Дипак Т. Наир

Дипак Т. Наир
Проф. Дипак Т. Наир
Рожденный	( 1973-10-25 ) 25 октября 1973 г. Пуна , Индия
Национальность	Индийский
Альма-матер	Университет Савитрибай Пхуле Пуна Национальный институт иммунологии, Индия Медицинский центр Маунт-Синай
Известный	Исследования ДНК-полимераз и РНК-полимераз.
Награды	2014 г. Премия N-BIOS 2017 г. Премия Шанти Сварупа Бхатнагара
Научная карьера
Поля	Молекулярная биология
Учреждения	Национальный центр биологических наук Региональный центр биотехнологий

Дипак Танкаппан Наир (родился 25 октября 1973 г.) — индийский структурный биолог и ученый Регионального центра биотехнологии . Он известен своими исследованиями ДНК и РНК-полимераз . Дипак был научным сотрудником Совета по научным и инженерным исследованиям Рамануджана (2008–2013) и лауреатом Национальной премии в области биологических наук за развитие карьеры (отдел биотехнологий) . Совет научных и промышленных исследований , высшее агентство правительства Индии по научным исследованиям, наградил его Премией Шанти Сварупа Бхатнагара в области науки и технологий , одной из высших научных наград Индии, за вклад в биологические науки в 2017 году. В декабре 2022 года он был назначен научным сотрудником Индийской национальной академии наук (Нью-Дели, Индия).

Биография

Университет Пуны

Его родители родом из южного штата Керала , и он родился в Пуне в западном штате Махараштра 25 октября 1973 года. Дипак Наир учился в средней школе Джай Хинд (Пимпри), а затем в младшем колледже Сент-Винсента (Пуна). Он получил степень бакалавра химии в Фергюссонском колледже (1994 г.) и степень магистра биотехнологии в Университете Савитрибай Пхуле Пуна (1996 г.). Впоследствии он поступил в докторантуру в Национальный институт иммунологии Индии, чтобы получить докторскую степень в области структурной иммунологии в 2001 году. Над докторской диссертацией он работал под руководством доктора Динакара Машну Салунке . Позже он переехал в США, чтобы завершить постдокторскую работу в лаборатории профессора Анила К. Аггарвала в Медицинском центре Маунт-Синай . Он вернулся в Индию в 2007 году, чтобы занять должность независимого исследователя в Национальном центре биологических наук . Работал в НЦБС в должности читателя-Ф (2007–2013 гг.) и доцента (2013–2014 гг.). В июле 2014 года он присоединился к Региональному центру биотехнологий в должности доцента, а в июле 2019 года был повышен до должности профессора.

Исследовать

Дипак Наир получил новое представление о молекулярных механизмах, определяющих точность процесса репликации у бактерий и флавивирусов. Его лаборатория пролила новый свет на стратегию, используемую ДНК-полимеразами для предотвращения включения рибонуклеотидов (NAR, 2019, 47:10693). В 2018 году его лаборатория показала, что гидролиз пирофосфата является неотъемлемым и критическим этапом реакции синтеза ДНК, катализируемой ДНК-полимеразами, и журнал Nucleic Acids Chemistry присвоил этому открытию статус прорыва (NAR, 2018, 46:5875). Что касается транспозазы piggyBac, его лаборатория показала, что димеризация через домен безымянного пальца, присутствующий на С-конце, ослабляет эксцизионную активность этого фермента (Биохимия, 2018, 57:2913). Он открыл механизм, используемый ДНК-полимеразой IV для восстановления остановленной репликации поврежденных нуклеотидов с беспрецедентной эффективностью и точностью (Structure, 2014, 23:56–67). Наир предоставил понимание того, как специализированные ДНК-полимеразы, которые участвуют в адаптивном мутагенезе, обеспечивают достижение функции (Nucleic Acids Research, 2013, 41:5104–5014; Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2012 68:960-7, J Nucleic Acids. 2012:285481). ). Его лаборатория показала, как связывание GTP с вирусной РНК-зависимой РНК-полимеразой обеспечивает точную инициацию репликации вирусного генома (Nucleic Acids Research, 2014, 42:2758–2573). Кроме того, он показал, что активные формы кислорода действительно играют важную роль в противомикробной активности бактерицидных антибиотиков (Angew Chem Int Ed Engl. 2016 55:2397-400). В сотрудничестве с Д.Н. Рао (кафедра биохимии IISc) его лаборатория также внесла свой вклад в понимание того, как функционируют белки, участвующие в пострепликативной репарации несоответствий ДНК (Nucleic Acids Research, 2018, 46:256–266; PLoS One. 2010). , 5:e13726). Его лаборатория показала, что корректирующий домен ДНК-полимеразы Pfprex из Plasmodium falciparum способен удалять неправильно включенные окисленные нуклеотиды из праймера (Sci Rep. 2020,10(1):11157) и транслировать синтез ДНК мимо обычных окисленных матричных нуклеотидов (FEBS). Дж., 2022 289:5218). Недавно его лаборатория помогла охарактеризовать моноклональное антитело, которое может нейтрализовать различные варианты вируса SARS-CoV-2 (PLoS Pathog., 2022,18(12):e1010994). Используя вычислительные инструменты, его лаборатория также идентифицировала возможные ингибиторы РНК-зависимой РНК-полимеразы (IUBMB Life., 2020, 72:2112) и корректирующую экзорибонуклеазу SARS-CoV-2 (Int J Biol Macromol., 2021, 168:272). ). Его лаборатория также предоставила структуру P4A2, моноклонального антитела против SARS-CoV-2 широкого нейтрализующего действия, в комплексе с рецептор-связывающим доменом белка Spike (Plos Path. 2022,e1010994). До сих пор он принимал центральное участие при внесении 76 записей в банк данных белков, который является хранилищем трехмерных структур биологических макромолекул.

В качестве научного сотрудника (декабрь 2001 г. – июль 2007 г.) он сосредоточился на понимании структурных основ обхода повреждений ДНК эукариотическими ДНК-полимеразами Y-семейства с использованием рентгеновской кристаллографии. В результате действия различных агентов на ДНК образуются повреждения, которые препятствуют нормальной репликации и могут также оказаться канцерогенными. Эукариоты обладают до четырех специализированных ДНК-полимераз, которые способны синтезировать ДНК через эти повреждения и, таким образом, предотвращать остановку репликационной вилки. Наир определил кристаллическую структуру каталитических ядер двух таких полимераз: ДНК-полимеразы йота человека (hPolι) и дрожжевой REV1 (yREV1) – в комплексе с ДНК и входящим нуклеотидом. Структуры hPolι и yRev1 в комплексе с неповрежденной и поврежденной ДНК показали, что эти две полимеразы предпочитают измененные режимы спаривания оснований в активном сайте, чтобы облегчить обход повреждения (Nature, 2004, 430:377; Science, 2005, 309:2219). ; Структура, 2005, 13:1569; Структура, 2006, 14:749; Структур. Мол. Биол., 2006, 13:619; Структура, 2008, 16:239; И hPolι, и yREV1 имеют уникальные активные сайты, которые способствуют образованию пар оснований, отличных от Уотсона-Крика, для достижения обхода повреждения и спасения остановленной репликации. Он также сыграл роль в определении структуры третьей полимеразы Y-семейства человеческой ДНК-полимеразы каппа в ее функциональном состоянии (Mol. Cell, 2007, 25:601). Кроме того, он также участвовал в проектах, направленных на понимание природы взаимодействий между регулятором трансляции Pumilio и неродственными РНК-мишенями (Structure, 2008, 16:549) и выяснение предпочтения hPolι для включения dGTP, когда основа шаблона нуклеотид – тимин (Структура, 2009, 17:974).

Его докторская диссертация (июль 1996 г. - декабрь 2001 г.) описывает кристаллографический анализ панели из трех мышиных моноклональных антител, выработанных против одного и того же беспорядочного пептидного антигена PS1 (HQLDPAFGANSTNPD). (J Immunol, 2000, 165:6949; J. Immunol, 2002, 168:2371). Сравнение структуры антител в их связанном и несвязанном состоянии предполагает, что может иметь место конвергенция как эпитопных, так и паратопных конформаций в ответе антител против гибкого иммунодоминантного эпитопа (J. Immunol, 2002, 168:2371). Он также провел компьютерный анализ конформационных склонностей нативных и ретро-инверсных версий эпитопов В-клеток и Т-клеток (J. Immunol, 2003, 170:1362). Это исследование показало, что конформационная и функциональная мимикрия может быть достигнута посредством ретроинверсии только в том случае, если нативный пептид в своем функциональном состоянии присутствует в линейной вытянутой конформации. Он также участвовал в определении структуры антибактериального белка из тутового шелкопряда Antheraea mylitta. (J. Biol. Chem., 2001, 276:41377). Кроме того, он смоделировал комплекс рибонуклеазы рестрикции и ее рРНК-субстрата (Биохимия, 2001, 40:9115).

