Малая ядрышковая РНК U3
| U3 | |
|---|---|
 Вторичная структура и сохранение последовательности РНК U3 многоклеточных животных | |
| Идентификаторы | |
| Символ | U3 |
| Альт. Символы | РНУ3П2, |
| Рфам | RF00012 |
| Ген NCBI | 26844 |
| HGNC | 10176 |
| МОЙ БОГ | 180710 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | мякРНК |
| Домен(ы) | Эукариоты ; |
| PDB Структуры | ПДБе |
В молекулярной биологии мякРНК U3 представляет собой некодирующую РНК, обнаруживаемую преимущественно в ядрышке . U3 имеет мотивы C/D-бокса , которые технически делают его членом класса бокса C/D мякРНК ; однако, в отличие от других мякРНК C/D-бокса, не было показано, что он управляет 2'- метилированием O- других РНК. Скорее, считается, что U3 управляет сайт-специфическим расщеплением рибосомальной РНК (рРНК) во время процессинга пре-рРНК. [ 1 ]
Элемент бокса C/D представляет собой подмножество шести элементов короткой последовательности, обнаруженных во всех мякРНК U3, а именно боксов A, A', B, C, C' и D. [ 2 ] мякРНК U3 Вторичная структура характеризуется небольшим 5'- доменом (с блоками A и A') и более крупным 3'- доменом (с блоками B, C, C' и D), причем эти два домена соединены одним - многожильный шарнир. Боксы B и C образуют мотив B/C, который, по-видимому, является эксклюзивным для мякРНК U3, а блоки C' и D образуют мотив C'/D. Последний функционально подобен мотивам C/D, обнаруженным в других мякРНК. 5'-домен и шарнирная область действуют как домен, связывающий пре-рРНК. 3'-домен имеет консервативные сайты связывания с белками. Как мотивы бокса B/C, так и бокса C'/D достаточны для удержания в ядре мякРНК U3. Бокс-мотив C'/D также необходим для ядрышковой локализации, стабильности и гиперметилирования мякРНК U3. [ 3 ] Оба мотива B/C и C'/D участвуют в специфических белковых взаимодействиях и необходимы для функций процессинга рРНК мякРНК U3.
Видоспецифичные модели вторичной структуры
[ редактировать ]S. cerevisiae , определенная путем химического картирования РНК U3A в очищенном мяРНП. Доступна вторичная структура [ 4 ] человека . Также была предложена модель структуры [ 5 ] Подобно дрожжам и человеку, простейший протист Entamoeba histolytica: примитивный эукариот принял ту же консервативную вторичную структуру мякРНК U3. [ 6 ] четыре консенсусные структуры, специфичные для многоклеточных животных , грибов , растений и базальных эукариот. Были предложены [ 7 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Клери, А.; Сенти-Сего, В.; Леклерк, Ф.; Рауэ, А.; Бранлант, К. (февраль 2007 г.). «Анализ последовательности и структурных особенностей, которые идентифицируют мотив B/C малой ядрышковой РНК U3 как сайт узнавания пары белков Snu13p-Rrp9p» . Молекулярная и клеточная биология . 27 (4): 1191–1206. дои : 10.1128/MCB.01287-06 . ISSN 0270-7306 . ПМК 1800722 . ПМИД 17145781 .
- ^ Звиб, К. (1997). «База данных мРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 25 (1): 102–103. дои : 10.1093/нар/25.1.102 . ПМК 146409 . ПМИД 9016512 .
- ^ Шпекманн, В; Нарайанан А; Тернс Р; Крачки депутата (1999). «Ядерные ретенционные элементы малой ядрышковой РНК U3» . Мол Клеточная Биол . 19 (12): 8412–8421. дои : 10.1128/MCB.19.12.8412 . ПМК 84939 . ПМИД 10567566 .
- ^ Меро А., Фурнье Р., Грегуар А. и др. (октябрь 1997 г.). «Анализ структурно-функциональной структуры in vivo и in vitro snoRNP Saccharomyces cerevisiae U3A: контакты белок-РНК и взаимодействие пар оснований с прерибосомальной РНК». Дж. Мол. Биол . 273 (3): 552–71. дои : 10.1006/jmbi.1997.1320 . ПМИД 9356246 .
- ^ Граннеман С., Фогельзангс Дж., Люрманн Р., ван Венрой В.Дж., Пруйн Г.Дж., Уоткинс, Нью-Джерси (октябрь 2004 г.). «Роль спаривания оснований пре-рРНК и образования комплекса 80S в субъядрышковой локализации мяРНП U3» . Мол. Клетка. Биол . 24 (19): 8600–10. дои : 10.1128/MCB.24.19.8600-8610.2004 . ПМК 516741 . ПМИД 15367679 .
- ^ Шривастава А, Ахамад Дж, Рэй АК, Каур Д, Бхаттачарья А, Бхаттачарья С (2014). Анализ U3-мяРНК и компонентов процессома малых субъединиц паразитического простейшего Entamoeba histolytica. Мол Биохим Паразитол. 193(2):82-92. doi: 10.1016/j.molbiopara.2014.03.001. Электронная публикация 2014 г., 12 марта
- ^ Марц М., Штадлер П.Ф. (2009). «Сравнительный анализ эукариотических мякРНК U3». РНК Биол . 6 (5): 503–7. CiteSeerX 10.1.1.380.4189 . дои : 10.4161/rna.6.5.9607 . ПМИД 19875933 . S2CID 13055120 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Страница малой ядрышковой РНК U3 в Rfam
- uRNADB: страница U3 (архив)
- Запись UMASS snorNAdb для U3
- Запись SGD для U3a
- Запись мякроРНК человека для U3
 | Эта по молекулярной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |