Многолокусная последовательность печатает

Мультилокусная последовательность Типирование ( MLST ) - это метод молекулярной биологии для печати множественных локусов , используя последовательности ДНК внутренних фрагментов множественных домашних генов для характеристики изолятов микробных видов.

Первая схема MLST, которая будет разработана для Neisseria meningitidis , ^{[ 1 ]} причинный агент менингококкового менингита и сепсиса . С момента своего введения для исследования эволюционной истории, MLST использовался не только для патогенов человека, но и для патогенов растений. ^{[ 2 ]}

Принцип

MLST непосредственно измеряет вариации последовательности ДНК в наборе генов домашнего хозяйства и характеризует штаммы по их уникальным аллельным профилям. Принцип MLST прост: техника включает в себя амплификацию ПЦР с последующим секвенированием ДНК . Различия нуклеотидов между штаммами могут быть проверены на переменное количество генов в зависимости от желаемой степени дискриминации.

Рабочий процесс MLST включает в себя: 1) сбор данных, 2) анализ данных и 3) анализ многолокусных последовательностей. На этапе сбора данных окончательная идентификация вариации получается путем определения фрагментов генов нуклеотидной последовательности. На этапе анализа данных всем уникальным последовательностям присваиваются номера аллелей и объединяются в аллельный профиль и присваивают тип последовательности (ST). Если найдены новые аллели и ST, они хранятся в базе данных после проверки. На конечном этапе анализа MLST связанность изолятов производится путем сравнения аллельных профилей. Исследователи проводят эпидемиологические и филогенетические исследования, сравнивая STS различных клональных комплексов. Огромный набор данных создается в процессе секвенирования и идентификации, поэтому биоинформационные методы используются для расположения, управления, анализа и объединения всех биологических данных.

Чтобы найти баланс между приемлемой идентификационной мощностью, временем и стоимостью для печати напряжения, в лабораториях обычно используются около семи-восьми генов, проводимых домом. Цитируя staphylococcus aureus В качестве примера, семь генов домашнего хозяйства используются в типинге MLST. Эти гены включают карбамат киназу ( ARCC ), шикиматдегидрогеназу ( AROE ), глицериноль -киназу ( GLPF ), гуанилаткиназу ( GMK ), фосфатцетилтрансфераза ( PTA ) и ), триозофосфат изомераза ( TPI ацетил -коэнзия ацетилдриза (yqil ) и ) и ацетиливая ацетил -ацетиливая ( ацетиливая ацетил -ацетилсаза ( YQIL YQILASE (TPI ) и ацетил -коэнзия ацетилсарата MLST веб -сайт. Тем не менее, нередко используется до десяти генов домашнего хозяйства. For Vibrio vulnificus , the housekeeping genes used are glucose-6-phosphate isomerase ( glp ), DNA gyrase, subunit B ( gyrB ), malate-lactate dehydrogenase ( mdh ), methionyl-tRNA synthetase ( metG ), phosphoribosylaminoimidazole synthetase ( purM ), треониндегидрогеназа ( DTDS ), Диаминопимелат декарбоксилаза ( LysA ), субъединица альфа -трансидрогеназы ( PNTA ), дигидрооротаза ( PYRC ) и триптофаназа ( TNAA ). Таким образом, как количество, так и тип генов домашнего хозяйства, опрошенные MLST, могут отличаться от видов к видам.

Для каждого из этих генов домашнего хозяйства различные последовательности назначаются в виде аллелей, а аллели в локусах обеспечивают аллельный профиль. Серия профилей может быть маркером идентификации для типирования деформации. Последовательности, которые различаются даже при одном нуклеотиде, назначаются в виде разных аллелей, и не дано никакого взвешивания, чтобы учитывать количество нуклеотидных различий между аллелями, поскольку мы не можем различать, являются ли различия в множественных нуклеотидных сайтах результатом множественных точечных мутаций или единых рекомбинационный обмен. Большое количество потенциальных аллелей в каждом из локусов дает возможность различать миллиарды различных аллельных профилей, а напряжение с наиболее распространенным аллелем в каждом локусе ожидается только случайно один раз в 10 000 изолятов. ^{[ Цитация необходима ]} Несмотря на то, что MLST обеспечивает высокую дискриминационную мощность, накопление нуклеотидных изменений в генах домашнего хозяйства является относительно медленным процессом, и аллельный профиль бактериального изолята достаточно стабилен со временем, чтобы метод был идеальным для глобальной эпидемиологии.

