ABCdb

ABCdb
Содержание
Описание	База данных ABCdb по транспортным системам ABC в геномах прокариот.
Типы данных ; захвачен	Транспортеры АТФ-связывающей кассеты (ABC)
Организмы	прокариоты
Контакт
Исследовательский центр	Университет Тулузы , CNRS
Лаборатория	ЛМГМ
Первичное цитирование	ПМИД 16499625
Доступ
Веб-сайт	http://www-abcdb.biotoul.fr/
Инструменты
Интернет	расширенный поиск, BLAST
Разнообразный
Политика курирования	да - автоматический и ручной
Добавить в закладки ; сущности	да

ABCdb — это биологическая база данных переносчиков аденозинтрифосфатсвязывающих кассет (ABC), кодируемых полностью секвенированными архей и бактерий геномами . Эти белки важны для транспортировки веществ в клетки и встречаются во всех живых организмах.

биологическая функция систем ABC

Большинство систем ABC функционируют при транспортировке соединения через мембрану в клетку (импортер) или наружу (экспортер), для чего система генерирует энергию путем гидролиза аденозинтрифосфата (АТФ) .Транспортеры ABC встречаются во всех живых организмах.

Транспортная система ABC состоит как минимум из двух компонентов: АТФ-связывающей кассеты и трансмембранного домена или трансмембранного домена . Обычно это отдельные белки или могут встречаться в виде белковых доменов . Типичный транспортер ABC состоит из двух нуклеотидсвязывающих доменов, которые активируют транспорт посредством гидролиза АТФ, и из двух мембранных доменов, которые действуют как мембранные каналы для субстрата. Импортерам необходим белок, связывающий растворенные вещества, который распознает и связывает субстрат .

Различные партнеры системы ABC обычно кодируются соседними генами.

Функции

Белки ABC образуют суперсемейство белков кодируемое большими семействами паралогичных , генов. Анализ последовательностей показывает, что члены суперсемейства ABC могли отличаться от общих предковых форм, и позволяет организовать белки ABC в подсемейства. Классификация систем ABC на (под)семейства может помочь предсказать, какие субстраты могут транспортироваться системой.

ABCdb — общедоступный ресурс , ^[1] из которого можно:

выберите штамм из дерева видов и просмотрите все его системы ABC, разделенные на (под)семейства.
для конкретного (под)семейства ABC сравните все белки полностью секвенированных прокариот.
используйте последовательность белка и проверяйте ее на ABCdb, чтобы найти аннотации для похожих белков

См. также

Мембранный транспортный белок
TCDB База данных классификации транспортеров
Транспортеры АВС
АТФ-связывающий домен транспортеров ABC
Трансмембранный домен транспортеров ABC

Ссылки

^ Фишант Дж., Басс М.Дж., Квентин Ю. (март 2006 г.). «ABCdb: онлайн-ресурс с репертуарами транспортеров ABC из секвенированных геномов архей и бактерий». Письма FEMS по микробиологии . 256 (2): 333–9. дои : 10.1111/j.1574-6968.2006.00139.x . ПМИД 16499625 .

Внешние ссылки

http://www-abcdb.biotoul.fr/ Веб-сайт ABCdb

[pmid16499625-1] Фишант Дж., Басс М.Дж., Квентин Ю. (март 2006 г.). «ABCdb: онлайн-ресурс с репертуарами транспортеров ABC из секвенированных геномов архей и бактерий». Письма FEMS по микробиологии . 256 (2): 333–9. дои : 10.1111/j.1574-6968.2006.00139.x . ПМИД 16499625 .

[1]