О Сатклиффе
| О Сатклиффе | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Бациллота |
| Сорт: | Бациллы |
| Заказ: | Бациллы |
| Семья: | Бацилловые |
| Род: | О Сатклиффе Гупта и др. 2020 год |
| Разновидность | |
|
Информация на основе ЛПСН 2021 | |
Sutcliffiella — род грамположительных палочковидных бактерий семейства Bacillaceae из отряда Bacillales . [ 1 ] [ 2 ] Типовым видом этого рода является Sutcliffiella cohnii. [ 3 ]
Представители Sutcliffiella ранее были видами, принадлежащими к Bacillus , роду, который, как было признано, демонстрирует обширную полифилию и филогенетическую гетерогенность из-за расплывчатых критериев. [ 4 ] (например, способность образовывать эндоспоры в присутствии кислорода) [ 5 ] ранее использовался для отнесения видов к этой кладе. Многочисленные исследования с использованием сравнительного филогенетического анализа были опубликованы в попытке прояснить эволюционные отношения между видами Bacillus , что привело к созданию многочисленных новых родов, таких как Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicyclobacillus , Virgibacillus и Evansella . [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 1 ] Кроме того, род Bacillus ограничен и включает только виды, тесно связанные с Bacillus subtilis и Bacillus cereus . [ 6 ] [ 1 ]
Название Сатклиффиелла было названо в честь британского микробиолога, профессора Иэна Сатклиффа ( Университет Нортумбрии , Ньюкасл-апон-Тайн) за его работу над оболочкой микробных клеток и липопротеинами, а также за его вклад в развитие дисциплины микробной таксономии в качестве многолетнего редактора журнала Antonie. Ван Левенгук . [ 1 ]
Биохимические характеристики и молекулярные подписи [ 1 ]
[ редактировать ]Представители этого рода аэробны или факультативно анаэробны и обитают в почве. Все члены могут производить эндоспоры, а некоторые подвижны. Sutcliffiella может расти при температуре от 10°C до 40°C, но оптимальная температура роста находится в диапазоне 30-37°C.
Девять консервативных сигнатурных инделей (CSI) были идентифицированы посредством геномного анализа для этого рода в следующих белках: антитерминатор транскрипции, белок, содержащий домен DUF1273, фактор созревания рибосом RimM, белок репликации/восстановления ДНК RecF, ДНК-топоизомераза типа I , гипотетические белки и ДНК. субъединица альфа полимеразы III , которая в большинстве случаев присуща исключительно всем или большинству представителей этого рода. [ 1 ] Эти CSI обеспечивают надежный метод идентификации и дифференциации видов Sutcliffiella от других родов Bacillaceae и бактерий на молекулярном уровне.
Таксономия
[ редактировать ]Sutcliffiella по состоянию на май 2021 года включает в общей сложности 5 видов с достоверно опубликованными названиями. [ 3 ] Этот род был идентифицирован как монофилетическая клада и филогенетически не связанный с другими видами Bacillus в исследованиях, изучающих таксономические отношения внутри Bacillus . [ 1 ] Эта модель ветвления также наблюдается в базе данных таксономии генома (GTDB). [ 11 ]
Также обнаружено, что два недействительно опубликованных вида, «Bacillus aequorois» и «Bacillus catenulatus», группируются с другими представителями Sutcliffiella на филогенетических деревьях, а также имеют одни и те же молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных инделей (CSI). [ 1 ] Однако официально их перенос не предлагался из-за отсутствия информации о культурном штамме. Требуется дальнейший пересмотр этого рода, поскольку обнаруживаются и назначаются дополнительные геномы и новые виды.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Гупта, Рэдхи С.; Патель, Судип; Шайни, Навнеет; Чен, Шу (01 ноября 2020 г.). «Надежное разграничение 17 различных клад видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, с помощью филогеномики и сравнительного геномного анализа: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. nov. и предложение по исправленному роду Bacillus, ограничивающему его только членами клад Subtilis и Cereus. видов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. дои : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 33112222 .
- ^ Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфеллоу, Майкл; Рейни, Фред А.; Шляйфер, Карл-Хайнц, ред. (2005). Руководство Берджи® по систематической бактериологии . дои : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 .
- ^ Перейти обратно: а б «Род: Сатклиффиелла» . lpsn.dsmz.de. Проверено 30 мая 2021 г.
- ^ Эш, Кэрол; Фэрроу, Джей; Уоллбэнкс, Салли; Коллинз, доктор медицины (28 июня 2008 г.). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей малых субъединиц-рибосомальных РНК» . Письма по прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. дои : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .
- ^ Логан, Северная Каролина; Берге, О.; Бишоп, АХ; Буссе, Х.-Ж.; Де Вос, П.; Фрице, Д.; Хейндрикс, М.; Кампфер, П.; Рабинович, Л.; Салкиноя-Салонен, М.С.; Селдин, Л. (30 июня 2009 г.). «Предложенные минимальные стандарты для описания новых таксонов аэробных бактерий, образующих эндоспоры» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (8): 2114–2121. дои : 10.1099/ijs.0.013649-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 19567583 .
- ^ Перейти обратно: а б Патель, Судип; Гупта, Рэдхи С. (01 января 2020 г.). «Филогеномная и сравнительная геномная основа для решения полифилии рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus gen. nov., Cytobacillus gen. nov., Mesobacillus gen. nov., Neobacillus gen. nov., Metabacillus gen. ноябрь и Alkalihalobacillus gen . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. дои : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 31617837 .
- ^ ШИДА, О.; ТАКАГИ, Х.; КАДОВАКИ, К.; КОМАГАТА, К. (1 октября 1996 г.). «Предложение по двум новым родам: Brevibacillus gen. nov. и Aneurinibacillus gen. nov . Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 939–946. дои : 10.1099/00207713-46-4-939 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 8863420 .
- ^ Визоцки, доктор медицинских наук; Юрщук П.; Фокс, GE; Дейнхард, Г.; Поралла, К. (1 апреля 1992 г.). «Сравнительный анализ последовательностей 16S рРНК (рДНК) Bacillus acidocaldarius, Bacillus acidoterrestris и Bacillus cycloheptanicus и предложение по созданию нового рода Alicyclobacillus gen. nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 42 (2): 263–269. дои : 10.1099/00207713-42-2-263 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 1374624 .
- ^ Муал, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Питер; Кришнамурти, Шринивасан; Дастагер, Сайед; Майилрадж, Шанмугам (01 мая 2016 г.). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis com. Nov. и исправленное описание рода Solibacillus Кришнамурти et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. дои : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 26907585 .
- ^ Хейндрикс, М.; Леббе, Л.; Керстерс, К.; Хосте, Б.; Де Вахтер, Р.; Де Вос, П.; Форсайт, Г.; Логан, Северная Каролина (1 июля 1999 г.). «Предложение Virgibacillus proomii sp. nov. и исправленное описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. дои : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 10425765 .
- ^ «ГТДБ — Дерево» . gtdb.ecogenomic.org . Проверено 28 мая 2021 г.