БАСис

БАСис
Содержание
Описание	Для автоматизированной аннотации бактериального генома и создания хромосомных карт.
Типы данных ; захвачен	Ввод данных : необработанная последовательность генома (формат FASTA), меченая последовательность генома (формат FAST) или предсказанная/меченая последовательность протеома (FASTA); Вывод данных : полностью аннотированный геном вместе с интерактивной аннотированной картой генома.
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты
Лаборатория	Дэвид С. Уишарт
Первичное цитирование
Доступ
Веб-сайт	https://www.basys.ca/
URL-адрес загрузки	https://www.basys.ca/
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	Последнее обновление 2012 г.
Политика курирования	Курируется вручную

BASys (Bacterial Annotation System) — это свободно доступный веб-сервер, который можно использовать для автоматизированного комплексного аннотирования бактериальных геномов . ^[2] ДНК нового поколения стало возможным секвенировать полный геном бактерии С появлением секвенирования (обычно ~4 миллиона оснований) за один день. Это привело к взрывному росту числа полностью секвенированных микробов . было депонировано более 2700 полностью секвенированных бактериальных геномов Фактически, по состоянию на 2013 год в GenBank . Однако постоянной проблемой микробной геномики является поиск ресурсов или инструментов для аннотирования большого количества недавно секвенированных геномов . BASys был разработан в 2005 году с учетом этих потребностей. Фактически, BASys был первым в мире общедоступным веб-сервером аннотаций микробного генома . Из-за своей широкой популярности сервер BASys был обновлен в 2011 году путем добавления нескольких серверных узлов для обработки большого количества получаемых запросов.

Сервер BASys предназначен для приема либо собранных данных генома (необработанных данных последовательности ДНК ), либо полных протеома назначений необработанная последовательность ДНК в качестве входных данных. Если предоставлена , BASys использует Glimmer (версия 2.1.3) для идентификации генов. ^[1] Результатом работы BASys является комплексная аннотация всего генома (с примерно 60 подполями аннотаций для каждого гена) и масштабируемая карта генома с гиперссылками для запрашиваемого генома. BASys использует около 30 различных программ для определения и аннотирования названий генов/белков, функций GO, функций COG, возможных паралогов и ортологов, молекулярной массы, изоэлектрической точки , оперона структуры , субклеточной локализации , сигнальных пептидов , трансмембранных областей , вторичной структуры , 3D-структуры, реакции и пути. Полный список программ, используемых BASys, приведен ниже:

Имя	Метод
Мерцание 2.1.3	Glimmer — это популярная и очень точная программа ab initio для поиска генов микробной ДНК. При исследовании 31 полного генома бактерий и архей Глиммер достиг средней точности предсказания генов 99,36%. Глиммер использует интерполированные модели Маркова, чтобы отличить кодирующие области от некодирующих ДНК. Glimmer Производительность снижается с увеличением содержания GC. Для геномов с высоким содержанием GC (>60%) Glimmer может генерировать большое количество ложноположительных прогнозов, поэтому его следует использовать с осторожностью.
ХММЕР 2.3.2	Используется для локального поиска Pfam.
Гомоделер 2.0	разработанная на местном уровне моделирования гомологии, Программа .
СигналП 3.0	Прогнозирование сигнальных пептидов.
ТМХММ 2.0	Прогнозирование трансмембранных спиралей в белке .
ПСИПРЕД 2.45	Прогнозирование вторичной структуры. PSIPRED достигает среднего балла за третий квартал 80,6% за прогнозирование вторичной структуры .
PS_scan	Инструмент для локального сканирования PROSITE.
ВАДАР 1.4	Локально разработанный инструмент анализа структуры белка. BASys использует VADAR для анализа белковых структур на предмет вторичной структурной информации.
ПСОРТ-Б 2.0.4	Используется для прогнозирования субклеточного местоположения. PSORT-B достигает точности 96% для грамположительных и грамотрицательных бактерий.
ProteinNameExtractor 1.0	Модуль прогнозирования функций BASys. Этот модуль был проверен на основе набора тщательно аннотированных белков C.trachomatis .
НайтиПаралоги 1.0	Модуль BASys для идентификации паралогов. База данных paralogs создается на основе концептуальных переводов определенных областей кодирования, предоставленных BASys компанией Glimmer или отправителем.
Найти гомологов 1.0	Модуль BASys для идентификации гомологов. Ищет в базах данных модельных организмов возможные гомологи .
ГОПоиск 1.0	Модуль BASys для извлечения информации Gene Ontology из различных источников.
ОперонФиндер 1.0	Модуль BASys для идентификации оперонов .
Структурменеджер 1.0	Модуль BASys для работы с файлами структуры белков .
Классификатор структуры 1.0	Модуль BASys для определения класса конструкции на основе вторичной информации о структуре.
Поиск структуры 1.0	Модуль BASys для генерации белковых структур из различных источников.
COG_Finder 1.0	Модуль BASys для идентификации функциональных категорий и присоединений COG
Менеджер вторичной структуры 1.0	Модуль BASys для генерации информации о вторичной структуре из различных источников.
ECNumber_Finder	Модуль BASys для сопоставления EC_number с различными источниками.
SwissProt Менеджер аннотаций 1.0	Модуль BASys для сравнения и транзитивного применения аннотаций из записей SwissProt .
Менеджер аннотаций CCDB 1.0	Модуль BASys для сравнения и транзитивного применения аннотаций из записей CCDB.
Идентификатор гена 1.0	Модуль BASys для координации информации по идентификации генов, полученной из мерцания или представленных пользователем материалов.
Менеджер аннотаций BASys 1.0	Менеджер конвейера BASys.
Менеджер по поиску KEGG	Модуль BASys для поиска и извлечения метаболической информации из KEGG .
Менеджер локализации SubCell 1.0	Модуль BASys для создания аннотаций субклеточного местоположения из различных источников.

В дополнение к обширным аннотациям для каждого гена/белка в запрашиваемом геноме BASys также создает красочные, кликабельные и полностью масштабируемые круговые карты каждой входной хромосомы . Эти карты бактериального генома создаются с использованием программы CGView (Circular Genome Viewer), разработанной в 2004 году. ^[3] созданы Карты генома для обеспечения быстрой навигации и детальной визуализации всех аннотаций генов, созданных BASys. Полный прогон BASys занимает около 16 часов для средней бактериальной хромосомы (около 4 мегабаз). Аннотации BASys можно просматривать и загружать анонимно или через систему доступа, защищенную паролем. BASys будет хранить аннотации бактериального генома на сервере максимум 180 дней. BASys обрабатывает около 1000 заявок в год. BASys доступен по адресу https://www.basys.ca/.

Область применения и доступ

Все данные в BacMap не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные BacMap доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Ван Домселар, GH; Стотхард П; Шривастава С; Круз Дж.А.; Го А; Донг Х; Лу П; Шафрон Д; Грейнер Р; Уишарт Д.С. (июль 2005 г.). «BASys: веб-сервер для автоматического аннотирования бактериального генома» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (проблема с веб-сервером): W455–9. дои : 10.1093/nar/gki593 . ПМЦ 1160269 . ПМИД 15980511 .
^ Стотхард П., Ван Домселар Г., Шривастава С., Го А., О'Нил Б., Круз Дж., Эллисон М., Вишарт Д.С. (2005). «BacMap: интерактивный атлас аннотированных бактериальных геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (Проблема с базой данных): D317–20. дои : 10.1093/nar/gki075 . ПМК 540029 . ПМИД 15608206 .
^ Стотхард, П; Уишарт Д.С. (2005). «Круговая визуализация и исследование генома с использованием CGView» . Биоинформатика . 21 (4): 537–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bti054 . ПМИД 15479716 .

[pmid15980511-1] Перейти обратно: ^а ^б Ван Домселар, GH; Стотхард П; Шривастава С; Круз Дж.А.; Го А; Донг Х; Лу П; Шафрон Д; Грейнер Р; Уишарт Д.С. (июль 2005 г.). «BASys: веб-сервер для автоматического аннотирования бактериального генома» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (проблема с веб-сервером): W455–9. дои : 10.1093/nar/gki593 . ПМЦ 1160269 . ПМИД 15980511 .

[pmid15608206-2] Стотхард П., Ван Домселар Г., Шривастава С., Го А., О'Нил Б., Круз Дж., Эллисон М., Вишарт Д.С. (2005). «BacMap: интерактивный атлас аннотированных бактериальных геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (Проблема с базой данных): D317–20. дои : 10.1093/nar/gki075 . ПМК 540029 . ПМИД 15608206 .

[pmid15479716-3] Стотхард, П; Уишарт Д.С. (2005). «Круговая визуализация и исследование генома с использованием CGView» . Биоинформатика . 21 (4): 537–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bti054 . ПМИД 15479716 .

[1]

[2]

[3]