Замена аминокислот

Замена аминокислот — это замена одной аминокислоты на другую аминокислоту в белке вследствие точечной мутации в соответствующей последовательности ДНК. Это вызвано несинонимической миссенс-мутацией , которая изменяет последовательность кодонов, чтобы кодировать другую аминокислоту вместо исходной.

Консервативные и радикальные замены

Не все замены аминокислот оказывают одинаковое влияние на функцию или структуру белка. Масштабность этого процесса может варьироваться в зависимости от того, насколько сходны или различны заменяемые аминокислоты, а также от их положения в последовательности или структуре. Сходство между аминокислотами можно рассчитать на основе матриц замен , физико-химического расстояния или простых свойств, таких как размер или заряд аминокислоты. ^{[ 1 ]} (см. также химические свойства аминокислот ). Обычно аминокислоты таким образом классифицируют на два типа: ^{[ 2 ]}

Консервативная замена – аминокислота заменяется на другую, имеющую аналогичные свойства. Ожидается, что этот тип замены редко приводит к дисфункции соответствующего белка. ^{[ нужна ссылка ]}.
Радикальная замена – аминокислота заменяется на другую, обладающую другими свойствами. Это может привести к изменениям в структуре или функции белка, что потенциально может привести к изменениям фенотипа, иногда патогенным. Хорошо известным примером у людей является серповидноклеточная анемия , вызванная мутацией бета-глобина, при которой в положении 6 глутаминовая кислота (отрицательно заряженная) заменяется на валин (не заряженный).

Физико-химические расстояния

Физико-химическое расстояние – это мера, позволяющая оценить разницу между замененными аминокислотами. Значение расстояния основано на свойствах аминокислот. Существует 134 физико-химических свойства, которые можно использовать для оценки сходства между аминокислотами. ^{[ 3 ]} Каждая физико-химическая дистанция основана на различном составе свойств.

Свойства аминокислот, используемые для оценки общего сходства ^{[ 3 ]}
Персонажи с двумя состояниями	Характеристики
1-5	Наличие соответственно: β―CH ₂ , γ―CH ₂ , δ―CH ₂ ( пролин оценен как положительный), группы ε―CH ₂ и _{a―CH 3.} группы
6-10	Наличие соответственно: ω―SH, ω―COOH, ω―NH ₂ (основной), ω―CONH ₂ и ―CHOH групп.
11-15	Наличие соответственно: бензольного кольца (включая триптофан как положительный), разветвления боковой цепи группой CH, второй группы CH ₃ , двух, но не трех групп ―H на концах боковой цепи (пролин оценивается как положительный) и Группа C―S―C
16-20	Наличие соответственно: группы гуанидо , α―NH ₂ , α―NH группы в кольце, δ―NH группы в кольце, ―N= группы в кольце.
21-25	Присутствие соответственно: ―CH=N, индолильной группы, имидазольной группы, группы C=O в боковой цепи и конфигурация α―C, потенциально меняющая направление пептидной цепи (положительные оценки только для пролина)
26-30	Наличие соответственно: атома серы, первичной алифатической группы ―OH, вторичной алифатической группы ―OH, фенольной ―OH группы, способности образовывать мостики S–S.
31-35	Наличие соответственно: имидазола – группы NH, индолила – группы NH, группы – SCH ₃ , второго оптического центра, группы N=CR – NH.
36-40	Наличие соответственно: изопропильной группы, выраженной ароматической реакционной способности, сильной ароматической реакционной способности, терминального положительного заряда, отрицательного заряда при высоком pH (положительный балл по тирозину).
41	Наличие пирролидинового кольца
42-53	Молекулярная масса (приблизительная) боковой цепи, рассчитанная по 12 ступеням присоединения (сера считается эквивалентом двух атомов углерода, азота или кислорода)
54-56	Наличие соответственно: плоской 5-, 6- и 9-членной кольцевой системы.
57-64	pK в изоэлектрической точке, оценивается аддитивно с шагом 1 pH.
65-68	Логарифм растворимости в воде ʟ-изомера в мг/100 мл, начисляется аддитивно.
69-70	Оптическое вращение в 5 ɴ-HCl, [α] _D от 0 до -25 и более -25 соответственно.
71-72	Оптическое вращение в 5 ɴ-HCI, [α] от 0 до +25 соответственно (значения для глутамина и триптофана с водой в качестве растворителя и для аспарагина 3,4 ɴ-HCl)
73-74	Водородная связь боковой цепи (ионного типа), сильный донор и сильный акцептор соответственно.
75-76	Водородная связь боковой цепи (нейтрального типа), сильный донор и сильный акцептор соответственно.
77-78	Формирующая структура воды, соответственно умеренная и сильная
79	Разрушитель структуры воды
80-82	Подвижных электронов мало, умеренно и много соответственно (оценивается аддитивно)
83-85	Устойчивость к нагреванию и старению средняя, высокая и очень высокая соответственно (оценивается аддитивно)
86-89	R _F в фенол-водной бумажной хроматографии с шагом 0,2 (оценивается аддитивно)
90-93	R _F в толуол-пиридин-гликольхлоргидрине (бумажная хроматография производного ДНФ) с шагом 0,2 (оценивается аддитивно: для лизина - производное ди-ДНФ)
94-97	Цвет нингидрина после коллидин-лютидиновой хроматографии и нагревания в течение 5 минут при 100 °C соответственно фиолетовый, розовый, коричневый и желтый.
98	Конец боковой цепи раздвоен
99-101	Число заместителей при β-углеродном атоме соответственно 1, 2 или 3 (подсчитывается аддитивно)
102-111	Среднее количество неподеленных пар электронов в боковой цепи (оценивается аддитивно)
112-115	Количество связей в боковой цепи, допускающих вращение (оценивается аддитивно)
116-117	Ионный объем внутри колец небольшой или умеренный (оценивается аддитивно)
118-124	Максимальный момент инерции вращения на связи α—β (оценивается аддитивно в семь приблизительных шагов)
125-131	Максимальный момент инерции вращения по связи β—γ (оценивается аддитивно в семь приблизительных шагов)
132-134	Максимальный момент инерции вращения на связи γ―δ (оценивается аддитивно в три приблизительных шага)

Расстояние Грэнтэма

Расстояние Грентэма зависит от трех свойств: состава, полярности и молекулярного объема. ^{[ 4 ]}

Разница расстояний D для каждой пары аминокислот i и j рассчитывается как: $D_{ij}=[\alpha (c_{i}-c_{j})^{2}+\beta (p_{i}-p_{j})^{2}+\gamma (v_{i}-v_{j})^{2}]^{\frac {1}{2}}$

где c = состав, p = полярность и v = молекулярный объем; и являются константами квадратов обратных величин среднего расстояния для каждого свойства, равными соответственно 1,833, 0,1018, 0,000399. Согласно расстоянию Грентэма, наиболее близкими аминокислотами являются лейцин и изолейцин, а наиболее удаленными — цистеин и триптофан.

Разница D для аминокислот ^{[ 4 ]}
Арг	Лео	Про	чр	Земля	Вал	Гли	С	Пхе	Тир	Цис	Его	Глн	Асн	Свет	Асп	Глу	Из	Трп
110	145	74	58	99	124	56	142	155	144	112	89	68	46	121	65	80	135	177	Быть
	102	103	71	112	96	125	97	97	77	180	29	43	86	26	96	54	91	101	Арг
		98	92	96	32	138	5	22	36	198	99	113	153	107	172	138	15	61	Лео
			38	27	68	42	95	114	110	169	77	76	91	103	108	93	87	147	Про
				58	69	59	89	103	92	149	47	42	65	78	85	65	81	128	чр
					64	60	94	113	112	195	86	91	111	106	126	107	84	148	Земля
						109	29	50	55	192	84	96	133	97	152	121	21	88	Вал
							135	153	147	159	98	87	80	127	94	98	127	184	Гли
								21	33	198	94	109	149	102	168	134	10	61	С
									22	205	100	116	158	102	177	140	28	40	Пхе
										194	83	99	143	85	160	122	36	37	Тир
											174	154	139	202	154	170	196	215	Цис
												24	68	32	81	40	87	115	Его
													46	53	61	29	101	130	Глн
														94	23	42	142	174	Асн
															101	56	95	110	Свет
																45	160	181	Асп
																	126	152	Глу
																		67	Из

Индекс Снита

Индекс Снита учитывает 134 категории активности и структуры. ^{[ 3 ]} Индекс различия D представляет собой процентное значение суммы всех свойств, не являющихся общими для двух замененных аминокислот. Это процентное значение, выраженное $D=1-S$ , где S — сходство.

Различие D между аминокислотами ^{[ 3 ]}
	Лео	С	Вал	Гли	Земля	Про	Глн	Асн	Из	чр	Быть	Цис	Глу	Асп	Свет	Арг	Тир	Пхе	Трп
С	5
Вал	9	7
Гли	24	25	19
Земля	15	17	12	9
Про	23	24	20	17	16
Глн	22	24	25	32	26	33
Асн	20	23	23	26	25	31	10
Из	20	22	23	34	25	31	13	21
чр	23	21	17	20	20	25	24	19	25
Быть	23	25	20	19	16	24	21	15	22	12
Цис	24	26	21	21	13	25	22	19	17	19	13
Глу	30	31	31	37	34	43	14	19	26	34	29	33
Асп	25	28	28	33	30	40	22	14	31	29	25	28	7
Свет	23	24	26	31	26	31	21	27	24	34	31	32	26	34
Арг	33	34	36	43	37	43	23	31	28	38	37	36	31	39	14
Тир	30	34	36	36	34	37	29	28	32	32	29	34	34	34	34	36
Пхе	19	22	26	29	26	27	24	24	24	28	25	29	35	35	28	34	13
Трп	30	34	37	39	36	37	31	32	31	38	35	37	43	45	34	36	21	13
Его	25	28	31	34	29	36	27	24	30	34	28	31	27	35	27	31	23	18	25

Коэффициент разницы Эпштейна

Коэффициент разницы Эпштейна основан на различиях в полярности и размере замененных пар аминокислот. ^{[ 5 ]} Этот показатель, отличающий направление обмена между аминокислотами, описывается двумя уравнениями:

$\Delta _{a\rightarrow b}=(\delta _{polarity}^{2}+\delta _{size}^{2})^{1/2}$ когда меньший гидрофобный остаток заменяется более крупным гидрофобным или полярным остатком

$\Delta _{a\rightarrow b}=(\delta _{polarity}^{2}+[0.5\delta _{size}]^{2})^{1/2}$ когда полярный остаток заменяется или больший остаток заменяется меньшим

Коэффициент разницы $(\Delta _{a\rightarrow b})$ ^{[ 5 ]}
	Пхе	Из	Лео	С	Вал	Про	Тир	Трп	Цис	Земля	Гли	Быть	чр	Его	Глу	Глн	Асп	Асн	Свет	Арг
Пхе		0.05	0.08	0.08	0.1	0.1	0.21	0.25	0.22	0.43	0.53	0.81	0.81	0.8	1	1	1	1	1	1
Из	0.1		0.03	0.03	0.1	0.1	0.25	0.32	0.21	0.41	0.42	0.8	0.8	0.8	1	1	1	1	1	1
Лео	0.15	0.05		0	0.03	0.03	0.28	0.36	0.2	0.43	0.51	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.01
С	0.15	0.05	0		0.03	0.03	0.28	0.36	0.2	0.43	0.51	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.01
Вал	0.2	0.1	0.05	0.05		0	0.32	0.4	0.2	0.4	0.5	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.02
Про	0.2	0.1	0.05	0.05	0		0.32	0.4	0.2	0.4	0.5	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.02
Тир	0.2	0.22	0.22	0.22	0.24	0.24		0.1	0.13	0.27	0.36	0.62	0.61	0.6	0.8	0.8	0.81	0.81	0.8	0.8
Трп	0.21	0.24	0.25	0.25	0.27	0.27	0.05		0.18	0.3	0.39	0.63	0.63	0.61	0.81	0.81	0.81	0.81	0.81	0.8
Цис	0.28	0.22	0.21	0.21	0.2	0.2	0.25	0.35		0.25	0.31	0.6	0.6	0.62	0.81	0.81	0.8	0.8	0.81	0.82
Земля	0.5	0.45	0.43	0.43	0.41	0.41	0.4	0.49	0.22		0.1	0.4	0.41	0.47	0.63	0.63	0.62	0.62	0.63	0.67
Гли	0.61	0.56	0.54	0.54	0.52	0.52	0.5	0.58	0.34	0.1		0.32	0.34	0.42	0.56	0.56	0.54	0.54	0.56	0.61
Быть	0.81	0.8	0.8	0.8	0.8	0.8	0.62	0.63	0.6	0.4	0.3		0.03	0.1	0.21	0.21	0.2	0.2	0.21	0.24
чр	0.81	0.8	0.8	0.8	0.8	0.8	0.61	0.63	0.6	0.4	0.31	0.03		0.08	0.21	0.21	0.2	0.2	0.21	0.22
Его	0.8	0.8	1	1	0.8	0.8	0.6	0.61	0.61	0.42	0.34	0.1	0.08		0.2	0.2	0.21	0.21	0.2	0.2
Глу	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2		0	0.03	0.03	0	0.05
Глн	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2	0		0.03	0.03	0	0.05
Асп	1	1	1	1	1	1	0.81	0.81	0.8	0.61	0.51	0.21	0.2	0.21	0.03	0.03		0	0.03	0.08
Асн	1	1	1	1	1	1	0.81	0.81	0.8	0.61	0.51	0.21	0.2	0.21	0.03	0.03	0		0.03	0.08
Свет	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2	0	0	0.03	0.03		0.05
Арг	1	1	1	1	1.01	1.01	0.8	0.8	0.81	0.62	0.53	0.24	0.22	0.2	0.05	0.05	0.08	0.08	0.05

Расстояние Мияты

Расстояние Мияты основано на двух физико-химических свойствах: объёме и полярности. ^{[ 6 ]}

Расстояние между аминокислотами a _i и a _j рассчитывается как $d_{ij}={\sqrt {(\Delta p_{ij}/\sigma _{p})^{2}+(\Delta v_{ij}/\sigma _{v})^{2}}}$ где $\Delta p_{ij}$ – величина разности полярностей между замененными аминокислотами и $\Delta v_{ij}$ и – разница по объему; $\sigma _{p}$ и $\sigma _{v}$ являются стандартными отклонениями для $\Delta p_{ij}$ и $\Delta v_{ij}$

Расстояние между аминокислотными парами ( *d _ij* ) ^{[ 6 ]}
Цис	Про	Земля	Гли	Быть	чр	Глн	Глу	Асн	Асп	Его	Свет	Арг	Вал	Лео	С	Из	Пхе	Тир	Трп
	1.33	1.39	2.22	2.84	1.45	2.48	3.26	2.83	3.48	2.56	3.27	3.06	0.86	1.65	1.63	1.46	2.24	2.38	3.34	Цис
		0.06	0.97	0.56	0.87	1.92	2.48	1.8	2.4	2.15	2.94	2.9	1.79	2.7	2.62	2.36	3.17	3.12	4.17	Про
			0.91	0.51	0.9	1.92	2.46	1.78	2.37	2.17	2.96	2.92	1.85	2.76	2.69	2.42	3.23	3.18	4.23	Земля
				0.85	1.7	2.48	2.78	1.96	2.37	2.78	3.54	3.58	2.76	3.67	3.6	3.34	4.14	4.08	5.13	Гли
					0.89	1.65	2.06	1.31	1.87	1.94	2.71	2.74	2.15	3.04	2.95	2.67	3.45	3.33	4.38	Быть
						1.12	1.83	1.4	2.05	1.32	2.1	2.03	1.42	2.25	2.14	1.86	2.6	2.45	3.5	чр
							0.84	0.99	1.47	0.32	1.06	1.13	2.13	2.7	2.57	2.3	2.81	2.48	3.42	Глн
								0.85	0.9	0.96	1.14	1.45	2.97	3.53	3.39	3.13	3.59	3.22	4.08	Глу
									0.65	1.29	1.84	2.04	2.76	3.49	3.37	3.08	3.7	3.42	4.39	Асн
										1.72	2.05	2.34	3.4	4.1	3.98	3.69	4.27	3.95	4.88	Асп
											0.79	0.82	2.11	2.59	2.45	2.19	2.63	2.27	3.16	Его
												0.4	2.7	2.98	2.84	2.63	2.85	2.42	3.11	Свет
													2.43	2.62	2.49	2.29	2.47	2.02	2.72	Арг
														0.91	0.85	0.62	1.43	1.52	2.51	Вал
															0.14	0.41	0.63	0.94	1.73	Лео
																0.29	0.61	0.86	1.72	С
																	0.82	0.93	1.89	Из
																		0.48	1.11	Пхе
																			1.06	Тир
																				Трп

Экспериментальная взаимозаменяемость

Экспериментальная взаимозаменяемость была разработана Ямпольским и Штольцфусом. ^{[ 7 ]} Это мера среднего эффекта замены одной аминокислоты на другую аминокислоту.

Он основан на анализе экспериментальных исследований, в которых 9671 замена аминокислот из разных белков сравнивалась по влиянию на активность белка.

Возможность обмена (x1000) по источнику (строка) и назначению (столбец) ^{[ 7 ]}
	Цис	Быть	чр	Про	Земля	Гли	Асн	Асп	Глу	Глн	Его	Арг	Свет	Из	С	Лео	Вал	Пхе	Тир	Трп	Бывший _{источник}
Цис	.	258	121	201	334	288	109	109	270	383	258	306	252	169	109	347	89	349	349	139	280
Быть	373	.	481	249	490	418	390	314	343	352	353	363	275	321	270	295	358	334	294	160	351
чр	325	408	.	164	402	332	240	190	212	308	246	299	256	152	198	271	362	273	260	66	287
Про	345	392	286	.	454	404	352	254	346	384	369	254	231	257	204	258	421	339	298	305	335
Земля	393	384	312	243	.	387	430	193	275	320	301	295	225	549	245	313	319	305	286	165	312
Гли	267	304	187	140	369	.	210	188	206	272	235	178	219	197	110	193	208	168	188	173	228
Асн	234	355	329	275	400	391	.	208	257	298	248	252	183	236	184	233	233	210	251	120	272
Асп	285	275	245	220	293	264	201	.	344	263	298	252	208	245	299	236	175	233	227	103	258
Глу	332	355	292	216	520	407	258	533	.	341	380	279	323	219	450	321	351	342	348	145	363
Глн	383	443	361	212	499	406	338	68	439	.	396	366	354	504	467	391	603	383	361	159	386
Его	331	365	205	220	462	370	225	141	319	301	.	275	332	315	205	364	255	328	260	72	303
Арг	225	270	199	145	459	251	67	124	250	288	263	.	306	68	139	242	189	213	272	63	259
Свет	331	376	476	252	600	492	457	465	272	441	362	440	.	414	491	301	487	360	343	218	409
Из	347	353	261	85	357	218	544	392	287	394	278	112	135	.	612	513	354	330	308	633	307
С	362	196	193	145	326	160	172	27	197	191	221	124	121	279	.	417	494	331	323	73	252
Лео	366	212	165	146	343	201	162	112	199	250	288	185	171	367	301	.	275	336	295	152	248
Вал	382	326	398	201	389	269	108	228	192	280	253	190	197	562	537	333	.	207	209	286	277
Пхе	176	152	257	112	236	94	136	90	62	216	237	122	85	255	181	296	291	.	332	232	193
Тир	142	173	.	194	402	357	129	87	176	369	197	340	171	392	.	362	.	360	.	303	258
Трп	137	92	17	66	63	162	.	.	65	61	239	103	54	110	.	177	110	364	281	.	142
Экс- _{назначение}	315	311	293	192	411	321	258	225	262	305	290	255	225	314	293	307	305	294	279	172	291

Типичные и уникальные аминокислоты

Аминокислоты также можно классифицировать по тому, на сколько разных аминокислот они могут быть заменены путем замены одного нуклеотида.

Типичные аминокислоты - есть несколько других аминокислот, в которые они могут превращаться путем замены одного нуклеотида. Типичные аминокислоты и их альтернативы обычно имеют схожие физико-химические свойства. Лейцин является примером типичной аминокислоты.
Идиосинкразические аминокислоты - существует несколько подобных аминокислот, в которые они могут мутировать посредством замены одного нуклеотида. В этом случае большинство замен аминокислот будут нарушать функцию белка. Триптофан является примером идиосинкразической аминокислоты. ^{[ 8 ]}

Склонность к замене аминокислот

Некоторые аминокислоты с большей вероятностью будут заменены. Одним из факторов, влияющих на эту тенденцию, является физико-химическая дистанция. Примером показателя аминокислоты может быть индекс стабильности Граура. ^{[ 9 ]} Допущение этой меры состоит в том, что скорость замены аминокислот и эволюция белка зависят от аминокислотного состава белка. Индекс стабильности S аминокислоты рассчитывается на основе физико-химических расстояний этой аминокислоты и ее альтернатив, которые могут мутировать в результате замены одного нуклеотида, и вероятности замены на эти аминокислоты. Согласно расстоянию Грэнтэма, наиболее неизменяемой аминокислотой является цистеин, а наиболее склонной к обмену – метионин.

Пример расчета индекса стабильности ^{[ 9 ]} для метионина, закодированного AUG на основе физико-химического расстояния Грэнтэма
Альтернативные кодоны	Альтернативные аминокислоты	Вероятности	Расстояния Грэнтэма ^{[ 4 ]}	Среднее расстояние
Ох, ох, ох	изолейцин	1/3	10	3.33
АКГ	Треонин	1/9	81	9.00
ААГ	Лизин	1/9	95	10.56
АГГ	Аргинин	1/9	91	10.11
УУГ, ЦУГ	Лейцин	2/9	15	3.33
ГУГ	Валин	1/9	21	2.33
Индекс стабильности ^{[ 9 ]}				38.67

Закономерности замены аминокислот

Эволюция белков происходит медленнее, чем ДНК, поскольку только несинонимичные мутации в ДНК могут привести к замене аминокислот. Большинство мутаций нейтральны для поддержания функции и структуры белка. Следовательно, чем больше схожих аминокислот, тем более вероятно, что они будут заменены. Консервативные замены встречаются чаще, чем радикальные, поскольку они могут привести к менее важным фенотипическим изменениям. ^{[ 10 ]} С другой стороны, полезные мутации, улучшающие функции белка, скорее всего, будут радикальными заменами. ^{[ 11 ]} Кроме того, физико-химические расстояния, основанные на свойствах аминокислот, отрицательно коррелируют с вероятностью замен аминокислот. Меньшее расстояние между аминокислотами указывает на то, что они с большей вероятностью подвергаются замене.

Ссылки

^ Даган, Таль; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (июль 2002 г.). «Соотношение радикальных и консервативных замен аминокислот зависит от мутационных и композиционных факторов и не может указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . ПМИД 12082122 .
^ Граур, Дэн (01 января 2015 г.). Молекулярная и геномная эволюция . Синауэр. ISBN 9781605354699 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Снит, PH (1 ноября 1966 г.). «Связь между химической структурой и биологической активностью пептидов» . Журнал теоретической биологии . 12 (2): 157–195. Бибкод : 1966JThBi..12..157S . дои : 10.1016/0022-5193(66)90112-3 . ISSN 0022-5193 . PMID 4291386 – через Elsevier Science Direct.
^ Jump up to: ^а ^б ^с Грэнтэм, Р. (6 сентября 1974 г.). «Формула различия аминокислот, помогающая объяснить эволюцию белка». Наука . 185 (4154): 862–864. Бибкод : 1974Sci...185..862G . дои : 10.1126/science.185.4154.862 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 4843792 . S2CID 35388307 .
^ Jump up to: ^а ^б Эпштейн, Чарльз Дж. (22 июля 1967 г.). «Неслучайность аминокислотных изменений в эволюции гомологичных белков». Природа . 215 (5099): 355–359. Бибкод : 1967Natur.215..355E . дои : 10.1038/215355a0 . ПМИД 4964553 . S2CID 38859723 .
^ Jump up to: ^а ^б Мията, Т.; Миядзава, С.; Ясунага, Т. (15 марта 1979 г.). «Два типа аминокислотных замен в эволюции белков». Журнал молекулярной эволюции . 12 (3): 219–236. Бибкод : 1979JMolE..12..219M . дои : 10.1007/BF01732340 . ISSN 0022-2844 . ПМИД 439147 . S2CID 20978738 .
^ Jump up to: ^а ^б Ямпольский Лев Юрьевич; Штольцфус, Арлин (1 августа 2005 г.). «Обмениваемость аминокислот в белках» . Генетика . 170 (4): 1459–1472. doi : 10.1534/genetics.104.039107 . ISSN 0016-6731 . ПМЦ 1449787 . ПМИД 15944362 .
^ Ся, Сюхуа (31 марта 2000 г.). Анализ данных в молекулярной биологии и эволюции . Springer Science & Business Media. ISBN 9780792377672 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Граур, Д. (1 января 1985 г.). «Аминокислотный состав и скорость эволюции генов, кодирующих белки». Журнал молекулярной эволюции . 22 (1): 53–62. Бибкод : 1985JMolE..22...53G . дои : 10.1007/BF02105805 . ISSN 0022-2844 . ПМИД 3932664 . S2CID 23374899 .
^ Цукеркандль; Полинг (1965). «Эволюционное расхождение и конвергенция белков». Нью-Йорк: Академическая пресса : 97–166. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Даган, Таль; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (1 июля 2002 г.). «На соотношение радикальных и консервативных замен аминокислот влияют мутационные и композиционные факторы, и они не могут свидетельствовать о положительном дарвиновском отборе». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . ISSN 0737-4038 . ПМИД 12082122 .

