Дебасис Дэш
Дебасис Дэш | |
|---|---|
| Рожденный | 17 июня 1972 г. Бхубанешвар , Индия |
| Национальность | Индийский |
| Известный | Исследования по вычислительной биологии |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | |
Дебасис Дэш — индийский компьютерный биолог и главный научный сотрудник Института геномики и интегративной биологии (IGIB). [ 1 ] [ 2 ] Известен своими исследованиями в области протеомики. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] и исследования больших данных и искусственного интеллекта , [ 6 ] [ 7 ] его исследования были задокументированы в ряде статей. [ 8 ] и ResearchGate , [ 9 ] в онлайн-хранилище научных статей перечислено 120 из них. [ 10 ] В 2014 году Департамент биотехнологии правительства Индии наградил его Национальной премией в области бионаук за развитие карьеры , одной из самых высоких научных наград Индии, за вклад в биологические науки. [ 11 ] Он был назначен директором Института наук о жизни 18 в Бхубанешваре мая 2023 года. [ 3 ] [ 12 ]
Биография
[ редактировать ]Дебасис Даш родился 17 июня 1972 года в Бхубанешваре, получил степень магистра химии в Делийском университете, а затем получил докторскую степень в 1998 году. В 2000 году он присоединился к IGIB в качестве ученого, где сейчас работает профессором и руководит отделом принятия решений по большим данным и искусственному интеллекту. Его вклад привел к созданию процветающей школы в области генома , протеома и информатики здравоохранения .
Одним из выдающихся достижений доктора Даша является разработка отмеченных наградами коммерческих программных пакетов, таких как PLHost. [ 13 ] и Генокластер, [ 14 ] который получил признание на конференциях Bangalore Bio в 2005 году. [ 15 ] и 2006 г. [ 16 ] за лучшую презентацию продукта. Сотрудничая с исследователями, использующими инструмент PLHost, команда доктора Даша идентифицировала новые гены, кодирующие белки ремоделирования хроматина под названием INO-80, которые опубликованы в уважаемой базе данных Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). [ 17 ] Он также участвовал в известном проекте Open Source Drug Discovery. [ 18 ] и Индийский консорциум по вариациям генома , крупнейшее исследование, проведенное на здоровых людях в Индии для каталогизации базальных геномных вариаций в различных популяциях. В области вирусологии уникальный алгоритм GeneD'cipher доктора Даша идентифицировал три новых гена вируса атипичной пневмонии : [ 19 ] помощь в диагностике во время вспышки в Китае. Его исключительный вклад в эту область получил широкое освещение в средствах массовой информации, а такие заголовки, как « Индийские ученые разрабатывают расшифровку генов для борьбы с атипичной пневмонией », были опубликованы в таких известных изданиях, как India Today, Economic Times и The Hindu. Кроме того, доктор Дэш сыграл решающую роль в создании Центра знаний Г.Н. Рамачандрана по геномной информатике в IGIB.
Объединив геномику и протеомику, доктор Дэш отважился заняться протеогеномикой , разрабатывая вычислительные алгоритмы и соответствующие пакеты программного обеспечения, такие как MassWiz, [ 3 ] гибкий др, [ 20 ] и Протеостатс. [ 21 ] Благодаря систематическому анализу данных протеомики он сделал важные открытия, в том числе идентифицировал белки в плазме человека, M.tuberculosis, [ 22 ] важный в сельском хозяйстве симбионт B. Japonicum , [ 23 ] и недостающий протеом у людей. [ 24 ] За последние 5 лет доктор Дэш также внес заметный вклад в разработку инструментов медицинской визуализации на основе искусственного интеллекта. Он работал над такими проектами, как проект CovBaseAI, уделяя особое внимание выявлению и диагностике пневмонии COVID-19 с помощью рентгенографии грудной клетки. [ 7 ] Он также участвовал в разработке RAPID-CT с целью сократить время выполнения работ и расставить приоритеты пациентов в зависимости от их состояния с помощью автоматической сортировки медицинских изображений. Кроме того, доктор Дэш работал над выявлением и классификацией интерстициальных заболеваний легких (ИЗЛ) на основе компьютерной томографии, стремясь разработать систему текстурного анализа и количественной оценки.
