лидер ykkC-yxkD
| лидер ykkC-yxkD | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности ykkC-yxkD | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ykkC-yxkD |
| Рфам | RF00442 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Цис-рег; рибопереключатель |
| Домен(ы) | Бактерии |
| ТАК | ТАК: 0000233 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Лидер ykkC/yxkD представляет собой консервативную структуру РНК , обнаруженную выше генов ykkC и yxkD у Bacillus subtilis и родственных генов у других бактерий. Функция этого семейства неясна в течение многих лет, хотя было высказано предположение, что оно может включать откачивающие насосы и системы детоксикации в ответ на вредные молекулы окружающей среды. [ 1 ] Thermoanaerobacter tengcongensis Последовательность AE013027 перекрывается с последовательностью пуринового рибопереключателя, что позволяет предположить, что два рибопереключателя могут работать вместе, регулируя вышестоящий ген, который кодирует TTE0584 (Q8RC62) , члена семейства пермеаз .
Нельсон и др. [ 2 ] показали, что этот рибопереключатель воспринимает гуанидин и реагирует на него , и он был переименован в рибопереключатель Гуанидин-I . Кроме того, они продемонстрировали, что бактерии способны эндогенно продуцировать гуанидин, а рибопереключатель контролирует гены, продукты которых участвуют в модификации или выведении гуанидина как токсичного соединения из бактерий. Также определены кристаллические структуры рибопереключателя, связанного с лигандом. [ 3 ] [ 4 ]
Мотив РНК мини-ykkC представляет собой предполагаемый цис -регуляторный элемент, который, по-видимому, регулирует гены, аналогичные генам, регулируемым рибопереключателем гуанидин-I ( лидер ykkC/yxkD). Однако мотив РНК mini-ykkC проще по структуре и имеет меньше высококонсервативных нуклеотидных позиций, чем лидер ykkC-yxkD. [ 5 ] Несмотря на это, каждая из двух его структур «стебель-петля» напрямую связывает свободный гуанидин. Таким образом, мотив РНК mini-ykkC представляет собой отдельный класс гуанидин-чувствительных РНК, называемый рибопереключателем гуанидина-II . [ 6 ] Также была определена его кристаллическая структура. [ 7 ]
Мотив ykkC -III РНК [ 8 ] представляет собой отдельный кандидат цис -регуляторной РНК, которая, по-видимому, регулирует гены, связанные с предыдущими мотивами. Хотя структура РНК ykkC -III не похожа на РНК ykkC/yxkD, обе имеют сложную структуру, что привело к предположению, что они представляют собой рибопереключатели. Мотив ykkC -III имеет внутри себя жестко консервативную последовательность ACGA, которая напоминает менее жестко консервативную последовательность ACGA или ACGG, обнаруженную в РНК mini- ykkC , но неизвестно, связано ли это наблюдение с биологическим родством. Было представлено биохимическое подтверждение того, что этот мотив представляет собой третий класс гуанидиновых рибопереключателей, называемый рибопереключателем гуанидин-III . [ 9 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Баррик, Дж. Э.; Корбино К.А.; Винклер туалет; Нахви А; Мандал М; Коллинз Дж; Ли М; Рот А; Сударсан Н; Йона I; Викайзер Дж.К.; Брейкер Р.Р. (2004). «Новые мотивы РНК предполагают расширение возможностей рибопереключателей в генетическом контроле бактерий» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (17): 6421–6426. Бибкод : 2004PNAS..101.6421B . дои : 10.1073/pnas.0308014101 . ПМК 404060 . ПМИД 15096624 .
- ^ Нельсон, Джеймс В.; Атильо, Рубен М.; Шерлок, Мэдлин Э.; Стокбридж, Рэнди Б.; Брейкер, Рональд Р. (19 января 2017 г.). «Метаболизм свободного гуанидина в бактериях регулируется широко распространенным классом рибопереключателей» . Молекулярная клетка . 65 (2): 220–230. дои : 10.1016/j.molcel.2016.11.019 . ISSN 1097-4164 . ПМК 5360189 . ПМИД 27989440 .
- ^ Батталья, Роберт А.; Прайс, Ян Р.; Ке, Айлонг (апрель 2017 г.). «Структурная основа восприятия гуанидина рибопереключателями семейства ykkC» . РНК . 23 (4): 578–585. дои : 10.1261/rna.060186.116 . ISSN 1469-9001 . ПМК 5340920 . ПМИД 28096518 .
- ^ Рейсс, Кэролайн В.; Сюн, Юн; Стробель, Скотт А. (3 января 2017 г.). «Структурная основа связывания лиганда с рибопереключателем гуанидин-I» . Структура . 25 (1): 195–202. дои : 10.1016/j.str.2016.11.020 . ISSN 1878-4186 . ПМК 5317007 . ПМИД 28017522 .
- ^ Вайнберг З., Баррик Дж.Э., Яо З. и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием конвейера сравнительной геномики CMfinder» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (14): 4809–4819. дои : 10.1093/нар/gkm487 . ПМК 1950547 . ПМИД 17621584 .
- ^ Шерлок, Мэдлин Э.; Малковски, Сара Н.; Брейкер, Рональд Р. (17 января 2017 г.). «Биохимическая проверка второго класса гуанидиновых рибопереключателей в бактериях» . Биохимия . 56 (2): 352–358. doi : 10.1021/acs.biochem.6b01270 . ISSN 1520-4995 . ПМК 5340285 . ПМИД 28001368 .
- ^ Хуан, Линь; Ван, Цзя; Лилли, Дэвид MJ (22 июня 2017 г.). «Структура рибопереключателя гуанидина-II» . Клеточная химическая биология . 24 (6): 695–702.e2. doi : 10.1016/j.chembiol.2017.05.014 . ISSN 2451-9456 . ПМЦ 5486947 . ПМИД 28529131 .
- ^ Jump up to: а б Вайнберг З., Ван Дж. Х., Бог Дж. и др. (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата в структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов» . Геном Биол . 11 (3): С31. дои : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . ПМЦ 2864571 . ПМИД 20230605 .
- ^ Шерлок, Мэдлин Э.; Брейкер, Рональд Р. (17 января 2017 г.). «Биохимическая проверка третьего класса гуанидиновых рибопереключателей у бактерий» . Биохимия . 56 (2): 359–363. doi : 10.1021/acs.biochem.6b01271 . ISSN 1520-4995 . ПМК 5315414 . ПМИД 28001372 .