сухБ

*сухБ*
сухБ
	Предсказанная вторичная структура и сохранение suhB последовательности
Идентификаторы
Символ	сухБ
Рфам	RF00519
Другие данные
РНК Тип	Джин ; мРНК
Домен(ы)	Бактерии
ИДТИ	ПОЙДИТЕ: 0006353 ПОЙДИТЕ: 0003715
ТАК	ТАК: 0000655
PDB Структуры	ПДБе

suhB , также известный как mmgR ( гранул ) , регулятор образования большего количества представляет , некодирующую собой РНК неоднократно встречающуюся в геноме Agrobacterium tumefaciens и родственных альфа-протеобактерий . ^{[ 1 ]} Другие некодирующие РНК, обнаруженные в том же анализе, включают speF , ybhL , metA и serC . ^{[ 1 ]}

Несколько исследований на Sinorhizobium meliloti показали, что элемент suhB действительно является некодирующей РНК. Впервые он был обнаружен с помощью Нозерн-блоттинга и назван Sm8RNA . ^{[ 2 ]} затем в исследовании RNAseq и получил название SmelC689 . ^{[ 3 ]}

Цитоплазма мутантного фенотипа (отсутствующего малой РНК ) содержит более высокое содержание запасающих гранул полигидроксибутирата (PBH), чем штамм дикого типа. ^{[ 4 ]} МРНК необходима для регулирования внутриклеточного накопления PBH у Sinorhizobium meliloti . ^{[ 5 ]}

Нозерн-блоттинг подтвердил экспрессию мРНК у других видов ризобий. Гомологи suhB обнаружены у большинства альфа-протеобактерий. Rho-независимый терминатор и 10-мер одноцепочечной области (UUUCCUCCCU) полностью консервативны. Следовательно, было предложено определить новое семейство альфа-протеобактериальных мРНК, альфа-r8, suhB . членом которого является ^{[ 6 ]}

РНК-связывающий белок Hfq связывает и стабилизирует suhB . ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Было показано, что экспрессия гена mmgR контролируется азотом (N). ^{[ 9 ]} Дальнейшее изучение ^{[ 10 ]} показали, что регуляторные белки NtrC могут быть необходимы для экспрессии гена suhB при ограничении N. При ограничении углерода (C) транскрипция suhB подавляется AntiA. ^{[ 10 ]}

suhB также присутствует в Sphingopyxis granuli , TFA штамма ^{[ 11 ]} альфа -протеобактерия , использующая растворитель тетралин в качестве источника энергии. ^{[ 12 ]} suhB был обнаружен как мРНК длиной 61 нт с помощью нозерн-блоттинга в клетках TFA, растущих с высокой скоростью. β-галактозидазная активность слияния PsuhB::lacZ подтвердила более низкую экспрессию suhB в клетках TFA, растущих с низкой скоростью. Мутант, лишенный suhB, экспрессирует гены thn (деградация тетралина) даже в присутствии предпочтительного источника углерода (условия катаболитной репрессии). Этот фенотип обусловлен высвобождением негативного эффекта suhB на трансляцию ThnR. Hfq также участвует во взаимодействии suhB с мРНК 5'-UTR thnR , что приводит к репрессии гена thn в условиях катаболитной репрессии . ^{[ 11 ]}

