Баккарта
 |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных аннотированных геномов бактерий и их карт хромосом/геномов. |
| Типы данных захвачен | Данные о последовательностях генов, данные о последовательностях белков, общие аннотации генов и белков, положения генов, общая статистика генома/протеома, таксономическая и фенотипическая информация, карты бактериальных хромосом (изображения) |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты |
| Лаборатория | Дэвид С. Уишарт |
| Первичное цитирование | [1] [2] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/ (версия 1.0); http://bacmap.wishartlab.com/ (версия 2.0) |
| Разнообразный | |
| Выпуск данных частота | Обновляется каждые 2-3 месяца. |
| Политика курирования | Курируется вручную |
BacMap — это свободно доступная в Интернете база данных, содержащая полностью аннотированные, полностью масштабируемые и доступные для поиска карты хромосом более чем 2500 видов прокариот (архебактерий и эубактерий). [1] Первоначально BacMap был разработан в 2005 году для решения проблем просмотра и навигации по растущему числу бактериальных геномов , создаваемых в результате крупномасштабных усилий по секвенированию. С момента первого появления количество бактериальных геномов в BacMap выросло более чем в 15 раз. По сути, BacMap функционирует как онлайн-визуальный атлас микробных геномов . Все аннотации генома в BacMap были созданы с помощью BASys системы аннотаций генома . [3] BASys — это широко используемая инфраструктура микробных аннотаций, которая выполняет комплексный биониформатический анализ необработанных (или меченых) данных о последовательностях бактериального генома . Все карты генома (хромосомы) в BacMap были построены с использованием программы, известной как CGView . [4] CGView — популярная программа визуализации для создания интерактивных веб-совместимых карт круговых хромосом (рис. 1). Каждая карта хромосом в BacMap снабжена многочисленными гиперссылками, и по каждому изображению хромосомы можно интерактивно перемещаться, расширять и поворачивать с помощью кнопок навигации или гиперссылок. BacMap Все идентифицированные гены на карте хромосом окрашены в соответствии с направлениями кодирования, и при достаточном увеличении становятся видны метки генов. Каждая метка гена на карте генома BacMap также связана гиперссылкой с «картой гена» (рис. 2). Карты генов предоставляют подробную информацию о соответствующих последовательностях ДНК и белков. Каждая карта генома в BacMap доступна для поиска с помощью BLAST и поиска по имени/синониму гена.
В связи с растущим интересом к метагеномике и крупномасштабному анализу бактериального генома в 2012 году BacMap был значительно обновлен. [2] BacMap Благодаря последнему обновлению все карты бактериального генома теперь имеют отдельные карты генома профагов , а также отдельные карты тРНК и рРНК. Каждая запись о бактериальных хромосомах в BacMap теперь содержит графики и таблицы с различной статистикой генов и белков. Все виды бактерий, перечисленные в BacMap, теперь имеют карты «биографии» бактерий с соответствующей информацией о таксономии микроба, фенотипических особенностях , других описаниях и данных электронной микроскопии с высоким разрешением или других изображениях самого микроба . BacMap также имеет ряд обновленных инструментов просмотра данных и поиска текста, которые позволяют фильтровать, сортировать и более удобно отображать карты хромосом и их содержимое.
Область применения и доступ
[ редактировать ]Все данные в BacMap не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные BacMap доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Стотхард П., Ван Домселар Г., Шривастава С., Го А., О'Нил Б., Круз Дж., Эллисон М., Вишарт Д.С. (2005). «BacMap: интерактивный атлас аннотированных бактериальных геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (Проблема с базой данных): D317–20. дои : 10.1093/nar/gki075 . ПМК 540029 . ПМИД 15608206 .
- ^ Jump up to: а б Круз Дж., Лю Ю., Лян Ю., Чжоу Ю., Уилсон М., Деннис Дж.Дж., Стотхард П., Ван Домселар Г., Вишарт Д.С. (2012). «BacMap: современный электронный атлас аннотированных бактериальных геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных): D599–604. дои : 10.1093/nar/gkr1105 . ПМЦ 3245156 . ПМИД 22135301 .
- ^ Ван Домселар, GH; Стотхард П; Шривастава С; Круз Дж.А.; Го А; Донг Х; Лу П; Шафрон Д; Грейнер Р; Уишарт Д.С. (2005). «BASys: веб-сервер для автоматического аннотирования бактериального генома» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (проблема с веб-сервером): W455–9. дои : 10.1093/nar/gki593 . ПМЦ 1160269 . ПМИД 15980511 .
- ^ Стотхард, П; Уишарт Д.С. (2005). «Круговая визуализация и исследование генома с использованием CGView» . Биоинформатика . 21 (4): 537–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bti054 . ПМИД 15479716 .