Связанность изолятов отображается в виде дендрограммы , построенной с использованием матрицы парных различий между их аллельными профилями, удвоением или минимальным деревом охватки (MST). Дендрограмма - это лишь удобный способ отображения тех изолятов, которые имеют идентичные или очень похожие аллельные профили, которые можно предположить, полученные от общего предка; Отношения между изолятами, которые различаются в более чем трех из семи локусов, могут быть ненадежными и не должны быть приняты для вывода своей филогения. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} MST соединяет все образцы таким образом, что суммированное расстояние всех ветвей дерева минимально. ^{[ 5 ]}

Альтернативно, родство изолятов также может быть проанализировано с помощью анализа мультилокусных последовательностей ( MLSA ). Это не использует назначенные аллели, а вместо этого объединяет последовательности фрагментов генов генов домашнего хозяйства и использует эту конкатенированную последовательность для определения филогенетических отношений. В отличие от MLST, этот анализ назначает более высокое сходство между последовательностями, различающимися только с одним нуклеотидом, и более низкое сходство между последовательностями с множественными нуклеотидными различиями. В результате этот анализ более подходит для организмов с клональной эволюцией и менее подходит для организмов, в которых рекомбинационные события происходят очень часто. Он также может быть использован для определения филогенетических взаимосвязей между близкородственными видами. ^{[ 6 ]} Термины MLST и MLSA очень часто считаются взаимозаменяемыми. Это, однако, неверно, так как каждый метод анализа имеет свои отличительные особенности и использование. Следует позаботиться о том, чтобы использовать правильный термин.

Сравнение с другими методами

Более ранние подходы серологических типов были установлены для дифференциации бактериальных изолятов, но иммунологическое типирование имеет такие недостатки, как зависимость от нескольких антигенных локусов и непредсказуемой реактивности антител с различными антигенными вариантами. Было предложено несколько схем молекулярного типирования для определения родства патогенов, таких как гель-электрофорез с импульсным полем ( PFGE ), риботипирование и снятия пальцев на основе ПЦР . Но эти методы субтипирования на основе ДНК не обеспечивают значимого эволюционного анализа. Несмотря на то, что многие исследователи рассматривают PFGE как «золотой стандарт», многие штаммы не типизируются этим методом из -за деградации ДНК во время процесса (мазки геля).

Подход MLST отличается от электрофореза в мульти -локусе (MLEE), который основан на различных электрофоретических подвижностях (EM) множественных метаболических ферментов. Аллели в каждом локусе определяют EM их продуктов, поскольку различные аминокислотные последовательности между ферментами приводят к различным подвижным способностям и различным полосам при запуске на геле. Связанность изолятов может быть визуализирована с помощью дендрограммы, генерируемой из матрицы парных различий между электрофоретическими типами. Этот метод имеет более низкое разрешение, чем MLST по нескольким причинам, все из -за того, что ферментативное разнообразие фенотипов является лишь прокси для разнообразия последовательности ДНК. Во -первых, ферменты могут иметь разные аминокислотные последовательности, не имея достаточно разных, чтобы дать отдельные полосы. Во -вторых, «молчаливые мутации» могут изменить последовательность ДНК гена без изменения кодируемых аминокислот. В -третьих, фенотип фермента может быть легко изменен в ответ на условия окружающей среды и сильно влияет на воспроизводимость результатов Mlee - общими модификациями ферментов являются фосфорилирование, связывание кофакторов и расщепление транспортных последовательностей. Это также ограничивает сопоставимость данных MLEE, полученных различными лабораториями, тогда как MLST предоставляет портативные и сопоставимые данные о последовательности ДНК и обладает большим потенциалом для автоматизации и стандартизации.

MLST не следует путать с штрих -кодированием ДНК . Последний - это таксономический метод, который использует короткие генетические маркеры для распознавания конкретных видов эукариот. Он основан на том факте, что митохондриальная ДНК (мтДНК) или некоторые части рибосомальной ДНК цистрона имеют относительно быстрые скорости мутаций, которые дают значительное изменение последовательностей между видами. Методы мтДНК возможны только у эукариот (поскольку прокариоты отсутствуют митохондрии), тогда как MLST, хотя изначально разработанная для прокариот, теперь находит применение у эукариот, и в принципе может применяться к любому королевству.

Преимущества и приложения

MLST очень однозначный и портативный. Материалы, необходимые для определения ST, могут быть обменены между лабораториями. Последовательности праймеров и протоколы можно получить в электронном виде. Это воспроизводимо и масштабируемо. MLST автоматизирован, сочетает в себе успехи с высокой пропускной способностью и биоинформатикой с установленными методами генетики популяции. Данные MLST могут использоваться для изучения эволюционных отношений между бактериями. MLST обеспечивает хорошую дискриминационную силу для дифференциации изолятов.

Применение MLST огромно и предоставляет ресурс для научных, общественных здравоохранения и ветеринарных сообществ, а также для пищевой промышленности. Ниже приведены примеры приложений MLST.

Campylobacter

Campylobacter является общим возбудителем для бактериальных инфекционных заболеваний кишечника, обычно возникающих из недоваренной птицы или непастеризированного молока. Тем не менее, его эпидемиология плохо изучена, поскольку вспышки редко обнаруживаются, так что источники и маршруты передачи вспышки нелегко проследить. Кроме того, геномы Campylobacter являются генетически разнообразными и нестабильными с частой меж- и внутриагеномной рекомбинацией вместе с фазовыми вариациями, которая усложняет интерпретацию данных из многих методов печати. До недавнего времени, с применением MLST Technique, Typing Campylobacter достигла большого успеха и добавила в базу данных MLST. По состоянию на 1 мая 2008 года база данных Campylobacter MLST содержит 3516 изолятов и около 30 публикаций, которые используют или упоминают MLST в исследованиях Campylobacter ( http://pubmlst.org/campylobacter/ ).

Neisseria meningitidis

MLST предоставил более богато текстурированную картину бактерий в популяциях человека и вариантов деформации, которые могут быть патогенными для человека, растений и животных. Mlst Technique впервые использовалась Maiden et al. (1) Охарактеризовать Neisseria meningitidis с использованием шести локусов. Применение MLST четко разрешило основные менингококковые линии, которые, как известно, ответственны за инвазивные заболевания во всем мире. Чтобы улучшить уровень дискриминационной власти между основными инвазивными линиями, в настоящее время используются семь локусов и были приняты многими лабораториями в качестве метода выбора для характеристики изолятов менингококков. Это хорошо известный факт ^{[ 7 ]} что рекомбинационные обмены обычно происходят у N. meningitidis , что приводит к быстрой диверсификации менингококковых клонов. MLST успешно предоставил надежный метод характеристики клонов в других видах бактерий, в котором скорости клональной диверсификации, как правило, ниже.

Staphylococcus aureus

S. aureus вызывает ряд болезней. Устойчивый к метициллину S. aureus ( MRSA ) вызвал растущую обеспокоенность по поводу устойчивости почти всем антибиотикам, кроме ванкомицина. Тем не менее, наиболее серьезные инфекции S. aureus в сообществе и многие в больницах вызваны метициллином, восприимчивыми изолятами (MSSA), и было предпринято мало попыток выявить гипервирулентные клоны MSSA, связанные с серьезным заболеванием. Поэтому MLST был разработан для обеспечения однозначного метода характеристики клонов MRSA и для идентификации клонов MSSA, связанных с серьезным заболеванием.

Streptococcus pyogenes

S. pyogenes вызывает заболевания от фарингита до опасного для жизни импетиго, включая некротический фасциит. схема MLST для S. pyogenes Была разработана . В настоящее время база данных ( mlst.net ) ^{[ 8 ]} Содержит аллельные профили изолятов, которые представляют всемирное разнообразие организма и изолятов от серьезных инвазивных заболеваний. ^{[ 9 ]}

Candida albicans

C. albicans является грибковым патогеном людей и отвечает за инфекции кровотока с приобретенными в больнице. MLST Technique использовала для характеристики C. albicans изолятов . Комбинация аллелей в разных локусах приводит к уникальным типам диплоидных последовательностей, которые можно использовать для различения штаммов. MLST был успешно применен для изучения эпидемиологии C. albicans в больнице, а также разнообразия изолятов C. albicans , полученных из различных экологических ниш, включая человеческих и животных.

Cronobacter

Род Cronobacter состоит из 7 видов. единственное название вида Enterobacter Sakazakii До 2007 года к этим организмам было применено . MLST Cronobacter был первоначально применен для различения C. sakazakii и C. malonaticus , поскольку секвенирование 16S рДНК не всегда достаточно точное, а биотипирование слишком субъективно. ^{[ 10 ]} Схема Cronobacter mlst использует 7 аллелей; ATPD , FUSA , GLNS , GLTB , GYRB , INPB и PPSA , дающие конкатенированную последовательность 3036 п.н. для филогенетического анализа (MLSA) и сравнительной геномики . ^{[ 11 ]} MLST также использовался в формальном распознавании новых видов Cronobacter . ^{[ 12 ]} Метод выявил сильную связь между одной генетической линией, типом последовательности 4 (ST4) и случаями неонатального менингита. ^{[ 13 ]} Сайт Cronobacter Mlst находится на http://www.pubmlst.org/cronobacter .

Ограничения

MLST выглядит лучше всего в популяционном генетическом исследовании, но это дорого. Из -за сохранения последовательностей в генах домашнего хозяйства, MLST иногда не хватает дискриминационной силы для дифференциации бактериальных штаммов, что ограничивает его использование в эпидемиологических исследованиях. Чтобы улучшить дискриминационную силу MLST, был разработан подход типирования последовательности с мультивирулентностью-локусом (MVLST) с использованием Listeria Monocytogenes . ^{[ 14 ]} MVLST расширяет преимущества MLST, но нацелена на гены вирулентности, которые могут быть более полиморфными, чем гены домашнего хозяйства. Генетика популяции не единственный актуальный фактор в эпидемии. Факторы вирулентности также важны при выборе заболеваний, и генетические исследования популяции борются за их контроль. Это связано с тем, что задействованные гены часто сильно рекомбируют и подвигаются между штаммами по сравнению с генетической структурой популяции. Таким образом, например, в Escherichia coli , выявление штаммов, несущих гены токсинов, важнее, чем иметь оценку распространенных штаммов на основе генетики популяции.

Появление технологий секвенирования секвенирования второго поколения позволило получить информацию о последовательности по всему бактериальному геному при относительно скромных затратах и усилиях, и теперь MLST теперь может быть назначен из информации о последовательности всего генома, а не секвенировал каждый локус отдельно, как и был практика, когда MLST был впервые разработан. ^{[ 15 ]} Секвенирование всего генома предоставляет более богатую информацию для дифференциации бактериальных штаммов (MLST использует приблизительно 0,1% геномной последовательности для назначения типа при игнорировании остальной части бактериального генома). Например, секвенирование всего генома многочисленных изолятов выявило одну линию Mlst ST258 Klebsiella pneumoniae, включающие две отдельные генетические клады, ^{[ 16 ]} Предоставление дополнительной информации об эволюции и распространении этих многопрофильных организмов, а также опровержение предыдущей гипотезы одного клонального происхождения для ST258. ^{[ 17 ]}

Базы данных

Базы данных MLST содержат последовательности эталонных аллелей и типы последовательностей для каждого организма, а также изолируют эпидемиологические данные. Веб -сайты содержат программное обеспечение для вопросов и анализа, которое позволяет пользователям запросить свои последовательности аллелей и типы последовательностей. MLST широко используется в качестве инструмента для исследователей и работников общественного здравоохранения.

Большинство баз данных MLST размещаются на веб -сервере, в настоящее время расположенном в Оксфордском университете ( pubmlst.org ).

База данных, размещенная на сайте, удерживает специфические для организма последовательности аллелей и списки ST для отдельных организмов.

Чтобы помочь сбору и форматированию используемых последовательностей, был разработан простой и бесплатный плагин для Firefox ( Link Archived 2014-02-22 на машине Wayback ).

Ссылки

^ Maiden, Mc.; Bygraves, Ja.; Feil, E.; Morelli, G.; Рассел, JE.; Урвин, Р.; Чжан, Q.; Zhou, J.; и др. (Март 1998 г.). «Мультилокусная последовательность Типирование: портативный подход к идентификации клонов в популяциях патогенных микроорганизмов» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (6): 3140–5. Bibcode : 1998pnas ... 95.3140M . doi : 10.1073/pnas.95.6.3140 . PMC 19708 . PMID 9501229 .
^ Саррис, ПФ; Trantas, EA; Mpalantinaki, E; Ververidis, F; Goumas, DE (2012). « Pseudomonas viridiflava , мульти -патоген растений -хозяев со значительными генетическими изменениями на молекулярном уровне» . Plos один . 7 (4): E36090. BIBCODE : 2012PLOSO ... 736090S . doi : 10.1371/journal.pone.0036090 . PMC 3338640 . PMID 22558343 .
^ Спратт, Брайан Дж. (1999). «Мультилокусная последовательность Типирование: молекулярное типирование бактериальных патогенов в эпоху быстрого секвенирования ДНК и Интернета». Текущее мнение о микробиологии . 2 (3): 312–316. doi : 10.1016/s1369-5274 (99) 80054-x . PMID 10383857 .
^ Spratt, Bg; Maiden, MC (1999). «Генетика бактериальной популяции, эволюция и эпидемиология» . Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 354 (1384): 701–710. doi : 10.1098/rstb.1999.0423 . PMC 1692550 . PMID 10365396 .
^ Джолли, Кит. "Минимальное дерево охраняющегося" . Pubmlst. Архивировано из оригинала 15 сентября 2007 года . Получено 10 октября 2013 года .
^ Данные D, Cohan FM, Lawrence JG, Spratt BG, Coenye T, Feil EJ, Stacke Burns E, Van The Pers Y, Vandame P, Thompson FL, Swings J (2005). «Мнение: переоценка Prokaryytics спецификации». Nath Rev Microbol . 3 (9): 733–739. doi : 10,1038/NR Micro1236 . PMID 16138101 . S2CID 41706247 .
^ EJ Feil; MC Maiden; М Ахтман; BG Spratt (1999). «Относительный вклад рекомбинации и мутации в дивергенцию клонов Neisseria meningitidis» . Mol Biol Evol . 16 (11): 1496–1502. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026061 . PMID 10555280 .
^ Enright MC, Spratt BG, Kalia A, Cross JH, Bessen DE (2001). «Мультилокусная последовательность типирования Streptococcus pyogenes и взаимосвязь между типом EMM и клоном» . Заразить иммун . 69 (4): 2416–2427. doi : 10.1128/iai.69.4.2416-2427.2001 . PMC 98174 . PMID 11254602 .
^ McGregor KF, Spratt BG, Kalia A, Bennett A, Bilek N, Beall B, Bessen DE (2004). «Мультилокусная последовательность типизирование Streptococcus pyogenes, представляющих наиболее известные типы EMM и различия между генетическими структурами субпопуляции» . J Бактериол . 186 (13): 4285–4294. doi : 10.1128/jb.186.13.4285-4294.2004 . PMC 421626 . PMID 15205431 .
^ Болдуин; и др. (2009). «Мультилокусная последовательность, типивая Cronobacter Sakazakii и Cronobacter malonaticus, выявляет стабильные клональные структуры с клиническим значением, которые не коррелируют с биотипами» . BMC Микробиология . 9 : 223. DOI : 10.1186/1471-2180-9-223 . PMC 2770063 . PMID 19852808 .
^ Кучерова; и др. (2011). « Cronobacter : разнообразие и повсеместное распространение» . Обеспечение качества и безопасность продуктов питания и сельскохозяйственных культур . 3 (3): 104–122. doi : 10.1111/j.1757-837x.2011.00104.x .
^ Джозеф; и др. (2011). « Cronobacter condimenti sp. Nov., Изолированный из прянокового мяса и кронобактер Universalis sp. Nov., Новое обозначение видов для Cronobacter sp. Genomospecies 1, восстановлен из инфекции ног, воды и пищевых ингредиентов» . Int J Syst Evol Microbiol . 62 (Pt 6): 1277–83. doi : 10.1099/ijs.0.032292-0 . PMID 22661070 .
^ Джозеф и Форсайт (2011). «Ассоциация кронобактеров Sakazakii ST4 с новорожденными инфекциями» . Возникающие инфекционные заболевания . 17 (9): 1713–5. doi : 10.3201/eid1709.110260 . PMC 3322087 . PMID 21888801 .
^ Zhang, W.; Джаярао, Б.М.; Knabel, SJ (2004). «Мультивирулентная последовательность последовательности листерий моноцитогенов» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 913–920. Bibcode : 2004apenm..70..913Z . doi : 10.1128/aem.70.2.913-920.2004 . ISSN 0099-2240 . PMC 348834 . PMID 14766571 .
^ «Центр геномной эпидемиологии» .
^ Deleo, F.; и др. (2014). «Молекулярное рассечение эволюции карбапенем-резистентных многолокусных последовательности типа 258 Klebsiella pneumoniae » . Труды Национальной академии наук . 111 (13): 4988–93. Bibcode : 2014pnas..111.4988d . doi : 10.1073/pnas.1321364111 . PMC 3977278 . PMID 24639510 .
^ Вудфорд Н., Тертон Дж.Ф., Ливермор Д.М.; Тертон; Ливермор (2011). «Мультирезистентные грамотрицательные бактерии: роль клонов высокого риска в распространении устойчивости к антибиотикам». Обзоры микробиологии FEMS . 35 (5): 736–55. doi : 10.1111/j.1574-6976.2011.00268.x . PMID 21303394 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Дальнейшее чтение