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Корбино, Кейт А; Баррик, Джеффри Э; Лим, Джинсу; Вельц, Рюдигер; Такер, Брайан Дж; Пушкарц, Изабела; Мандал, Маумита; Рудник, Ноам Д; Брейкер, Рональд Р. (2005). «Доказательства существования второго класса S-аденозилметиониновых рибопереключателей и других регуляторных мотивов РНК у альфа-протеобактерий» . Геномная биология . 6 (8): 70 рандов. дои : 10.1186/gb-2005-6-8-r70 . ПМЦ 1273637 . ПМИД 16086852 .
^ Вальверде, Клаудио; Ливни, Джонатан; Шлютер, Ян-Филип; Рейнкенсмайер, Ян; Беккер, Анке; Паризи, Густаво (2008). «Прогнозирование генов мРНК Sinorhizobium meliloti и экспериментальное обнаружение у штамма 2011» . БМК Геномика . 9 (1): 416. дои : 10.1186/1471-2164-9-416 . ПМЦ 2573895 . ПМИД 18793445 .
^ Шлютер, Ян-Филип; Рейнкенсмайер, Ян; Дашке, Свеня; Евгеньева-Хакенберг Елена; Янссен, Стефан; Янике, Себастьян; Беккер, Йорг Д; Гигерих, Роберт; Беккер, Анке (декабрь 2010 г.). «Полногеномное исследование мРНК симбиотической азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti » . БМК Геномика . 11 (1). дои : 10.1186/1471-2164-11-245 . ПМЦ 2873474 . ПМИД 20398411 .
^ Лагарес, А (2015). Биологическая роль малой регуляторной РНК Sm8 у свободноживущих и симбиотических Sinorhizobium meliloti . Кандидатская диссертация; Национальный университет Ла Планта, Аргентина.
^ Лагарес, Антонио; Борелла, Герман Цейзель; Линне, Уве; Беккер, Анке; Вальверде, Клаудио (15 апреля 2017 г.). «Регуляция накопления полигидроксибутирата в Sinorhizobium meliloti с помощью транс-кодируемой малой РНК MmgR» . Журнал бактериологии . 199 (8). дои : 10.1128/JB.00776-16 . ПМК 5370414 . ПМИД 28167519 .
^ Лагарес, Антонио; Ру, Индра; Вальверде, Клаудио (июнь 2016 г.). «Филогенетическое распределение и эволюционный образец гена малой РНК α-протеобактерии, который контролирует накопление полигидроксибутирата у Sinorhizobium meliloti ». Молекулярная филогенетика и эволюция . 99 : 182–193. дои : 10.1016/j.ympev.2016.03.026 . hdl : 11336/113848 . ПМИД 27033949 .
^ Торрес-Кесада, Омар; Рейнкенсмайер, Ян; Шлютер, Ян-Филип; Робледо, Марта; Перегрина, Александра; Гигерих, Роберт; Торо, Николас; Беккер, Анке; Хименес-Сурдо, Хосе I (май 2014 г.). «Полногеномное профилирование Hfq-связывающих РНК обнаруживает обширную посттранскрипционную перестройку основных реакций на стресс и симбиотических регулонов у Sinorhizobium meliloti» . Биология РНК . 11 (5): 563–579. дои : 10.4161/rna.28239 . ПМЦ 4152363 . ПМИД 24786641 .
^ Собреро, Патрисио; Вальверде, Клаудио (сентябрь 2011 г.). «Свидетельства ауторегуляции экспрессии hfq у штамма Sinorhizobium meliloti 2011». Архив микробиологии . 193 (9): 629–639. Бибкод : 2011ArMic.193..629S . дои : 10.1007/s00203-011-0701-1 . ПМИД 21484295 . S2CID 7364873 .
^ Сейзель Борелла, Герман; Лагарес, Антонио; Вальверде, Клаудио (май 2016 г.). «Экспрессия гена малой РНК Sinorhizobium meliloti mmgR контролируется источником азота» . Письма FEMS по микробиологии . 363 (9). дои : 10.1093/femsle/fnw069 . hdl : 11336/72806 . ПМИД 27010014 .
^ Jump up to: ^а ^б Сейзель Борелла, Герман; Лагарес-младший, Антонио; Вальверде, Клаудио (1 января 2018 г.). «Экспрессия гена малой регуляторной РНК mmgR регулируется отрицательно с помощью AniA и положительно с помощью NtrC у Sinorhizobium meliloti 2011» . Микробиология . 164 (1): 88–98. дои : 10.1099/mic.0.000586 . hdl : 11336/42519 . ПМИД 29214973 .
^ Jump up to: ^а ^б Гарсиа-Ромеро, Иммакулада; Фёрстнер, Конрад В.; Сантеро, Эдуардо; Флориано, Белен (14 сентября 2018 г.). «SuhB, небольшая некодирующая РНК, участвующая в катаболитной репрессии генов деградации тетралина в TFA штамма Sphingopyxis granuli ». Экологическая микробиология . 20 (10): 3671–3683. дои : 10.1111/1462-2920.14360 . ISSN 1462-2912 . ПМИД 30033661 . S2CID 51707650 .
^ Лопес-Санчес, А.; Флориано, Б.; Андухар, Э.; Эрнаес, MJ; Сантеро, Э. (6 ноября 2009 г.). «Индуцируемые тетралином и регулируемые ThnR гены альдегиддегидрогеназы и -окисления в штамме TFA Sphingomonas macrogolitabida» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (1): 110–118. дои : 10.1128/aem.01846-09 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 2798658 . ПМИД 19897762 .

Внешние ссылки

Страница suhB на Rfam

Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[Cor05-1] Jump up to: ^а ^б Корбино, Кейт А; Баррик, Джеффри Э; Лим, Джинсу; Вельц, Рюдигер; Такер, Брайан Дж; Пушкарц, Изабела; Мандал, Маумита; Рудник, Ноам Д; Брейкер, Рональд Р. (2005). «Доказательства существования второго класса S-аденозилметиониновых рибопереключателей и других регуляторных мотивов РНК у альфа-протеобактерий» . Геномная биология . 6 (8): 70 рандов. дои : 10.1186/gb-2005-6-8-r70 . ПМЦ 1273637 . ПМИД 16086852 .

[Valverde2008-2] Вальверде, Клаудио; Ливни, Джонатан; Шлютер, Ян-Филип; Рейнкенсмайер, Ян; Беккер, Анке; Паризи, Густаво (2008). «Прогнозирование генов мРНК Sinorhizobium meliloti и экспериментальное обнаружение у штамма 2011» . БМК Геномика . 9 (1): 416. дои : 10.1186/1471-2164-9-416 . ПМЦ 2573895 . ПМИД 18793445 .

[Schlüter2010-3] Шлютер, Ян-Филип; Рейнкенсмайер, Ян; Дашке, Свеня; Евгеньева-Хакенберг Елена; Янссен, Стефан; Янике, Себастьян; Беккер, Йорг Д; Гигерих, Роберт; Беккер, Анке (декабрь 2010 г.). «Полногеномное исследование мРНК симбиотической азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti » . БМК Геномика . 11 (1). дои : 10.1186/1471-2164-11-245 . ПМЦ 2873474 . ПМИД 20398411 .

[4] Лагарес, А (2015). Биологическая роль малой регуляторной РНК Sm8 у свободноживущих и симбиотических Sinorhizobium meliloti . Кандидатская диссертация; Национальный университет Ла Планта, Аргентина.

[Lagares2017-5] Лагарес, Антонио; Борелла, Герман Цейзель; Линне, Уве; Беккер, Анке; Вальверде, Клаудио (15 апреля 2017 г.). «Регуляция накопления полигидроксибутирата в Sinorhizobium meliloti с помощью транс-кодируемой малой РНК MmgR» . Журнал бактериологии . 199 (8). дои : 10.1128/JB.00776-16 . ПМК 5370414 . ПМИД 28167519 .

[Lagares2016-6] Лагарес, Антонио; Ру, Индра; Вальверде, Клаудио (июнь 2016 г.). «Филогенетическое распределение и эволюционный образец гена малой РНК α-протеобактерии, который контролирует накопление полигидроксибутирата у Sinorhizobium meliloti ». Молекулярная филогенетика и эволюция . 99 : 182–193. дои : 10.1016/j.ympev.2016.03.026 . hdl : 11336/113848 . ПМИД 27033949 .

[7] Торрес-Кесада, Омар; Рейнкенсмайер, Ян; Шлютер, Ян-Филип; Робледо, Марта; Перегрина, Александра; Гигерих, Роберт; Торо, Николас; Беккер, Анке; Хименес-Сурдо, Хосе I (май 2014 г.). «Полногеномное профилирование Hfq-связывающих РНК обнаруживает обширную посттранскрипционную перестройку основных реакций на стресс и симбиотических регулонов у Sinorhizobium meliloti» . Биология РНК . 11 (5): 563–579. дои : 10.4161/rna.28239 . ПМЦ 4152363 . ПМИД 24786641 .

[8] Собреро, Патрисио; Вальверде, Клаудио (сентябрь 2011 г.). «Свидетельства ауторегуляции экспрессии hfq у штамма Sinorhizobium meliloti 2011». Архив микробиологии . 193 (9): 629–639. Бибкод : 2011ArMic.193..629S . дои : 10.1007/s00203-011-0701-1 . ПМИД 21484295 . S2CID 7364873 .

[9] Сейзель Борелла, Герман; Лагарес, Антонио; Вальверде, Клаудио (май 2016 г.). «Экспрессия гена малой РНК Sinorhizobium meliloti mmgR контролируется источником азота» . Письма FEMS по микробиологии . 363 (9). дои : 10.1093/femsle/fnw069 . hdl : 11336/72806 . ПМИД 27010014 .

[Ceizel_Borell_2018-10] Jump up to: ^а ^б Сейзель Борелла, Герман; Лагарес-младший, Антонио; Вальверде, Клаудио (1 января 2018 г.). «Экспрессия гена малой регуляторной РНК mmgR регулируется отрицательно с помощью AniA и положительно с помощью NtrC у Sinorhizobium meliloti 2011» . Микробиология . 164 (1): 88–98. дои : 10.1099/mic.0.000586 . hdl : 11336/42519 . ПМИД 29214973 .

[:0-11] Jump up to: ^а ^б Гарсиа-Ромеро, Иммакулада; Фёрстнер, Конрад В.; Сантеро, Эдуардо; Флориано, Белен (14 сентября 2018 г.). «SuhB, небольшая некодирующая РНК, участвующая в катаболитной репрессии генов деградации тетралина в TFA штамма Sphingopyxis granuli ». Экологическая микробиология . 20 (10): 3671–3683. дои : 10.1111/1462-2920.14360 . ISSN 1462-2912 . ПМИД 30033661 . S2CID 51707650 .

[12] Лопес-Санчес, А.; Флориано, Б.; Андухар, Э.; Эрнаес, MJ; Сантеро, Э. (6 ноября 2009 г.). «Индуцируемые тетралином и регулируемые ThnR гены альдегиддегидрогеназы и -окисления в штамме TFA Sphingomonas macrogolitabida» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (1): 110–118. дои : 10.1128/aem.01846-09 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 2798658 . ПМИД 19897762 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]