Многопрофильный опыт и новаторские исследования доктора Дебасиса Даша значительно продвинули области геномной информатики и искусственного интеллекта в здравоохранении. Его вклад не только привел к научным прорывам, но и способствовал росту исследований в области биоинформатики в Индии. Кроме того, его усилия привели к созданию динамичной школы геномной информатики в Индии, причем многие из его обученных студентов получили престижные стипендии и заняли должности преподавателей в таких известных учреждениях, как IIT , IISER , THSTI и Делийский университет .
Подводя итог, можно сказать, что выдающееся научное путешествие доктора Дебасиса Дэша в области геномной информатики оставило неизгладимый след в области биологических наук. Его инновационные идеи, новаторские алгоритмы и результативные исследования получили международное признание, позиционируя CSIR-IGIB как ведущее учреждение в области биоинформатики. Благодаря своему вкладу в геномику, протеомику и протеогеномику доктор Дэш значительно продвинул наше понимание биологических систем, революционизировав наш подход к диагностике, открытию лекарств и персонализированной медицине.
Награды и почести
[ редактировать ]- 2004 - Премия CSIR Young Scientist Awards (YSA) от Совета научных и промышленных исследований
- 2010 - Индийско-американская стипендия в области науки и технологий.
- 2014 - Национальная премия в области биологических наук за развитие карьеры от Департамента биотехнологий, Индия.
Патенты
[ редактировать ]- Компьютерный метод идентификации пептидов, полезных в качестве мишеней для лекарств.
US, PCT: NF64/2000; Samir K. Brahmachari and Debasis Dash
- Компьютерный метод прогнозирования последовательностей ДНК, кодирующих белки, которые можно использовать в качестве мишеней для лекарств.
US, PCT: NF 421/03; S.K. Brahmachari, D. Dash, J.K Maheshwari and R. Sharma
Международное сотрудничество
[ редактировать ]Избранная библиография
[ редактировать ]- Дхар, Махеш С.; Марвал, Робин; Вс, Радхакришнан; Поннусами, Калайарасан; Веселый, Бани; Бхояр, Рахул Дж.; Сардана, Вирен; Наушин, Салва; Рофина, Мерси; Меллан, Томас А.; Мишра, Свапнил; Уиттакер, Чарльз; Фатихи, Саман; Датта, Мина; Сингх, Приянка (19 ноября 2021 г.). «Геномная характеристика и эпидемиология нового варианта SARS-CoV-2 в Дели, Индия». Наука . 374 (6570): 995–999. doi:10.1126/science.abj9932 . ISSN 0036-8075. ПМК 7612010 . ПМИД 34648303 .
- Сингх, Пратик; Уджайния, Раджат; Пракаш, Сатьяртха; Наушин, Салва; Сардана, Вирен; Бхатея, Нитин; Сингх, Аджай Пратап; Бармен, Джойдеб; Кумар, Картик; Гаяли, Саураб; Хан, Раджу; Рават, Бирендра Сингх; Таллапака, Картик Бхарадвадж; Анумалла, Махеш; Лахири, Амит (1 июля 2022 г.). «Подход на основе машинного обучения для определения инфекционного статуса у реципиентов цельновирионной инактивированной вакцины SARS-CoV-2 BBV152 (Covaxin) для серологических исследований». Компьютеры в биологии и медицине . 146 : 105419. doi: 10.1016/j.compbiomed.2022.105419 . ISSN 0010-4825.
- Уджайния, Раджат; Тьяги, Аканша; Сардана, Вирен; Наушин, Салва; Бхатея, Нитин; Кумар, Картик; Бармен, Джойдеб; Пракаш, Сатьяртха; Кутум, Ринту; Бхаскар, Акаш Кумар; Сингх, Пратик; Чаудхари, Кумардип; Лумба, Менка; Ханна, Юкти; Валеча, Честа (1 апреля 2022 г.). «Высокий уровень неудач иммунизации ChAdOx1-nCoV19 против бессимптомной инфекции у медицинских работников во время всплеска дельта-варианта». Природные коммуникации . 13 (1): 1726. doi: 10.1038/s41467-022-29404-3 . ISSN 2041-1723.
- Кумар, Дхирендра; Ядав, Амит Кумар; Цзя, Синьин; Малвенна, Джейсон; Даш, Дебасис (1 января 2016 г.). «Комплексный транскриптомно-протеомный анализ с использованием протеогеномного рабочего процесса уточняет аннотацию генома крысы *». Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (1): 329–339. дои: 10.1074/mcp.M114.047126 . ISSN 1535-9476.
- Ядав, Амит Кумар; Бхардвадж, Гурав; Басак, Траямбак; Кумар, Дхирендра; Ахмад, Шадаб; Приядаршини, Руби; Сингх, Ашиш Кумар; Даш, Дебасис; Сенгупта, Шантану (7 сентября 2011 г.). «Систематический анализ элюированной фракции плазмы после истощения иммуноаффинности: значение для открытия биомаркеров». ПЛОС Один . 6 (9): e24442. дои: 10.1371/journal.pone.0024442 . ISSN 1932-6203. ПМК 3168506 . ПМИД 21931718 .
- Сингх, Гаджиндер Пал; Ганапати, Мифили; Даш, Дебасис (11 декабря 2006 г.). «Роль внутреннего нарушения в временных взаимодействиях белков-концентраторов». Белки: структура, функции и биоинформатика . 66 (4): 761–765. дои: 10.1002/прот.21281 .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «ДД Лаборатория» . сайты.google.com . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «Дебасис Даш» . Институт геномики и интегративной биологии . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ Jump up to: а б с «Дебасис Даш назначен директором Института наук о жизни, Бхубанешвар» . 18 мая 2023 г. Проверено 30 мая 2023 г.
- ^ Кумар, Дхирендра; Ядав, Амит Кумар; Цзя, Синьин; Малвенна, Джейсон; Даш, Дебасис (1 января 2016 г.). «Комплексный транскриптомно-протеомный анализ с использованием протеогеномного рабочего процесса уточняет аннотацию генома крысы *» . Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (1): 329–339. дои : 10.1074/mcp.M114.047126 . ISSN 1535-9476 . ПМЦ 4762527 . ПМИД 26560066 .
- ^ Кумар, Дхирендра; Бансал, Гурджа; Наранг, Анкита; Басак, Траямбак; Аббас, Тахсин; Даш, Дебасис (октябрь 2016 г.). «Интеграция профилирования транскриптома и протеома: стратегии и приложения» . Протеомика . 16 (19): 2533–2544. дои : 10.1002/pmic.201600140 . ПМИД 27343053 . S2CID 13333376 .
- ^ Сингх, Пратик; Уджайния, Раджат; Пракаш, Сатьяртха; Наушин, Салва; Сардана, Вирен; Бхатея, Нитин; Сингх, Аджай Пратап; Бармен, Джойдеб; Кумар, Картик; Гаяли, Саураб; Хан, Раджу; Рават, Бирендра Сингх; Таллапака, Картик Бхарадвадж; Анумалла, Махеш; Лахири, Амит (1 июля 2022 г.). «Подход на основе машинного обучения для определения инфекционного статуса у реципиентов цельновирионной инактивированной вакцины SARS-CoV-2 BBV152 (Covaxin) для серологических исследований» . Компьютеры в биологии и медицине . 146 : 105419. doi : 10.1016/j.compbiomed.2022.105419 . ISSN 0010-4825 . ПМК 9040372 . ПМИД 35483225 .
- ^ Jump up to: а б Гидде, Прашант Садашив; Прасад, Шьям Сандер; Сингх, Аджай Пратап; Бхатея, Нитин; Пракаш, Сатьяртха; Сингх, Пратик; Сабу, Аакаш; Тахар, Рохит; Гупта, Салил; Саурав, Сумит; М.В., Рагунанданан; Сингх, Амритпал; Сардана, Вирен; Махаджан, Харш; Калянпур, Арджун (1 декабря 2021 г.). «Валидация усовершенствованного алгоритма глубокого обучения экспертной системы для автоматического скрининга COVID-пневмонии на рентгенограммах грудной клетки» . Научные отчеты . 11 (1): 23210. Бибкод : 2021NatSR..1123210G . doi : 10.1038/s41598-021-02003-w . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 8636645 . ПМИД 34853342 . S2CID 224817359 .
