CGView
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Для визуализации кольцевых геномов |
| Типы данных захвачен | Ввод данных : геномные последовательности с аннотациями в формате XML, формате табуляции или формате NCBI ptt. Вывод данных : Статические или интерактивные изображения геномных карт. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты |
| Лаборатория | Пол Стотхард и Дэвид С. Уишарт |
| Первичное цитирование | [1] |
| Дата выпуска | 2004 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | желаемое |
| Разнообразный | |
| Выпуск данных частота | Последнее обновление: 2012 г. |
CGView (Circular Genome Viewer) — это свободно доступная загружаемая Java-программа, апплет и API ( интерфейс прикладного программирования ) для создания красочных, масштабируемых, связанных гиперссылками, богато аннотированных изображений кольцевых геномов, таких как бактериальные хромосомы , митохондриальная ДНК и плазмиды . [1] [2] [3] Он обычно используется в конвейерах аннотации последовательностей бактерий для создания визуальных результатов, подходящих для Интернета. Он также использовался во множестве популярных веб-серверов (веб-сервер CGView, PlasMapper , BASys ) и базах данных ( BacMap ).
Обзор
[ редактировать ]более 4000 бактериальных геномов Благодаря достижениям в технологии секвенирования ДНК было секвенировано и тысячи плазмидных геномов. CGView был разработан для удовлетворения специализированных потребностей в визуализации и аннотировании кольцевых геномов, таких как бактериальные, плазмидные, хлоропластные и митохондриальные последовательности ДНК. После установки программа CGView принимает ряд различных форматов файлов, в которых данные объектов и информация о рендеринге могут быть в виде XML- файла, файла с разделителями табуляцией или файла NCBI ptt. Затем CGView преобразует входные данные в графическую карту в различных форматах изображений ( PNG , JPG или SVG ), которые могут включать метки, заголовки, легенды и сноски. Изображения могут быть статическими, интерактивными или плакатного размера для печати или встраивания в веб-страницы.
Технологии и доступность
[ редактировать ]CGView написан на языке программирования Java . Он доступен в виде загружаемого пакета приложений Java, а также апплета и API . Пакет апплета можно использовать для встраивания интерактивных карт в веб-страницы. API . можно использовать для включения CGView в другие приложения Java Недавно был разработан сервер CGView.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Стотхард, П; Уишарт Д.С. (2005). «Круговая визуализация и исследование генома с использованием CGView» . Биоинформатика . 21 (4): 537–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bti054 . ПМИД 15479716 .
- ^ Грант, младший; Стотхард П. (2008). «Сервер CGView: инструмент сравнительной геномики для круговых геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (проблема с веб-сервером): W181–4. дои : 10.1093/нар/gkn179 . ПМЦ 2447734 . ПМИД 18411202 .
- ^ Грант, младший; Арантес АС; Стотхард П. (2012). «Сравнение тысяч кольцевых геномов с помощью инструмента сравнения CGView» . БМК Геномика . 13 :202. дои : 10.1186/1471-2164-13-202 . ПМЦ 3469350 . ПМИД 22621371 .