Виртуальный летающий мозг
Virtual Fly Brain , или VFB , представляет собой интерактивный веб-инструмент, который позволяет нейробиологам изучать детальную нейроанатомию , трансгенов экспрессию и связанные с ними фенотипы мозга Drosophila melanogaster . [1] Пользователи могут просматривать стопки окрашенных трехмерных изображений мозга дрозофилы , выбирая любую плоскость сечения и нажимая на окрашенные области, чтобы найти определения названий, ссылки и синонимы для выбранного региона. Для каждого региона они могут запускать запросы для поиска нейронов , экспрессии трансгенов и фенотипов. Для каждого найденного нейрона пользователи могут просматривать определения, ссылки и синонимы.
Фон
[ редактировать ]Virtual Fly Brain — это универсальное веб-приложение, которое позволяет просматривать наборы трехмерных изображений и запрашивать базовую базу данных анатомии и выражений, поддерживаемую FlyBase. [2] Проект Virtual Fly Brain реализуется исследователями Кембриджского и Эдинбургского университетов .
Технические детали
[ редактировать ]Virtual Fly Brain использует онтологическую модель анатомии дрозофилы , написанную в OWL2 и основанную на литературе по дрозофилам . Он содержит подробную информацию как о общей нейроанатомии, так и о классах нейронов и отношениях между ними. В основе каждого запроса нейроанатомии лежит запрос этой онтологии в OWL-DL .
Запросы фенотипа и экспрессии используют большой объем данных об экспрессии и фенотипе в FlyBase. [3] аннотировано с использованием онтологии анатомии дрозофилы . Каждый запрос выражения или фенотипа начинается с запроса онтологии анатомии на наличие терминов, соответствующих выбранному региону. Выходные данные этого запроса затем используются в качестве входных данных для запроса чадо FlyBase. [4] база данных выражений или фенотипов, аннотированных с использованием этих терминов.
Изображения в средстве просмотра отображаются в виде серии плиток, покрывающих только видимую область окна браузера. Плитка изготовлена из композита 3D Woolz. [5] [6] объект, представляющий общую структуру и отдельные окрашенные домены.
См. также
[ редактировать ]- Мозг насекомых
- Коннектом дрозофилы
- Ганглиозная материнская клетка
- Коэффициент диспергирования пигмента
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Виртуальный летающий мозг» . Виртуальный летающий мозг .
- ^ «Домашняя страница FlyBase — база данных генов и геномов дрозофилы» . Проверено 23 декабря 2023 г.
- ^ Р. Дрисдейл; Консорциум FlyBase (2008 г.). «FlyBase: база данных для исследовательского сообщества дрозофилы». Дрозофила . Методы Мол. Биол. Том. 420. стр. 45–59. дои : 10.1007/978-1-59745-583-1_3 . ISBN 978-1-58829-817-1 . ПМИД 18641940 .
- ^ «Чадо – Начало работы» . ГМОД . 13 февраля 2014 года . Проверено 9 июня 2017 г.
- ^ «Обработка изображений Woolz: основное программное обеспечение Woolz» . EMAP Главная страница . Проверено 9 июня 2017 г.
- ^ «Ма-тек/Вулз» . Гитхаб . 10 мая 2021 г.