Награды и почести

для участия в стипендии Рамануджана Дипак Т. Наир был выбран факультетом биотехнологии на период 2008–2013 годов. Он стал членом Исследовательской конференции Гуха в 2013 году. В 2014 году он получил Национальную премию в области биологических наук за развитие карьеры (N-BIOS Prize). Совет научных и промышленных исследований наградил его премией Шанти Сварупа Бхатнагара — одной из высших научных наград Индии в 2017 году. В декабре 2022 года он был назначен научным сотрудником Индийской национальной академии наук (Нью-Дели, Индия).

Академическая деятельность

Дипак Т. Наир — координатор курсов и инструктор курсов молекулярной биологии и генной инженерии (RCB303) и методов молекулярной биологии (RCB306) в Региональном центре биотехнологии. Он является членом Академического комитета управления RCB.

Ресурсы для индийской науки

В RCB Дипак Т. Наир участвовал в разработке и управлении национальными ресурсами индийской науки. Он является основным координатором программы доступа ESRF RCB, финансируемой DBT, которая позволяет индийским исследователям получать доступ к ресурсам структурной биологии в Европейской установке синхротронного излучения ( https://esrf.rcb.res.in ). Он принимает центральное участие в управлении Центром платформы передовых технологий, который предоставляет платные услуги в сфере электронной микроскопии, геномики, молекулярных взаимодействий, оптической микроскопии и экспрессии белков исследователям со всей Индии ( https://atpc.rcb.res .в ). Он также играет ключевую роль в развитии и управлении Индийским центром биологических данных, который будет служить цифровым хранилищем всех исследовательских данных, полученных в области наук о жизни ( https://ibdc.rcb.res.in ).

Публикации

• Паррей, штат Ха; и др. (2022). «Моноклональное антитело широкого спектра действия преодолевает мутационный ландшафт возникающих вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2» . ПЛОС Патогены . 18 (12): e1010994. дои : 10.1371/journal.ppat.1010994 . ПМЦ   9779650 . ПМИД   36508467 .
• Джайсвал, Д.; Верма, С.; Наир, DT; Салунке, ДМ (2022). «Мультиспецифичность антител: необходимое зло?». Молекулярная иммунология . 152 : 153–161. дои : 10.1016/j.molimm.2022.10.012 . ПМИД   36368122 . S2CID   253398776 .
• Шарма, М.; Наир, DT (2022). «Пфпрекс из Plasmodium falciparum может обходить повреждения ДНК, вызванные окислительным стрессом» . Журнал ФЭБС . 289 (17): 5218–5240. дои : 10.1111/февраль 16414 . ПМИД   35220686 . S2CID   247156702 .
• Бхатия, С.; Нарайанан, Н.; Нагпал, С.; Наир, DT (2021). «Противовирусная терапия, направленная против РНК-зависимых РНК-полимераз вирусов с положительным смыслом». Молекулярные аспекты медицины . 81 : 101005. дои : 10.1016/j.mam.2021.101005 . ПМИД   34311994 . S2CID   236451133 .
• Нагпал, С.; Наир, DT (2021). «PHP-домен PolX из Staphylococcus aureus способствует высокоточному синтезу ДНК за счет удаления неправильно включенных дезоксирибо-, рибо- и окисленных нуклеотидов» . Научные отчеты . 11 (1): 4178. Бибкод : 2021NatSR..11.4178N . дои : 10.1038/s41598-021-83498-1 . ПМЦ   7893174 . ПМИД   33603016 .
• Нарайанан, Н.; Наир, DT (2021). «Ритонавир может ингибировать экзорибонуклеазную активность nsp14 вируса SARS-CoV-2 и потенцировать активность препаратов, обрывающих цепь» . Международный журнал биологических макромолекул . 168 : 272–278. doi : 10.1016/j.ijbiomac.2020.12.038 . ПМЦ   7724963 . ПМИД   33309661 .
• Нарайанан, Н.; Наир, DT (2020). «Витамин B12 может ингибировать РНК-зависимую РНК-полимеразную активность nsp12 вируса SARS-CoV-2» . ИУБМБ Жизнь . 72 (10): 2112–2120. дои : 10.1002/iub.2359 . ПМЦ   7461454 . ПМИД   32812340 .
• Шарма, М.; Нарайанан, Н.; Наир, DT (2020). «Корректирующая активность Pfprex из Plasmodium falciparum может предотвратить мутагенез генома апикопласта окисленными нуклеотидами» . Научные отчеты . 10 (1): 11157. Бибкод : 2020НатСР..1011157С . дои : 10.1038/s41598-020-67853-2 . ПМЦ   7341739 . ПМИД   32636411 .
• Джайн, А.; Кумар, А.; Шихи, М.; Кумар, А.; Наир, DT; Салунке, ДМ (2020). «Структура MP-4 из Mucuna pruriens с разрешением 2,22 Å» . Акта Кристаллографика. Раздел F. Коммуникации в области структурной биологии . 76 (Часть 2): 47–57. Бибкод : 2020AcCrF..76...47J . дои : 10.1107/S2053230X20000199 . ПМК   7010354 . ПМИД   32039885 .
• Нарайанан, Н.; Банерджи, А.; Джайн, Д.; Кулкарни, Д.С.; Шарма, Р.; Нирвал, С.; Рао, Д.Н.; Наир, DT (2020). «Тетрамеризация при низком pH лицензирует активность метилирования ДНК M.HpyAXI в присутствии кислотного стресса». Журнал молекулярной биологии . 432 (2): 324–342. дои : 10.1016/j.jmb.2019.10.001 . ПМИД   31628946 . S2CID   204799499 .
• Нарайанан, Н.; Банерджи, А.; Джайн, Д.; Кулкарни, Д.С.; Шарма, Р.; Нирвал, С.; Рао, Д.Н.; Наир, DT (2020). «Тетрамеризация при низком pH лицензирует активность метилирования ДНК M.HpyAXI в присутствии кислотного стресса». Журнал молекулярной биологии . 432 (2): 324–342. дои : 10.1016/j.jmb.2019.10.001 . ПМИД   31628946 . S2CID   204799499 .
• Джонсон, Мэри К; Коттур, Джитеш; Наир, Дипак Т. (18 ноября 2019 г.). «Полярный фильтр ДНК-полимераз предотвращает включение рибонуклеотидов» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (20): 10693–10705. дои : 10.1093/nar/gkz792 . ПМК   6846668 . ПМИД   31544946 .
• Годке, Пратибха П.; Бомисетти, Пранит; Наир, Дипак Т.; Прадипкумар, ИП (10 января 2019 г.). «Синтез Н. ² Модифицированные дезоксигуанозином ДНК и исследования их транслезного синтеза с помощью ДНК-полимеразы IV E. coli». Журнал органической химии . 84 (4): 1734–1747. : 10.1021 /acs.joc.8b02082 . PMID   30628447. doi S2CID   58562048 .
