Миколицибактерии
| Миколицибактерии | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Актиномицетота |
| Сорт: | Актиномицетия |
| Заказ: | Микобактерии |
| Семья: | Микобактерии |
| Род: | Миколицибактерии Гупта и др. 2018 год [ 1 ] |
| Типовой вид | |
| Миколицибактер террае (Wayne 1966) Гупта и др. 2018 год
| |
| Разновидность [ 2 ] | |
| |
| Синонимы | |
| |
Mycolicibacter — род грамположительных палочковидных бактерий семейства Mycobacteriaceae из порядка Mycobacteriales . [ 1 ]
Члены Mycolicibacter были отделены от более крупного рода Mycobacterium в 2018 году Gupta et al. на основе данных различных филогенетических деревьев, построенных на основе консервативных последовательностей генома, сравнительного геномного анализа и средних значений идентичности аминокислот. [ 1 ] Помимо этого рода, в исследовании было предложено разделить Mycobacterium на пять отдельных родов, что встретило некоторое сопротивление со стороны некоторых представителей научного сообщества. Устойчивость была основана на том, что Mycobacterium содержит некоторые клинически значимые виды, и изменение названия может вызвать путаницу среди врачей и других исследователей. [ 3 ]
В 2020 году Ямада и др. проанализировали фундаментальные морфологические свойства новых родов, включая диаметр клеток, длину клеток, периметр клеток, округлость клеток и соотношение сторон, и определили, что между пятью родами существуют значительные различия, что подтверждает новое деление. [ 4 ]
Название Mycolicibacter происходит от латинского существительного acidum mycolicum (переводится как миколевая кислота) и латинского существительного bacter (переводится как стержень). Вместе это название относится к роду миколевой кислоты, содержащему палочковидные бактерии. [ 1 ]
Биохимические характеристики и молекулярные подписи [ 1 ]
[ редактировать ]Члены Mycolicibacter являются медленнорастущими видами бактерий (для формирования колоний требуется более семи дней) и нехромогенными (не производят пигмент). Некоторые виды растут со средней скоростью: для формирования колоний требуется 5–15 дней. Хотя большинство представителей Mycolicibacter непатогенны, некоторые виды были выделены от животных-хозяев и пациентов-людей. Они имеют более высокое содержание G+C (в диапазоне 66,3–70,3 моль%) и относительно короткие геномы в диапазоне 3,87–5,11 Мб.
Анализ последовательностей генома Mycolicibacter выявил 26 консервативных сигнатурных инделей (CSI), специфичных для этого рода, в таких белках, как нерибосомальная пептидсинтетаза , нуклеозидгидролаза, регулятор транскрипции семейства TetR, белок А углеродного голодания, склонная к ошибкам ДНК-полимераза, амидогидролаза , белок семейства карбоксимунконолактондекарбоксилазы, поликетидциклаза, белок семейства спироциклазы AveC, белок TobH, UDP-N-ацетилмурамат-L-аланинлигаза , белок, содержащий домен DUF2236, субъединица кобальтохелатазы CobN, альфа/бета-гидролаза , переносчик калия Kef, мембранный белок , белок, содержащий домен DUF222, транспортер MFS , белок, содержащий домен аденилат/гуанилатциклазы, Белок, содержащий домен DUF2029, и гипотетические белки. [ 1 ] Эти CSI обеспечивают надежный молекулярный метод идентификации и отличия представителей Mycolicibacter от других родов семейства Mycobacteriaceae . Кроме того, было идентифицировано 15 уникальных консервативных сигнатурных белков (CSP), специфичных для большинства или всех представителей этого рода.
Филогения
[ редактировать ]Филогения Mycolicibacter основана на полногеномном анализе. [ 1 ] [ а ]
| |||||||||||||
Примечания
[ редактировать ]- ^ Mycolicibacter paraterrae и Mycolicibacter Virginiensis не включены в это филогенетическое древо.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г Гупта, Рэдхи С.; Ло, Брайан; Сын, Джин (13 февраля 2018 г.). «Филогеномика и сравнительные геномные исследования убедительно подтверждают разделение рода Mycobacterium на расширенный род Mycobacterium и четыре новых рода» . Границы микробиологии . 9:67 . дои : 10.3389/fmicb.2018.00067 . ISSN 1664-302X . ПМЦ 5819568 . ПМИД 29497402 .
- ^ Эузеби Ж.П., Парте AC. « Миколицибактер » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 26 июня 2022 г.
- ^ Тортоли, Энрико; Браун-Эллиотт, Барбара А.; Чалмерс, Джеймс Д.; Чирилло, Даниэла М.; Дейли, Чарльз Л.; Эмлер, Стефан; Флото, Р. Андрес; Гарсия, Мария Дж.; Хофслот, Воутер; Ко, Вон-Юнг; Ланге, Кристоф (01 июля 2019 г.). «То же мясо, другой соус: не обращайте внимания на новые названия микобактерий» . Европейский респираторный журнал . 54 (1). дои : 10.1183/13993003.00795-2019 . ISSN 0903-1936 . ПМИД 31296783 . S2CID 195893005 .
- ^ Ямада, Хироюки; Чикамацу, Кинуё; Аоно, Акио; Мурата, Казуёси; Миядзаки, Наоюки; Каяма, Йоко; Бхатт, Апурва; Фудзивара, Нагатоши; Маэда, Синдзи; Митарай, Сатоши (2020). «Фундаментальная морфология клеток, исследованная с помощью Cryo-TEM, видов новых пяти родов, надежно коррелирует с новой классификацией семейства Mycobacteriaceae » . Границы микробиологии . 11 : 562395. дои : 10.3389/fmicb.2020.562395 . ISSN 1664-302X . ПМК 7701246 . ПМИД 33304323 .