НИАИД Химическая база данных

ChemDB База данных по лечению ВИЧ, оппортунистических инфекций и туберкулеза
Содержание
Описание	Небольшие молекулы, протестированные на ВИЧ и/или связанные с ним оппортунистические инфекции.
Контакт
Исследовательский центр	Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (НИАИД)
Дата выпуска	1989
Доступ
Веб-сайт	http://chemdb.niaid.nih.gov/

База данных ChemDB по лечению ВИЧ, оппортунистических инфекций и туберкулеза — это общедоступный инструмент, разработанный Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний для сбора доклинических данных о малых молекулах с потенциальным терапевтическим действием против ВИЧ / СПИДа и связанных с ними оппортунистических инфекций. ^{[ 1 ]}

Характеристики и содержание

С 1989 года база данных ChemDB пополняется информацией, полученной из рецензируемой опубликованной литературы, материалов конференций и патентов. ^{[ 2 ]} Данные собираются по структуре соединения, химическим свойствам, биологической активности (например, целевой белок, IC50 , EC50 , цитотоксичность , TI , Ki и/или MIC ) и справочным данным (например, автор, журнал). ^{[ 3 ]}

Веб-интерфейс ChemDB поддерживает поиск биологических, текстовых и химических данных с использованием Oracle Text , химической поисковой системы Accelrys Direct и инструментов Marvin от ChemAxon. ^{[ 1 ]} Эти инструменты позволяют веб-пользователям осуществлять поиск в базе данных, сравнивая степень сходства или гибкости соответствия химическим структурам, которые были загружены или нарисованы. Дополнительные логические поиски можно комбинировать с поиском по структуре, чтобы включить другие интересующие поля, включая целевой организм или оценку Липинского . В дополнение к общедоступному веб-интерфейсу научно-исследовательское сообщество может получить загрузку всей базы данных. ^{[ 2 ]} База данных часто используется в рецензируемых научных исследованиях. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

Условно-патогенные микроорганизмы

В эту базу данных включены условно-патогенные микроорганизмы: ^{[ 1 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с «Отдел базы данных по лекарственным средствам против ВИЧ/ОИ/ТБ» . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинала 17 января 2012 г. Проверено 24 января 2012 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Раш М., Хаффман Д., Ноубл Дж., Уайтинг М., Наср М. (25–26 августа 2011 г.). «Совещание правительства США по химическим базам данных и открытой химии 2011 г.». База данных NIAID ChemDB по ВИЧ/СПИДу .
^ «Отдел базы данных по лекарственным средствам против ВИЧ/ОИ/ТБ» . Руководство пользователя . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США . Проверено 24 января 2012 г.
^ Хохштейн С., Гошорн Дж., Чанг Ф. (2009). «Информационный портал о лекарствах Национальной медицинской библиотеки США» . Med Ref Serv Q. 28 (2): 154–163. дои : 10.1080/02763860902816784 . ПМК 2760770 . ПМИД 19384716 .
^ Чеа Э.Л., Хенг П.В., Чан Л.В. (2010). «Оптимизация сверхкритической жидкостной экстракции и жидкостной экстракции под давлением активных веществ из магнолиса лекарственного с использованием конструкции Тагучи». Сен Пуриф Технол . 71 (3): 293–301. дои : 10.1016/j.seppur.2009.12.009 .
^ Португалия Дж (2009). «Оценка молекулярных дескрипторов противоопухолевых препаратов на предмет нековалентного связывания с ДНК и антипролиферативной активности» . БМК Фармакол . 9:11 . дои : 10.1186/1471-2210-9-11 . ПМЦ 2758867 . ПМИД 19758437 .
^ Сюн С., Фань Дж., Китазато К. (2010). «Противовирусный белок циановирин-N: современное состояние его производства и применения» (PDF) . Appl Microbiol Biotechnol . 86 (3): 805–12. дои : 10.1007/s00253-010-2470-1 . hdl : 10069/25148 . ПМИД 20162270 . S2CID 35189116 .
^ Кремб С., Хелфер М., Хеллер В., Хоффманн Д., Вольф Х., Кляйншмидт А., Чепок С., Хеммер Б., Дёрнер Дж., Брэк-Вернер Р. (2010). «EASY-HIT: технология полной репликации ВИЧ для широкого открытия нескольких классов ингибиторов ВИЧ» . Противомикробные средства Химиотер . 54 (12): 5257–68. дои : 10.1128/AAC.00515-10 . ПМЦ 2981278 . ПМИД 20876377 .
^ Серафин К., Мазур П., Бак А., Лайне Э., Чертанов Л., Мусаде Ж.Ф., Полански Дж. (2011). «Этилмалонатамиды: фрагмент дикетокислоты для ингибирования интегразы ВИЧ». Биоорг Мед Хим . 19 (16): 5000–5. дои : 10.1016/j.bmc.2011.06.054 . ПМИД 21767953 .
^ Дурдаги С., Мавромустакос Т., Папдопулос М.Г. (2008). «3D QSAR CoMFA/CoMSIA, исследования молекулярной стыковки и молекулярной динамики ингибиторов PR ВИЧ-1 на основе фуллеренов». Bioorg Med Chem Lett . 18 (23): 6283–9. дои : 10.1016/j.bmcl.2008.09.107 . ПМИД 18951793 .
^ Прасанна, доктор медицинских наук, Вондрасек Дж., Влодавер А., Бха Т.Н. (2005). «Применение InChI для управления, индексирования и запроса трехмерной структуры». Белки . 60 (1): 001–004. дои : 10.1002/прот.20469 . ПМИД 15861385 . S2CID 14294972 .
^ Санчес Р., Моргадо Э., Грау Р. (2005). «Булева структура генетического кода. I. Значение логической дедукции». Бюллетень математической биологии . 67 (1): 001–014. doi : 10.1016/j.bulm.2004.05.005 . ПМИД 15691536 . S2CID 10480021 .
^ Чжан XW (2005). «Создание прогностической фармакофорной модели основной протеиназы SARS-коронавируса» . Eur J Med Chem . 40 (1): 57–62. дои : 10.1016/j.ejmech.2004.09.013 . ПМЦ 7115589 . ПМИД 15642409 .

