Роберт Дж. Шмитц

Роберт Дж. Шмитц
Роберт Дж. Шмитц
Рожденный	1980
Гражданство	Соединенные Штаты
Образование	Институт Солка
Альма-матер	Университет Аризоны , Университет Висконсина, Мэдисон
Известный	Полногеномная характеристика эпиаллелей
	Научная карьера
Поля	Геномика , Эпигенетика , Биология растений
Учреждения	Университет Джорджии
Диссертация	Яровизация: модель для изучения эпигенетики и регуляции эукариотических генов у Arabidopsis thaliana (2007).
Докторантура	Ричард Амасино
Другие научные консультанты	Джозеф Р. Экер
Веб-сайт	Шмитцлаб .генетика . от .edu

Роберт Дж. Шмитц — американский биолог растений и специалист по эпигеномике из Университета Джорджии , где он изучает возникновение и фенотипические последствия эпиаллелей растений, а также разрабатывает новые методы идентификации и изучения цис-регуляторных последовательностей. Он является доцентом кафедры генетики и профессором наук, финансируемым Фондом UGA. ^{[ 1 ]}

Образование и карьера

Шмитц учился в Университете Аризоны для получения степени бакалавра и в Университете Висконсина для получения докторской степени. ^{[ 2 ]} Будучи аспирантом, он работал в лаборатории Ричарда Амасино, изучая роль эпигенетических модификаций в яровизации Arabidopsis thaliana . Он окончил Висконсин в 2007 году. ^{[ 1 ]} С 2007 по 2013 год он был научным сотрудником Джо Эккера в Институте Солка . В 2013 году он был принят на работу доцентом кафедры генетики Университета Джорджии в Афинах, где продолжает работать доцентом и директором Центра геномики и биоинформатики Джорджии. ^{[ 1 ]}

Исследовать

В качестве постдока Шмитц разработал технологии определения статуса метилирования отдельных цитозинов в геномах растений с использованием технологий секвенирования и использовал их для количественной оценки того, как характер метилирования варьируется у разных особей одного и того же вида. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Он использовал ту же технологию для картирования сегрегирующих дифференциально метилированных областей в рекомбинантных инбредных популяциях сои, обнаружив, что лежащий в основе генетический гаплотип не позволяет последовательно предсказать, какое состояние метилирования родителя будет наблюдаться в данном генотипе. ^{[ 5 ]} Он продемонстрировал, что потеря хромометилазы 3, растительной метилтрансферазы, отменяет метилирование тела гена, и что эта потеря неоднократно происходила у диких видов растений. ^{[ 6 ]}

Его исследовательская группа работает над использованием эпигенетических вариаций для изменения фенотипа растений. Они работают с естественными эпимутациями, но также разработали наборы эпи-RIL, которые имеют идентичную ДНК, но разное метилирование ДНК. ^{[ 1 ]}^{[ 7 ]} Используя фермент человека, они могут удалить метилирование специально нацеленных генов в растениях, пробуждая гены, которые долгое время дремали в геноме. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

Он также работает над применением профилирования эпигенома для открытия некодирующих регуляторных последовательностей у различных видов растений. ^{[ 1 ]} Его лаборатория выявила в кукурузе цис-регуляторные элементы, которые контролируют экспрессию генов, расположенных на больших расстояниях в геноме. ^{[ 10 ]} Они сочетают ATAC-seq с сортировкой ядер, активируемых флуоресценцией, для определения местоположения открытых областей хроматина и факторов транскрипции в геномах растений. сайтов связывания ^{[ 11 ]}