Maiden MC, Bygraves JA, Feil E, et al. (Март 1998 г.). «Мультилокусная последовательность Типирование: портативный подход к идентификации клонов в популяциях патогенных микроорганизмов» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 95 (6): 3140–5. Bibcode : 1998pnas ... 95.3140M . doi : 10.1073/pnas.95.6.3140 . PMC 19708 . PMID 9501229 .
Урвин Р., Девы М.К.; Дева (октябрь 2003 г.). «Мультилокусная последовательность типирования: инструмент для глобальной эпидемиологии». Тенденции Микробиол . 11 (10): 479–87. doi : 10.1016/j.tim.2003.08.006 . PMID 14557031 .
Foley SL, White DG, McDermott PF, et al. (Октябрь 2006 г.). «Сравнение методов субтипирования для дифференциации изолятов Salmonella enterica serovar typhimurium, полученных из пищевых животных» . J. Clin. Микробиол . 44 (10): 3569–77. doi : 10.1128/jcm.00745-06 . PMC 1594788 . PMID 17021084 .
Джонсон Дж.К., Ардуино С.М., Стайне ОК, Джонсон Дж., Харрис А.Д.; Ардуино; Статин; Джонсон; Харрис (ноябрь 2007 г.). «Мультилокусная последовательность типирования по сравнению с гель-электрофорезом с импульсным полем для молекулярного типирования Pseudomonas aeruginosa» . J. Clin. Микробиол . 45 (11): 3707–12. doi : 10.1128/jcm.00560-07 . PMC 2168506 . PMID 17881548 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Nallapareddy Sr, Duh RW, Singh KV, Murray BE; Дух; Сингх; Мюррей (март 2002 г.). «Молекулярное типирование выбранных изолятов Enterococcus faecalis: экспериментальное исследование с использованием мультилокусных последовательностей и электрофореза геля с импульсным полем» . J. Clin. Микробиол . 40 (3): 868–76. doi : 10.1128/jcm.40.3.868-876.2002 . PMC 120268 . PMID 11880407 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Fahr MK, Nolan LK, Logue CM; Нолан; Логи (май 2005 г.). «Многолокусная последовательность в печати не хватает дискриминационной способности гель-электрофореза с импульсным полем для печати Salmonella enterica serovar typhimurium» . J. Clin. Микробиол . 43 (5): 2215–9. doi : 10.1128/jcm.43.5.2215-2219.2005 . PMC 1153745 . PMID 15872244 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Чен Y, Чжан В., Кнабель С.Дж.; Чжан; КНАБЕЛ (октябрь 2005 г.). «Мультивирулентная последовательность последовательности проясняет эпидемиологию недавних вспышек листериоза в Соединенных Штатах» . J. Clin. Микробиол . 43 (10): 5291–4. doi : 10.1128/jcm.43.10.5291-5294.2005 . PMC 1248515 . PMID 16208000 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Внешние ссылки

Pubmlst - Оксфордский университет
Базы данных, размещенные в Университетском колледже Корк
Базы данных, проводимые в Институте Пастера
Bionumerics One Universal Bioinformatics Solution для хранения и анализа всех ваших биологических данных. Весь рабочий процесс MLST может быть выполнен и результаты по сравнению с другими методами типирования и/или метаданных. Последовательности аллелей и идентификаторы также могут быть получены из последовательностей всего генома.
Модуль микробной геномики CLC включает в себя набор инструментов и готовые к использованию рабочие процессы для MLST в контексте метаинформации, такой как вспышка, хост, географическое местоположение и т. Д., И позволяет легко сравнивать результаты, полученные с использованием других методов печати.

[Maiden-1998-1] Maiden, Mc.; Bygraves, Ja.; Feil, E.; Morelli, G.; Рассел, JE.; Урвин, Р.; Чжан, Q.; Zhou, J.; и др. (Март 1998 г.). «Мультилокусная последовательность Типирование: портативный подход к идентификации клонов в популяциях патогенных микроорганизмов» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (6): 3140–5. Bibcode : 1998pnas ... 95.3140M . doi : 10.1073/pnas.95.6.3140 . PMC 19708 . PMID 9501229 .

[2] Саррис, ПФ; Trantas, EA; Mpalantinaki, E; Ververidis, F; Goumas, DE (2012). « Pseudomonas viridiflava , мульти -патоген растений -хозяев со значительными генетическими изменениями на молекулярном уровне» . Plos один . 7 (4): E36090. BIBCODE : 2012PLOSO ... 736090S . doi : 10.1371/journal.pone.0036090 . PMC 3338640 . PMID 22558343 .

[3] Спратт, Брайан Дж. (1999). «Мультилокусная последовательность Типирование: молекулярное типирование бактериальных патогенов в эпоху быстрого секвенирования ДНК и Интернета». Текущее мнение о микробиологии . 2 (3): 312–316. doi : 10.1016/s1369-5274 (99) 80054-x . PMID 10383857 .

[4] Spratt, Bg; Maiden, MC (1999). «Генетика бактериальной популяции, эволюция и эпидемиология» . Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 354 (1384): 701–710. doi : 10.1098/rstb.1999.0423 . PMC 1692550 . PMID 10365396 .

[5] Джолли, Кит. "Минимальное дерево охраняющегося" . Pubmlst. Архивировано из оригинала 15 сентября 2007 года . Получено 10 октября 2013 года .