Внешние ссылки

Химическая база данных НИАИД [1]

[ChemDB-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с «Отдел базы данных по лекарственным средствам против ВИЧ/ОИ/ТБ» . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинала 17 января 2012 г. Проверено 24 января 2012 г.

[ChemDBConference-2] Перейти обратно: ^а ^б Раш М., Хаффман Д., Ноубл Дж., Уайтинг М., Наср М. (25–26 августа 2011 г.). «Совещание правительства США по химическим базам данных и открытой химии 2011 г.». База данных NIAID ChemDB по ВИЧ/СПИДу .

[ChemDBUserGuide-3] «Отдел базы данных по лекарственным средствам против ВИЧ/ОИ/ТБ» . Руководство пользователя . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США . Проверено 24 января 2012 г.

[HochsteinMedRefServQ-4] Хохштейн С., Гошорн Дж., Чанг Ф. (2009). «Информационный портал о лекарствах Национальной медицинской библиотеки США» . Med Ref Serv Q. 28 (2): 154–163. дои : 10.1080/02763860902816784 . ПМК 2760770 . ПМИД 19384716 .

[CheahSaPT-5] Чеа Э.Л., Хенг П.В., Чан Л.В. (2010). «Оптимизация сверхкритической жидкостной экстракции и жидкостной экстракции под давлением активных веществ из магнолиса лекарственного с использованием конструкции Тагучи». Сен Пуриф Технол . 71 (3): 293–301. дои : 10.1016/j.seppur.2009.12.009 .

[PortugalBMCPharmacol-6] Португалия Дж (2009). «Оценка молекулярных дескрипторов противоопухолевых препаратов на предмет нековалентного связывания с ДНК и антипролиферативной активности» . БМК Фармакол . 9:11 . дои : 10.1186/1471-2210-9-11 . ПМЦ 2758867 . ПМИД 19758437 .

[XiongApplMicrobioBiotechnol-7] Сюн С., Фань Дж., Китазато К. (2010). «Противовирусный белок циановирин-N: современное состояние его производства и применения» (PDF) . Appl Microbiol Biotechnol . 86 (3): 805–12. дои : 10.1007/s00253-010-2470-1 . hdl : 10069/25148 . ПМИД 20162270 . S2CID 35189116 .

[KrembAntimicrobAgentsChemother-8] Кремб С., Хелфер М., Хеллер В., Хоффманн Д., Вольф Х., Кляйншмидт А., Чепок С., Хеммер Б., Дёрнер Дж., Брэк-Вернер Р. (2010). «EASY-HIT: технология полной репликации ВИЧ для широкого открытия нескольких классов ингибиторов ВИЧ» . Противомикробные средства Химиотер . 54 (12): 5257–68. дои : 10.1128/AAC.00515-10 . ПМЦ 2981278 . ПМИД 20876377 .

[SerafinBioorgMedChem-9] Серафин К., Мазур П., Бак А., Лайне Э., Чертанов Л., Мусаде Ж.Ф., Полански Дж. (2011). «Этилмалонатамиды: фрагмент дикетокислоты для ингибирования интегразы ВИЧ». Биоорг Мед Хим . 19 (16): 5000–5. дои : 10.1016/j.bmc.2011.06.054 . ПМИД 21767953 .

[DurdagiBioorgMedChemLett-10] Дурдаги С., Мавромустакос Т., Папдопулос М.Г. (2008). «3D QSAR CoMFA/CoMSIA, исследования молекулярной стыковки и молекулярной динамики ингибиторов PR ВИЧ-1 на основе фуллеренов». Bioorg Med Chem Lett . 18 (23): 6283–9. дои : 10.1016/j.bmcl.2008.09.107 . ПМИД 18951793 .

[PrasannaProteins-11] Прасанна, доктор медицинских наук, Вондрасек Дж., Влодавер А., Бха Т.Н. (2005). «Применение InChI для управления, индексирования и запроса трехмерной структуры». Белки . 60 (1): 001–004. дои : 10.1002/прот.20469 . ПМИД 15861385 . S2CID 14294972 .

[Sanchez-12] Санчес Р., Моргадо Э., Грау Р. (2005). «Булева структура генетического кода. I. Значение логической дедукции». Бюллетень математической биологии . 67 (1): 001–014. doi : 10.1016/j.bulm.2004.05.005 . ПМИД 15691536 . S2CID 10480021 .

[Xhang-13] Чжан XW (2005). «Создание прогностической фармакофорной модели основной протеиназы SARS-коронавируса» . Eur J Med Chem . 40 (1): 57–62. дои : 10.1016/j.ejmech.2004.09.013 . ПМЦ 7115589 . ПМИД 15642409 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]