Онтология ткани БРЕНДА
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Онтология всех организмов для источников ферментов . |
| Контакт | |
| Первичное цитирование | ПМИД 21030441 |
| Дата выпуска | 2003 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.brenda-enzymes.org/ontology.php?ontology_id=3 |
Онтология тканей BRENDA (BTO) представляет собой обширную структурированную энциклопедию . Он предоставляет термины, классификации и определения тканей , органов , анатомических структур, частей растений, клеточных культур , типов клеток и клеточных линий организмов всех таксономических групп ( животных , растений , грибов , простейших ) в качестве источников ферментов. Информация связана с функциональными данными в BRENDA («База данных ферментов BRaunschweig»). [1] ферментов информационная система .
BTO — одна из первых тканеспецифичных онтологий в науках о жизни , не ограничивающаяся конкретным организмом или конкретной группой организмов, обеспечивающая удобный доступ к широкому спектру информации о тканях и типах клеток. Базы данных, такие как служба поиска онтологий или ses, такие как реестр MIRIAM или EBI-EMBL , TissueDistributionDB , включая библиотеку синонимов тканей Немецкого онкологического исследовательского центра (DKFZ) в Гейдельберге или биопортала платформу Национального центра биомедицинских исследований. Ontology в Стэнфорде, США, полагаются на BTO и внедряют энциклопедию в качестве основного хранилища информации на свою соответствующую платформу.
BTO позволяет пользователям, занимающимся медицинскими исследованиями и фармацевтическими науками, искать местонахождение и гистологическое обнаружение связанных с заболеваниями ферментов в тканях, которые играют важную роль в диагностике , терапии и разработке лекарств . В биохимии и биотехнологии термины, специфичные для организма, связанные с функциональными данными ферментов, являются важным ресурсом для понимания метаболизма и регуляции в науках о жизни. Онтологии представляют собой системы классификации, которые предоставляют контролируемые и структурированные словари. [2] Они являются важными инструментами для иллюстрации и связывания эволюционных корреляций.
Разработка BTO началась в 2003 году с целью связать биохимические и молекулярно-биологические данные по ферментам BRENDA с иерархическим и стандартизированным набором тканеспецифичных терминов. Данные и информация о функциональных ферментах в BRENDA были вручную аннотированы и структурированы экспертами в области биохимии, биологии и химии. К октябрю 2022 года BTO содержало более 6527 терминов, связанных с 6065 синонимами и 5474 определениями. Термины классифицируются по общим категориям, правилам и форматам Консорциума генной онтологии (GO, [3] ), организованный в виде направленного ациклического графа (DAG), созданного с помощью OBO-Edit с открытым исходным кодом . [4] Все термины каждого уровня напрямую связаны с данными фермента в BRENDA. BTO является подходящим инструментом для различения различных ферментов, экспрессирующихся тканеспецифичным образом.
Содержание и возможности
[ редактировать ]BTO опирается на комплексные данные по конкретным ферментам информационной системы по ферментам BRENDA. В настоящее время (октябрь 2019 г.) в BRENDA хранится 112 200 специфических данных по ферментам, организмам и тканям из более чем 11 000 белков. Эти записи были вручную аннотированы на основе более чем 150 000 различных литературных ссылок. Все термины в БТО оцениваются и классифицируются в соответствии с форматом ОБО и связаны определенными отношениями. Каждый термин представляет собой отдельную запись в онтологии и автоматически присваивается уникальному идентификатору BTO (BTO-ID). BTO-ID служат стабильными номерами доступа для создания перекрестных ссылок на дополнительные внешние биохимические базы данных. Дополнительные термины, специфичные для тканей и типов клеток, из внешних баз данных (например, UniProt ) интегрируются в BTO.
Термины подразделяются на 4 основные категории (подграфы):
- животное
- растение
- грибок
- другие источники
Дополнительные уровни определяются под основными категориями (=узлы), классифицируя «родительский», «дочерний» и «внучатый» элементы, связанные определенными отношениями (=ребра).
- is_a (например, скелетное мышечное волокно is_a мышечное волокно)
- part_of (например, мышечное волокно part_of мышцы)
- развивается/происходит_из (клетка миомы развивается/происходит_из мышечного волокна)
- linked_to (описание более общих отношений между терминами, которые не охватываются другими)
Большинство терминов явно связаны с конкретными организмами, органами, тканями или типами клеток. Существует несколько одинаковых обозначений тканей как у растений, так и у животных, например «эпидермис». Чтобы различать эти термины о тканях и правильно классифицировать их в БТО для растительных тканей, перед термином ставится приставка «растение», например «эпидермис растения».
Более 80% терминов, связанных с тканями, имеют определения, описывающие значение и контекст. Эти определения взяты, например, из медицинских словарей и баз данных клеточных линий ( Словарь Вебстера , DSMZ ).
Доступность
[ редактировать ]Записи в BTO обновляются два раза в год в рамках основного обновления BRENDA. Он доступен на веб-сайте BRENDA в категории « Обозреватель онтологии ». Условия источника фермента можно найти с помощью формы запроса BTO. В результате пользователь получает список номеров EC, которые напрямую связаны с информацией о ферментах BRENDA. Также возможен поиск с помощью формы поиска BRENDA «Исходная ткань» («Классический вид»). На странице результатов отображаются все ферменты, которые выделены или обнаружены в искомом термине ткани, напрямую связанном с BTO.
BTO и BRENDA находятся в свободном доступе для академических пользователей. Его можно бесплатно загрузить через « Ontology Explorer » веб-сайта BRENDA или в формате OBO с « Obofoundry ».
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чанг, А., Йеске, Л., Ульбрих, С., Хофманн, Дж., Коблиц, Дж., Шомбург, И., Нойманн-Шааль, М., Ян, Д., Шомбург, Д. (2021) : « БРЕНДА, основной ресурс данных ELIXIR в 2021 году: новые разработки и обновления », Nucleic Acids Res. , 49 (проблема с базой данных): D498–D508.
- ^ Шомбург, И., Чанг, А., Шомбург, Д. (2014): « Стандартизация в энзимологии — интеграция данных в мировой информационной системе по ферментам BRENDA », Перспективы в науке , 1: 15–23
- ^ Ронкалья, П., Мартоне, М.Э., Хилл, Д.П., Берардини, Т.З., Фулджер, Р.Э., Имам, Ф.Т., Драбкин, Х., Мангалл, С.Дж., Ломакс, Дж. (2013): „ Генная онтология (GO) Онтология клеточных компонентов: интеграция с SAO (Онтология субклеточной анатомии) и другие последние разработки », J. Biomed. Семантика , 4:20
- ^ Смит, Б., Эшбернер, М., Росс, К., Бард, Дж., Баг, В., Сестерс, В., Голдберг, Л.Дж., Эйлбек, К., Ирландия, А., Мангалл, СиДжей; Консорциум OBI, Леонтис, Н., Рокка-Серра, П., Руттенберг, А., Сансоне, С.А., Шойерманн, Р.Х., Шах, Н., Ветцель, П.Л., Льюис, С. (2010): « Литейный завод OBO: скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных », Nat. Биотехнология. , 25: 1251–1255