Транскрипция стока

Анализ транскрипции стока — это анализ в молекулярной биологии , который проводится in vitro для определения положения сайта начала транскрипции (1 пара оснований выше) конкретного промотора, а также его точности и скорости in vitro транскрипции . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Сток-транскрипцию можно использовать для количественного измерения влияния изменения областей промотора на уровни транскрипции in vitro. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 4 ]} Однако из-за своей природы in vitro этот анализ не может точно предсказать скорость транскрипции специфичных для клеток генов, в отличие от анализов in vivo, таких как ядерный тест. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Для проведения анализа транскрипции интересующий ген, включая промотор , клонируют в плазмиду . ^{[ 4 ]} Плазмиду расщепляют в известном сайте разреза рестриктазой , расположенном ниже сайта начала транскрипции, так что ожидаемый мРНК продукт оттока можно было бы легко отделить с помощью гель-электрофореза . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 4 ]}

Перед проведением этого анализа ДНК должна быть высокоочищенной. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Для инициации транскрипции радиоактивно меченные UTP , другие нуклеотиды и РНК-полимераза . к линеаризованной ДНК добавляются ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Транскрипция продолжается до тех пор, пока РНК-полимераза не достигнет конца ДНК, где она просто «съезжает» с матрицы ДНК, в результате чего образуется фрагмент мРНК определенной длины. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Затем этот фрагмент можно разделить с помощью гель-электрофореза вместе со стандартами размера и подвергнуть авторадиографии. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 4 ]} Соответствующий размер полосы будет представлять собой размер мРНК от сайта разреза рестриктазой до сайта начала транскрипции (+1). ^{[ 4 ]} Интенсивность полосы будет указывать на количество произведенной мРНК. ^{[ 4 ]}

Кроме того, его можно использовать для определения того, осуществляется ли транскрипция в определенных условиях (т.е. в присутствии различных химических веществ). ^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Левенштейн, премьер-министр; Песня, Чехия; Грин, М. (2007). Использование транскрипции in vitro для исследования регуляторных функций доменов вирусных белков . Методы молекулярной медицины. Том. 131. стр. 15–31. дои : 10.1007/978-1-59745-277-9_2 . ISBN 978-1-58829-901-7 . ПМИД 17656772 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час «Транскрипция стока» . Молекулярная станция. Архивировано из оригинала 22 апреля 2014 года . Проверено 16 апреля 2014 г.
^ Леландайс, К; Гутьеррес, С; Матье, К; Ведель, Ф; Ремакл, С; Марешаль-Друар, Л; Бреннике, А; Биндер, С; Шетри, П. (1996). «Промоторный элемент, активный в транскрипции стока, контролирует экспрессию двух цистронов генов nad и rps в митохондриях Nicotiana sylvestris» . Исследования нуклеиновых кислот . 24 (23): 4798–804. дои : 10.1093/нар/24.23.4798 . ПМК 146301 . ПМИД 8972868 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Эллисон, Лизабет. «Фундаментальная молекулярная биология, глава 11» (PDF) . Издательство Блэквелл . Проверено 18 апреля 2014 г.
^ Санчес, Альваро; Осборн, Мелиса Л.; Фридман, Ларри Дж.; Кондев, Джейн; Геллес, Джефф (2011). «Механизм репрессии транскрипции бактериального промотора путем анализа одиночных молекул» . Журнал ЭМБО . 30 (19): 3940–3946. дои : 10.1038/emboj.2011.273 . ПМК 3209775 . ПМИД 21829165 .

[Loewenstein-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Левенштейн, премьер-министр; Песня, Чехия; Грин, М. (2007). Использование транскрипции in vitro для исследования регуляторных функций доменов вирусных белков . Методы молекулярной медицины. Том. 131. стр. 15–31. дои : 10.1007/978-1-59745-277-9_2 . ISBN 978-1-58829-901-7 . ПМИД 17656772 .

[molstation-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час «Транскрипция стока» . Молекулярная станция. Архивировано из оригинала 22 апреля 2014 года . Проверено 16 апреля 2014 г.

[Lelandais-3] Леландайс, К; Гутьеррес, С; Матье, К; Ведель, Ф; Ремакл, С; Марешаль-Друар, Л; Бреннике, А; Биндер, С; Шетри, П. (1996). «Промоторный элемент, активный в транскрипции стока, контролирует экспрессию двух цистронов генов nad и rps в митохондриях Nicotiana sylvestris» . Исследования нуклеиновых кислот . 24 (23): 4798–804. дои : 10.1093/нар/24.23.4798 . ПМК 146301 . ПМИД 8972868 .

[Kadonaga-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Эллисон, Лизабет. «Фундаментальная молекулярная биология, глава 11» (PDF) . Издательство Блэквелл . Проверено 18 апреля 2014 г.

[5] Санчес, Альваро; Осборн, Мелиса Л.; Фридман, Ларри Дж.; Кондев, Джейн; Геллес, Джефф (2011). «Механизм репрессии транскрипции бактериального промотора путем анализа одиночных молекул» . Журнал ЭМБО . 30 (19): 3940–3946. дои : 10.1038/emboj.2011.273 . ПМК 3209775 . ПМИД 21829165 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]