• Шихи, Меха; Наир, Дипак Т.; Салунке, Динакар М. (15 октября 2018 г.). «Идентификация функции на основе структуры: роль вицилина Capsicum annuum во время окислительного стресса». Биохимический журнал . 475 (19): 3057–3071. дои : 10.1042/BCJ20180520 . ПМИД   30181145 . S2CID   52157388 .
• Кумар, Ашиш; Гупта, Читра; Наир, Дипак Т.; Салунке, Динакар М. (13 июля 2018 г.). «MP-4 способствует нейтрализации змеиного яда семенами Mucuna pruriens посредством непрямого механизма, опосредованного антителами» . Журнал биологической химии . 293 (28): 11253. doi : 10.1074/jbc.EC118.001735 . ПМК   6052230 . ПМИД   30006388 .
• Шарма, Рахул; Нирвал, Шивли; Нараянан, Навин; Наир, Дипак Т. (11 мая 2018 г.). «Димеризация через домен RING-finger ослабляет эксцизионную активность транспозазы piggyBac». Биохимия . 57 (20): 2913–2922. doi : 10.1021/acs.biochem.7b01191 . ПМИД   29750515 .
• Коттур, Джитеш; Наир, Дипак Т. (6 июля 2018 г.). «Гидролиз пирофосфата является неотъемлемой и важной стадией реакции синтеза ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (12): 5875–5885. дои : 10.1093/nar/gky402 . ПМК   6159520 . ПМИД   29850882 .
• Кумар, Ашиш; Каур, Хармит; Джайн, Абха; Наир, Дипак Т.; Салунке, Динакар М. (12 января 2018 г.). «Исследование стыковки, термодинамики и молекулярной динамики (МД) неканонического ингибитора протеазы MP-4 из Mucuna pruriens» . Научные отчеты . 8 (1): 689. Бибкод : 2018НатСР...8..689К . дои : 10.1038/s41598-017-18733-9 . ПМЦ   5766534 . ПМИД   29330385 .
• Нирвал, Шивли; Кулкарни, Дхананджая С; Шарма, Амит; Рао, Десирасу Н; Наир, Дипак Т. (9 января 2018 г.). «Механизм формирования тороида вокруг ДНК белком-сенсором несоответствия» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (1): 256–266. дои : 10.1093/нар/gkx1149 . ПМЦ   5758902 . ПМИД   29182773 .
• Салунке, Динакар М.; Наир, Дипак Т. (август 2017 г.). «Макромолекулярные структуры: оценка качества и биологическая интерпретация» . ИУБМБ Жизнь . 69 (8): 563–571. дои : 10.1002/iub.1640 . ПМИД   28497559 .
• Кумар, Ашиш; Гупта, Читра; Наир, Дипак Т.; Салунке, Динакар М. (20 мая 2016 г.). «MP-4 способствует нейтрализации змеиного яда семенами Mucuna pruriens посредством непрямого механизма, опосредованного антителами» . Журнал биологической химии . 291 (21): 11373–11384. дои : 10.1074/jbc.M115.699173 . ПМЦ   4900281 . ПМИД   26987900 .
• Коттур, Джитеш; Наир, Дипак Т. (12 февраля 2016 г.). «Активные формы кислорода играют важную роль в бактерицидной активности хинолоновых антибиотиков». Angewandte Chemie, международное издание . 55 (7): 2397–2400. дои : 10.1002/anie.201509340 . ПМИД   26757158 .
• Годке, Пратибха П.; Гор, Киран Р.; Харикришна, С.; Саманта, Бисваджит; Коттур, Джитеш; Наир, Дипак Т.; Прадипкумар, ИП (4 января 2016 г.). "Затем ² -Фурфурил-дезоксигуанозиновый аддукт не изменяет структуру B-ДНК». Журнал органической химии . 81 (2): 502–511. doi : 10.1021/acs.joc.5b02341 . PMID   26650891 .
• Наир, Дипак Т.; Коттур, Джитеш; Шарма, Рахул (июль 2015 г.). «Акт спасения: синтез ДНК транслейкоза мимо N ² -дезоксигуанозиновые аддукты» . IUBMB Life . 67 (7): 564–574. doi : 10.1002/iub.1403 . PMID   26173005 .
• Вайнерт Т , Олиерик В , Вальтерспергер С , Панепуччи Е , Чен Л , Чжан Х , Чжоу Д , Роуз Дж , Эбихара А , Курамицу С , Ли Д , Хоу Н , Шнапп Г , Паутч А , Баргстен К , Прота АЭ , Сурана П , Коттур Дж., Наир Д.Т., Базилико Ф., Чекатьелло В., Паскуалато С., Боланд А., Вайхенридер О., Ван Б.С., Стейнмец М.О., Кэффри М., Ван М. Быстрая фазировка нативного SAD для рутинного определения структуры макромолекул. Нац методы. 2015 фев;12(2):131-3. дои: 10.1038/nmeth.3211. Epub, 15 декабря 2014 г. Ошибка в: Nat Methods. Июль 2015 г.; 12 (7): 692. ПМИД   25506719 .
• Коттур Дж., Шарма А., Гор К.Р., Нараянан Н., Саманта Б., Прадипкумар П.И., Наир Д.Т. Уникальные структурные особенности ДНК-полимеразы IV позволяют эффективно обходить аддукт N2, индуцированный антибиотиком нитрофуразоном. Структура. 6 января 2015 г.; 23 (1): 56–67. doi: 10.1016/j.str.2014.10.019. Epub 2014, 11 декабря. ПМИД   25497730 .
• Сурана П., Сатчиданандам В., Наир Д.Т. РНК-зависимая РНК-полимераза вируса японского энцефалита связывает инициаторный нуклеотид GTP с образованием механистически важного прединициаторного состояния. Нуклеиновые кислоты Рез. Февраль 2014 г.;42(4):2758-73. doi: 10.1093/nar/gkt1106. Epub, 28 ноября 2013 г. ПМИД   24293643 ; ПМЦ   3936712 .
• Шарма А., Коттур Дж., Нараянан Н., Наир Д.Т. Стратегически расположенный остаток серина имеет решающее значение для мутаторной активности ДНК-полимеразы IV Escherichia coli. Нуклеиновые кислоты Рез. Май 2013 г.;41(9):5104-14. дои: 10.1093/нар/gkt146. Epub 2013, 21 марта. ПМИД   23525461 ; ПМЦ   3643571 .
• Джайн Д., Наир Д.Т. Расстояние между основными мотивами распознавания определяет относительную ориентацию мономеров AraR на двудольных операторах. Нуклеиновые кислоты Рез. 7 января 2013 г.;41(1):639-47. doi: 10.1093/nar/gks962. Epub 2012, 29 октября. ПМИД   23109551 ; ПМЦ   3592433 .
• Шарма А., Субраманиан В., Наир Д.Т. Область PAD в микобактериальном гомологе DinB MsPolIV демонстрирует позиционную гетерогенность. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. август 2012 г.; 68 (часть 8): 960-7. дои: 10.1107/S0907444912017623. Epub 2012, 17 июля. ПМИД   22868761 .
• Шарма А., Наир Д.Т. MsDpo4 — гомолог DinB из Mycobacterium smegmatis — представляет собой склонную к ошибкам ДНК-полимеразу, которая может способствовать несоответствию G:T и T:G. J-нуклеиновые кислоты. 2012;2012:285481. дои: 10.1155/2012/285481. Epub 2012, 15 марта. ПМИД   22523658 ; ПМК   3317225 .
• Шарма А., Наир Д.Т. Клонирование, экспрессия, очистка, кристаллизация и предварительный кристаллографический анализ MsDpo4: ДНК-полимеразы Y-семейства из Mycobacterium smegmatis. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 1 июля 2011 г.;67(Часть 7):812-6. дои: 10.1107/S1744309111019063. Epub, 30 июня 2011 г. ПМИД   21795801 ; ПМК   3144803 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Синтез ДНК через абазисное повреждение дрожжевой ДНК-полимеразой REV1. Дж Мол Биол. 11 февраля 2011 г.; 406 (1): 18–28. дои: 10.1016/j.jmb.2010.12.016. Epub 2010, 15 декабря. ПМИД   21167175 ; ПМК   3127253 .
• Намадурай С., Джайн Д., Кулкарни Д.С., Табиб Ч.Р., Фридхофф П., Рао Д.Н., Наир Д.Т. С-концевой домен гомолога MutL Neisseria gonorrhoeae образует инвертированный гомодимер. ПЛОС Один. 28 октября 2010 г.;5(10):e13726. doi: 10.1371/journal.pone.0013726. ПМИД   21060849 ; ПМЦ   2965676 .
• Джайн Р., Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Репликация через матрицу T/U с помощью ДНК-полимеразы-йота человека. Структура. 15 июля 2009 г.; 17(7): 974-80. doi: 10.1016/j.str.2009.04.011. ПМИД   19604477 ; ПМК   3030472 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Синтез ДНК через абазисное повреждение с помощью ДНК-полимеразы йота человека. Структура. 15 апреля 2009 г.;17(4):530-7. doi: 10.1016/j.str.2009.02.015. ПМИД   19368886 ; ПМК   2703454 .
• Гупта Ю.К., Наир Д.Т., Уортон Р.П., Аггарвал А.К. Структуры человеческого Pumilio с неродственными РНК раскрывают молекулярные механизмы связывания беспорядочных половых связей. Структура. 16 апреля 2008 г. (4): 549-57. doi: 10.1016/j.str.2008.01.006. Epub, 6 марта 2008 г. ПМИД   18328718 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Синтез, направленный на белковую матрицу, через аддукт ДНК, полученный из акролеина, с помощью ДНК-полимеразы дрожжей Rev1. Структура. 2008 фев;16(2):239-45. doi: 10.1016/j.str.2007.12.009. ПМИД   18275815 .
