ДжинВызов
В области геномики . GeneCalling на открытой платформе мРНК представляет собой метод транскрипционного профилирования [1] Протокол GeneCalling измеряет уровни кДНК , которые коррелируют с уровнями экспрессии генов конкретных транскриптов . С помощью этой технологии исследуются и сравниваются различия между экспрессией генов в здоровых тканях и тканях, чувствительных к заболеваниям или лекарствам. [2] Методика применена для исследования тканей человека. [3] и растительные ткани. [4]
Метод
[ редактировать ]
В протоколе GeneCalling мРНК сначала выделяются из данного образца и обрабатываются на фрагменты для анализа. Обычно это включает синтез и разделение двухцепочечной кДНК из полиА РНК . Затем можно использовать отдельные наборы рестриктаз для расщепления наборов разделенных кДНК и полученных фрагментов, лигированных с мечеными адаптерами для амплификации с помощью ПЦР . Затем продукты ПЦР очищают и подвергают гель -электрофореза на установленной платформе с использованием стационарного лазерного возбуждения и многоцветной системы визуализации устройства с зарядовой связью . [5] Флуоресцентная метка на 5'-конце одного из праймеров для ПЦР позволяет визуализировать фрагменты ПЦР, а кДНК подвергают нескольким изолированным и идентичным рестрикционным расщеплениям для создания объединенного профиля на основе высоты пика и дисперсии. [6] Объединенные профили переваривания препаратов кДНК затем сравнивают для обнаружения дифференциально экспрессируемых фрагментов (например, между нормальной тканью и больной тканью или тканью, реагирующей на лекарственное средство); эти профили сравниваются с помощью различных баз данных, доступных в Интернете, таких как GeneScape. [7]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кирст, Мэн (1 мая 2005 г.). «Идентификация и характеристика белков деградации, связанных с эндоплазматическим ретикулумом, на которые дифференциально влияет стресс эндоплазматического ретикулума» . Физиология растений . 138 (1): 218–231. дои : 10.1104/стр.105.060087 . ПМК 1104177 . ПМИД 15849299 .
- ^ Грин, Синтия Д.; Саймонс, Ян Фредрик; Тайлон, Брюс Э.; Левин, Дэвид А. (апрель 2001 г.). «Открытые системы: панорамный обзор экспрессии генов». Журнал иммунологических методов . 250 (1–2): 67–79. дои : 10.1016/S0022-1759(01)00306-4 . ПМИД 11251222 .
- ^ Анализ экспрессии генов с помощью профилирования транскриптов в сочетании с запросом к базе данных генов. Природная биотехнология 17 , 798-803: 1999.
- ^ Профиль экспрессии генов флавоноидного пути кукурузы, контролируемых эстрадиол-индуцируемыми факторами транскрипции CRC и P. The Plant Cell 12 , 65-79: 2000
- ^ Кляйн, С; из Фужероля, Арканзас; Блейки, П; Хан, Л; Пепе, А; Грин, компакт-диск; Котелянский, В; Джанкотти, ФГ (август 2002 г.). «Альфа-5-бета-1-интегрин активирует NF-каппа-B-зависимую программу экспрессии генов, важную для ангиогенеза и воспаления» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (16): 5912–2 doi : 10.1128/mcb.22.16.5912–5922.2002 . ПМК 133962 . ПМИД 12138201 .
- ^ Шимкец, РА; и др. (1999). «Анализ экспрессии генов с помощью профилирования транскриптов в сочетании с запросом к базе данных генов». Нат. Биотехнология . 17 (8): 798–803. дои : 10.1038/11743 . ПМИД 10429247 . S2CID 25463457 .
- ^ Гротеволд, Эрих (2003). Функциональная геномика растений . Springer Science & Business Media. п. 386. ИСБН 9781592594139 . Проверено 17 октября 2016 г.