Признание

Биомедицинский ученый Pew (2015) ^{[ 3 ]}
Стипендиат Ганса Фишера, Мюнхенский технический университет (2018 г.) ^{[ 12 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Боб Шмитц | Кафедра генетики» .
^ «Боб Шмитц» . 8 апреля 2018 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Роберт Дж. Шмитц, доктор философии».
^ Шмитц, Роберт Дж.; Шульц, Мэтью Д.; Урих, Марк А.; Нери, Джозеф Р.; Пелиццола, Маттиа; Либигер, Ондрей; Аликс, Эндрю; Маккош, Ричард Б.; Чен, Хуамин; Шорк, Николас Дж.; Экер, Джозеф Р. (2013). «Закономерности эпигеномного разнообразия населения» . Природа . 495 (7440): 193–198. Бибкод : 2013Natur.495..193S . дои : 10.1038/nature11968 . ПМК 3798000 . ПМИД 23467092 .
^ Шмитц, Р.Дж.; Привет.; Вальдес-Лопес, О.; Хан, С.М.; Джоши, Т.; Урих, Массачусетс; Нери, младший; Дайерс, Б.; Сюй, Д.; Стейси, Г.; Экер, младший (2013). «Общеэпигеномное наследование вариантов метилирования цитозина в рекомбинантной инбредной популяции» . Геномные исследования . 23 (10): 1663–1674. дои : 10.1101/гр.152538.112 . ПМЦ 3787263 . ПМИД 23739894 .
^ Бьюик, Адам Дж.; Цзи, Лесян; Нидерхут, Чад Э.; Воля, Ева-Мария; Хофмайстер, Бриджит Т.; Ши, Сюлин; Ван, Ли; Лу, Зефу; Рор, Николас А.; Хартвиг, Бенджамин; Кифер, Кристиана; Дил, Роджер Б.; Шмутц, Джереми; Гримвуд, Джейн; Страуд, Хьюм; Якобсен, Стивен Э.; Шнебергер, Корбиниан; Чжан, Сяоюй; Шмитц, Роберт Дж. (2016). «О происхождении и эволюционных последствиях метилирования ДНК тела гена» . Труды Национальной академии наук . 113 (32): 9111–9116. Бибкод : 2016PNAS..113.9111B . дои : 10.1073/pnas.1604666113 . ПМЦ 4987809 . ПМИД 27457936 .
^ Хофмайстер, Бриджит Т.; Ли, Кевин; Рор, Николас А.; Холл, Дэвид В.; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Стабильное наследование метилирования ДНК позволяет создавать карты эпигенотипов и изучать закономерности наследования эпиаллелей при отсутствии генетических вариаций» . Геномная биология . 18 (1): 155. дои : 10.1186/s13059-017-1288-x . ПМК 5559844 . ПМИД 28814343 .
^ «Исследователи УГА разрабатывают метод улучшения урожая» . 6 марта 2018 г.
^ Цзи, Лесян; Джордан, Уильям Т.; Ши, Сюлин; Ху, Лулу; Он, Чуан; Шмитц, Роберт Дж. (2018). «ТЕТ-опосредованный эпимутагенез метилома Arabidopsis thaliana» . Природные коммуникации . 9 (1): 895. Бибкод : 2018NatCo...9..895J . дои : 10.1038/s41467-018-03289-7 . ПМЦ 5832761 . ПМИД 29497035 .
^ Риччи, Уильям А.; Лу, Зефу; Цзи, Лесян; Маранд, Александр П.; Этридж, Кристина Л.; Мерфи, Натали Г.; Ношай, Жаклин М.; Галли, Мэри; Мехия-Гуэрра, Мария Кэтрин; Коломе-Татше, Мария; Йоханнес, Франк; Роули, М. Джордан; Корсес, Виктор Г.; Чжай, Цзисянь; Скэнлон, Майкл Дж.; Баклер, Эдвард С.; Галлавотти, Андреа; Спрингер, Натан М.; Шмитц, Роберт Дж.; Чжан, Сяоюй (2019). «Распространенные цис-регуляторные элементы дальнего действия в геноме кукурузы» . Природные растения . 5 (12): 1237–1249. дои : 10.1038/s41477-019-0547-0 . ПМК 6904520 . ПМИД 31740773 .
^ Лу, Зефу; Хофмайстер, Бриджит Т.; Воллмерс, Кристофер; Дюбуа, Ребекка М.; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Сочетание ATAC-seq с сортировкой ядер для открытия цис-регуляторных областей в геномах растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (6): е41. дои : 10.1093/nar/gkw1179 . ПМЦ 5389718 . ПМИД 27903897 .
^ «Шмитц, Роберт Дж. - Институт перспективных исследований (IAS)» .

Внешние ссылки

Публикации Роберта Дж. Шмитца , индексируемые Google Scholar

[FacultyPage-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Боб Шмитц | Кафедра генетики» .

[UGAProfile-2] «Боб Шмитц» . 8 апреля 2018 г.

[pewprofile-3] Jump up to: ^а ^б «Роберт Дж. Шмитц, доктор философии».

[arabidopsissurvery-4] Шмитц, Роберт Дж.; Шульц, Мэтью Д.; Урих, Марк А.; Нери, Джозеф Р.; Пелиццола, Маттиа; Либигер, Ондрей; Аликс, Эндрю; Маккош, Ричард Б.; Чен, Хуамин; Шорк, Николас Дж.; Экер, Джозеф Р. (2013). «Закономерности эпигеномного разнообразия населения» . Природа . 495 (7440): 193–198. Бибкод : 2013Natur.495..193S . дои : 10.1038/nature11968 . ПМК 3798000 . ПМИД 23467092 .

[soyRILs-5] Шмитц, Р.Дж.; Привет.; Вальдес-Лопес, О.; Хан, С.М.; Джоши, Т.; Урих, Массачусетс; Нери, младший; Дайерс, Б.; Сюй, Д.; Стейси, Г.; Экер, младший (2013). «Общеэпигеномное наследование вариантов метилирования цитозина в рекомбинантной инбредной популяции» . Геномные исследования . 23 (10): 1663–1674. дои : 10.1101/гр.152538.112 . ПМЦ 3787263 . ПМИД 23739894 .

[6] Бьюик, Адам Дж.; Цзи, Лесян; Нидерхут, Чад Э.; Воля, Ева-Мария; Хофмайстер, Бриджит Т.; Ши, Сюлин; Ван, Ли; Лу, Зефу; Рор, Николас А.; Хартвиг, Бенджамин; Кифер, Кристиана; Дил, Роджер Б.; Шмутц, Джереми; Гримвуд, Джейн; Страуд, Хьюм; Якобсен, Стивен Э.; Шнебергер, Корбиниан; Чжан, Сяоюй; Шмитц, Роберт Дж. (2016). «О происхождении и эволюционных последствиях метилирования ДНК тела гена» . Труды Национальной академии наук . 113 (32): 9111–9116. Бибкод : 2016PNAS..113.9111B . дои : 10.1073/pnas.1604666113 . ПМЦ 4987809 . ПМИД 27457936 .

[7] Хофмайстер, Бриджит Т.; Ли, Кевин; Рор, Николас А.; Холл, Дэвид В.; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Стабильное наследование метилирования ДНК позволяет создавать карты эпигенотипов и изучать закономерности наследования эпиаллелей при отсутствии генетических вариаций» . Геномная биология . 18 (1): 155. дои : 10.1186/s13059-017-1288-x . ПМК 5559844 . ПМИД 28814343 .

[8] «Исследователи УГА разрабатывают метод улучшения урожая» . 6 марта 2018 г.

[9] Цзи, Лесян; Джордан, Уильям Т.; Ши, Сюлин; Ху, Лулу; Он, Чуан; Шмитц, Роберт Дж. (2018). «ТЕТ-опосредованный эпимутагенез метилома Arabidopsis thaliana» . Природные коммуникации . 9 (1): 895. Бибкод : 2018NatCo...9..895J . дои : 10.1038/s41467-018-03289-7 . ПМЦ 5832761 . ПМИД 29497035 .

[10] Риччи, Уильям А.; Лу, Зефу; Цзи, Лесян; Маранд, Александр П.; Этридж, Кристина Л.; Мерфи, Натали Г.; Ношай, Жаклин М.; Галли, Мэри; Мехия-Гуэрра, Мария Кэтрин; Коломе-Татше, Мария; Йоханнес, Франк; Роули, М. Джордан; Корсес, Виктор Г.; Чжай, Цзисянь; Скэнлон, Майкл Дж.; Баклер, Эдвард С.; Галлавотти, Андреа; Спрингер, Натан М.; Шмитц, Роберт Дж.; Чжан, Сяоюй (2019). «Распространенные цис-регуляторные элементы дальнего действия в геноме кукурузы» . Природные растения . 5 (12): 1237–1249. дои : 10.1038/s41477-019-0547-0 . ПМК 6904520 . ПМИД 31740773 .

[11] Лу, Зефу; Хофмайстер, Бриджит Т.; Воллмерс, Кристофер; Дюбуа, Ребекка М.; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Сочетание ATAC-seq с сортировкой ядер для открытия цис-регуляторных областей в геномах растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (6): е41. дои : 10.1093/nar/gkw1179 . ПМЦ 5389718 . ПМИД 27903897 .

[12] «Шмитц, Роберт Дж. - Институт перспективных исследований (IAS)» .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]