[1] Даган, Таль; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (июль 2002 г.). «Соотношение радикальных и консервативных замен аминокислот зависит от мутационных и композиционных факторов и не может указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . ПМИД 12082122 .

[2] Граур, Дэн (01 января 2015 г.). Молекулярная и геномная эволюция . Синауэр. ISBN 9781605354699 .

[:0-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Снит, PH (1 ноября 1966 г.). «Связь между химической структурой и биологической активностью пептидов» . Журнал теоретической биологии . 12 (2): 157–195. Бибкод : 1966JThBi..12..157S . дои : 10.1016/0022-5193(66)90112-3 . ISSN 0022-5193 . PMID 4291386 – через Elsevier Science Direct.

[:1-4] Jump up to: ^а ^б ^с Грэнтэм, Р. (6 сентября 1974 г.). «Формула различия аминокислот, помогающая объяснить эволюцию белка». Наука . 185 (4154): 862–864. Бибкод : 1974Sci...185..862G . дои : 10.1126/science.185.4154.862 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 4843792 . S2CID 35388307 .

[:2-5] Jump up to: ^а ^б Эпштейн, Чарльз Дж. (22 июля 1967 г.). «Неслучайность аминокислотных изменений в эволюции гомологичных белков». Природа . 215 (5099): 355–359. Бибкод : 1967Natur.215..355E . дои : 10.1038/215355a0 . ПМИД 4964553 . S2CID 38859723 .

[:3-6] Jump up to: ^а ^б Мията, Т.; Миядзава, С.; Ясунага, Т. (15 марта 1979 г.). «Два типа аминокислотных замен в эволюции белков». Журнал молекулярной эволюции . 12 (3): 219–236. Бибкод : 1979JMolE..12..219M . дои : 10.1007/BF01732340 . ISSN 0022-2844 . ПМИД 439147 . S2CID 20978738 .

[:4-7] Jump up to: ^а ^б Ямпольский Лев Юрьевич; Штольцфус, Арлин (1 августа 2005 г.). «Обмениваемость аминокислот в белках» . Генетика . 170 (4): 1459–1472. doi : 10.1534/genetics.104.039107 . ISSN 0016-6731 . ПМЦ 1449787 . ПМИД 15944362 .

[8] Ся, Сюхуа (31 марта 2000 г.). Анализ данных в молекулярной биологии и эволюции . Springer Science & Business Media. ISBN 9780792377672 .

[:5-9] Jump up to: ^а ^б ^с Граур, Д. (1 января 1985 г.). «Аминокислотный состав и скорость эволюции генов, кодирующих белки». Журнал молекулярной эволюции . 22 (1): 53–62. Бибкод : 1985JMolE..22...53G . дои : 10.1007/BF02105805 . ISSN 0022-2844 . ПМИД 3932664 . S2CID 23374899 .

[10] Цукеркандль; Полинг (1965). «Эволюционное расхождение и конвергенция белков». Нью-Йорк: Академическая пресса : 97–166. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[11] Даган, Таль; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (1 июля 2002 г.). «На соотношение радикальных и консервативных замен аминокислот влияют мутационные и композиционные факторы, и они не могут свидетельствовать о положительном дарвиновском отборе». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . ISSN 0737-4038 . ПМИД 12082122 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]