Геномное сканирование рестрикционных ориентиров
Геномное сканирование ориентиров рестрикции ( RLGS ) — это метод анализа генома для быстрой одновременной визуализации тысяч ориентиров или сайтов рестрикции . Используя комбинацию ферментов рестрикции, некоторые из которых специфичны для модификаций ДНК , этот метод можно использовать для визуализации различий в уровнях метилирования в геноме данного организма. [ 1 ] RLGS использует прямое мечение ДНК , которая сначала разрезается определенной серией ферментов рестрикции, а затем метится радиоактивным изотопом (обычно фосфором-32 ). высоким разрешением . Затем используется процесс двумерного электрофореза, дающий результаты с Затем радиоактивный гель второго измерения позволяет обнажить большой лист пленки . Излучение, создаваемое радиоактивной меткой, приведет к обнажению пленки в тех местах, где фрагменты рестрикции мигрировали во время электрофореза. Затем пленка проявляется, что дает визуальное представление результатов в виде авторадиографии . Одна и та же комбинация ферментов рестрикции будет давать один и тот же рисунок «пятен» на образцах одних и тех же организмов, но разные узоры для разных типов организмов. Например, ДНК человека и мыши будет давать совершенно разные структуры при обработке одной и той же комбинацией ферментов. Эти готовые авторады можно сравнить друг с другом, выявляя любые изменения в экспрессии генов, которые приводят к визуальным различиям в фильме. Каждый авторадиограмма содержит тысячи пятен, каждое из которых соответствует помеченной метке рестрикции ДНК.
RLGS становится полезным при сканировании всего генома и может эффективно выполнять работу тысяч полимеразных цепных реакций одновременно. Он легко обнаруживает изменения, отклоняющиеся от нормальных, и, таким образом, исключительно эффективен для выявления гипер/гипометилирования в опухолях , делеций или амплификаций генов или просто изменений в экспрессии генов на протяжении развития организма.
Источники
[ редактировать ]- Хаясидзаки, Синдзи; Оказаки, Хатада, Сибата, Хидео; Ватанабэ, Сачихико; Вада, Сэйдзи; Цутому, Сибуя, Тору; Цунехиро (апрель 1993 г.). « применения . различные геномного сканирования его и » Метод 8388788 . S2CID 22161587 .
- http://www.informatics.jax.org/searches/accession_report.cgi?id=MGI:71287
- фотография авторада из Комплексного онкологического центра Розуэлл-Парк.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Костелло, Дж. Ф.; Джозеф Ф. Костелло; Кристоф Пласс; Вебстер К. Кавени (1 марта 2002 г.). «Сканирование генома по ориентирам ограничений». Протоколы метилирования ДНК . Методы молекулярной биологии. Том. 200. стр. 53–70. дои : 10.1385/1-59259-182-5:053 . ISBN 1-59259-182-5 . ПМИД 11951655 .