CLC был

CLC был
Тип компании	Частная компания
Промышленность	Биоинформатика
Основан	2005
Штаб-квартира	Орхус , Дания
Обслуживаемая территория	Дания ; Кембридж, Массачусетс ; Токио ; Тайбэй ; Дели
Продукты	Программное обеспечение и консалтинг
Веб-сайт	http://www.clcbio.com (мертв)

CLC bio была для биоинформатики компанией -разработчиком программного обеспечения , которая разработала пакет программного обеспечения, впоследствии приобретенный QIAGEN .

История

CLC bio начала коммерческую деятельность 1 января 2005 года со штаб-квартирой в Орхусе , Дания . Разработка продукта также частично финансировалась за счет сотрудничества с исследователями в проектах, финансируемых за счет грантов. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} К 2012 году у него были дополнительные офисы в Кембридже, Массачусетсе , Токио , Тайбэе и Дели , в которых работали преимущественно научные сотрудники (30% имели докторскую степень). ^{[ 3 ]} и создал базу пользователей, насчитывающую около 250 000 пользователей как в академических учреждениях, так и в биотехнологических компаниях. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

CLC bio была приобретена QIAGEN в 2013 году и объединена в ее подразделение исследований и разработок в области биоинформатики с несколькими другими приобретенными платформами в 2014 году. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Программное обеспечение

Основная деятельность CLC bio заключалась в разработке программного обеспечения для настольных компьютеров ( Mac OS X , Windows и Linux ), корпоративного и облачного программного обеспечения для анализа биологических данных . CLC bio разработала некоторые собственные алгоритмы с открытым исходным кодом , а также собственные SIMD -ускоренные реализации нескольких существующих популярных приложений. В 2010 году CLC bio была известна как первая коммерческая платформа для биоинформатического анализа, которая использовала графический пользовательский интерфейс для создания, управления и развертывания рабочих процессов анализа, а также инструменты командной строки , SOAP и REST API, а позже и возможность запускать контейнерные инструменты. ^{[ 9 ]}

По мере того, как к программной платформе добавлялись дополнительные возможности, она в конечном итоге была разделена на несколько тематических рабочих мест и плагинов с наборами функций, соответствующих различным приложениям (например, анализ путей , геномика и другие омики ). Функции включают картирование чтения и сборку de novo данных высокопроизводительного секвенирования , полногеномное обнаружение SNP и структурных вариаций, ChIP-seq , RNA-Seq , анализ малых РНК , завершение генома, микробную геномику, структурную биологию и функции для анализа. , визуализировать и сравнивать геномные , транскриптомные и эпигеномные данные.

Облачные вычисления

В 2017 году компания CLC bio запустила облачный движок CLC Genomics Cloud Engine. ^{[ 7 ]} в качестве платформы с управлением из командной строки для облачного выполнения рабочих процессов биоинформатики в Amazon Web Services. В 2019 году эта платформа была адаптирована и одобрена для использования в AWS GovCloud. В 2020 году CLC bio выпустила бесплатный плагин, который позволяет выполнять рабочие процессы на AWS непосредственно из настольного программного обеспечения CLC Genomics Workbench. ^{[ нужна ссылка ]}

Аппаратное обеспечение

Вначале компания изначально представляла собственные разработки высокопроизводительных вычислительных решений, уделяя особое внимание ускорению алгоритмов с открытым исходным кодом, таких как HMMER , Smith-Waterman и ClustalW , с использованием FPGA технологии . Однако эти продукты больше не находятся в стадии разработки.

Ссылки

^ «CLC Bio примет участие в проекте ЕС стоимостью 15 миллионов долларов по изучению механизмов дифференцировки стволовых клеток» . ГеномВеб . 17 февраля 2012 г. Проверено 29 ноября 2022 г.
^ «Фонды ЕС на разработку пакета программного обеспечения для регулирования генов» . ГеномВеб . 13 января 2011 г. Проверено 29 ноября 2022 г.
^ «Профиль компании (PDF)» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 4 мая 2012 г. Проверено 29 мая 2012 г.
^ «Количество загрузок» . clcbio.com . 05.02.2012. Архивировано из оригинала 5 февраля 2012 г.
^ "Клиенты" . clcbio.com . 05.10.2012. Архивировано из оригинала 5 октября 2012 г.
^ «Инструменты и приложения биоинформатики» . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 29 ноября 2022 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Последние улучшения» . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 30 ноября 2022 г.
^ "О нас" . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 30 ноября 2022 г.
^ «Последние улучшения» . Программное обеспечение и услуги для биоинформатики: QIAGEN Digital Insights . Проверено 7 мая 2020 г.

[GenomeWeb,_CLC_Bio_to_Participate_in_$15M_EU_Effort_to_Study_Stem_Cell_Differentiation_Mechanisms-1] «CLC Bio примет участие в проекте ЕС стоимостью 15 миллионов долларов по изучению механизмов дифференцировки стволовых клеток» . ГеномВеб . 17 февраля 2012 г. Проверено 29 ноября 2022 г.

[GenomeWeb,_EU_Funds_Development_of_Gene_Regulation_Software_Suite-2] «Фонды ЕС на разработку пакета программного обеспечения для регулирования генов» . ГеномВеб . 13 января 2011 г. Проверено 29 ноября 2022 г.

[3] «Профиль компании (PDF)» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 4 мая 2012 г. Проверено 29 мая 2012 г.

[4] «Количество загрузок» . clcbio.com . 05.02.2012. Архивировано из оригинала 5 февраля 2012 г.

[5] "Клиенты" . clcbio.com . 05.10.2012. Архивировано из оригинала 5 октября 2012 г.

[6] «Инструменты и приложения биоинформатики» . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 29 ноября 2022 г.

[:0-7] Jump up to: ^а ^б «Последние улучшения» . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 30 ноября 2022 г.

[8] "О нас" . Цифровая аналитика QIAGEN . Проверено 30 ноября 2022 г.

[9] «Последние улучшения» . Программное обеспечение и услуги для биоинформатики: QIAGEN Digital Insights . Проверено 7 мая 2020 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]