Хосе В. Лопес

Хосе В. Лопес
Хосе В. Лопес
Академическое образование
Альма-матер	Технологический институт Джорджии ; Государственный университет Флориды ; Университет Джорджа Мейсона
Диссертация	(1995)
Докторантура	Стивен Дж. О'Брайен
Влияния	Чарльз Дарвин , Алан Уоттс , Генри Дэвид Торо / Уолден , Линн Маргулис , Бенджамин Франклин
Академическая работа
Учреждения	Смитсоновский институт ; Океанографический институт гавани
Основные интересы	эволюция, геномика, симбиоз, систематика микробиология,
Известные идеи	транспозиция митохондриальной ДНК

Хосе В. Лопес — американо-филиппинский молекулярный биолог . Он был преподавателем и профессором биологии Нового Юго-Восточного университета (НГУ). ^{[ 1 ]} в Дания-Бич, Флорида , с 2007 года. Лопес внесла свой вклад в качестве соучредителя Глобального альянса по геномике беспозвоночных (GIGA), сообщества ученых. Он также участвовал в проектах «Porifera — Древо жизни», « Микробиом Земли » и «Биогеном Земли » .

Образование

Лопес получил степень бакалавра в Технологическом институте Джорджии . ^{[ нужна ссылка ]} Позже он получил степень магистра наук по молекулярной биологии в Университете штата Флорида. ^{[ нужна ссылка ]} и его докторскую степень в области экологической биологии и государственной политики в Университете Джорджа Мейсона в Фэрфаксе под руководством Стивена Дж. О'Брайена . ^{[ 2 ]} Его докторская диссертация включала характеристику транспозиций митохондриальной ДНК в ядра кошек и название NUMT (ядерная митохондриальная ДНК) как распространенное явление эволюционной геномики. ^{[ 3 ]} Последующая работа включала применение молекулярной генетики к исследованиям симбиоза и морской биологии (например, кораллов и губок).

Карьера

Лопес применил свои знания в области молекулярной эволюции на постдокторских встречах с Нэнси Ноултон , характеризуя Orbicella (ранее Montastraea ) annularis комплекс родственных видов кораллов в Смитсоновском институте тропических исследований в Панаме, а также генетику морских губок с Ширли Помпони в Океанографическом институте Харбор-Бранч в Форт-Фортах. Пирс. ^{[ нужна ссылка ]} Последнее позволило ему использовать погружную технологию Johnson Sea-Link для исследования глубоководных губок и кораллов. Исследование Лопес морских губок было показано в документальном фильме PBS Южной Флориды «Губки: самые старые животные в море?» на канале Change Seas TV. ^{[ 4 ]} НГУ Находясь в Колледже естественных наук и океанографии Халмош , его лаборатория применяла инструменты геномики для решения различных конкретных вопросов симбиоза морских беспозвоночных и микробов . ^{[ 5 ]} экология микробиома, ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} геномика, криминалистика, метагеномика организмов, подвергшихся воздействию нефти, консервационная геномика, ^{[ 8 ]} и систематика/филогенетика. Лопес входил в состав Консорциума Deep Pelagic Nekton Dynamics (DEEPEND) Мексиканского залива, возглавляемого морским биологом Трейси Т. Саттон, с целью лучше понять пищевые сети и распределение пелагических микробов в глубокой части Мексиканского залива после разлива нефти Deepwater Horizon. Лопес работал заместителем редактора журнала «Наследственность» с 2008 года. В 2018 году он был удостоен награды президента НГУ «Выдающийся профессор». ^{[ 9 ]}

Лопес стала соучредителем Глобального альянса по геномике беспозвоночных (GIGA). ^{[ 10 ]} целью которого является содействие исследованиям и обучению студентов геномике морских и водных беспозвоночных животных. ^{[ 10 ]} После некоторых первоначальных консультаций с генетиком Стивеном Дж. О'Брайеном и наблюдения за успехом первого проекта по секвенированию генома, основанного на таксонах, Genome10K, Лопес и его коллеги перешли к созданию GIGA в 2013 году. ^{[ 11 ]} Это включало обращение к разнообразному сообществу биологов по беспозвоночным, которые в основном поддержали эту концепцию. Поддержка для финансирования первого семинара была предоставлена Американской генетической ассоциацией . GIGA фокусируется в основном на водных животных, но имеет те же проблемы (относительная недоступность, небольшие отдельные животные, низкий уровень ввода ДНК для секвенирования), что и более крупный консорциум беспозвоночных Insect5K (i5K). ^{[ 12 ]} И GIGA, и i5K теперь помогают составить «сеть сетей» в рамках проекта «Биогеном Земли» (EBP) . ^{[ 13 ]} запущен в декабре 2018 года с целью секвенировать полные геномы 1,5 миллиона эукариот.

Помимо известного симбиоза, ^{[ 14 ]} Лопес первоначально предположил, что микробиомы губок могут служить индикаторами сообществ в их непосредственной морской среде, поскольку губки являются фильтраторами. Позже было доказано, что эта гипотеза правильна лишь частично (см. классификацию губок с высоким и низким микробным обилием (HMA, LMA), поскольку все больше данных указывает на то, что многие виды губок несут своих собственных адаптированных симбионтов). ^{[ 15 ]}

Лопес применил независимые от культуры молекулярные инструменты, возникшие в результате Везеанской революции бактериальной систематики на основе рибосомальных РНК. ^{[ 16 ]} В конце концов, молекулярная идентификация распространилась на местные морские экосистемы как индикаторы качества воды, микробиомы кожи человека как возможные судебно-медицинские инструменты. ^{[ 17 ]} Фекалии летучих мышей Myotis для проверки потенциального влияния микробиома на продолжительность жизни, ^{[ 18 ]} и водораздел озера Окичоби во Флориде.

Он является автором книги «Оценка и сохранение биологического разнообразия от коралловых рифов до глубоководных вод», в которой рассматривается глубоководное морское биоразнообразие с точки зрения генетики, микробиологии и эволюции. ^{[ 19 ]}

Личная жизнь

Родители Лопес — выпускники Филиппинского университета , клинические патологоанатомы Эрнесто Дж. и Розарио Лопес, которые впервые встретились в Бингемтоне, штат Нью-Йорк. ^{[ 20 ]} Он женат на Эми Дойл из Плантации, Флорида . ^{[ нужна ссылка ]}

Ссылки

^ «Халмошский колледж естественных наук и океанографии НГУ» . cnso.nova.edu . Проверено 01 марта 2019 г.
^ Лопес, Хосе (1 апреля 1995 г.). «Молекулярная эволюция Numt, недавний перенос и тандемная амплификация митохондриальной ДНК в ядерный геном домашней кошки (Felis catus)» . Диссертации и диссертации факультета океанографии .
^ Лопес, СП; Юки, Н.; Масуда, Р.; Моди, В.; О'Брайен, SJ (1994). «Numt, недавний перенос и тандемная амплификация митохондриальной ДНК в ядерный геном домашней кошки». Журнал молекулярной эволюции . 39 (2): 174–90. Бибкод : 1994JMolE..39..174L . дои : 10.1007/BF00163806 . ПМИД 7932781 . S2CID 22165470 .
^ «Документальный фильм ChangeingSeas.TV Sponge (серия 801)» . www.changingseas.tv/. 14 декабря 2023 г.
^ Томас, Торстен (2016). «Глобальный микробиом губки: идеи о симбиозе, полученные на основе базального многоклеточного типа» . Природные коммуникации . 7 (11870): 11870. doi : 10.1038/ncomms11870 . ПМЦ 4912640 . ПМИД 27306690 .
^ Кэмпбелл, Александра; Флейшер, Джей; Синигальяно, Кристофер; Уайт, Джеймс; Лопес, Хосе (2015). «Динамика разнообразия морских бактериальных сообществ прибрежных вод рифов, заливов и сбросов сточных вод Юго-Восточной Флориды» . МикробиологияОткрыть . 4 (3): 390–408. дои : 10.1002/mbo3.245 . ПМЦ 4475383 . ПМИД 25740409 .
^ О'Коннелл, Лорен; Гао, Сун; Флейшер, Джей; Лопес, Хосе (2018). «Мелкозернистый композиционный анализ микробиома залива Порт-Эверглейдс с использованием высокопроизводительного секвенирования ДНК» . ПерДж . 6 : е4671. дои : 10.7717/peerj.4671 . ПМЦ 5947159 . ПМИД 29761039 .
^ Лопес, Хосе; Камель, Бишой; Медина, Моника; Коллинз, Тимоти; Баумс, Иллиана (2019). «Множественные аспекты геномики сохранения морских беспозвоночных. Ежегодный обзор биологических наук о животных» . Ежегодный обзор биологических наук о животных . 7 : 473–497. doi : 10.1146/annurev-animal-020518-115034 . PMID 30485758 . S2CID 54103492 .
^ «Факультет Халмош признан заслуженным профессором года по версии президента | Отдел новостей НГУ» . nsunews.nova.edu . Проверено 2 апреля 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б Сообщество ученых GIGA; Бракен-Гриссом, Х.; Коллинз, АГ; Коллинз, Т.; Крэндалл, К.; Дистел, Д.; Данн, К.; Гирибет, Г.; Хэддок, С.; Ноултон, Н.; Мартиндейл, М.; Медина, М.; Мессинг, К.; О'Брайен, SJ; Поли, Г.; Патнэм, Н.; Раваси, Т.; Роуз, GW; Райан, Дж. Ф.; Шульце, А.; Верхайде, Г.; Адамска, М.; Байи, X.; Брейнхольт, Дж.; Браун, МЫ; Диас, MC; Эванс, Н.; Флот, Дж. Ф.; Фогарти, Н.; и др. (2014). «Глобальный альянс по геномике беспозвоночных (GIGA): развитие общественных ресурсов для изучения разнообразных геномов беспозвоночных» . Журнал наследственности . 105 (1): 1–18. doi : 10.1093/jhered/est084 . ПМК 4072906 . ПМИД 24336862 .
^ Кёпфли, Клаус-Петер; Патен, Бенедикт; Сообщество ученых Genome 10K (2015). «Проект Геном 10К: путь вперед» . Анну. Преподобный Аним. Биосци . 3 (5): 57–111. doi : 10.1146/annurev-animal-090414-014900 . ПМЦ 5837290 . ПМИД 25689317 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Консорциум i5K. (2013). «Инициатива i5K: продвижение геномики членистоногих для знаний, здоровья человека, сельского хозяйства и окружающей среды» . Журнал наследственности . 104 (5): 595–600. дои : 10.1093/jhered/est050 . ПМК 4046820 . ПМИД 23940263 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Левин, Харрис; Робинсон, Джин; Кресс, Джон; Бейкер, Уильям (2018). «Проект Биогеном Земли: секвенирование жизни ради будущего жизни» . Труды Национальной академии наук . 115 (17): 4325–4333. Бибкод : 2018PNAS..115.4325L . дои : 10.1073/pnas.1720115115 . ПМЦ 5924910 . ПМИД 29686065 .
^ Уилкинсон, Клайв (1987). «Значение микробных симбионтов в эволюции и экологии губок». Симбиоз .
^ Томас, Торстен; Мойтиньо-Силва, Лукас; Лурги, Мигель; Бьорк, Йоханнес Р.; Иссон, Коул; Астудильо-Гарсия, Кармен; Олсон, Джули Б.; Эрвин, Патрик М.; Лопес-Легентиль, Сюзанна; Лютер, Хайди; Чавес-Фоннегра, Андия; Коста, Родриго; Шупп, Питер Дж.; Стейндлер, Лаура; Эрпенбек, Дирк (16 июня 2016 г.). «Разнообразие, структура и конвергентная эволюция глобального микробиома губок» . Природные коммуникации . 7 (1): 11870. Бибкод : 2016NatCo...711870T . дои : 10.1038/ncomms11870 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 4912640 . ПМИД 27306690 .
^ Пейс, Норм (1997). «Молекулярный взгляд на микробное разнообразие и биосферу». Наука . 276 (5313): 734–740. дои : 10.1126/science.276.5313.734 . ПМИД 9115194 .
^ Хэмптон-Марселл, Джаррад Т.; Лопес, Хосе В.; Гилберт, Джек А. (март 2017 г.). «Микробиом человека: новый инструмент криминалистики» . Микробная биотехнология . 10 (2): 228–230. дои : 10.1111/1751-7915.12699 . ISSN 1751-7915 . ПМК 5328825 . ПМИД 28244273 .
^ Хьюз, Грэм М.; Лич, Джон; Пюхмайль, Себастьен Ж.; Лопес, Хосе В.; Тилинг, Эмма К. (08 января 2018 г.). «Есть ли связь между старением и разнообразием микробиома в исключительном долголетии млекопитающих?» . ПерДж . 6 : е4174. дои : 10.7717/peerj.4174 . ISSN 2167-8359 . ПМК 5764031 . ПМИД 29333342 .
^ Лопес, Хосе V (2023). Оценка и сохранение биологического разнообразия от коралловых рифов до глубокого моря . Эльзевир Наука. ISBN 9780128241127 .
^ Нэнси Уилтси (24 сентября 1961 г.). «На свадьбе Кведдинг-Лопес последовали филиппинские традиции» . Binghamton Sun. Бюллетень

Внешние ссылки

Глобальный альянс по геномике беспозвоночных

[1] «Халмошский колледж естественных наук и океанографии НГУ» . cnso.nova.edu . Проверено 01 марта 2019 г.

[2] Лопес, Хосе (1 апреля 1995 г.). «Молекулярная эволюция Numt, недавний перенос и тандемная амплификация митохондриальной ДНК в ядерный геном домашней кошки (Felis catus)» . Диссертации и диссертации факультета океанографии .

[3] Лопес, СП; Юки, Н.; Масуда, Р.; Моди, В.; О'Брайен, SJ (1994). «Numt, недавний перенос и тандемная амплификация митохондриальной ДНК в ядерный геном домашней кошки». Журнал молекулярной эволюции . 39 (2): 174–90. Бибкод : 1994JMolE..39..174L . дои : 10.1007/BF00163806 . ПМИД 7932781 . S2CID 22165470 .

[4] «Документальный фильм ChangeingSeas.TV Sponge (серия 801)» . www.changingseas.tv/. 14 декабря 2023 г.

[5] Томас, Торстен (2016). «Глобальный микробиом губки: идеи о симбиозе, полученные на основе базального многоклеточного типа» . Природные коммуникации . 7 (11870): 11870. doi : 10.1038/ncomms11870 . ПМЦ 4912640 . ПМИД 27306690 .

[6] Кэмпбелл, Александра; Флейшер, Джей; Синигальяно, Кристофер; Уайт, Джеймс; Лопес, Хосе (2015). «Динамика разнообразия морских бактериальных сообществ прибрежных вод рифов, заливов и сбросов сточных вод Юго-Восточной Флориды» . МикробиологияОткрыть . 4 (3): 390–408. дои : 10.1002/mbo3.245 . ПМЦ 4475383 . ПМИД 25740409 .

[7] О'Коннелл, Лорен; Гао, Сун; Флейшер, Джей; Лопес, Хосе (2018). «Мелкозернистый композиционный анализ микробиома залива Порт-Эверглейдс с использованием высокопроизводительного секвенирования ДНК» . ПерДж . 6 : е4671. дои : 10.7717/peerj.4671 . ПМЦ 5947159 . ПМИД 29761039 .

[8] Лопес, Хосе; Камель, Бишой; Медина, Моника; Коллинз, Тимоти; Баумс, Иллиана (2019). «Множественные аспекты геномики сохранения морских беспозвоночных. Ежегодный обзор биологических наук о животных» . Ежегодный обзор биологических наук о животных . 7 : 473–497. doi : 10.1146/annurev-animal-020518-115034 . PMID 30485758 . S2CID 54103492 .

[9] «Факультет Халмош признан заслуженным профессором года по версии президента | Отдел новостей НГУ» . nsunews.nova.edu . Проверено 2 апреля 2022 г.

[:0-10] Jump up to: ^а ^б Сообщество ученых GIGA; Бракен-Гриссом, Х.; Коллинз, АГ; Коллинз, Т.; Крэндалл, К.; Дистел, Д.; Данн, К.; Гирибет, Г.; Хэддок, С.; Ноултон, Н.; Мартиндейл, М.; Медина, М.; Мессинг, К.; О'Брайен, SJ; Поли, Г.; Патнэм, Н.; Раваси, Т.; Роуз, GW; Райан, Дж. Ф.; Шульце, А.; Верхайде, Г.; Адамска, М.; Байи, X.; Брейнхольт, Дж.; Браун, МЫ; Диас, MC; Эванс, Н.; Флот, Дж. Ф.; Фогарти, Н.; и др. (2014). «Глобальный альянс по геномике беспозвоночных (GIGA): развитие общественных ресурсов для изучения разнообразных геномов беспозвоночных» . Журнал наследственности . 105 (1): 1–18. doi : 10.1093/jhered/est084 . ПМК 4072906 . ПМИД 24336862 .

[11] Кёпфли, Клаус-Петер; Патен, Бенедикт; Сообщество ученых Genome 10K (2015). «Проект Геном 10К: путь вперед» . Анну. Преподобный Аним. Биосци . 3 (5): 57–111. doi : 10.1146/annurev-animal-090414-014900 . ПМЦ 5837290 . ПМИД 25689317 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[12] Консорциум i5K. (2013). «Инициатива i5K: продвижение геномики членистоногих для знаний, здоровья человека, сельского хозяйства и окружающей среды» . Журнал наследственности . 104 (5): 595–600. дои : 10.1093/jhered/est050 . ПМК 4046820 . ПМИД 23940263 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[13] Левин, Харрис; Робинсон, Джин; Кресс, Джон; Бейкер, Уильям (2018). «Проект Биогеном Земли: секвенирование жизни ради будущего жизни» . Труды Национальной академии наук . 115 (17): 4325–4333. Бибкод : 2018PNAS..115.4325L . дои : 10.1073/pnas.1720115115 . ПМЦ 5924910 . ПМИД 29686065 .

[14] Уилкинсон, Клайв (1987). «Значение микробных симбионтов в эволюции и экологии губок». Симбиоз .

[15] Томас, Торстен; Мойтиньо-Силва, Лукас; Лурги, Мигель; Бьорк, Йоханнес Р.; Иссон, Коул; Астудильо-Гарсия, Кармен; Олсон, Джули Б.; Эрвин, Патрик М.; Лопес-Легентиль, Сюзанна; Лютер, Хайди; Чавес-Фоннегра, Андия; Коста, Родриго; Шупп, Питер Дж.; Стейндлер, Лаура; Эрпенбек, Дирк (16 июня 2016 г.). «Разнообразие, структура и конвергентная эволюция глобального микробиома губок» . Природные коммуникации . 7 (1): 11870. Бибкод : 2016NatCo...711870T . дои : 10.1038/ncomms11870 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 4912640 . ПМИД 27306690 .

[16] Пейс, Норм (1997). «Молекулярный взгляд на микробное разнообразие и биосферу». Наука . 276 (5313): 734–740. дои : 10.1126/science.276.5313.734 . ПМИД 9115194 .

[17] Хэмптон-Марселл, Джаррад Т.; Лопес, Хосе В.; Гилберт, Джек А. (март 2017 г.). «Микробиом человека: новый инструмент криминалистики» . Микробная биотехнология . 10 (2): 228–230. дои : 10.1111/1751-7915.12699 . ISSN 1751-7915 . ПМК 5328825 . ПМИД 28244273 .

[18] Хьюз, Грэм М.; Лич, Джон; Пюхмайль, Себастьен Ж.; Лопес, Хосе В.; Тилинг, Эмма К. (08 января 2018 г.). «Есть ли связь между старением и разнообразием микробиома в исключительном долголетии млекопитающих?» . ПерДж . 6 : е4174. дои : 10.7717/peerj.4174 . ISSN 2167-8359 . ПМК 5764031 . ПМИД 29333342 .

[19] Лопес, Хосе V (2023). Оценка и сохранение биологического разнообразия от коралловых рифов до глубокого моря . Эльзевир Наука. ISBN 9780128241127 .

[20] Нэнси Уилтси (24 сентября 1961 г.). «На свадьбе Кведдинг-Лопес последовали филиппинские традиции» . Binghamton Sun. Бюллетень

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]