МетабоЛайтс
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных метаболомики |
| Типы данных захвачен | метаболиты разных видов, структура метаболита, химические свойства, синонимы, протоколы экспериментов, таксономия, реакции, пути, ЯМР спектры , масс-спектры |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Европейская лаборатория молекулярной биологии |
| Лаборатория |  Европейский институт биоинформатики |
| Первичное цитирование | ПМИД 23109552 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.ebi.ac.uk/metabolights/ |
| URL-адрес загрузки | http://www.ebi.ac.uk/metabolights/download |
| Инструменты | |
| Интернет | Веб-сайт MetaboLights |
| Разнообразный | |
| Выпуск данных частота | жить |
| Политика курирования | Курируется вручную |
МетабоЛайтс [ 1 ] — это хранилище данных, основанное в 2012 году для межвидовых и межплатформенных метаболомических исследований, которое предоставляет первичные исследовательские данные и метаданные для метаболомических исследований, а также базу знаний о свойствах отдельных метаболитов . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] База данных поддерживается Европейским институтом биоинформатики (EMBL-EBI), а ее развитие финансируется Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC). [ 5 ] [ 6 ] По состоянию на июль 2018 года функция просмотра MetaboLights состоит из 383 исследований, двух аналитических платформ, ЯМР-спектроскопии и масс-спектрометрии . [ 7 ]
Семантическая аннотация основана на различных онтологиях и контролируемых словарях, включая онтологию ткани BRENDA и таксономию NCBI . Данные о структуре метаболитов связаны с химическими базами данных, включая ChemSpider , PubChem и ChEBI . Однако ссылки на базы данных метаболитов, похоже, отсутствуют.
MetaboLights состоит из двух компонентов:
- хранилище , которое позволяет метаболомному сообществу обмениваться экспериментальными результатами, данными и протоколами для любого метаболомного исследования. (рис. 1-2)
- эталонный слой отдельных соединений- метаболитов и их эталонные спектры, включая дополнительную информацию об их биологической роли, местонахождении, концентрациях и необработанные данные метаболомических экспериментов. (рис. 3)
Объем и доступ
[ редактировать ]Данные, хранящиеся в MetaboLights, доступны для загрузки с FTP-сайта и могут повторно использоваться научным сообществом, где обмен данными считается неотъемлемой частью научного метода . [ 8 ] Однако информацию об авторских правах и лицензиях нелегко идентифицировать.
MetaboLights включает в себя пользовательские инструменты для отправки экспериментов с использованием формата ISA-TAB для маркировки метаданных всех отправленных данных. [ 9 ] Представленным исследованиям автоматически присваивается стабильный уникальный инвентарный номер (например, MTBLS1), который можно использовать в качестве ссылки на публикацию; MetaboLights — один из репозиториев, рекомендованных несколькими научными журналами , включая EMBO Journal. [ 10 ] и природы данные научные . [ 11 ] Существует также управляемый процесс подачи, который помогает соответствовать рекомендациям Инициативы по стандартам метаболомики (MSI) по предоставлению высококачественных данных для экспериментов ЯМР и МС. [ 12 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кеннет Хауг; Реза М. Салек; Пабло Конеса; и др. (январь 2013 г.). «MetaboLights — хранилище общего назначения с открытым доступом для метаболомических исследований и связанных с ними метаданных» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D781-6. дои : 10.1093/NAR/GKS1004 . ISSN 0305-1048 . ПМК 3531110 . ПМИД 23109552 . Викиданные Q27818909 .
- ^ Сусанна-Ассунта Самсоне ; Филип Рок-Серра; Рассветное Поле; и др. (27 января 2012 г.). «На пути к совместимым биологическим данным» . Природная генетика . 44 (2): 121–6. дои : 10.1038/NG.1054 . ISSN 1061-4036 . ПМЦ 3428019 . ПМИД 22281772 . Викиданные , второй квартал
- ^ Хауг, Кеннет; Салек, Реза М.; Конеса, Пабло; Махендракер, Теджасви; Уильямс, Марк; Гриффин, Джулиан Л.; Стейнбек, Кристоф. «MetaboLights — новая база данных метаболомики EBI» . № 19. MetaboNews . Проверено 5 мая 2015 г.
- ^ Реза М. Салек; Кеннет Хауг; Пабло Конеса; и др. (2013). «Репозиторий MetaboLights: проблемы курирования в метаболомике» . База данных . 2013 (0): bat029. дои : 10.1093/БАЗА ДАННЫХ/BAT029 . ISSN 1758-0463 . ПМЦ 3638156 . ПМИД 23630246 . Викиданные Q28707581 .
- ^ Грант BBSRC BB/I000933/1 «MetaboLights: Создание недостающего ресурса сообщества по метаболомике», http://www.bbsrc.ac.uk/research/grants/grants/AwardDetails.aspx?FundingReference=BB/I000933/1
- ^ Повышение на 30 000 фунтов стерлингов для обмена данными по метаболомике между Великобританией и Китаем , Отдел новостей азиатских ученых, 2015 г. , получено 11 июня 2015 г.
- ^ «Обзор» .
- ^ Реза М. Салек; Кеннет Хауг; Кристоф Стейнбек (2013). «Распространение результатов метаболомики: роль MetaboLights и COSMOS» . ГигаСайенс . 2 (1): 8. дои : 10.1186/2047-217X-2-8 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 3658998 . ПМИД 23683662 . Викиданные Q21195826 .
- ^ Филипп Рокка-Серра; Марко Брандизи; Имонн Магуайр; и др. (15 сентября 2010 г.). «Программный пакет ISA: поддержка экспериментальных аннотаций, соответствующих стандартам, и возможность курирования на уровне сообщества» . Биоинформатика . 26 (18): 2354–6. doi : 10.1093/БИОИНФОРМАТИКА/BTQ415 . ISSN 1367-4803 . ПМЦ 2935443 . ПМИД 20679334 . Викиданные Q28749402 .
- ^ Рекомендации для авторов, http://emboj.embopress.org/authorguide.
- ^ Рекомендуемые хранилища данных, http://www.nature.com/sdata/data-policies/repositories.
- ^ «Инициатива по стандартам метаболомики». Природная биотехнология . 25 (8): 846–848. Август 2007 г. doi : 10.1038/NBT0807-846B . ISSN 1087-0156 . ПМИД 17687353 . Викиданные Q56982425 .