Последовательность вставки

Элемент вставки (также известный как an IS , элемент последовательности вставки или элемент AN ) - это короткая последовательность ДНК , которая действует как простой переносимый элемент . Последовательности вставки имеют две основные характеристики: они невелики по сравнению с другими транспонируемыми элементами (как правило, от 700 до 2500 п.н. длиной ) и только код для белков, участвующих в активности транспозиции (таким образом, они отличаются от других транспозонов , которые также несут аксессуары, такие в качестве генов устойчивости к антибиотикам ). Эти белки обычно представляют собой транспозазу , которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую двигаться, а также один регуляторный белок, который либо стимулирует, либо ингибирует активность транспозиции. Область кодирования в последовательности вставки обычно окружается инвертированными повторами . Например, хорошо известный IS 911 (1250 п.н.) окружен двумя 36BP инвертированными повторными конечностями, а кодирующая область имеет два гена, частично перекрывающихся ORFA и ORFAB , кодируя транспозазу (ORFAB) и регуляторный белок (ORFA). Конкретная последовательность вставки может быть названа в соответствии с формой n , где n - число (например, 1 , равно 2 , 3 , составляет 10 , равно 50 , составляет 911 , 26 и т. Д.); Однако это не единственная схема именования. Хотя последовательности вставки обычно обсуждаются в контексте прокариотических геномов , некоторые последовательности эукариотических ДНК, принадлежащие к семейству транспозируемых элементов TC1/ Mariner, можно считать последовательностями вставки. ^{[ 1 ]}

В дополнение к происходящему автономно, последовательности вставки также могут возникать в качестве частей композитных транспозонов . В композитном транспозоне две последовательности вставки фланкируют один или несколько аксессуаров, такие как ген устойчивость к антибиотикам (например, TN10 , TN 5 ). Тем не менее, существует другой вид транспозонов, называемых единичными транспозонами, которые не несут последовательности вставки на их конечностях (например, TN 7 ).

Сложный транспосон не полагается на фланкирующие последовательности вставки для разрешения. Резольваза является частью генома TNS и разрезает при фланкирующих перевернутых повторах.

Частота транспозиции элементов зависит от множественных параметров, включая фазу роста культивирования, состав среднего, натяжение кислорода, шкалу роста и структурную конформацию сайтов -мишеней (например, кривизна, наличие определенных мотивов, состав ДНК). ^{[ 2 ]} Рекомбинация между геномной является то, что участки могут позволить бактериям адаптироваться к новой среде, что является элементом важным механизмом эволюции в бактериях. ^{[ 3 ]}

Смотрите также

Мобильные генетические элементы

Ссылки

^ Махиллон, Жак; Чендлер, Майкл (2020-12-26). «Последовательности вставки» . Микробиология и молекулярная биология обзоры . 62 (3): 725–774. doi : 10.1128/mmbr.62.3.725-774.1998 . ISSN 1092-2172 . PMC 98933 . PMID 9729608 .
^ Goncalves GA, Oliveira PH, Gomes AG, Prather KL, Lewis LA, Parzeres DM, Monteiro GA (2014). «Доказательства того, что события вставки транспозиции IS2 смещены в сторону резких композиционных сдвигов в ДНК -мишени и модулируются разнообразным набором параметров культуры» (PDF) . Appl Microbiol Biotechnol . 98 (15): 6609–6619. doi : 10.1007/s00253-014-5695-6 . HDL : 1721.1/104375 . PMID 24769900 . S2CID 9826684 .
^ Cerisy T, Souterre T, Torres-Romero I, Boutard M, Dubois I, Patrouix J, Labadie K, Berrabah W, Salanoubat M, Doring V, Tolonen AC (2017). «Эволюция бактерии, управляющей биомассой, чтобы противостоять фенольным лицам» . Appl Environ Microbiol . 83 (11): E00289-17. doi : 10.1128/aem.00289-17 . HDL : 1721.1/104375 . PMC 5440714 . PMID 28363966 . S2CID 4705511 .

Кэмпбелл, Нил А. и Дейс, Джейн Б. (2002). Биология (6 -е изд.), Стр. 345–346. Сан -Франциско: Бенджамин Каммингс. ISBN 0-8053-6624-5 .
Махиллон Жак, Чендлер Майкл (2020). «Последовательности вставки» . Микробиология и молекулярная биология обзоры . 62 (3): 725–774. doi : 10.1128/mmbr.62.3.725-774.1998 . PMC 98933 . PMID 9729608 .
Прескотт, Лансинг М.; Харли, Джон П.; и Кляйн, Дональд А. (2002). Микробиология (5 -е изд.), С. 298–299. Нью-Йорк: МакГроу-Хилл. ISBN 0-07-232041-9 .
Шулер, Майкл Л. и Карги, Фикрет (2002). BioPocess Engineering: Основные концепции (2 -е изд.), С. 220. ISBN 0-13-081908-5 .

Внешние ссылки

Это искатель

[1] Махиллон, Жак; Чендлер, Майкл (2020-12-26). «Последовательности вставки» . Микробиология и молекулярная биология обзоры . 62 (3): 725–774. doi : 10.1128/mmbr.62.3.725-774.1998 . ISSN 1092-2172 . PMC 98933 . PMID 9729608 .

[Oliveira-2] Goncalves GA, Oliveira PH, Gomes AG, Prather KL, Lewis LA, Parzeres DM, Monteiro GA (2014). «Доказательства того, что события вставки транспозиции IS2 смещены в сторону резких композиционных сдвигов в ДНК -мишени и модулируются разнообразным набором параметров культуры» (PDF) . Appl Microbiol Biotechnol . 98 (15): 6609–6619. doi : 10.1007/s00253-014-5695-6 . HDL : 1721.1/104375 . PMID 24769900 . S2CID 9826684 .

[3] Cerisy T, Souterre T, Torres-Romero I, Boutard M, Dubois I, Patrouix J, Labadie K, Berrabah W, Salanoubat M, Doring V, Tolonen AC (2017). «Эволюция бактерии, управляющей биомассой, чтобы противостоять фенольным лицам» . Appl Environ Microbiol . 83 (11): E00289-17. doi : 10.1128/aem.00289-17 . HDL : 1721.1/104375 . PMC 5440714 . PMID 28363966 . S2CID 4705511 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]