• Лоун С., Таунсон С.А., Ульджон С.Н., Джонсон Р.Э., Брахма А., Наир Д.Т., Пракаш С., Пракаш Л., Аггарвал АК. ДНК-полимераза каппа человека окружает ДНК: последствия расширения несоответствия и обхода повреждений. Мол Клетка. 23 февраля 2007 г.; 25(4):601-14. ПМИД   17317631 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Образование пары оснований Хугстина способствует синтезу напротив повреждения 1,N6-этенодезоксиаденозина, вызванного ДНК-полимеразой йота человека. Nat Struct Мол Биол. Июль 2006 г.;13(7):619-25. Электронная публикация 2006 г., 2 июля ПМИД   16819516 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Входящий нуклеотид вызывает конформационное изменение «анти-син» на матричном пурине в активном сайте йота-полимеразы ДНК человека. Структура. 14 апреля 2006 г. (4): 749-55. ПМИД   16615915 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. ДНК-полимераза человека iota включает dCTP, противоположную матрице G, через пару оснований GC + Хугстин. Структура. Октябрь 2005 г.; 13 (10): 1569–77. ПМИД   16216587 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш Л., Пракаш С., Аггарвал АК. Rev1 использует новый механизм синтеза ДНК с использованием белковой матрицы. Наука. 30 сентября 2005 г.; 309 (5744): 2219-22. ПМИД   16195463 .
• Наир Д.Т., Джонсон Р.Э., Пракаш С., Пракаш Л., Аггарвал АК. Репликация ДНК-полимеразой-йота человека происходит путем спаривания оснований Хугстина. Природа. 2004, 15 июля; 430 (6997): 377-80. ПМИД   15254543 .
• Наир Д.Т., Каур К.Дж., Сингх К., Мукерджи П., Раджагопал Д., Джордж А., Бал В., Рат С., Рао К.В., Салунке Д.М. Мимикрия нативных пептидных антигенов соответствующими ретро-инверсо аналогами зависит от их внутренней структуры и склонности к взаимодействию. Дж Иммунол. 1 февраля 2003 г.; 170 (3): 1362–73. ПМИД   12538696 .
• Наир Д.Т., Сингх К., Сиддики З., Наяк Б.П., Рао К.В., Салунке Д.М. Распознавание эпитопов различными антителами предполагает конформационную конвергенцию ответа антител. Дж Иммунол. 1 марта 2002 г.; 168(5): 2371-82. ПМИД   11859128 .
• Джайн Д., Наир Д.Т., Сваминатан Г.Дж., Авраам Э.Г., Нагараджу Дж., Салунке Д.М. Структура индуцированного антибактериального белка тасарского тутового шелкопряда Antheraea mylitta. Последствия для молекулярной эволюции. J Биол Хим. 2 ноября 2001 г.; 276(44): 41377-82. Электронная публикация 2001 г., 24 августа. ПМИД   11522783 .
• Наяк С.К., Багга С., Гаур Д., Наир Д.Т., Салунке Д.М., Батра Дж.К. Механизм специфического узнавания мишени и гидролиза РНК рибонуклеолитическим токсином рестриктоцином. Биохимия. 7 августа 2001 г.; 40(31): 9115-24. ПМИД   11478878 .
• Наир Д.Т., Сингх К., Саху Н., Рао К.В., Салунке Д.М. Кристаллическая структура антитела, связанного с иммунодоминантным пептидным эпитопом: новые особенности распознавания пептид-антитело. Дж Иммунол. 15 декабря 2000 г.; 165(12): 6949-55. ПМИД   11120821 .

1. См. также

• Геном
• Молекулярная самосборка

Внешние ссылки

• «Дипак Т. Наир на NCBS» . Национальный центр биологических наук . 15 ноября 2017 года . Проверено 15 ноября 2017 г.
• «Дипак Т. Наир в RCB» https://www.rcb.res.in/index.php?param=empdetails/129
• https://indianexpress.com/article/technology/science/from-the-lab-why-some-bacteria-multiply-in-certain-set-ups-and-resist-antibiotics-4881283/
• Церемония вручения премии SSB: https://www.youtube.com/watch?v=hBOn23gwGkI
• Семинар по науке Сету ID75: https://www.youtube.com/watch?v=YfnJ4mh6y6s