МетаНетХ
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Единое пространство имен для метаболитов и биохимических реакций в контексте метаболических моделей. |
| Типы данных захвачен | Малые химические соединения , биохимические реакции , клеточные компартменты , метаболические модели в масштабе генома. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | SIB Швейцарский институт биоинформатики Группа компаний «Витал-ИТ» |
| Первичное цитирование | ПМИД 33156326 |
| Дата выпуска | июнь 2011 г. |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
| URL-адрес загрузки | www |
| Sparql Конечная точка | РДФ |
| Инструменты | |
| Интернет | Импорт и сопоставление моделей Сопоставитель идентификаторов MNXref |
| Разнообразный | |
| Лицензия | CC BY 4.0 |
| Версия | 4.4 |
MetaNetX — это база данных , поддерживаемая Швейцарским институтом биоинформатики SIB для автоматического построения моделей и аннотации генома для крупномасштабных метаболических сетей. MetaNetX предоставляет ряд инструментов для доступа, анализа и управления метаболическими сетями. [1]
MetaNetX предоставляет набор предварительно сопоставленных метаболических моделей.
Чтобы облегчить сравнение моделей, MetaNetX разработала ресурс для объединения метаболитов и биохимических реакций в контексте метаболических моделей. Это единое пространство имен называется MetaNetX/ MNXref . [2] [3] [4]
MNXref объединяет химические соединения по структурному сходству и контексту биохимических реакций. Затем итерационным способом согласовывает биохимические реакции на основе согласования химических соединений. Каждая согласованная группа химических соединений, биохимических реакций и клеточных компартментов представляет собой мешок одинаковых предметов. MNXref устанавливает референт для каждой группы.
MetaNetX позволяет осуществлять поиск в MNXref по химическим соединениям , биохимическим реакциям и клеточным компартментам .
В настоящее время MetaNetX/MNXref согласовывает эти ресурсы:
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гантер М., Бернард Т., Моретти С., Стеллинг С., Паньи М. (март 2013 г.). «MetaNetX.org: веб-сайт и репозиторий для доступа, анализа и управления метаболическими сетями» . Биоинформатика . 29 (6): 815–816. doi : 10.1093/биоинформатика/btt036 . ПМК 3597148 . ПМИД 23357920 .
- ^ Бернард Т., Бридж А., Моргат А., Моретти С., Ксенариос И., Паньи М. (январь 2014 г.). «Согласование метаболитов и биохимических реакций метаболических сетей» . Брифинги по биоинформатике . 15 (1): 123–135. дои : 10.1093/нагрудник/bbs058 . ПМЦ 3896926 . ПМИД 23172809 .
- ^ Моретти С., Мартин О., Ван Дю Тран Т., Бридж А., Моргат А., Паньи М. (январь 2016 г.). «MetaNetX/MNXref - согласование метаболитов и биохимических реакций для объединения метаболических сетей масштаба генома» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д523–Д526. дои : 10.1093/nar/gkv1117 . ПМК 4702813 . ПМИД 26527720 .
- ^ Моретти С., Ван Дю Тран Т., Мель Ф., Ибберсон М., Паньи М. (январь 2021 г.). «MetaNetX/MNXref: единое пространство имен для метаболитов и биохимических реакций в контексте метаболических моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д570–Д574. дои : 10.1093/nar/gkaa992 . ПМЦ 7778905 . ПМИД 33156326 .