- ^ «В Академии Google» . Google Академик . 12 мая 2018 года . Проверено 12 мая 2018 г.
- ^ «Дебасис Даш» . Исследовательские ворота . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «На ResearchGate» . 12 мая 2018 года . Проверено 12 мая 2018 г.
- ^ «Лауреаты Национальной премии в области биологических наук за развитие карьеры» (PDF) . Кафедра биотехнологии. 2016. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2018 года . Проверено 20 ноября 2017 г.
- ^ Пионер,. «Дебасис Даш назначен директором ILS» . Пионер . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «Программное обеспечение для биоинформатики Jalaja Tech завершает тестовые испытания» . test.pharmabiz.com . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «Генокластер с четырьмя программами: PLHost, SeaPath, Proteome Kalculator и GeneDCfer» . ЦСИР . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «Бангалор Био 2005» . www.biospectrumindia.com . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «Bangalore Bio 2006 набирает обороты» . www.biospectrumindia.com . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ Бакши, Рахит; Пракаш, Тулика; Даш, Дебасис; Брахмачари, Вани (16 июля 2004 г.). «In silico характеристика подсемейства INO80 белков ремоделирования хроматина SWI2/SNF2» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 320 (1): 197–204. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.05.147 . ISSN 0006-291X . ПМИД 15207721 .
- ^ «Открытие лекарств с открытым исходным кодом» . www.osdd.net . Архивировано из оригинала 20 октября 2015 года . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ «Распознавание и анализ белков-кодирующих генов при тяжелом остром респираторном синдроме, связанном с коронавирусом» . Academic.oup.com . Проверено 2 июня 2023 г.
- ^ Ядав, Амит Кумар; Кумар, Дхирендра; Даш, Дебасис (26 ноября 2012 г.). «Изучение приманок для улучшения чувствительности и специфичности результатов поиска в базе данных протеомики» . ПЛОС ОДИН . 7 (11): е50651. Бибкод : 2012PLoSO...750651Y . дои : 10.1371/journal.pone.0050651 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 3506577 . ПМИД 23189209 .
- ^ Academic.oup.com https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/29/21/2799/197053 . Проверено 2 июня 2023 г.
{{cite web}}: Отсутствует или пусто|title=( помощь ) - ^ Келкар, Дханашри С.; Кумар, Дхирендра; Кумар, Правин; Балакришнан, Лаванья; Мутхусами, Бабилакшми; Ядав, Амит Кумар; Шривастава, Приянка; Маримуту, Аривусудар; Ананд, Шридхар; Сундарам, Хема; Кингсбери, Рина; Харша, ХК; Наир, Бипин; Прасад, Т.С. Кешава; Чаухан, Девендра Сингх (1 декабря 2011 г.). «Протеогеномный анализ микобактерий туберкулеза методом масс-спектрометрии высокого разрешения*» . Молекулярная и клеточная протеомика . 10 (12): М111.011445. дои : 10.1074/mcp.M111.011627 . ISSN 1535-9476 . ПМК 3275902 . ПМИД 21969609 . S2CID 36626951 .
- ^ Кумар, Дхирендра; Ядав, Амит Кумар; Кадими, Пунит Кумар; Нагарадж, Шивашанкар Х.; Гриммонд, Шон М.; Даш, Дебасис (1 ноября 2013 г.). «Протеогеномный анализ Bradyrhizobium japonicum USDA110 с использованием Genosuite, автоматизированного многоалгоритмического конвейера *» . Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (11): 3388–3397. дои : 10.1074/mcp.M112.027169 . ISSN 1535-9476 . ПМЦ 3820949 . ПМИД 23882027 .
- ^ Кумар, Дхирендра; Джайн, Арадхья; Даш, Дебасис (4 декабря 2015 г.). «Исследование недостающего протеома человека: вычислительная перспектива» . Журнал исследований протеома . 14 (12): 4949–4958. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00728 . ISSN 1535-3893 . ПМИД 26407240 .
