Кариофановые
| Кариофановые | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Тип: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | Кариофановые Пешкофф, 1939 г.
|
| Роды | |
Caryophanaceae — семейство бактерий грамположительных . В 2020 году ныне несуществующее семейство Planococcaceae было объединено с Caryophanaceae, чтобы исправить номенклатурную аномалию. [ 1 ] Типовой род этого семейства — Caryophanon . [ 2 ]
Семейство Planococcacae было достоверно опубликовано в 1949 году, однако оно содержало в себе еще один таксономический ранг уровня семейства — семейство Caryophanaceae, достоверно опубликованное в 1939 году. [ 3 ] Согласно Международному кодексу номенклатуры прокариот (ICNP) , название Caryophanacaeae имеет более высокий приоритет, чем Planococcaceae , из-за его более ранней публикации. [ 3 ] Поэтому исправленное семейство сохранило название Caryophanaceae .
Название Caryophanaceae происходит от латинского термина Caryophanon , обозначающего типовой род семейства, и суффикса «-aceae», окончания, используемого для обозначения семейства. Вместе Caryophanaceae относится к семейству, номенклатурным типом которого является род Caryophanon . [ 1 ]
Биохимические характеристики и молекулярные характеристики
[ редактировать ]Клетки представителей семейства Caryophanaceae могут представлять собой кокки или палочки, иногда образующие нити или трихомы. Большинство видов являются строго аэробными гетеротрофами, хотя некоторые из них также являются факультативно аэробами. Клетки обычно подвижны за счет жгутиков или скольжения и могут образовывать или не образовывать эндоспоры. Большинство видов являются каталазо-положительными и оксидазо-положительными или отрицательными. [ 1 ]
Анализ последовательностей генома видов Caryophanaceae выявил 13 консервативных сигнатурных инделей (CSI), которые уникально присутствуют в этом семействе в белках фенилаланин-тРНК-лигазы субъединицы альфа , шаперонине GroEL, факторе созревания рибосомы RimP, бациллиредоксине семейства BrxA/BrxB, РНК-метилтрансферазе, ромбовидном семейство внутримембранных сериновых протеаз, АТФ-зависимых АТФ-связывающая субъединица Clp-протеазы , ДНК-направленной РНК-полимеразы бета-субъединица , хоризматсинтаза , белок А споруляции стадии IV, пептидаза , белок активации сигнального пути KinB и белок, содержащий домен DUF423. [ 1 ] Эти CSI служат надежным молекулярным средством отделения представителей Caryophanaceae от других семейств отряда Caryophanales и других бактерий.
Историческая систематика и современная таксономия
[ редактировать ]Caryophanaceae по состоянию на 2021 год содержит 19 достоверно опубликованных родов. [ 2 ]
Помимо номенклатурной аномалии, Caryophanaceae также охватывал более 100 видов, которые имели различные морфологические / биохимические характеристики, что свидетельствует о том, что они филогенетически не связаны между собой. [ 4 ] Первоначальное отнесение видов к семейству Caryophanaceae в значительной степени было основано на анализе последовательности генома 16S рРНК, который, как известно, имеет низкую дискриминационную способность и результаты которого зависят от используемого алгоритма и информации об организме. Несмотря на это, анализы по-прежнему демонстрировали полифилетическое ветвление, что указывает на наличие отдельных подгрупп внутри семейства. [ 4 ]
В 2020 году Гупта и Патель предложили внести поправки в Caryophanaceae, в частности объединить их с Planoccocacae , предложить 3 новых рода, а также перевести ряд неправильно классифицированных видов в соответствующие роды. [ 1 ] Изменения были предложены на основе различных филогенетических деревьев, построенных на основе множества больших наборов данных белковых последовательностей и идентификации уникальных молекулярных маркеров, известных как инделы консервативных сигнатур во многих белках. [ 1 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж Гупта, Рэдхи С.; Патель, Судип (14 января 2020 г.). «Надежное разграничение семейства Caryophanaceae (Planococcaceae) и его различных родов, включая три новых рода, на основе филогеномики и высокоспецифичных молекулярных характеристик» . Границы микробиологии . 10 :2821.дои : 10.3389 / fmicb.2019.02821 . ISSN 1664-302X . ПМК 6971209 . ПМИД 32010063 .
- ^ Jump up to: а б «Семейство: Caryophanaceae» . lpsn.dsmz.de. Проверено 5 июня 2021 г.
- ^ Jump up to: а б Тиндалл, Би Джей (01 августа 2019 г.). «При рассмотрении как гетеротипические синонимы названия Caryophanaceae Peshkoff 1939 (Утвержденные списки 1980 г.) и Caryophanales Peshkoff 1939 (Утвержденные списки 1980 г.) имеют приоритет над названиями Planococcaceae Krasil'nikov 1949 (Утвержденные списки 1980 г.) и Bacillales Prévot 1953 (Утвержденные списки) 1980) и Bacillales Prévot 1953 (Утвержденные списки 1980 года) соответственно» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (8): 2187–2195. дои : 10.1099/ijsem.0.003354 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 30896383 .
- ^ Jump up to: а б Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитмен, Уильям Б. (14 сентября 2015 г.). «Планококковые» . Руководство Берджи по систематике архей и бактерий : 1. doi : 10.1002/9781118960608.fbm00116 . ISBN 9781118960608 .
 | Эта бациллах статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |