SmY RNA

Сплайсосомная РНК SmY
Сплайсосомная РНК SmY
	Консенсусная вторичная структура РНК SmY. Количество замен пар оснований, наблюдаемых в 68 структурно выровненных последовательностях при выравнивании затравки Rfam, показано для каждой пары оснований, что иллюстрирует широкую поддержку этой предсказанной структуры.
Идентификаторы
Символ	смй
Рфам	RF01844
Другие данные
РНК Тип	мяРНК, сплайсинг
Домен(ы)	Хромадория
PDB Структуры	ПДБе

Рибонуклеиновые кислоты SmY ( SmY РНК ) представляют собой семейство малых ядерных РНК, обнаруженных у некоторых видов нематод . Считается, что они участвуют в мРНК транссплайсинге .

РНК SmY имеют длину около 70–90 нуклеотидов и имеют общую вторичную структуру с двумя петлями стебля , фланкирующими консенсусный сайт связывания белка Sm . ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Белок Sm является общим компонентом сплайсосомных мяРНП .

Филогенетическое распределение известных и предсказанных генов РНК SmY, а также количество генов и псевдогенов, обнаруженных у каждого вида. Числа генов основаны на компьютерном анализе (с использованием программы Infernal) сборок генома ; в некоторых случаях это черновики геномов, которые могут быть неполными. ^{[ 1 ]}

РНК SmY были обнаружены у нематод класса Chromadorea , который включает наиболее часто изучаемые нематоды (такие как Caenorhabditis , Pristionchus и Ascaris ), но не у более отдаленных родственников Trichinella спиральис класса Dorylaimia . Количество генов SmY у каждого вида варьируется: большинство видов Caenorhabditis и Pristionchus имеют 10–26 родственных паралогичных копий, тогда как другие нематоды имеют 1–5. ^{[ 1 ]}

Открытие

Первая РНК SmY была обнаружена в 1996 году в очищенных Ascaris lumbricoides препаратах сплайсосом , как и другая РНК, называемая SmX РНК , которая не является заметно гомологичной SmY. ^{[ 2 ]} Двенадцать гомологов SmY были идентифицированы компьютерным путем у Caenorhabditis elegans и десять у Caenorhabditis briggsae . ^{[ 3 ]} Несколько транскриптов этих генов SmY были клонированы и секвенированы в ходе систематического исследования малых транскриптов некодирующей РНК у C. elegans . ^{[ 4 ]}

Систематическое исследование транскриптов 2,2,7-триметилгуанозина (TMG) 5'-кепированных у C.elegans против TMG с использованием антител выявило два транскрипта SmY, кэпированных TMG. ^{[ 5 ]} Анализ последовательностей потенциальных сайтов связывания Sm в этих транскриптах показал, что SmY, мяРНК U5 , U3 и лидерных РНК ( SL1 и SL2 ) содержат очень сходную консенсусную последовательность связывания SM (AAU _4–5 транскрипты сплайсированных _мяРНК GGA). Предсказанные сайты связывания SM, идентифицированные в транскриптах мяРНК U1 , U2 и U4, отличались от этого консенсуса. ^{[ 5 ]}

Функция

У C. elegans РНК SmY соочищаются со сплайсосомой и белками Sm, SL75p и SL26p , тогда как более охарактеризованная C. elegans SL1 транссплайсинговая мяРНК соочищается в комплексе с Sm, SL75p и SL21p ( паралог SL26p). . ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Потеря функции SL21p или SL26p по отдельности вызывает только слабый фенотип , чувствительный к холоду , тогда как нокдаун обоих летален, как и нокдаун SL75p. На основании этих результатов считается, что РНК SmY участвуют в транс-сплайсинге.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Джонс Т.А., Отто В., Марц М., Эдди С.Р., Стадлер П.Ф. (2009). «Обзор SmY-РНК нематод» . РНК Биол . 6 (1): 5–8. дои : 10.4161/rna.6.1.7634 . ПМИД 19106623 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Марони П.А., Ю.Т., Янковска М., Нильсен Т.В. (август 1996 г.). «Прямой анализ цис- и транс-сплайсосом нематод: функциональная роль мяРНК U5 в транс-сплайсинге с добавлением лидера и идентификация новых мяРНП Sm» . РНК . 2 (8): 735–745. ПМК 1369411 . ПМИД 8752084 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с МакМоррис М., Кумар М., Ласда Э., Ларсен А., Кремер Б., Блюменталь Т. (апрель 2007 г.). «Новое семейство мяРНП C. elegans содержит белки, связанные с транс-сплайсингом» . РНК . 13 (4): 511–520. дои : 10.1261/rna.426707 . ПМЦ 1831854 . ПМИД 17283210 .
^ Дэн В., Чжу X, Скогербо Г. и др. (январь 2006 г.). «Организация Caenorhabditis elegans малого некодирующего транскриптома : геномные особенности, биогенез и экспрессия» . Геномные исследования . 16 (1): 20–29. дои : 10.1101/гр.4139206 . ПМК 1356125 . ПМИД 16344563 .
^ Jump up to: ^а ^б Цзя Д., Цай Л., Хе Х., Скогербё Г., Ли Т., Афтаб Н., Чен Р. (сентябрь 2007 г.). «Систематическая идентификация некодирующих структур РНК-2,2,7-триметилгуанозина у Caenorhabditis elegans » . BMC Молекулярная биология . 8:86 . дои : 10.1186/1471-2199-8-86 . ПМК 2200864 . ПМИД 17903271 .

Внешние ссылки

Страница сплайсосомальной РНК SmY в Rfam

[Jones09-1] Jump up to: ^а ^б ^с Джонс Т.А., Отто В., Марц М., Эдди С.Р., Стадлер П.Ф. (2009). «Обзор SmY-РНК нематод» . РНК Биол . 6 (1): 5–8. дои : 10.4161/rna.6.1.7634 . ПМИД 19106623 .

[Maroney96-2] Jump up to: ^а ^б ^с Марони П.А., Ю.Т., Янковска М., Нильсен Т.В. (август 1996 г.). «Прямой анализ цис- и транс-сплайсосом нематод: функциональная роль мяРНК U5 в транс-сплайсинге с добавлением лидера и идентификация новых мяРНП Sm» . РНК . 2 (8): 735–745. ПМК 1369411 . ПМИД 8752084 .

[MacMorris07-3] Jump up to: ^а ^б ^с МакМоррис М., Кумар М., Ласда Э., Ларсен А., Кремер Б., Блюменталь Т. (апрель 2007 г.). «Новое семейство мяРНП C. elegans содержит белки, связанные с транс-сплайсингом» . РНК . 13 (4): 511–520. дои : 10.1261/rna.426707 . ПМЦ 1831854 . ПМИД 17283210 .

[Deng06-4] Дэн В., Чжу X, Скогербо Г. и др. (январь 2006 г.). «Организация Caenorhabditis elegans малого некодирующего транскриптома : геномные особенности, биогенез и экспрессия» . Геномные исследования . 16 (1): 20–29. дои : 10.1101/гр.4139206 . ПМК 1356125 . ПМИД 16344563 .

[Jia07-5] Jump up to: ^а ^б Цзя Д., Цай Л., Хе Х., Скогербё Г., Ли Т., Афтаб Н., Чен Р. (сентябрь 2007 г.). «Систематическая идентификация некодирующих структур РНК-2,2,7-триметилгуанозина у Caenorhabditis elegans » . BMC Молекулярная биология . 8:86 . дои : 10.1186/1471-2199-8-86 . ПМК 2200864 . ПМИД 17903271 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]