[6] Данные D, Cohan FM, Lawrence JG, Spratt BG, Coenye T, Feil EJ, Stacke Burns E, Van The Pers Y, Vandame P, Thompson FL, Swings J (2005). «Мнение: переоценка Prokaryytics спецификации». Nath Rev Microbol . 3 (9): 733–739. doi : 10,1038/NR Micro1236 . PMID 16138101 . S2CID 41706247 .

[7] EJ Feil; MC Maiden; М Ахтман; BG Spratt (1999). «Относительный вклад рекомбинации и мутации в дивергенцию клонов Neisseria meningitidis» . Mol Biol Evol . 16 (11): 1496–1502. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026061 . PMID 10555280 .

[8] Enright MC, Spratt BG, Kalia A, Cross JH, Bessen DE (2001). «Мультилокусная последовательность типирования Streptococcus pyogenes и взаимосвязь между типом EMM и клоном» . Заразить иммун . 69 (4): 2416–2427. doi : 10.1128/iai.69.4.2416-2427.2001 . PMC 98174 . PMID 11254602 .

[9] McGregor KF, Spratt BG, Kalia A, Bennett A, Bilek N, Beall B, Bessen DE (2004). «Мультилокусная последовательность типизирование Streptococcus pyogenes, представляющих наиболее известные типы EMM и различия между генетическими структурами субпопуляции» . J Бактериол . 186 (13): 4285–4294. doi : 10.1128/jb.186.13.4285-4294.2004 . PMC 421626 . PMID 15205431 .

[10] Болдуин; и др. (2009). «Мультилокусная последовательность, типивая Cronobacter Sakazakii и Cronobacter malonaticus, выявляет стабильные клональные структуры с клиническим значением, которые не коррелируют с биотипами» . BMC Микробиология . 9 : 223. DOI : 10.1186/1471-2180-9-223 . PMC 2770063 . PMID 19852808 .

[11] Кучерова; и др. (2011). « Cronobacter : разнообразие и повсеместное распространение» . Обеспечение качества и безопасность продуктов питания и сельскохозяйственных культур . 3 (3): 104–122. doi : 10.1111/j.1757-837x.2011.00104.x .

[12] Джозеф; и др. (2011). « Cronobacter condimenti sp. Nov., Изолированный из прянокового мяса и кронобактер Universalis sp. Nov., Новое обозначение видов для Cronobacter sp. Genomospecies 1, восстановлен из инфекции ног, воды и пищевых ингредиентов» . Int J Syst Evol Microbiol . 62 (Pt 6): 1277–83. doi : 10.1099/ijs.0.032292-0 . PMID 22661070 .

[13] Джозеф и Форсайт (2011). «Ассоциация кронобактеров Sakazakii ST4 с новорожденными инфекциями» . Возникающие инфекционные заболевания . 17 (9): 1713–5. doi : 10.3201/eid1709.110260 . PMC 3322087 . PMID 21888801 .

[14] Zhang, W.; Джаярао, Б.М.; Knabel, SJ (2004). «Мультивирулентная последовательность последовательности листерий моноцитогенов» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 913–920. Bibcode : 2004apenm..70..913Z . doi : 10.1128/aem.70.2.913-920.2004 . ISSN 0099-2240 . PMC 348834 . PMID 14766571 .

[15] «Центр геномной эпидемиологии» .

[16] Deleo, F.; и др. (2014). «Молекулярное рассечение эволюции карбапенем-резистентных многолокусных последовательности типа 258 Klebsiella pneumoniae » . Труды Национальной академии наук . 111 (13): 4988–93. Bibcode : 2014pnas..111.4988d . doi : 10.1073/pnas.1321364111 . PMC 3977278 . PMID 24639510 .

[17] Вудфорд Н., Тертон Дж.Ф., Ливермор Д.М.; Тертон; Ливермор (2011). «Мультирезистентные грамотрицательные бактерии: роль клонов высокого риска в распространении устойчивости к антибиотикам». Обзоры микробиологии FEMS . 35 (5): 736–55. doi : 10.1111/j.1574-6976.2011.00268.x . PMID 21303394 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]