/nar/gkz947 . ПМК 7145605 . ПМИД 31665515 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Петришак Р., Бердетт Т., Фиорелли Б., Фонсека Н.А., Гонсалес-Порта М., Гастингс Е. и др. (январь 2014 г.). «Обновление Атласа экспрессии - база данных экспрессии генов и транскриптов, полученная в результате экспериментов по функциональной геномике на основе микрочипов и секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных). Издательство Оксфордского университета (OUP): D926-32. дои : 10.1093/нар/gkt1270 . ПМЦ 3964963 . ПМИД 24304889 .
- Капушеский М., Адамусяк Т., Бердетт Т., Калхейн А., Фарн А., Филиппов А. и др. (январь 2012 г.). «Обновление Атласа экспрессии генов - ценная база данных экспериментов по функциональной геномике на основе микрочипов и секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных). Издательство Оксфордского университета (OUP): D1077-81. дои : 10.1093/nar/gkr913 . ПМЦ 3245177 . ПМИД 22064864 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- «Об атласе экспрессии» . Европейская лаборатория молекулярной биологии – Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI).