✖


Jump to content

Сегмент ядерной митохондриальной ДНК

Edit links
(Перенаправлено с NUMT )

Сегменты ядерной митохондриальной ДНК (NUMT) или генетические локусы описывают транспозицию любого типа цитоплазматической митохондриальной ДНК в ядерный геном эукариотических организмов. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]

было обнаружено больше последовательностей NUMT разного размера и длины у самого разнообразного числа эукариот По мере накопления полногеномного секвенирования различных организмов . [ 4 ] Их часто случайно обнаруживали исследователи, которые искали митохондриальную ДНК (мтДНК). [ 5 ] NUMT были обнаружены у всех изученных эукариот, и почти все области митохондриального генома могут быть интегрированы в ядерный геном. [ 6 ] [ 7 ] Однако NUMT различаются по количеству и размеру у разных видов. [ 6 ] [ 8 ] [ 9 ] Такие различия могут быть объяснены межвидовыми вариациями таких факторов, как стабильность зародышевой линии и количество митохондрий. [ 10 ] После выхода мтДНК в цитоплазму вследствие митохондриальных изменений и морфологических изменений она переносится в ядро. [ 1 ] [ 5 ] посредством процессов восстановления двухцепочечных разрывов . и вставляется в ядерную ДНК (нДНК) [ 1 ] Обнаружена корреляция между долей некодирующей ДНК и численностью NUMT в геноме. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] и NUMT имеют неслучайное распределение и более высокую вероятность быть вставленными в определенные области генома. [ 12 ] В зависимости от места вставки NUMT могут нарушать функцию гена. [ 1 ] Кроме того, интеграция de novo псевдогенов NUMT в ядерный геном может иметь неблагоприятные последствия. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ]

У домашней кошки количество и содержание митохондриальных генов амплифицировались в ядерном геноме кошки от 38 до 76 раз, помимо того, что они были транспонированы из цитоплазмы. [ 17 ] Последовательности NUMT кошек оказались нефункциональными из-за открытия множественных мутаций, различий в митохондриальных и ядерных генетических кодах, а также очевидной вставки в обычно инертные центромерные области. Присутствие NUMT-фрагментов в геноме не проблематично для всех видов; например, показано, что последовательности митохондриального происхождения способствуют репликации ядерной ДНК у Saccharomyces cerevisiae . [ 15 ] Хотя расширенная транслокация фрагментов мтДНК и их совместная амплификация со свободной митохондриальной ДНК была проблематичной при диагностике митохондриальных нарушений, при изучении популяционной генетики и филогенетическом анализе , [ 1 ] ученые использовали NUMT в качестве генетических маркеров для определения относительной скорости ядерных и митохондриальных мутаций и воссоздания эволюционного древа. [ 16 ]

В 2022 году ученые сообщили об открытии продолжающегося переноса митохондриальной ДНК в ДНК ядра клетки . Раньше считалось, что NUMT возникли еще до существования людей. 66 000 полногеномных последовательностей указывают на то, что это происходит примерно один раз на каждые 4 000 человеческих рождений. [ 18 ] [ 19 ]

История

[ редактировать ]

Согласно теории эндосимбиоза , [ 5 ] получивший признание примерно в 1970-х годах, [ 20 ] митохондрия . , как основной производитель энергии в клетке, ранее была свободноживущим прокариотом, который вторгся в эукариотическую клетку Согласно этой теории, симбиотические органеллы постепенно перенесли свои гены в геном эукариот, подразумевая, что митохондриальная ДНК (мтДНК) постепенно интегрировалась в ядерный геном. [ 2 ] Несмотря на метаболические изменения и функциональные адаптации у эукариот-хозяев, внутри органелл содержится кольцевая митохондриальная ДНК. мтДНК играет важную роль в производстве необходимых соединений, таких как ферменты, необходимые для правильного функционирования митохондрий. [ 21 ] В частности, было высказано предположение, что определенные гены (например, гены субъединиц I и II цитохромоксидазы ) внутри органеллы необходимы для регуляции окислительно-восстановительного баланса во всех связанных с мембраной цепях переноса электронов . [ 5 ] [ 22 ] Сообщается, что эти части митохондриального генома используются наиболее часто. [ 22 ] Митохондрии — не единственные места, в которых можно найти мтДНК; иногда мтДНК может переноситься из органелл в ядро; Доказательства такой транслокации были обнаружены путем сравнения последовательностей мтДНК с последовательностью генома в ядре. [ 1 ] [ 4 ] [ 10 ] Интеграция и рекомбинация цитоплазматической мтДНК в ядерную ДНК называется ядерной митохондриальной ДНК (NUMT). [ 1 ]

Возможное присутствие ДНК органелл внутри ядерного генома было предположено после открытия структур, гомологичных митохондриальной ДНК в ядре, вскоре после открытия независимой ДНК внутри органелл в 1967 году. [ 16 ] Эта тема оставалась нетронутой до 1980-х годов. Первые доказательства того, что ДНК может перемещаться между клеточными компартментами, появились, когда фрагменты ДНК хлоропластов были обнаружены в митохондриальном геноме кукурузы с помощью перекрестной гибридизации хлоропластной и митохондриальной ДНК, а также физического картирования гомологичных областей. [ 1 ] [ 23 ] [ 24 ] После этого первоначального наблюдения Джон Эллис ввел термин « беспорядочная ДНК» , чтобы обозначить внутриклеточный перенос ДНК из одной органеллы в другую и обозначить присутствие ДНК органеллы во многих клеточных компартментах. [ 24 ] Поиск мтДНК в ядерной ДНК продолжался до 1994 года, когда было сообщено о транспозиции 7,9 т.п.н. митохондриального генома размером обычно 17.0 т.п.н. в определенную ядерную хромосомную позицию у домашней кошки, и был изобретен термин NUMT для обозначения больших участков митохондриальная ДНК в геноме. [ 16 ] [ 17 ]

В настоящее время секвенированы полные геномы многих эукариот, как позвоночных , так и беспозвоночных , и NUMT наблюдаются в ядерном геноме различных организмов, включая дрожжи, подоспору , морского ежа , саранчу , медоносную пчелу, триболиум , крысу, кукурузу, рис. и приматы . [ 4 ] [ 25 ] У Plasmodium , Anopheles gambiae и Aedes aegypti NUMT практически не обнаруживаются. [ 26 ] [ 27 ] Напротив, консервативные фрагменты NUMT были идентифицированы в данных генома Cionaintinalilis , Neurospora crassa , Schizosaccharomyces pombe , Caenorhabditis elegans , Drosophila melanogaster и Rattus norvegicus . [ 1 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 25 ] Агостиньо Антунес и Мария Жуан Рамос обнаружили присутствие NUMT в геноме рыбы в 2005 году с помощью BLAST , MAFFT , картирования генома и филогенного анализа. [ 11 ] [ 28 ] Западная медоносная пчела и Hydra magnipapillata являются соответственно первым и вторым животными с самым высоким соотношением NUMT к общему размеру ядерного генома, тогда как серый короткохвостый опоссум является рекордсменом по частоте NUMT среди позвоночных. [ 5 ] [ 25 ] Как и у животных, NUMT широко распространены в растениях, и самый длинный известный на данный момент фрагмент NUMT представляет собой частично дублированную вставку размером 620 т.п.н. в мтДНК thaliana длиной 367 т.п.н. Arabidopsis [ 5 ]

Механизм вставки NUMT

[ редактировать ]

Вставка NUMT в ядерный геном и его сохранение в ядерном геноме инициируются физической доставкой митохондриальной ДНК в ядро. [ 5 ] За этим шагом следует интеграция мтДНК в геном посредством механизма негомологичного соединения концов во время процесса восстановления двухцепочечного разрыва (DSB), как это было показано при изучении Saccharomyces cerevisiae . [ 13 ] [ 29 ] и завершается внутригеномной динамикой амплификации, мутации или делеции, известной как постинсерционные модификации. [ 5 ] Механизм переноса мтДНК в ядро ​​еще до конца не изучен. [ нужна ссылка ]

Различные способы перемещения мтДНК в ядро

Перенос высвободившейся мтДНК в ядро

[ редактировать ]

Первым шагом в процессе переноса является высвобождение мтДНК в цитоплазму. [ 1 ] Питер Торснесс и Томас Фокс продемонстрировали скорость перемещения мтДНК из митохондрий в ядро, используя ura3 штамм дрожжей URA3 с сконструированной плазмидой , необходимым геном для биосинтеза урацила , в митохондриях. Во время размножения таких штаммов дрожжей, несущих ядерную мутацию ura3 , плазмидная ДНК, ускользающая из митохондрии в ядро, дополняет дефект биосинтеза урацила , восстанавливая рост в отсутствие урацила и легко оценивая фенотип. [ 30 ] Скорость переноса ДНК из митохондрий в ядро ​​оценивалась как 2 х 10 −5 [ нужны разъяснения ] на клетку за поколение, тогда как в случае мутанта cox2 скорость переноса плазмиды из ядра в митохондрии примерно как минимум в 100 000 раз меньше. [ 30 ] Многие факторы контролируют скорость выхода мтДНК из митохондрий в ядро. Более высокая скорость мутаций мтДНК по сравнению с яДНК в клетках многих организмов является важным фактором, способствующим переносу митохондриальных генов в ядерный геном. [ 1 ] [ 31 ] Одним из межгенных факторов, приводящих к более частому разрушению митохондриальных макромолекул, в том числе мтДНК, является наличие высокого уровня активных форм кислорода, образующихся в митохондриях в качестве побочных продуктов синтеза АТФ. [ 1 ] Некоторые другие факторы, влияющие на выход мтДНК из митохондрий, включают действие мутагенных агентов и других форм клеточного стресса, которые могут повредить митохондрии или их мембраны. [ 16 ] что позволяет предположить, что экзогенные повреждающие агенты (например, ионизирующая радиация и химические генотоксические агенты) увеличивают скорость выхода мтДНК в цитоплазму. [ 32 ] Торснесс и Фокс продолжили свои исследования, чтобы найти эндогенные факторы, влияющие на выход мтДНК в ядро. Они выделили и изучили 21 ядерный мутант с различными комбинациями мутаций по крайней мере в 12 ядерных локусах, называемых мутациями yme (дрожжевой митохондриальный уход), в различных условиях окружающей среды, поскольку некоторые из этих мутаций вызывают температурную чувствительность. Они обнаружили, что эти мутации, нарушающие функции митохондрий, влияют на целостность митохондрий и приводят к выходу мтДНК в цитоплазму. [ 31 ] Кроме того, дефекты в белках изменяют скорость переноса мтДНК в ядро; например, в случае мутанта yme1 аномальные митохондрии подвергаются деградации вакуолью с помощью pep4 , основной протеиназы , и деградация увеличивает выход мтДНК в ядро ​​посредством митофагии . [ 1 ] [ 33 ] Торснесс и Кори Кэмпбелл обнаружили, что при разрушении pep4 частота выхода мтДНК у yme1 штаммов снижается. Аналогично, разрушение PRC1 , который кодирует карбоксипептидазу Y, снижает скорость выхода мтДНК у yme1 . дрожжей [ 33 ]

Имеющиеся данные показывают, что митофагия является одним из возможных способов переноса мтДНК в ядро ​​и на сегодняшний день считается наиболее поддерживаемым путем. Первый путь представляет собой мутант yme1 , который приводит к инактивации белка YMe1p , АТФ-зависимой металлопротеиназы , локализованной в митохондриях , что приводит к высокой скорости выхода мтДНК в ядро. [ 33 ] Митохондрии штамма yme1 чаще подвергаются деградации в вакуоли, чем штамма дикого типа. [ 33 ] Более того, цитологические исследования выявили несколько других возможных путей у самых разных видов , включая лизис митохондриального компартмента, прямое физическое соединение и слияние мембран между митохондриями и ядром, а также инкапсуляцию митохондриального компартмента внутри ядра. [ 5 ]

Прединсталляционная подготовка

[ редактировать ]
Различные возможные способы обработки мтДНК перед вставкой в ​​яДНК

Достигнув ядра, мтДНК должна проникнуть в ядерный геном. Скорость интеграции мтДНК в ядерный геном зависит от количества DSB в яДНК, активности систем репарации DSB и скорости выхода мтДНК из органелл. [ 1 ] Вставка мтДНК включает три основных процесса: во-первых, мтДНК должна иметь правильную форму и последовательность; другими словами, мтДНК должна быть отредактирована, что создает новый отредактированный сайт в структуре полинуклеотида. Митохондриальная ДНК не является универсальной, и у животных, подобных растениям, редактирование митохондрий демонстрирует очень хаотичные закономерности возникновения, специфичные для таксонов. [ 34 ]

Существует три возможных способа подготовки мтДНК к встраиванию в ядерную ДНК. Этот процесс в основном зависит от времени переноса мтДНК в ядро. [ 34 ] Прямая интеграция нередактированных фрагментов мтДНК в ядерные геномы наиболее вероятна и наблюдается у растений, генома Arabidopsis и животных с помощью различных методов, в том числе анализа на основе BLAST. [ 1 ] [ 34 ] В этом случае мтДНК переносится в ядро ​​при редактировании, а создание интронов происходит позже в митохондрии. Если бы ген был перенесен в ядро ​​в одной линии до того, как развилось митохондриальное редактирование, но остался в органелле в других линиях, где возникло редактирование, ядерная копия выглядела бы более похожей на отредактированный транскрипт, чем на оставшиеся митохондриальные копии в отредактированных сайтах. [ 34 ] Другая представленная и менее поддерживаемая модель - это модель, опосредованная кДНК , в которой содержащая интрон мтДНК поступает в ядро ​​и посредством обратной транскрипции сплайсированного и отредактированного митохондриального транскрипта интегрируется в яДНК. [ 1 ] [ 34 ] Третий предложенный механизм — это прямой перенос и интеграция безинтронной мтДНК в ядро, где редактирование и интроны в митохондриях приходят и уходят в ходе эволюции. В этом случае внедрение и удаление интрона, а также обратная транскрипция происходят внутри митохондрий, и конечный продукт, отредактированная безинтронная мтДНК, интегрируется в яДНК после переноса в ядро. [ 34 ]

Вставка в ядерный геном

[ редактировать ]
Механизм внедрения NUMT в ядерную ДНК

После завершения подготовительного этапа мтДНК готова к встраиванию в ядерный геном. На основании сайта интеграции NUMT и анализа результатов эксперимента с пекарскими дрожжами Бланшар и Шмидт предположили, что мтДНК встраивается в DSB посредством негомологичного механизма соединения концов; гипотеза получила широкое признание. [ 29 ] Более поздние анализы подтвердили участие NHEJ. [ нужны разъяснения ] в интеграции NUMT у людей. [ 5 ] Эти процессы происходят как в соматических, так и в зародышевых клетках. Однако у животных и человека способность репарации DSB в зародышевых клетках зависит от оогенетической и сперматогенетической стадий, тем не менее из-за низкой репарационной активности зрелые сперматозоиды не способны к репарации DSB. [ 1 ] [ 20 ] DSB также можно восстановить с помощью гомологичной рекомбинации , которая более точна и вносит меньше ошибок в процесс восстановления. [ 1 ] [ 20 ] Помимо канонического NHEJ, DSB восстанавливаются посредством микрогомологического соединения концов (MMEJ), которое включает в себя последовательности, содержащие несколько гомологичных нуклеотидов на концах DSB, подлежащих лигированию . [ 1 ] MMEJ является наиболее мутагенным механизмом репарации DSB из-за образования делеций, вставок различного размера и других перестроек генома у млекопитающих. [ 1 ]

Процессы вставки мтДНК и репарации DSB включают выравнивание сегментов ДНК, процессинг концов ДНК, синтез ДНК и лигирование. [ 1 ] На каждом этапе необходимы определенные белковые комплексы, способствующие возникновению указанных событий. В NHEJ Ku70/Ku80 гетеродимер и ДНК-зависимая протеинкиназа (DNA-PK) для сближения фрагментов ДНК, нуклеаза Artemis и полинуклеотидкиназа ( 3'-фосфатаза (PNKP) для процессинга концов, ДНК-полимеразы семейства X Pol μ и Pol λ) и терминальная дезоксинуклеотидилтрансфераза (TdT) для синтеза ДНК, а также комплекс XLF/XRCC4/LigIV для завершения репарации и соединения концов посредством фосфодиэфирной связи представляют собой белковые комплексы, участвующие в процессе репарации DSB у многих высших организмов. [ 1 ] ДНК-полимеразы Pol μ и Pol λ, а также комплекс XLF/XRCC4/LigIV являются общими для двух механизмов репарации NHEJ и MMEJ и выполняют одну и ту же функцию в обоих процессах репарации. [ 1 ] Первый этап MMEJ выполняет WRN. [ нужны разъяснения ] Белковые комплексы Artemis, DNA-PK и XRCC4 , которые обрабатывают концы фрагментов DSB и мтДНК, а также выравнивают их, чтобы полимеразы и лигазы могли завершить вставку NUMT.

Модификация после вставки

[ редактировать ]

Сложный характер NUMT по сравнению с одиночным фрагментом митохондрий, появление прерывистой митохондриальной ДНК в ядерном геноме и различная ориентация этих фрагментов демонстрируют пост-инсерционные процессы NUMT в ядерный геном. [ 5 ] Причиной этих сложных шаблонов может быть результат нескольких вставок NUMT в горячие точки вставки. [ 5 ] Кроме того, дублирование после вставки способствует разнообразию NUMT. [ 1 ] NUMT не имеют механизмов саморепликации или механизмов транспозиции, поэтому ожидается, что дупликация NUMT будет происходить последовательно или включать более крупную сегментную дупликацию со скоростью, репрезентативной для остальной части генома. Доказательства дупликаций NUMT, которые не находятся рядом с другими NUMT, присутствуют во многих геномах и, вероятно, происходят как часть сегментной дупликации. [ 35 ] Однако дубликаты недавних NUMT, специфичных для человека, как часть сегментной дупликации, по-видимому, редки; у людей только несколько NUMT перекрываются с сегментной дупликацией, и эти NUMT были обнаружены только в одной из копий, но отсутствовали в других, что позволяет предположить, что NUMT были вставлены после дупликации. [ 35 ] Удаление — это еще один метод модификации NUMT после вставки, который еще не изучен так подробно, как вставка. [ 5 ] Постоянное разрушение филогенных сигналов и высокая частота мутаций в мтДНК животных затрудняют распознавание таких модификаций, особенно делеций. Бенсассон и члены его команды изучили случаи, когда образцы внешнего вида NUMT не согласуются с филогенетическим древом , чтобы оценить самые старые вставленные NUMT у людей, датированные примерно 58 миллионами лет назад. [ 35 ]

Общие характеристики

[ редактировать ]

Поскольку количество митохондрий и их функциональный уровень различаются у эукариотических организмов, длина, структура и последовательность NUMT значительно различаются. [ 28 ] Исследователи обнаружили, что недавние вставки NUMT происходят из разных сегментов митохондриального генома, включая D-петлю и, в некоторых случаях, NUMT, охватывающие почти весь митохондриальный геном. [ 10 ] [ 13 ] Последовательность, частота, распределение по размерам, [ 10 ] и даже трудности обнаружения этих последовательностей в геноме существенно различаются у разных видов. [ 1 ] [ 5 ] Большинство фрагментов ДНК, перенесенных из митохондрий и пластид в ядерный геном, имеют размер менее 1 т.п.н. [ 1 ] [ 13 ] хотя большие фрагменты ДНК органелл обнаружены в геномах некоторых растений. [ 5 ]

Поскольку геном меняется со временем, количество NUMT в нем различается в ходе эволюции. [ 5 ] NUMT проникают в ядро ​​и встраиваются в яДНК в разные моменты времени. Из-за постоянных мутаций и нестабильности NUMT сходство этого участка генома с мтДНК широко варьируется. [ 1 ] [ 5 ] Например, последнее количество NUMT, зарегистрированное в геноме человека, составляет 755 фрагментов размером от 39 п.н. до почти всей митохондриальной последовательности. [ 13 ] Существует 33 паралогичных последовательности со сходством более 80% и длиной более 500 п.н. [ 36 ] Не все фрагменты NUMT в геноме являются результатом миграции мтДНК; некоторые являются результатом амплификации после вставки. [ 13 ] Обнаружено, что старые NUMT более распространены в геноме человека, чем недавние интегранты, что указывает на то, что мтДНК может быть амплифицирована после вставки. [ 13 ] Даяма и др. разработали новый высокоэффективный метод точного определения количества NUMT в геноме человека, названный открытием ядерных митохондриальных вставок (dinumt). [ 13 ] Этот метод позволил ей и ее команде идентифицировать вставки NUMT всех размеров во всех геномах, секвенированных с использованием технологии парного секвенирования. Они применили dinumt к 999 людям из Проекта «1000 геномов» и «Проекта разнообразия генома человека» и провели обновленный анализ обогащения у людей с использованием этих полиморфных вставок. [ 13 ] Дальнейшее исследование и генотипирование обнаруженных NUMT также анализирует возраст вставки, происхождение и характеристики последовательности. Наконец, они оценили их потенциальное влияние на текущие исследования митохондриальной гетероплазмии. [ 13 ]

Хотя мтДНК встраивается в ядерный геном только тогда, когда DSB продуцируется эндогенными или экзогенными повреждающими факторами, [ 1 ] он не вставляется в геном случайным образом. [ 12 ] Более того, не существует корреляции между долей некодирующей ДНК и численностью NUMT. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] Антунес и Рамос обнаружили, что старые NUMT вставляются преимущественно в известные и предсказанные локусы, как это следует из недавних NUMT в геноме человека, во время их работы над последовательностью NUMT у рыб с использованием метода анализа BLASTN. [ 28 ] Одно из лучших исследований, подтверждающих неслучайное распределение и вставку NUMT в ядерный геном, проведено Tsuji et al . [ 12 ] Используя метод LAST вместо BLAST, который позволяет вычислять E-значения с более высокой точностью и не недооценивает повторяющиеся элементы во флангах NUMT, они смогли точно охарактеризовать место вставки NUMT и обнаружили, что фрагменты NUMT имеют тенденцию вставляться. в областях с высокой локальной кривизной или изгибаемостью ДНК и высоким содержанием олигомеров, богатых A + T, особенно ТАТ, [ 13 ] преимущественно в открытых областях хроматина. [ 12 ] Используя тот же метод, Цудзи показал, что NUMT обычно не группируются вместе, а NUMT, вырабатываемые D-петлей, обычно недостаточно представлены, что более очевидно в геномах обезьян и человека по сравнению с их аналогами крысы и мыши из-за общей длины их НУМТ. [ 12 ] Однако Цудзи также обнаружил, что, хотя структуры ретротранспозонов сильно обогащены флангами NUMT и большинство NUMT вставлены в непосредственной близости от ретротранспозона, в то время как 10 из 557 NUMT были вставлены в ретротранспозон, не было четкой связи между размером не-транспозонов . кодирующая ДНК и количество NUMT. [ 12 ]

Последствия новой интеграции вставок NUMT

[ редактировать ]

NUMT не совсем бесфункциональны, и с ними связаны определенные функции. [ 1 ] Хотя NUMT ранее считались нефункциональными псевдогенами, недавно было показано, что NUMT человека представляют собой потенциально мутагенный процесс, который может повредить функциональную целостность генома человека. [ 28 ] Процессы миграции NUMT в ядро ​​могут вызывать мутации и резкие изменения структуры генома в месте интеграции, нарушать функцию генома и оказывать существенное влияние на экспрессию генетической информации. [ 1 ] Интеграция последовательностей мтДНК существенно влияет на пространственную организацию яДНК и может играть важную роль в эволюции геномов эукариот. [ 1 ] Помимо негативных эффектов мтДНК, консервативные старые NUMT в геноме, вероятно, представляют собой эволюционный успех, и их следует рассматривать как потенциальный эволюционный механизм улучшения областей геномного кодирования. [ 28 ] Лорен Чатр и Мирия Риккетти обнаружили, что мигрирующая митохондриальная ДНК может влиять на репликацию ядерной области, в которую они вставлены. [ 15 ] Они наблюдали последовательности митохондриального происхождения, способствующие репликации нДНК у Saccharomyces cerevisiae . NUMT представляют собой автономно реплицирующиеся (ARS) консенсусные последовательности core-A (ACS) длиной 11 п.о., которые необходимы, но недостаточны для функции начала репликации и любой мутации, которая консенсусом вызывает снижение или потерю активности репликации ДНК. [ 15 ] Учитывая высокую плотность мотивов ACS, некоторые NUMT выступают по существу как носители ACS. [ 15 ] Напротив, эффективность репликации выше у штаммов дрожжей, которые имеют плазмиды, содержащие как NUMT, так и ARS. [ 15 ] Они также обнаружили, что некоторые NUMT могут работать как независимая репликационная вилка, а поздние хромосомные источники и NUMT, расположенные рядом или внутри ARS, предоставляют ключевые элементы последовательности для репликации. Таким образом, NUMT могут выступать в качестве независимых источников при вставке в соответствующий геномный контекст или влиять на эффективность ранее существовавших источников. [ оригинальное исследование? ] [ 15 ]

Болезни и расстройства

[ редактировать ]

Вставка NUMT в геном может быть проблематичной. Транспозиция NUMT в геном связана с заболеваниями человека. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] Интеграция de novo псевдогенов NUMT в ядерный геном оказывает неблагоприятное воздействие, в некоторых случаях способствуя различным нарушениям и старению. [ 1 ] Интеграция митохондриальной ДНК в кодирующие гены зародышевых клеток имеет драматические последствия для развития эмбриона и во многих случаях приводит к летальному исходу. [ 1 ] Немногие псевдогены NUMT, связанные с заболеваниями, обнаружены внутри экзонов или на границах экзонов и интронов генов человека. [ 1 ] Например, пациенты с муколипидозом наследуют мутацию, вызванную вставкой фрагмента митохондриального ND5 длиной 93 п.н. в экзон 2 гена муколипина R403C. Это первый случай наследственного заболевания, вызванного вставкой NUMT. [ 1 ] Несмотря на небольшую группу лечения, трансплантация стволовых клеток оказалась эффективной, и уровни лизосомальных ферментов, по-видимому, нормализовались после трансплантации, по крайней мере, в одном случае. [ 37 ] Синдром Паллистера-Холла , нарушение развития, возникает в результате de novo вставки фрагмента мтДНК длиной 72 п.о. в 14 GLI3 экзон в хромосоме 7 . [ 1 ] вызывая центральную и постаксиальную полидактилию , раздвоение надгортанника, неперфорированный анус, аномалии почек, включая кистозные пороки развития, гипоплазию почек , эктопическую имплантацию мочеточника и аномалии сегментации легких, такие как двусторонние двудольные легкие. [ 38 ] Мутация сайта сплайсинга в человеческом гене фактора VII плазмы, которая вызывает серьезный дефицит фактора VII плазмы, кровотечение, возникает в результате вставки NUMT длиной 251 п.н. [ 5 ] Наконец, вставка длиной 36 пар оснований в экзоне 9 гена USH1C, связанная с синдромом Ушера типа IC, представляет собой NUMT. [ 5 ] Определенного проклятия синдрома Ушера пока не обнаружено, но проводится клиническое исследование на 18 добровольцах, чтобы определить влияние как в краткосрочном, так и в долгосрочном периоде. [ 39 ]

Старение

[ редактировать ]

Некоторые исследования показали, что появление псевдогенов NUMT de novo в геноме соматических клеток может иметь этиологическое значение для канцерогенеза и старения. [ 1 ] [ 13 ] Чтобы показать связь между старением и NUMT в ядерном геноме, Синь Ченг и Андреас Ивесса использовали yme1-1 мутантные штаммы Saccharomyces cerevisiae , которые имеют более высокую скорость миграции мтДНК. [ 40 ] используя тот же метод, который Торснесс и Фокс использовали для определения важных механизмов и факторов миграции мтДНК в ядро. [ 31 ] [ 40 ] Они обнаружили, что штаммы дрожжей с повышенной скоростью миграции фрагментов мтДНК в ядро ​​демонстрируют ускоренное хронологическое старение, тогда как штаммы с пониженной скоростью переноса мтДНК в ядро ​​демонстрируют увеличенную хронологическую продолжительность жизни. [ 40 ] что, возможно, может быть связано с влиянием NUMT на ядерные процессы, включая репликацию, рекомбинацию и репарацию ДНК, а также транскрипцию генов. [ 15 ] [ 40 ] Влияние NUMT на высшие эукариотические организмы исследовали Каро и др ., используя крыс в качестве модельного организма. в реальном времени Используя количественную оценку полимеразной цепной реакции (ПЦР) in situ , гибридизацию мтДНК с яДНК и сравнение молодых и старых крыс, они не только смогли определить высокую концентрацию цитохромоксидазы III и 16S рРНК из мтДНК как у молодых, так и у старых крыс. крыс, но и увеличение количества митохондриальных последовательностей в яДНК с возрастом крыс. [ 41 ] Основываясь на этих результатах, митохондрии могут быть основным триггером старения, но конечной мишенью также может быть ядро. [ 40 ] [ 41 ]

Рак

[ редактировать ]

Худшие случаи внедрения NUMT происходят, когда мтДНК вставляется в регуляторную область или структурные гены ядра и нарушает или изменяет жизненно важные клеточные процессы. [ 1 ] [ 33 ] Например, при первичных новообразованиях головного мозга низкой степени злокачественности флуоресцентный анализ гибридизации in situ помог распознать мтДНК, локализованную в ядре, в корреляции с общим увеличением мтДНК в клетке. [ 42 ] В клетках гепатомы последовательности мтДНК присутствуют в ядерном геноме в большем количестве копий, чем в нормальной ткани. [ 20 ] [ 33 ] Другим примером может быть яДНК HeLa , которая содержит последовательности, которые гибридизуются с фрагментами мтДНК размером примерно 5 т.п.н. Анализ показал, что яДНК злокачественных клеток содержит последовательности генов митохондриальной цитохромоксидазы I , ND4 , ND4L и 12S рРНК. [ 20 ] На основании этих данных предполагалось, что фрагменты мтДНК действуют как мобильный генетический элемент при инициации канцерогенеза . [ 1 ] Саузерн-блоттинг используется для определения частоты митохондриальных вставок в яДНК нормальных и опухолевых клеток мышей и крыс, что подтверждает более многочисленные и обильные последовательности мтДНК в яДНК опухолевых клеток грызунов по сравнению с нормальными клетками. [ 1 ] Использование зондов FISH; ПЦР; и секвенирования, картирования и сравнения данных, Джу обнаружил, что слияния митохондриально-ядерного генома происходят с такой же скоростью на пару оснований ДНК, что и межхромосомные ядерные перестройки, что указывает на наличие высокой частоты контактов между митохондриальной и ядерной ДНК в некоторых соматических клетки. Он также исследовал время интеграции соматической мтДНК в ядерный геном, оценивая случаи, когда метастатический в дополнение к первичной опухоли секвенировали образец. В некоторых случаях перенос мтДНК в ядро ​​соматических клеток происходит очень часто и может происходить после формирования неоплазии и в ходе субклональной эволюции рака, что позволяет предположить, что это событие происходит в обычных предковых раковых клонах или в нормальных соматических клетках до неопластического образования. изменять. [ 20 ] Эти результаты продемонстрировали наличие прямой корреляции между NUMT и раком в различных органах. [ 16 ]

Экспериментальное использование и ошибки

[ редактировать ]

Хотя понимание неслучайных вставок NUMT, вызывающих различные эффекты, помогает раскрыть структуру и определить полную функцию геномов, NUMT использовались в качестве экспериментальных инструментов и были полезны в различных биологических областях, прежде чем были признаны таковыми. Например, NUMT использовались в качестве генетических маркеров, а также как инструмент для понимания относительной скорости мутаций в ядре и митохондриях, а также для воссоздания эволюционных деревьев. [ 16 ] О продолжающемся процессе интеграции NUMT в ядерный геном свидетельствует обнаружение NUMT, которые были вставлены в геном человека после расхождения человека и шимпанзе. [ 14 ] Некоторые из этих NUMT указывают на то, что они возникли в человеческой популяции лишь недавно, что делает их полезными в качестве генетических маркеров происхождения. [ 14 ] Используя протокол, основанный на выравнивании генома, для оценки количества NUMT у близкородственных видов, Хазкани-Ково и Граур смогли выявить эволюционные события, которые могли повлиять на состав NUMT в каждом геноме, и реконструировать состав NUMT у общего предка человека и шимпанзе. [ 14 ] NUMT также можно использовать для сравнения скорости эволюции нефункциональных ядерных последовательностей со скоростью эволюции функциональной мтДНК и определения скорости эволюции по скорости накопления мутаций вдоль последовательностей NUMT с течением времени. Наименее селективно ограниченные регионы — это сегменты с наибольшим отличием от митохондриальной последовательности. [ 14 ] [ 16 ] Одним из наиболее многообещающих применений исследования NUMT является его использование при изучении ядерных мутаций. [ 16 ] У многоклеточных животных NUMT считаются нефункциональными. Таким образом, ядерные мутации можно отличить от митохондриальных изменений, и становится возможным изучение нуклеотидных замен, вставок и делеций. [ оригинальное исследование? ] Гомология паралогичных последовательностей NUMT с мтДНК позволяет проверить влияние локальных последовательностей на мутацию. [ 16 ]

NUMT дают возможность изучить древнее разнообразие митохондриальных линий и обнаружить доисторическую межвидовую гибридизацию. Древняя гибридизация была впервые обнаружена с помощью NUMT в хвостах щетинок. [ 43 ] колобиновые обезьяны, [ 44 ] и совсем недавно у прямого предка человека. Гибридизация гоминид произошла примерно во время разделения человека, шимпанзе и гориллы. [ 45 ]

Другая проблема возникла из-за присутствия NUMT в геноме, связанного с трудностью определения точного количества митохондриальных вставок в яДНК. Определение точного количества псевдогенов NUMT для вида является сложной задачей по нескольким причинам. [ 1 ] Одной из причин, затрудняющих обнаружение последовательностей NUMT, является изменение этих последовательностей путем мутации и делеции. [ 5 ] Еще два существенных препятствия очень затрудняют распознавание NUMT: во-первых, отсутствие корреляции между долей некодирующей нДНК и количеством вставок NUMT в ядерном геноме; [ 1 ] Вставка NUMT может происходить в известной или предсказанной кодирующей области в интронах и экзонах, а не только в межгенных и интронных областях. [ 12 ] [ 28 ] Во-вторых, митохондриальная ДНК, интегрированная в ядерные геномы животных, в первую очередь ограничена животными с кольцевыми митохондриальными геномами без интронов. [ 25 ]

Использование секвенирования по Сэнгеру для обнаружения вставки NUMT в ядерном геноме.

Эти трудности с обнаружением присутствия NUMT могут быть проблематичными. Транслоцированные митохондриальные последовательности в ядерном геноме потенциально могут быть амплифицированы в дополнение к аутентичной целевой последовательности мтДНК или даже вместо нее, что может затруднить популяционный генетический и филогенетический анализ, поскольку мтДНК широко используется для картирования популяций, эволюционных и филогенетических исследований. идентификация видов по штрих-коду ДНК, диагностика различных патологий, судебная медицина. [ 1 ] [ 27 ] Такая одновременная амплификация NUMT свободной внехромосомной мтДНК не позволяет определить точное количество фрагментов NUMT в геноме разных организмов. [ 27 ] особенно те, при которых происходит расширенная транслокация фрагментов мтДНК. [ 1 ] Например, большой псевдоген NUMT был обнаружен на хромосоме 1, а более поздний анализ той же последовательности пришел к выводу, что мтДНК сперматозоидов имеет мутации, которые вызывают низкую подвижность сперматозоидов. [ 1 ] [ 46 ] Другим примером может служить недавний отчет, описывающий гетероплазматическую молекулу мтДНК, содержащую пять связанных миссенс-мутаций, рассеянных по смежным генам CO1 и CO2 мтДНК у с болезнью Альцгеймера ; пациентов [ 47 ] однако исследования с использованием ПЦР, вариантов сайта рестрикции эндонуклеазы и филогенного анализа показали, что ядерные последовательности CO1 и CO2 показали, что они отличаются от мтДНК современного человека на ранних этапах эволюции гоминидов, примерно 770 000 лет назад, и эти сохранившиеся NUMT могут вызвать болезнь Альцгеймера. [ 1 ] [ 47 ] Одним из возможных способов предотвращения такого ошибочного результата является амплификация и сравнение гетерогенной последовательности, содержащей как мтДНК, так и яДНК, с результатами, полученными в результате секвенирования по Сэнгеру очищенной и обогащенной мтДНК. [ 27 ] [ 36 ]

Обнаружение

[ редактировать ]

Признаки того, что последовательность митохондриальной ДНК может быть загрязнена одной или несколькими последовательностями NUMT, включают двойные пики (гетерозиготы), инделы и преждевременные стоп-кодоны . [ 48 ]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах есть также и аль являюсь а к ап ак с как в Газиев А.И.; Шайхаев, Г.О. (2010). «Ядерные митохондриальные псевдогены». Молекулярная биология . 44 (3): 358–368. дои : 10.1134/s0026893310030027 . ПМИД   20608164 . S2CID   22819449 .
  2. ^ Перейти обратно: а б Лопес Дж. В., Юки Н., Моди В., Масуда Р. и О'Брайен С. Дж. (1994). «Numt, недавний перенос и тандемная амплификация митохондриальной ДНК в ядерном геноме домашней кошки». Джей Мол Эвол . 39 (2): 174–190. Бибкод : 1994JMolE..39..174L . дои : 10.1007/BF00163806 . ПМИД   7932781 . S2CID   22165470 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  3. ^ Лопес, СП; Стивенс, Дж. К.; О'Брайен, SJ (1997). «Все о ядерных митохондриальных линиях». Тенденции Экол. Эвол . 12 (3): 114. дои : 10.1016/s0169-5347(97)84925-7 . ПМИД   21238001 .
  4. ^ Перейти обратно: а б с Номияма, Хисаюки; и др. (1985). «Молекулярные структуры митохондриальных ДНК-подобных последовательностей в ядерной ДНК человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 13 (5): 1649–658. дои : 10.1093/нар/13.5.1649 . ПМК   341102 . ПМИД   2987834 .
  5. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т Хазкани-Ково, Эйнат; и др. (2010). «Молекулярные полтергейсты: копии митохондриальной ДНК (NUMT) в секвенированных ядерных геномах» . ПЛОС Генетика . 6 (2): e1000834. дои : 10.1371/journal.pgen.1000834 . ПМК   2820518 . ПМИД   20168995 .
  6. ^ Перейти обратно: а б Мишмар Д., Руис-Песини Э., Брэндон М. и Уоллес Округ Колумбия (2004). «Митохондриальные ДНК-подобные последовательности в ядре (NUMT): понимание нашего африканского происхождения и механизма интеграции чужеродной ДНК» . Хум Мутат . 23 (2): 125–133. дои : 10.1002/humu.10304 . ПМИД   14722916 . S2CID   25109836 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  7. ^ Цюй Х., Ма Ф. и Ли К. (2008). «Сравнительный анализ фрагментов митохондрий, перенесенных в ядро ​​позвоночных». Дж Генет Геномикс . 35 (8): 485–490. дои : 10.1016/S1673-8527(08)60066-1 . ПМИД   18721785 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  8. ^ Сасердо К., Касарегола С., Лафонтен И., Текая Ф., Дюжон Б. и Озье-Калогеропулос О. (2008). «Беспорядочная ДНК в ядерных геномах гемиаскомицетовых дрожжей» . FEMS Дрожжи Рез . 8 (6): 846–857. дои : 10.1111/j.1567-1364.2008.00409.x . ПМИД   18673395 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  9. ^ Шизас, Невада (2012). «Заблуждения относительно ядерных митохондриальных псевдогенов (Numts) могут затруднить обнаружение новинок митохондриальной эволюции» . Акват Биол . 17 : 91–96. дои : 10.3354/ab00478 .
  10. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Риччи, Э. (2004). «NUMT в секвенированных геномах эукариот» . Молекулярная биология и эволюция . 21 (6): 1081–084. дои : 10.1093/molbev/msh110 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-3BE0-F . ПМИД   15014143 .
  11. ^ Перейти обратно: а б с д Роджерс, Хьюберт Х; Гриффитс-Джонс, Сэм (2012). «Митохондриальные псевдогены в ядерных геномах дрозофилы» . ПЛОС ОДИН . 7 (3): e32593. Бибкод : 2012PLoSO...732593R . дои : 10.1371/journal.pone.0032593 . ПМК   3296715 . ПМИД   22412894 .
  12. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Цудзи, Дж.; и др. (2012). «Вставка NUMT млекопитающих неслучайна» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (18): 9073–088. дои : 10.1093/нар/gks424 . ПМК   3467031 . ПМИД   22761406 .
  13. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м Даяма, Дж; и др. (2014). «Геномный ландшафт полиморфных вставок ядерных митохондрий человека» . Нуклеиновые кислоты Рез . 42 (20): 12640–12649. дои : 10.1093/nar/gku1038 . ПМК   4227756 . ПМИД   25348406 .
  14. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Хазкани-Ково, Э; Граур, Д. (2006). «Сравнительный анализ эволюции NUMT у человека и шимпанзе» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (1): 13–18. дои : 10.1093/molbev/msl149 . ПМИД   17056643 .
  15. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Шатр, Лорен; Рикетти, Мирия (2011). «Ядерная митохондриальная ДНК активирует репликацию у Saccharomyces cerevisiae» . ПЛОС ОДИН . 6 (3): e17235. Бибкод : 2011PLoSO...617235C . дои : 10.1371/journal.pone.0017235 . ПМК   3050842 . ПМИД   21408151 .
  16. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж Бенсассон, Д. (2001). «Митохондриальные псевдогены: неуместные свидетели эволюции» . Тенденции в экологии и эволюции . 16 (6): 314–321. дои : 10.1016/s0169-5347(01)02151-6 . ПМИД   11369110 .
  17. ^ Перейти обратно: а б Лопес, Хосе В; и др. (1996). «Полные нуклеотидные последовательности митохондриального генома домашней кошки (Felis Catus) и транспонированный тандемный повтор мтДНК (Numt) в ядерном геноме» . Геномика . 33 (2): 229–46. дои : 10.1006/geno.1996.0188 . ПМИД   8660972 .
  18. ^ «Митохондриальная ДНК проникает в геном человека» . Геномные исследования от технологических сетей . Проверено 17 ноября 2022 г.
  19. ^ Вэй, Вэй; Шон, Кэтрин Р.; Элгар, Грег; Ориоли, Андреа; Танги, Мелани; Гисс, Адам; Тишковитц, Марк; Колфилд, Марк Дж.; Чиннери, Патрик Ф. (ноябрь 2022 г.). «Встроенные в ядро ​​последовательности митохондриальной ДНК в 66 083 геномах человека» . Природа . 611 (7934): 105–114. Бибкод : 2022Natur.611..105W . дои : 10.1038/s41586-022-05288-7 . ISSN   1476-4687 . ПМК   9630118 . ПМИД   36198798 .
  20. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Джу, Ён Сок (2015). «Реферат LB-161: Частый соматический перенос митохондриальной ДНК в ядерный геном раковых клеток человека». Исследования рака Cancer Res . 75 (15).
  21. ^ «Помогите мне понять генетику» . Домашний справочник по генетике . Национальная медицинская библиотека США . Проверено 4 мая 2016 г.
  22. ^ Перейти обратно: а б Чжан, DX. и Хьюитт, генеральный директор (1996). «Ядерная интеграция: проблемы маркеров митохондриальной ДНК». Тенденции Эколь Эвол . 11 (6): 247–251. дои : 10.1016/0169-5347(96)10031-8 . ПМИД   21237827 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  23. ^ Стерн, Дэвид Б; Лонсдейл, Дэвид М. (1982). «Митохондриальные и хлоропластные геномы кукурузы имеют общую последовательность ДНК длиной 12 килобаз». Природа . 299 (5885): 698–702. Бибкод : 1982Natur.299..698S . дои : 10.1038/299698a0 . ПМИД   6889685 . S2CID   4252809 .
  24. ^ Перейти обратно: а б Эллис, Джон (1982). «Беспорядочная ДНК - гены хлоропластов внутри митохондрий растений». Природа . 299 (5885): 678–679. Бибкод : 1982Natur.299..678E . дои : 10.1038/299678a0 . ПМИД   7121600 . S2CID   31189305 .
  25. ^ Перейти обратно: а б с д Сун, Шен; и др. (2013). «Исключительно высокий совокупный процент NUMT, происходящих из линейных молекул митохондриальной ДНК в геноме Hydra Magnipapillata» . БМК Геномика . 14 (1): 447. дои : 10.1186/1471-2164-14-447 . ПМЦ   3716686 . ПМИД   23826818 .
  26. ^ Хой, Марджори А. (2013). Молекулярная генетика насекомых: введение в принципы и приложения (3-е изд.). Сан-Диего: Академическая пресса. стр. 613–620. ISBN  978-0-12-415874-0 .
  27. ^ Перейти обратно: а б с д Хлаинг, Таунг; и др. (2009). «Митохондриальные псевдогены в ядерном геноме комаров Aedes Aegypti: значение для прошлых и будущих популяционно-генетических исследований» . БМК Генетика . 10 (1): 11. дои : 10.1186/1471-2156-10-11 . ПМК   2660364 . ПМИД   19267896 .
  28. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Антунес, Агостиньо; Рамос, Мария Жуан (2005). «Обнаружение большого количества ранее нераспознанных митохондриальных псевдогенов в геномах рыб» . Геномика . 86 (6): 708–717. дои : 10.1016/j.ygeno.2005.08.002 . ПМИД   16176867 .
  29. ^ Перейти обратно: а б Бланшар, Дж.Л.; Шмидт, Г.В. (1996). «События миграции митохондриальной ДНК у дрожжей и человека: интеграция с помощью общего механизма соединения концов и альтернативные взгляды на закономерности замены нуклеотидов» . Мол. Биол. Эвол . 13 (3): 537–548. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025614 . ПМИД   8742642 .
  30. ^ Перейти обратно: а б Торснесс, Питер Э; Фокс, Томас Д. (1990). «Побег ДНК из митохондрий в ядро ​​Saccharomyces cerevisiae». Природа . 346 (6282): 376–79. Бибкод : 1990Natur.346..376T . дои : 10.1038/346376a0 . ПМИД   2165219 . S2CID   4303713 .
  31. ^ Перейти обратно: а б с Торснесс, ЧП; Фокс, Т.Д. (1993). «Ядерные мутации в Saccharomyces cerevisiae, влияющие на выход ДНК из митохондрий в ядро» . Генетика . 134 (1): 21–28. дои : 10.1093/генетика/134.1.21 . ПМК   1205423 . ПМИД   8514129 .
  32. ^ Уоллес, округ Колумбия (2005). «Митохондриальная парадигма метаболических и дегенеративных заболеваний, старения и рака: рассвет эволюционной медицины» . Анну. Преподобный Жене . 39 : 359–407. дои : 10.1146/annurev.genet.39.110304.095751 . ПМК   2821041 . ПМИД   16285865 .
  33. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Кэмпбелл, Кори Л; Торснесс, Питер Э. (30 июля 1998 г.). «Побег митохондриальной ДНК в ядро ​​дрожжей Yme1 опосредован вакуолярно-зависимым переворотом аномальных митохондриальных компартментов». Журнал клеточной науки . 111 (16): 2455–64. дои : 10.1242/jcs.111.16.2455 . ПМИД   9683639 .
  34. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Хенц, К; Мартин, Уильям (2001). «Как митохондриальные гены попадают в ядро». Тенденции в генетике . 17 (7): 383–387. дои : 10.1016/s0168-9525(01)02312-5 . ПМИД   11418217 .
  35. ^ Перейти обратно: а б с Бенсассон, Д; Фельдман, М.В.; Петров, Д.А. (2003). «Скорость дупликации ДНК и вставки митохондриальной ДНК в геном человека». Джей Мол Эвол . 57 (3): 343–354. Бибкод : 2003JMolE..57..343B . дои : 10.1007/s00239-003-2485-7 . ПМИД   14629044 . S2CID   42754186 .
  36. ^ Перейти обратно: а б Рамос, Аманда; и др. (2011). «Ядерные вставки митохондриального происхождения: обновление базы данных и полезность в исследованиях рака». Митохондрия . 11 (6): 946–53. дои : 10.1016/j.mito.2011.08.009 . ПМИД   21907832 .
  37. ^ Орчард, Пол, доктор медицины. «Трансплантация стволовых клеток при врожденных нарушениях обмена веществ» . Clinicaltrials.gov . Национальные институты здравоохранения США . Проверено 4 мая 2016 г.
  38. ^ Бизекер, Л.Г.; Джонстон, Джей-Джей (2007). «Синдром Паллистера-Холла (PHS)». Атлас Генет Цитогенет Онкол Гематол . 11 (2): 145–147.
  39. ^ Велебер, Ричард, доктор медицины. «Исследование по определению долгосрочной безопасности, переносимости и биологической активности UshStat® у пациентов с синдромом Ушера типа 1B» . ClinicalTrials.gov . Национальные институты здравоохранения США . Проверено 4 мая 2016 г.
  40. ^ Перейти обратно: а б с д и Ченг, Синь; Ивесса, Андреас С (2010). «Миграция фрагментов митохондриальной ДНК в ядро ​​влияет на хронологический процесс старения Saccharomyces cerevisiae» . Стареющая клетка . 9 (5): 919–923. дои : 10.1111/j.1474-9726.2010.00607.x . ПМЦ   3394387 . ПМИД   20626726 .
  41. ^ Перейти обратно: а б Каро, Пилар; и др. (2010). «Последовательности митохондриальной ДНК присутствуют внутри ядерной ДНК в тканях крыс и увеличиваются с возрастом». Митохондрия . 10 (5): 479–486. дои : 10.1016/j.mito.2010.05.004 . ПМИД   20546951 .
  42. ^ Лян, Британская Колумбия (1996). «Доказательства связи амплификации последовательностей митохондриальной ДНК и ядерной локализации в глиомах низкой степени злокачественности человека» . Мутат. Рез . 354 (1): 27–33. дои : 10.1016/0027-5107(96)00004-8 . ПМИД   8692203 .
  43. ^ Бальдо, Л; де Кейроз, А.; Хаяши, Калифорния; Гейтси, Дж. (2011). «Ядерно-митохондриальные последовательности как свидетели прошлого скрещивания и популяционного разнообразия прыгающих щетинкохвостых Mesomachilis» . Мол Биол Эвол . 28 (1): 195–210. дои : 10.1093/molbev/msq193 . ПМИД   20667982 .
  44. ^ Ван, Б; Чжоу, X.; Ши, Ф. (2015). «Полноразмерный анализ Numt свидетельствует о гибридизации между азиатскими родами колобинов Trachypithecus и Semnopithecus». Ам Дж Приматол . 77 (8): 901–910. дои : 10.1002/ajp.22419 . ПМИД   25903086 . S2CID   205330921 .
  45. ^ Попадин, К.; Гунбин, К.; Пешкин Л.; и др. (2017). «Митохондриальные псевдогены предполагают повторную межвидовую гибридизацию в эволюции гоминид». bioRxiv   10.1101/134502 .
  46. ^ Тангарадж, К. (2003). «Митохондриальные мутации сперматозоидов как причина низкой подвижности сперматозоидов» . Дж. Андрол . 24 (3): 388–392. дои : 10.1002/j.1939-4640.2003.tb02687.x . ПМИД   12721215 .
  47. ^ Перейти обратно: а б Уоллес, округ Колумбия; и др. (1997). «Древние последовательности мтДНК в ядерном геноме человека: потенциальный источник ошибок в идентификации патогенных мутаций» . Труды Национальной академии наук . 94 (26): 14900–4905. Бибкод : 1997PNAS...9414900W . дои : 10.1073/pnas.94.26.14900 . ПМК   25135 . ПМИД   9405711 .
  48. ^ Криштиану, Майкон Пассос; Кардозо, Данон Клемес; Фернандес-Саломан, Таня Мария (февраль 2014 г.). «Могут ли псевдогены быть широко распространены у муравьев? Свидетельства наличия numts у муравья-листореза Acromyrmex striatus (Roger, 1863) (Formicidae: Attini)» . Comptes Rendus Biologies . 337 (2): 78–85. дои : 10.1016/j.crvi.2013.11.007 . ПМИД   24581801 .

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Nuclear_mitochondrial_DNA_segment&oldid=1227746727"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f9145ee34e26917c205b2f858e941e04__1717764420
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f9/04/f9145ee34e26917c205b2f858e941e04.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Nuclear mitochondrial DNA segment - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)