База данных эукариотических промоторов
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных экспериментально определенных промоторов эукариотической РНК-полимеразы II |
| Организмы | Эукариоты |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Швейцарский институт биоинформатики |
| Первичное цитирование | ПМИД 23193273 |
| Дата выпуска | 1986 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | epd.expasy.org |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Бесплатно без регистрации |
| Политика курирования | Да – ручной и автоматический |
EPD ( База данных эукариотических промоторов ) — это биологическая база данных и веб-ресурс эукариотической РНК - полимеразы II промоторов с экспериментально определенными сайтами начала транскрипции . [1] Первоначально EPD представлял собой ресурс, курируемый вручную и основанный на экспериментах по картированию транскриптов (в основном анализы расширения праймеров и защиты нуклеазы ), нацеленных на отдельные гены и опубликованных в академических журналах . Совсем недавно были автоматически созданы коллекции промоторов, полученные на основе высокопроизводительных данных, распространяемых в электронном виде, полученных с помощью CAGE или TSS-Seq. [2] [3] протоколы были добавлены как часть специального подраздела EPDnew . [4] Веб-сервер EPD предлагает дополнительные услуги, в том числе средство просмотра записей, которое позволяет пользователям исследовать геномный контекст промотора в окне браузера генома UCSC , а также прямые ссылки для загрузки подмножеств промоутеров, полученных из EPD, в соответствующие веб-инструменты анализа промотора Анализ поиска сигнала (SSA) [5] и серверы ChIP-Seq . EPD также содержит набор матриц весов позиций (PWM) для общих мотивов последовательностей промоторов .
История и влияние
[ редактировать ]EPD был создан в 1986 году как электронная версия компиляции эукариотических промоторов, опубликованной в статье. [6] и с тех пор регулярно обновляется. База данных изначально распространялась на магнитных лентах как часть библиотеки данных EMBL. [7] и позже через Интернет . Сотрудничество между EPD и библиотекой EMBL было названо экспертами в предметной области новаторским примером удаленной аннотации нуклеотидных последовательностей. [8] EPD сыграл важную роль в разработке и оценке алгоритмов прогнозирования промотора. [9] поскольку он считается наиболее точным промоутерским ресурсом. [10] По состоянию на ноябрь 2014 года его цитировали в научной литературе около 2500 раз. [11] EPD также получил широкое освещение в учебниках по биоинформатике ( например, [12] ) и системная биология ( например, [13] ).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кэвин Перье, R; Джунье, Т; Бухер, П. (1 января 1998 г.). «База данных эукариотических промоторов EPD» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (1): 353–7. дои : 10.1093/нар/26.1.353 . ПМК 147208 . ПМИД 9399872 .
- ^ Цучихара, К; Сузуки, Ю; Вакагури, Х; Ири, Т; Танимото, К; Хасимото, С; Мацусима, К; Мидзусима-Сугано, Дж; Ямасита, Р; Накаи, К; Бентли, Д; Эсуми, Х; Сугано, С. (апрель 2009 г.). «Массовый анализ стартовых сайтов транскрипции человеческих генов в клетках, страдающих гипоксией» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (7): 2249–63. дои : 10.1093/нар/gkp066 . ПМЦ 2673422 . ПМИД 19237398 .
- ^ Ямасита, Р; Сугано, С; Сузуки, Ю; Накаи, К. (январь 2012 г.). «DBTSS: отчет о работе базы данных стартовых сайтов транскрипции в 2012 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D150-4. дои : 10.1093/nar/gkr1005 . ПМК 3245115 . ПМИД 22086958 .
- ^ Дреос, Р; Амброзини, Дж; Кэвин Перье, R; Бучер, П. (январь 2013 г.). «EPD и EPDновые, высококачественные ресурсы промоторов в эпоху секвенирования следующего поколения» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D157-64. дои : 10.1093/nar/gks1233 . ПМЦ 3531148 . ПМИД 23193273 .
- ^ Амброзини, Дж; Праз, В; Джаганнатан, В.; Бухер, П. (1 июля 2003 г.). «Сервер анализа поиска сигналов» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3618–20. дои : 10.1093/нар/gkg611 . ПМК 169017 . ПМИД 12824379 .
- ^ Бухер, П; Трифонов Е.Н. (22 декабря 1986 г.). «Компиляция и анализ последовательностей промотора эукариотических POL II» . Исследования нуклеиновых кислот . 14 (24): 10009–26. дои : 10.1093/нар/14.24.10009 . ПМК 341352 . ПМИД 3808945 .
- ^ Кэмерон, GN (11 марта 1988 г.). «Библиотека данных EMBL» . Исследования нуклеиновых кислот . 16 (5): 1865–7. дои : 10.1093/нар/16.5.1865 . ПМК 338182 . ПМИД 3353226 .
- ^ Фукс, Р; Кэмерон, Дж.Н. (1991). «Молекулярно-биологические базы данных: вызов эпохи генома» . Прогресс биофизики и молекулярной биологии . 56 (3): 215–45. дои : 10.1016/0079-6107(91)90014-j . ПМИД 1771233 .
- ^ Фикетт, JW; Хацигеоргиу, AG (сентябрь 1997 г.). «Распознавание эукариотического промотора» . Геномные исследования . 7 (9): 861–78. дои : 10.1101/гр.7.9.861 . ПМИД 9314492 .
- ^ Барнс М.Р. (2007). Биоинформатика для генетиков: учебник по биоинформатике для анализа генетических данных (2-е изд.). Чичестер: Джон Уайли и сыновья. п. 285. дои : 10.1086/590603 . ISBN 978-0470059173 .
- ^ Количество результатов, полученных при поиске в Google Scholar. (Google Академик)
- ^ Е, Шуй Цин (2008). Биоинформатика как практический подход . Бока-Ратон: Чепмен и Холл/CRC. ISBN 978-1584888116 .
- ^ Клип, Э. (2005). Системная биология на практике: концепции, реализация и применение . Вайнхайм: Wiley-VCH. ISBN 352760488X .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- SIB - Швейцарский институт биоинформатики
- SSA Сервер анализа поиска сигналов
- ChIP-Seq Инструменты онлайн-анализа ChIP-seq
- PWMTools Инструменты для создания и оценки модели Position Weight Matrix